MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS1

Total Repeats: 277

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010366	CG	3	6	602	607	0 %	0 %	50 %	50 %	169237161
2	NC_010366	TC	3	6	1278	1283	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_010366	GT	3	6	1680	1685	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010366	AT	3	6	1760	1765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010366	GA	3	6	1898	1903	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010366	CG	3	6	3405	3410	0 %	0 %	50 %	50 %	169237163
7	NC_010366	GC	3	6	3533	3538	0 %	0 %	50 %	50 %	169237163
8	NC_010366	CG	3	6	3732	3737	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_010366	AG	3	6	4718	4723	50 %	0 %	50 %	0 %	169237166
10	NC_010366	AT	3	6	4761	4766	50 %	50 %	0 %	0 %	169237166
11	NC_010366	AG	3	6	5075	5080	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010366	AC	3	6	5324	5329	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_010366	CT	3	6	5373	5378	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_010366	TG	3	6	5723	5728	0 %	50 %	50 %	0 %	169237167
15	NC_010366	CT	3	6	7848	7853	0 %	50 %	0 %	50 %	169237167
16	NC_010366	TC	3	6	8174	8179	0 %	50 %	0 %	50 %	169237168
17	NC_010366	AC	3	6	9121	9126	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_010366	CT	3	6	9456	9461	0 %	50 %	0 %	50 %	169237169
19	NC_010366	CG	3	6	10529	10534	0 %	0 %	50 %	50 %	169237169
20	NC_010366	AG	3	6	13105	13110	50 %	0 %	50 %	0 %	169237170
21	NC_010366	TG	3	6	13395	13400	0 %	50 %	50 %	0 %	169237170
22	NC_010366	CG	3	6	13571	13576	0 %	0 %	50 %	50 %	169237170
23	NC_010366	AC	3	6	14010	14015	50 %	0 %	0 %	50 %	169237170
24	NC_010366	CA	4	8	14075	14082	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_010366	TC	3	6	14501	14506	0 %	50 %	0 %	50 %	169237171
26	NC_010366	TC	3	6	14673	14678	0 %	50 %	0 %	50 %	169237171
27	NC_010366	CA	3	6	15797	15802	50 %	0 %	0 %	50 %	169237172
28	NC_010366	GT	3	6	16679	16684	0 %	50 %	50 %	0 %	169237173
29	NC_010366	GC	3	6	19839	19844	0 %	0 %	50 %	50 %	169237180
30	NC_010366	TC	3	6	20106	20111	0 %	50 %	0 %	50 %	169237181
31	NC_010366	GA	3	6	21356	21361	50 %	0 %	50 %	0 %	169237182
32	NC_010366	TC	3	6	22288	22293	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_010366	GT	3	6	22499	22504	0 %	50 %	50 %	0 %	169237183
34	NC_010366	TC	3	6	22585	22590	0 %	50 %	0 %	50 %	169237183
35	NC_010366	CG	3	6	22938	22943	0 %	0 %	50 %	50 %	169237183
36	NC_010366	GT	3	6	23960	23965	0 %	50 %	50 %	0 %	169237184
37	NC_010366	AC	3	6	24185	24190	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_010366	CA	3	6	24387	24392	50 %	0 %	0 %	50 %	169237185
39	NC_010366	AT	3	6	24643	24648	50 %	50 %	0 %	0 %	169237185
40	NC_010366	TC	3	6	25039	25044	0 %	50 %	0 %	50 %	169237185
41	NC_010366	CG	4	8	25654	25661	0 %	0 %	50 %	50 %	169237186
42	NC_010366	CT	3	6	26517	26522	0 %	50 %	0 %	50 %	169237187
43	NC_010366	CG	3	6	26535	26540	0 %	0 %	50 %	50 %	169237187
44	NC_010366	CG	3	6	28111	28116	0 %	0 %	50 %	50 %	169237189
45	NC_010366	GC	3	6	29672	29677	0 %	0 %	50 %	50 %	169237189
46	NC_010366	AT	3	6	30015	30020	50 %	50 %	0 %	0 %	169237189
47	NC_010366	TC	3	6	31509	31514	0 %	50 %	0 %	50 %	169237191
48	NC_010366	GC	3	6	31908	31913	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
49	NC_010366	GA	3	6	32920	32925	50 %	0 %	50 %	0 %	169237192
50	NC_010366	GT	3	6	33482	33487	0 %	50 %	50 %	0 %	169237193
51	NC_010366	TC	3	6	33568	33573	0 %	50 %	0 %	50 %	169237193
52	NC_010366	CG	3	6	33921	33926	0 %	0 %	50 %	50 %	169237193
53	NC_010366	AT	3	6	35408	35413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010366	CA	3	6	36118	36123	50 %	0 %	0 %	50 %	169237194
55	NC_010366	AC	3	6	36418	36423	50 %	0 %	0 %	50 %	169237194
56	NC_010366	CG	3	6	36584	36589	0 %	0 %	50 %	50 %	169237194
57	NC_010366	TG	3	6	36622	36627	0 %	50 %	50 %	0 %	169237194
58	NC_010366	TG	3	6	36986	36991	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010366	GT	3	6	37196	37201	0 %	50 %	50 %	0 %	169237195
60	NC_010366	GC	3	6	37269	37274	0 %	0 %	50 %	50 %	169237195
61	NC_010366	AC	3	6	37331	37336	50 %	0 %	0 %	50 %	169237195
62	NC_010366	CT	3	6	37368	37373	0 %	50 %	0 %	50 %	169237195
63	NC_010366	CT	3	6	37420	37425	0 %	50 %	0 %	50 %	169237195
64	NC_010366	GA	3	6	37475	37480	50 %	0 %	50 %	0 %	169237195
65	NC_010366	GC	3	6	38099	38104	0 %	0 %	50 %	50 %	169237195
66	NC_010366	GC	3	6	38128	38133	0 %	0 %	50 %	50 %	169237195
67	NC_010366	TG	3	6	38853	38858	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010366	AT	3	6	38892	38897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010366	AT	3	6	38929	38934	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010366	GA	3	6	39201	39206	50 %	0 %	50 %	0 %	169237197
71	NC_010366	CA	3	6	40031	40036	50 %	0 %	0 %	50 %	169237199
72	NC_010366	GA	3	6	40048	40053	50 %	0 %	50 %	0 %	169237199
73	NC_010366	GA	3	6	41786	41791	50 %	0 %	50 %	0 %	169237202
74	NC_010366	TG	3	6	41941	41946	0 %	50 %	50 %	0 %	169237202
75	NC_010366	TC	3	6	41947	41952	0 %	50 %	0 %	50 %	169237202
76	NC_010366	AT	3	6	42426	42431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010366	CT	3	6	43157	43162	0 %	50 %	0 %	50 %	169237204
78	NC_010366	TC	4	8	43223	43230	0 %	50 %	0 %	50 %	169237204
79	NC_010366	AG	3	6	44224	44229	50 %	0 %	50 %	0 %	169237204
80	NC_010366	CG	3	6	44797	44802	0 %	0 %	50 %	50 %	169237205
81	NC_010366	CT	3	6	45246	45251	0 %	50 %	0 %	50 %	169237205
82	NC_010366	GC	3	6	45316	45321	0 %	0 %	50 %	50 %	169237205
83	NC_010366	GA	3	6	45401	45406	50 %	0 %	50 %	0 %	169237205
84	NC_010366	CG	4	8	46167	46174	0 %	0 %	50 %	50 %	169237206
85	NC_010366	GT	3	6	46218	46223	0 %	50 %	50 %	0 %	169237206
86	NC_010366	GC	3	6	47076	47081	0 %	0 %	50 %	50 %	169237208
87	NC_010366	AC	3	6	47462	47467	50 %	0 %	0 %	50 %	169237208
88	NC_010366	GC	3	6	47572	47577	0 %	0 %	50 %	50 %	169237208
89	NC_010366	GC	3	6	47586	47591	0 %	0 %	50 %	50 %	169237208
90	NC_010366	GC	3	6	47653	47658	0 %	0 %	50 %	50 %	169237208
91	NC_010366	CT	3	6	47906	47911	0 %	50 %	0 %	50 %	169237208
92	NC_010366	CG	3	6	48279	48284	0 %	0 %	50 %	50 %	169237209
93	NC_010366	CG	3	6	48628	48633	0 %	0 %	50 %	50 %	169237210
94	NC_010366	TC	3	6	50423	50428	0 %	50 %	0 %	50 %	169237212
95	NC_010366	TC	4	8	51292	51299	0 %	50 %	0 %	50 %	169237213
96	NC_010366	GC	3	6	52684	52689	0 %	0 %	50 %	50 %	169237214
97	NC_010366	CT	3	6	53341	53346	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_010366	GC	3	6	53855	53860	0 %	0 %	50 %	50 %	169237216
99	NC_010366	GC	3	6	54383	54388	0 %	0 %	50 %	50 %	169237216
100	NC_010366	GC	4	8	54392	54399	0 %	0 %	50 %	50 %	169237216
101	NC_010366	TG	3	6	55296	55301	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010366	GC	4	8	56053	56060	0 %	0 %	50 %	50 %	169237219
103	NC_010366	GC	3	6	57430	57435	0 %	0 %	50 %	50 %	169237220
104	NC_010366	CG	3	6	57634	57639	0 %	0 %	50 %	50 %	169237220
105	NC_010366	GC	3	6	57677	57682	0 %	0 %	50 %	50 %	169237220
106	NC_010366	GC	4	8	57836	57843	0 %	0 %	50 %	50 %	169237220
107	NC_010366	TA	3	6	58484	58489	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010366	TC	3	6	58902	58907	0 %	50 %	0 %	50 %	169237222
109	NC_010366	TC	3	6	59454	59459	0 %	50 %	0 %	50 %	169237223
110	NC_010366	CT	4	8	59639	59646	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_010366	CG	3	6	59726	59731	0 %	0 %	50 %	50 %	169237224
112	NC_010366	AC	3	6	59980	59985	50 %	0 %	0 %	50 %	169237224
113	NC_010366	AG	3	6	60591	60596	50 %	0 %	50 %	0 %	169237224
114	NC_010366	GT	3	6	60973	60978	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010366	CA	3	6	61519	61524	50 %	0 %	0 %	50 %	169237225
116	NC_010366	TC	4	8	61568	61575	0 %	50 %	0 %	50 %	169237225
117	NC_010366	AC	3	6	61654	61659	50 %	0 %	0 %	50 %	169237225
118	NC_010366	AG	3	6	62283	62288	50 %	0 %	50 %	0 %	169237226
119	NC_010366	TC	3	6	62720	62725	0 %	50 %	0 %	50 %	169237227
120	NC_010366	GC	3	6	63320	63325	0 %	0 %	50 %	50 %	169237227
121	NC_010366	GC	4	8	63327	63334	0 %	0 %	50 %	50 %	169237227
122	NC_010366	GA	3	6	63364	63369	50 %	0 %	50 %	0 %	169237227
123	NC_010366	GA	4	8	63476	63483	50 %	0 %	50 %	0 %	169237227
124	NC_010366	GA	3	6	63723	63728	50 %	0 %	50 %	0 %	169237227
125	NC_010366	AG	3	6	63753	63758	50 %	0 %	50 %	0 %	169237227
126	NC_010366	TC	3	6	63868	63873	0 %	50 %	0 %	50 %	169237227
127	NC_010366	TC	3	6	64136	64141	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_010366	AT	3	6	64223	64228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010366	CG	3	6	64660	64665	0 %	0 %	50 %	50 %	169237228
130	NC_010366	CG	3	6	65533	65538	0 %	0 %	50 %	50 %	169237229
131	NC_010366	GT	3	6	66417	66422	0 %	50 %	50 %	0 %	169237230
132	NC_010366	TG	3	6	67575	67580	0 %	50 %	50 %	0 %	169237231
133	NC_010366	GA	3	6	68004	68009	50 %	0 %	50 %	0 %	169237232
134	NC_010366	AG	3	6	68164	68169	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010366	AG	3	6	69070	69075	50 %	0 %	50 %	0 %	169237233
136	NC_010366	AG	3	6	69521	69526	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010366	TG	3	6	69658	69663	0 %	50 %	50 %	0 %	169237234
138	NC_010366	AG	3	6	70644	70649	50 %	0 %	50 %	0 %	169237234
139	NC_010366	GA	3	6	71635	71640	50 %	0 %	50 %	0 %	169237235
140	NC_010366	CA	3	6	71918	71923	50 %	0 %	0 %	50 %	169237235
141	NC_010366	TC	3	6	71926	71931	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_010366	GA	3	6	72792	72797	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010366	GA	3	6	73167	73172	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010366	TC	3	6	73366	73371	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_010366	TG	3	6	74752	74757	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010366	GC	3	6	75292	75297	0 %	0 %	50 %	50 %	169237237
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.