MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis chromosome

Total Repeats: 39

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010280	TCTGCA	2	12	24855	24866	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_010280	TATTTT	2	12	34332	34343	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010280	GAGAAA	2	12	81802	81813	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010280	TTTTCT	2	12	84260	84271	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_010280	ATTTTT	2	12	88039	88050	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010280	TTTTTA	2	12	114519	114530	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010280	TAAGGA	2	12	135526	135537	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010280	CCGGAG	2	12	136444	136455	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010280	CCTCTA	2	12	149589	149600	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_010280	TAAGGA	2	12	157570	157581	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010280	CCGGAG	2	12	158488	158499	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_010280	AAACAA	2	12	202595	202606	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_010280	AATTTT	2	12	321623	321634	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010280	TAAAAT	2	12	321635	321646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010280	CAAAAA	2	12	328527	328538	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_010280	AAAAAT	2	12	383206	383217	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010280	ATCTAG	2	12	398917	398928	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_010280	TTTTAG	2	12	438199	438210	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010280	TAAAAA	2	12	442871	442882	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010280	AGAAAA	2	12	505074	505085	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010280	ATTTGC	2	12	510988	510999	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_010280	TATGAA	3	18	514011	514028	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010280	TTTTAC	2	12	539332	539343	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_010280	TTTTTA	2	12	573864	573875	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010280	AGGAGA	2	12	588964	588975	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010280	ATATTA	2	12	597860	597871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010280	AAAAAG	2	12	642030	642041	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010280	AGAATA	2	12	679510	679521	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010280	TTTTAA	2	12	727668	727679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010280	ACATCA	2	12	744972	744983	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010280	TAACTA	2	12	821206	821217	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_010280	AAGAAA	2	12	821219	821230	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010280	AGAATA	2	12	827194	827205	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010280	AACTAA	2	12	832926	832937	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_010280	CAAAGC	2	12	841986	841997	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_010280	TCCCTC	2	12	866940	866951	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_010280	AAAAAT	2	12	884910	884921	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010280	TAGGGG	2	12	924077	924088	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010280	TCTTTT	2	12	936071	936082	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.