MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Shewanella halifaxensis HAW-EB4 chromosome

Total Repeats: 54899

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010334	CAA	2	6	99	104	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621942
2	NC_010334	ATC	2	6	252	257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621942
3	NC_010334	GTC	2	6	319	324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621942
4	NC_010334	GCA	2	6	354	359	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621942
5	NC_010334	TAG	2	6	380	385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621942
6	NC_010334	GTT	2	6	390	395	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621942
7	NC_010334	CTT	2	6	400	405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621942
8	NC_010334	TCG	2	6	484	489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621942
9	NC_010334	GCT	2	6	519	524	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621942
10	NC_010334	TGG	2	6	575	580	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621942
11	NC_010334	TAT	2	6	626	631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621942
12	NC_010334	AAT	2	6	636	641	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	167621942
13	NC_010334	TTA	2	6	734	739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621942
14	NC_010334	GAT	2	6	765	770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621942
15	NC_010334	AAG	2	6	802	807	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621942
16	NC_010334	ATC	2	6	844	849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621942
17	NC_010334	ATC	2	6	852	857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621942
18	NC_010334	GCC	2	6	947	952	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	167621942
19	NC_010334	TGA	2	6	1016	1021	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621942
20	NC_010334	GTC	2	6	1114	1119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621942
21	NC_010334	ATA	2	6	1192	1197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	167621942
22	NC_010334	TAC	2	6	1218	1223	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621942
23	NC_010334	TGT	2	6	1243	1248	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621942
24	NC_010334	CGT	2	6	1254	1259	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621942
25	NC_010334	TGG	2	6	1349	1354	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621942
26	NC_010334	GAA	2	6	1407	1412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621942
27	NC_010334	AGA	2	6	1427	1432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621942
28	NC_010334	TCT	2	6	1458	1463	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621942
29	NC_010334	TTA	2	6	1513	1518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621943
30	NC_010334	GTT	2	6	1672	1677	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621943
31	NC_010334	TAC	2	6	1686	1691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621943
32	NC_010334	GAA	2	6	1701	1706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621943
33	NC_010334	AGC	2	6	1757	1762	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621943
34	NC_010334	GAG	2	6	1825	1830	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	167621943
35	NC_010334	TCG	2	6	2217	2222	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621943
36	NC_010334	ATT	2	6	2283	2288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621943
37	NC_010334	GTG	2	6	2321	2326	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621943
38	NC_010334	TTA	2	6	2351	2356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621943
39	NC_010334	TAA	2	6	2367	2372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	167621943
40	NC_010334	ATG	2	6	2996	3001	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621944
41	NC_010334	CGT	2	6	3061	3066	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621944
42	NC_010334	CTG	2	6	3175	3180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621944
43	NC_010334	AAC	2	6	3407	3412	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621944
44	NC_010334	GGC	2	6	3531	3536	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	167621944
45	NC_010334	GTT	2	6	3666	3671	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621944
46	NC_010334	ACA	2	6	3675	3680	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621944
47	NC_010334	TGG	2	6	3704	3709	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621944
48	NC_010334	TTG	2	6	3751	3756	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621944
49	NC_010334	GCA	2	6	3808	3813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621944
50	NC_010334	CAC	2	6	3833	3838	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	167621944
51	NC_010334	CGA	2	6	3890	3895	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621944
52	NC_010334	ATA	2	6	3900	3905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	167621944
53	NC_010334	TTC	2	6	3925	3930	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621945
54	NC_010334	GAT	2	6	3998	4003	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621945
55	NC_010334	ACG	2	6	4077	4082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621945
56	NC_010334	CTG	3	9	4173	4181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621945
57	NC_010334	TTA	2	6	4185	4190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621945
58	NC_010334	TGG	2	6	4207	4212	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621945
59	NC_010334	GAT	2	6	4220	4225	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621945
60	NC_010334	GGT	2	6	4244	4249	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621945
61	NC_010334	TCG	2	6	4309	4314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621945
62	NC_010334	TTG	2	6	4518	4523	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621945
63	NC_010334	TGA	2	6	4540	4545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621945
64	NC_010334	ACT	2	6	4584	4589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621945
65	NC_010334	AAG	2	6	4617	4622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621945
66	NC_010334	ACG	2	6	4683	4688	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621945
67	NC_010334	CAA	2	6	4717	4722	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621945
68	NC_010334	TGG	2	6	4738	4743	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621945
69	NC_010334	GTG	2	6	4764	4769	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621945
70	NC_010334	CTG	2	6	4830	4835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621945
71	NC_010334	GAT	2	6	5014	5019	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621945
72	NC_010334	GCG	2	6	5057	5062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	167621945
73	NC_010334	TCG	2	6	5083	5088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621945
74	NC_010334	GGT	2	6	5108	5113	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621945
75	NC_010334	TCT	2	6	5294	5299	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621945
76	NC_010334	AAG	2	6	5301	5306	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621945
77	NC_010334	TGA	2	6	5347	5352	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621945
78	NC_010334	TCA	2	6	5388	5393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621945
79	NC_010334	CTG	2	6	5432	5437	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621945
80	NC_010334	CTT	3	9	5443	5451	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621945
81	NC_010334	GAT	2	6	5549	5554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621945
82	NC_010334	AGC	2	6	5700	5705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621945
83	NC_010334	TGA	2	6	5770	5775	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621945
84	NC_010334	TGG	2	6	5833	5838	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621945
85	NC_010334	CTT	2	6	5947	5952	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621945
86	NC_010334	GTG	2	6	6033	6038	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621945
87	NC_010334	TTG	2	6	6063	6068	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621945
88	NC_010334	TGA	2	6	6084	6089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621945
89	NC_010334	TCG	2	6	6184	6189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621945
90	NC_010334	TCG	2	6	6268	6273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621945
91	NC_010334	AAT	2	6	6384	6389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	167621946
92	NC_010334	GTC	2	6	6456	6461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621946
93	NC_010334	GCA	2	6	6522	6527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621946
94	NC_010334	ACC	2	6	6545	6550	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	167621946
95	NC_010334	TAT	2	6	6607	6612	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621946
96	NC_010334	CGA	2	6	6666	6671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621946
97	NC_010334	ACA	2	6	6887	6892	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621946
98	NC_010334	TAC	2	6	6935	6940	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621946
99	NC_010334	GAT	2	6	6944	6949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621946
100	NC_010334	CGT	2	6	6984	6989	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621946
101	NC_010334	CTG	2	6	7074	7079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621946
102	NC_010334	ATG	2	6	7090	7095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621946
103	NC_010334	TTA	2	6	7122	7127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621946
104	NC_010334	AGC	2	6	7156	7161	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621946
105	NC_010334	TGA	2	6	7186	7191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621946
106	NC_010334	CTG	2	6	7294	7299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621946
107	NC_010334	TGT	2	6	7351	7356	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621946
108	NC_010334	CAA	2	6	7380	7385	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621946
109	NC_010334	AAC	2	6	7432	7437	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621946
110	NC_010334	ATT	2	6	7530	7535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621947
111	NC_010334	GTT	2	6	7600	7605	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621947
112	NC_010334	TCA	2	6	7616	7621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621947
113	NC_010334	GAA	2	6	7645	7650	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621947
114	NC_010334	CTT	2	6	7692	7697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621947
115	NC_010334	GCT	2	6	7706	7711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621947
116	NC_010334	GTG	2	6	7719	7724	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621947
117	NC_010334	AGC	2	6	7753	7758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621947
118	NC_010334	CTT	2	6	7773	7778	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621947
119	NC_010334	TCG	2	6	7793	7798	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621947
120	NC_010334	TTA	2	6	7850	7855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621947
121	NC_010334	CTG	2	6	7926	7931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621947
122	NC_010334	GAC	2	6	7941	7946	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621947
123	NC_010334	GAA	2	6	8017	8022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621947
124	NC_010334	CAA	2	6	8097	8102	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621947
125	NC_010334	GTT	2	6	8116	8121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621947
126	NC_010334	GTA	2	6	8136	8141	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621947
127	NC_010334	TGC	2	6	8149	8154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621947
128	NC_010334	GCG	2	6	8155	8160	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	167621947
129	NC_010334	GCA	2	6	8177	8182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621947
130	NC_010334	TCA	2	6	8406	8411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621947
131	NC_010334	CTT	2	6	8445	8450	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621947
132	NC_010334	TGG	2	6	8469	8474	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621947
133	NC_010334	GCT	2	6	8511	8516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621947
134	NC_010334	GAA	3	9	8599	8607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621947
135	NC_010334	CTG	2	6	8659	8664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621947
136	NC_010334	GTA	2	6	8706	8711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621947
137	NC_010334	CTG	2	6	8778	8783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621947
138	NC_010334	TAC	2	6	8821	8826	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621947
139	NC_010334	CTT	2	6	8850	8855	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621947
140	NC_010334	CGC	2	6	8883	8888	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	167621947
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142	NC_010334	TAG	2	6	9067	9072	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621947
143	NC_010334	GTA	2	6	9249	9254	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621947
144	NC_010334	AGC	2	6	9328	9333	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621947
145	NC_010334	TGG	2	6	9550	9555	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621947
146	NC_010334	CTT	2	6	9986	9991	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621948
147	NC_010334	ACC	2	6	10056	10061	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	167621948
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149	NC_010334	CAT	2	6	10175	10180	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621948
150	NC_010334	GTA	2	6	10272	10277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621948
151	NC_010334	TGC	2	6	10447	10452	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621948
152	NC_010334	CGT	2	6	10499	10504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621948
153	NC_010334	TCG	2	6	10508	10513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621948
154	NC_010334	CAA	2	6	10759	10764	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621949
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158	NC_010334	ATC	2	6	10924	10929	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621949
159	NC_010334	CGG	2	6	11001	11006	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	167621949
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161	NC_010334	TCT	2	6	11246	11251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621950
162	NC_010334	TCC	2	6	11354	11359	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	167621950
163	NC_010334	TGG	2	6	11370	11375	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621950
164	NC_010334	TAA	2	6	11446	11451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	167621950
165	NC_010334	CTG	2	6	11452	11457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	167621950
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169	NC_010334	GTT	2	6	11684	11689	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	167621950
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171	NC_010334	TCT	2	6	11771	11776	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621950
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229	NC_010334	TCA	2	6	18192	18197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621956
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242	NC_010334	CAA	2	6	18934	18939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621957
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246	NC_010334	ATG	2	6	19334	19339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621957
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248	NC_010334	AAG	2	6	19364	19369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621957
249	NC_010334	AAG	2	6	19494	19499	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621957
250	NC_010334	ACT	2	6	19554	19559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621957
251	NC_010334	CAC	2	6	19588	19593	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	167621957
252	NC_010334	GAA	2	6	19631	19636	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	167621957
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254	NC_010334	GAT	2	6	19799	19804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621957
255	NC_010334	TCA	2	6	19963	19968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621957
256	NC_010334	CCG	2	6	20007	20012	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	167621957
257	NC_010334	ATG	2	6	20016	20021	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621957
258	NC_010334	CTT	2	6	20051	20056	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621957
259	NC_010334	CAT	2	6	20294	20299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621957
260	NC_010334	CTT	2	6	20333	20338	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621957
261	NC_010334	GCG	2	6	20342	20347	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	167621957
262	NC_010334	CAA	2	6	20422	20427	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	167621957
263	NC_010334	GCG	2	6	20454	20459	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	167621957
264	NC_010334	ACC	2	6	20537	20542	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	167621957
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271	NC_010334	GAT	2	6	21478	21483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621958
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279	NC_010334	TGA	2	6	22395	22400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621958
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283	NC_010334	ATT	2	6	22894	22899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	167621959
284	NC_010334	TGA	2	6	22952	22957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	167621959
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286	NC_010334	TGG	2	6	23072	23077	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621959
287	NC_010334	ATC	2	6	23176	23181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	167621959
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291	NC_010334	TCT	2	6	23743	23748	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	167621960
292	NC_010334	GAC	3	9	23804	23812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	167621960
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500	NC_010334	GTG	2	6	40147	40152	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	167621976

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