MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS1

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010366	GTTAC	2	10	59	68	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010366	GTGGG	2	10	1008	1017	0 %	20 %	80 %	0 %	169237162
3	NC_010366	CCGTC	2	10	2408	2417	0 %	20 %	20 %	60 %	169237163
4	NC_010366	TATAA	2	10	5338	5347	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010366	ATTGT	2	10	8392	8401	20 %	60 %	20 %	0 %	169237168
6	NC_010366	AGTAA	2	10	8723	8732	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010366	CGCTG	2	10	9064	9073	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_010366	AAATG	2	10	9076	9085	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010366	CGTAT	2	10	10748	10757	20 %	40 %	20 %	20 %	169237169
10	NC_010366	TCTCG	2	10	10878	10887	0 %	40 %	20 %	40 %	169237169
11	NC_010366	CGCTT	2	10	13613	13622	0 %	40 %	20 %	40 %	169237170
12	NC_010366	AGTTG	2	10	15222	15231	20 %	40 %	40 %	0 %	169237171
13	NC_010366	TCGCC	2	10	16364	16373	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_010366	GAATC	2	10	18915	18924	40 %	20 %	20 %	20 %	169237178
15	NC_010366	GCGTT	2	10	20524	20533	0 %	40 %	40 %	20 %	169237181
16	NC_010366	TCGAG	2	10	23387	23396	20 %	20 %	40 %	20 %	169237183
17	NC_010366	AACAG	2	10	23790	23799	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010366	TCGAG	2	10	25555	25564	20 %	20 %	40 %	20 %	169237186
19	NC_010366	GAACG	2	10	26639	26648	40 %	0 %	40 %	20 %	169237187
20	NC_010366	GACGG	2	10	26696	26705	20 %	0 %	60 %	20 %	169237187
21	NC_010366	GAACG	2	10	26927	26936	40 %	0 %	40 %	20 %	169237188
22	NC_010366	CTCCC	2	10	27060	27069	0 %	20 %	0 %	80 %	169237188
23	NC_010366	CGATC	2	10	27335	27344	20 %	20 %	20 %	40 %	169237188
24	NC_010366	AATCG	2	10	27357	27366	40 %	20 %	20 %	20 %	169237188
25	NC_010366	TGCCC	2	10	28259	28268	0 %	20 %	20 %	60 %	169237189
26	NC_010366	CCCGG	2	10	28506	28515	0 %	0 %	40 %	60 %	169237189
27	NC_010366	ATCGG	2	10	29026	29035	20 %	20 %	40 %	20 %	169237189
28	NC_010366	TGCGC	2	10	30170	30179	0 %	20 %	40 %	40 %	169237189
29	NC_010366	CAACT	2	10	32367	32376	40 %	20 %	0 %	40 %	169237192
30	NC_010366	TCGAG	2	10	34370	34379	20 %	20 %	40 %	20 %	169237193
31	NC_010366	AACAG	2	10	34773	34782	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_010366	GTCCG	2	10	35729	35738	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_010366	CGACG	2	10	36269	36278	20 %	0 %	40 %	40 %	169237194
34	NC_010366	CTGAA	2	10	37634	37643	40 %	20 %	20 %	20 %	169237195
35	NC_010366	GAAGA	2	10	40697	40706	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010366	AGTTC	2	10	40966	40975	20 %	40 %	20 %	20 %	169237200
37	NC_010366	ACGTC	2	10	46882	46891	20 %	20 %	20 %	40 %	169237208
38	NC_010366	CGCTA	2	10	47993	48002	20 %	20 %	20 %	40 %	169237209
39	NC_010366	GTTCG	2	10	50099	50108	0 %	40 %	40 %	20 %	169237212
40	NC_010366	GAACG	2	10	51839	51848	40 %	0 %	40 %	20 %	169237213
41	NC_010366	AAACC	2	10	58400	58409	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_010366	TCGTC	2	10	64681	64690	0 %	40 %	20 %	40 %	169237228
43	NC_010366	CGCGA	2	10	67169	67178	20 %	0 %	40 %	40 %	169237231
44	NC_010366	CGTCA	2	10	67849	67858	20 %	20 %	20 %	40 %	169237232
45	NC_010366	CTGTG	2	10	67927	67936	0 %	40 %	40 %	20 %	169237232
46	NC_010366	GTTCG	2	10	71472	71481	0 %	40 %	40 %	20 %	169237235
47	NC_010366	CTCCG	2	10	71862	71871	0 %	20 %	20 %	60 %	169237235
48	NC_010366	GAAGA	2	10	73611	73620	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010366	AGTTC	2	10	73880	73889	20 %	40 %	20 %	20 %	169237236
50	NC_010366	TCGGT	2	10	74601	74610	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_010366	TTTCC	2	10	74649	74658	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_010366	ACGCC	2	10	74892	74901	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_010366	TGGGA	2	10	78299	78308	20 %	20 %	60 %	0 %	169237239
54	NC_010366	AACCA	2	10	79531	79540	60 %	0 %	0 %	40 %	169237240
55	NC_010366	ATCGA	2	10	81125	81134	40 %	20 %	20 %	20 %	169237242
56	NC_010366	CGAAT	2	10	82730	82739	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010366	AGCCG	2	10	84111	84120	20 %	0 %	40 %	40 %	169237245
58	NC_010366	CTCCG	2	10	88961	88970	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
59	NC_010366	GTTGA	2	10	90277	90286	20 %	40 %	40 %	0 %	169237257
60	NC_010366	TGTCG	2	10	92987	92996	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010366	CGACT	2	10	93120	93129	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_010366	TCCCA	2	10	96012	96021	20 %	20 %	0 %	60 %	169237263
63	NC_010366	CCCGA	2	10	96471	96480	20 %	0 %	20 %	60 %	169237263
64	NC_010366	ATCGT	2	10	98005	98014	20 %	40 %	20 %	20 %	169237265
65	NC_010366	CCGTC	2	10	99726	99735	0 %	20 %	20 %	60 %	169237268
66	NC_010366	TGCAT	2	10	102293	102302	20 %	40 %	20 %	20 %	169237270
67	NC_010366	TCAGG	2	10	104615	104624	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_010366	CGGCA	2	10	106962	106971	20 %	0 %	40 %	40 %	169237276
69	NC_010366	CAGTC	2	10	108985	108994	20 %	20 %	20 %	40 %	169237280
70	NC_010366	CCACT	2	10	109650	109659	20 %	20 %	0 %	60 %	169237280
71	NC_010366	TGACG	2	10	110425	110434	20 %	20 %	40 %	20 %	169237281
72	NC_010366	GTGAG	2	10	111773	111782	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010366	ACACC	2	10	112758	112767	40 %	0 %	0 %	60 %	169237283
74	NC_010366	TCCGC	2	10	113090	113099	0 %	20 %	20 %	60 %	169237283
75	NC_010366	CGGAG	2	10	115323	115332	20 %	0 %	60 %	20 %	169237283
76	NC_010366	CAGAA	2	10	119538	119547	60 %	0 %	20 %	20 %	169237286
77	NC_010366	CAATA	2	10	119977	119986	60 %	20 %	0 %	20 %	169237286
78	NC_010366	GGGCG	2	10	121071	121080	0 %	0 %	80 %	20 %	169237287
79	NC_010366	TGGAG	2	10	124006	124015	20 %	20 %	60 %	0 %	169237288
80	NC_010366	CGACG	2	10	125994	126003	20 %	0 %	40 %	40 %	169237289
81	NC_010366	GGGGT	2	10	126870	126879	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010366	GTACC	2	10	129300	129309	20 %	20 %	20 %	40 %	169237293
83	NC_010366	CGGCA	2	10	136933	136942	20 %	0 %	40 %	40 %	169237296
84	NC_010366	CGACG	2	10	137512	137521	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_010366	CGCTG	2	10	138125	138134	0 %	20 %	40 %	40 %	169237298
86	NC_010366	ACTGA	2	10	139399	139408	40 %	20 %	20 %	20 %	169237299
87	NC_010366	ACGAA	2	10	141428	141437	60 %	0 %	20 %	20 %	169237304
88	NC_010366	CAAAT	2	10	143135	143144	60 %	20 %	0 %	20 %	169237307
89	NC_010366	GCGAC	2	10	145319	145328	20 %	0 %	40 %	40 %	169237310
90	NC_010366	GAAGA	2	10	147017	147026	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010366	AGTTC	2	10	147286	147295	20 %	40 %	20 %	20 %	169237312

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.