MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis 434/Bu chromosome

Total Repeats: 316

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010287	TATCCA	2	12	1306	1317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166153975
2	NC_010287	TATTGA	2	12	17200	17211	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	166153984
3	NC_010287	TCTGCA	2	12	24857	24868	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010287	TGTGAT	2	12	25499	25510	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166153991
5	NC_010287	TATTTT	2	12	34334	34345	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010287	GGGAAG	2	12	38456	38467	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	166154004
7	NC_010287	GGAAGA	2	12	42114	42125	50 %	0 %	50 %	0 %	166154006
8	NC_010287	ATGCAA	2	12	44426	44437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154010
9	NC_010287	GAGAAA	2	12	44655	44666	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154010
10	NC_010287	TATATT	2	12	50095	50106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	166154015
11	NC_010287	TTTCCA	2	12	56918	56929	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	166154021
12	NC_010287	ATGAAG	2	12	63531	63542	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	166154024
13	NC_010287	ATTAGG	2	12	69315	69326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154029
14	NC_010287	CCCTGA	2	12	72311	72322	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	166154032
15	NC_010287	AGAATT	2	12	75244	75255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	166154035
16	NC_010287	AAGCTC	2	12	75483	75494	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	166154035
17	NC_010287	TTTCTT	2	12	78346	78357	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154037
18	NC_010287	AGAAAT	2	12	81536	81547	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	166154040
19	NC_010287	GAGAAA	2	12	81807	81818	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010287	GAAATT	2	12	83150	83161	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	166154042
21	NC_010287	TTTTCT	2	12	84265	84276	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_010287	TAGCCT	2	12	86779	86790	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166154043
23	NC_010287	ATTTTT	2	12	88044	88055	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010287	CACCTA	2	12	101341	101352	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	166154053
25	NC_010287	AAGAGG	2	12	107221	107232	50 %	0 %	50 %	0 %	166154057
26	NC_010287	GAAAGG	2	12	112098	112109	50 %	0 %	50 %	0 %	166154062
27	NC_010287	AGCTTC	2	12	113552	113563	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166154063
28	NC_010287	TTTTTA	2	12	114524	114535	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010287	ATCACA	2	12	117656	117667	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	166154068
30	NC_010287	GATCCG	2	12	122265	122276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	166154072
31	NC_010287	TTATGC	2	12	129203	129214	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166154078
32	NC_010287	ATGGGG	2	12	132237	132248	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	166154081
33	NC_010287	AAAGAA	2	12	132716	132727	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	166154081
34	NC_010287	GGCTAG	2	12	133099	133110	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	166154081
35	NC_010287	GAGAAA	2	12	133146	133157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154081
36	NC_010287	TAAGGA	2	12	135520	135531	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010287	CCGGAG	2	12	136438	136449	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010287	CTTTTT	2	12	141046	141057	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154083
39	NC_010287	GACCTG	2	12	146008	146019	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	166154087
40	NC_010287	CCTCTA	2	12	149583	149594	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_010287	TAAGGA	2	12	157564	157575	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010287	CCGGAG	2	12	158482	158493	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010287	GAAGAG	2	12	166473	166484	50 %	0 %	50 %	0 %	166154097
44	NC_010287	TTTTCT	2	12	168863	168874	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154098
45	NC_010287	CTGTTC	2	12	169176	169187	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	166154098
46	NC_010287	GTTTTT	2	12	169830	169841	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	166154099
47	NC_010287	GTGTAT	2	12	170742	170753	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154100
48	NC_010287	TATTGG	2	12	174821	174832	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154104
49	NC_010287	CCAACG	2	12	177149	177160	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	166154104
50	NC_010287	TCCAGA	2	12	179787	179798	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	166154108
51	NC_010287	TTTTGG	2	12	184984	184995	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154112
52	NC_010287	CAATTT	2	12	185651	185662	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	166154114
53	NC_010287	ATCGCC	2	12	185922	185933	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	166154114
54	NC_010287	GACATA	2	12	198402	198413	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154124
55	NC_010287	GACGGC	2	12	200901	200912	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	166154127
56	NC_010287	CTTCTC	2	12	201810	201821	0 %	50 %	0 %	50 %	166154129
57	NC_010287	AAACAA	2	12	202589	202600	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_010287	GAGCAA	2	12	204413	204424	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	166154133
59	NC_010287	ATAGGG	2	12	225163	225174	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	166154148
60	NC_010287	CGGAGG	2	12	225485	225496	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	166154149
61	NC_010287	GGATTA	2	12	235353	235364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154156
62	NC_010287	GAAAAA	2	12	235899	235910	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	166154156
63	NC_010287	TTAAAA	2	12	239787	239798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154160
64	NC_010287	GCTATT	2	12	247408	247419	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166154167
65	NC_010287	CAAATG	2	12	249942	249953	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154168
66	NC_010287	GGCTGG	2	12	261052	261063	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	166154176
67	NC_010287	ACAGGA	2	12	261164	261175	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	166154176
68	NC_010287	TTAAGC	2	12	262213	262224	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166154177
69	NC_010287	CCAGAA	2	12	265814	265825	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	166154181
70	NC_010287	CAGGGA	2	12	271185	271196	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	166154185
71	NC_010287	CTCCAT	2	12	273710	273721	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	166154186
72	NC_010287	TCAGTA	2	12	274898	274909	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166154187
73	NC_010287	CAGAAT	2	12	276171	276182	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154190
74	NC_010287	TACTAG	2	12	276684	276695	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166154190
75	NC_010287	AGAATA	2	12	283663	283674	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	166154199
76	NC_010287	AATTAA	2	12	286409	286420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154200
77	NC_010287	GCAATA	2	12	287355	287366	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154200
78	NC_010287	CTTTAT	2	12	290743	290754	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	166154204
79	NC_010287	AGCTGG	2	12	291171	291182	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	166154204
80	NC_010287	TTGTAA	2	12	294040	294051	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	166154207
81	NC_010287	CGTTGA	2	12	303349	303360	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166154213
82	NC_010287	TTTCTT	2	12	308918	308929	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154216
83	NC_010287	TTTGCG	2	12	311138	311149	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	166154216
84	NC_010287	GCGGAG	2	12	315336	315347	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	166154218
85	NC_010287	ACCATC	2	12	315967	315978	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	166154218
86	NC_010287	AATTTT	2	12	321593	321604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010287	TAAAAT	2	12	321605	321616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010287	GAAGGA	2	12	323005	323016	50 %	0 %	50 %	0 %	166154221
89	NC_010287	AAAGCT	2	12	327186	327197	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154225
90	NC_010287	CAAAAA	2	12	328497	328508	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_010287	TAGCAA	2	12	333076	333087	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154231
92	NC_010287	AAAGCT	2	12	333207	333218	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154231
93	NC_010287	TAGTGA	2	12	334353	334364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154232
94	NC_010287	ATATAC	2	12	338220	338231	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	166154235
95	NC_010287	GTTCCT	2	12	341638	341649	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	166154238
96	NC_010287	CTTTTT	2	12	343792	343803	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154240
97	NC_010287	GTGAGG	2	12	347721	347732	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	166154241
98	NC_010287	GGATTT	2	12	358198	358209	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154253
99	NC_010287	AATTAG	2	12	359618	359629	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	166154254
100	NC_010287	TTCCTG	2	12	359917	359928	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	166154254
101	NC_010287	TTTTGA	2	12	367154	367165	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	166154261
102	NC_010287	TGAACG	2	12	374566	374577	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	166154268
103	NC_010287	GTGATT	2	12	374585	374596	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154268
104	NC_010287	GGTTCA	2	12	377355	377366	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166154270
105	NC_010287	GAAAAG	2	12	378611	378622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154271
106	NC_010287	AGTTGT	2	12	379807	379818	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154272
107	NC_010287	AGTTGT	2	12	379951	379962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154272
108	NC_010287	CTTGTT	2	12	380864	380875	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166154272
109	NC_010287	TCCTAA	2	12	381675	381686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154273
110	NC_010287	AAAAAT	2	12	383170	383181	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010287	GTTCTT	2	12	385589	385600	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166154275
112	NC_010287	CTATTT	2	12	393899	393910	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	166154282
113	NC_010287	ACTCTT	2	12	395028	395039	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	166154283
114	NC_010287	TTTCTG	2	12	395578	395589	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166154284
115	NC_010287	GATCAT	2	12	395708	395719	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166154284
116	NC_010287	TAGTAC	2	12	398702	398713	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166154285
117	NC_010287	ATCTAG	2	12	398881	398892	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_010287	GGTTTA	2	12	402355	402366	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154288
119	NC_010287	GTCTGT	2	12	405399	405410	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	166154291
120	NC_010287	TTCTGA	2	12	411013	411024	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166154295
121	NC_010287	AAAAGA	2	12	416077	416088	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	166154301
122	NC_010287	AGCTGT	2	12	418170	418181	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166154303
123	NC_010287	TCTTTT	2	12	418835	418846	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154305
124	NC_010287	GGGGCT	2	12	419783	419794	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	166154305
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131	NC_010287	TTGCCA	2	12	441268	441279	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166154324
132	NC_010287	TAAAAA	2	12	442834	442845	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010287	TTGGTA	2	12	442882	442893	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154326
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157	NC_010287	ATTTGC	2	12	510953	510964	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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160	NC_010287	TATGAA	3	18	513975	513992	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
161	NC_010287	TCTGGA	2	12	517653	517664	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166154387
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175	NC_010287	CCTGCA	2	12	573989	574000	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	166154440
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184	NC_010287	CACGCG	2	12	599490	599501	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	166154461
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219	NC_010287	CCTTTC	2	12	723772	723783	0 %	50 %	0 %	50 %	166154566
220	NC_010287	TTTTAA	2	12	727636	727647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
221	NC_010287	ACATGC	2	12	733313	733324	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	166154574
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223	NC_010287	ATCTTG	2	12	735642	735653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166154576
224	NC_010287	CCCCCA	2	12	736976	736987	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	166154577
225	NC_010287	TTCCTC	2	12	741041	741052	0 %	50 %	0 %	50 %	166154581
226	NC_010287	CTCTAC	2	12	744295	744306	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	166154583
227	NC_010287	ACATCA	2	12	744940	744951	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
228	NC_010287	CGGAAT	2	12	745202	745213	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	166154584
229	NC_010287	TGATAA	2	12	747107	747118	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	166154585
230	NC_010287	AGCTAA	2	12	749480	749491	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154588
231	NC_010287	TTCTCC	2	12	761516	761527	0 %	50 %	0 %	50 %	166154599
232	NC_010287	ATGAAG	2	12	770567	770578	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	166154607
233	NC_010287	TAACTC	2	12	771084	771095	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154607
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235	NC_010287	CTAAAG	2	12	774427	774438	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154608
236	NC_010287	CCAATA	2	12	779412	779423	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	166154612
237	NC_010287	ATCGGC	2	12	785259	785270	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	166154620
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.