MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis chromosome

Total Repeats: 757

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010280	GCGTA	2	10	1071	1080	20 %	20 %	40 %	20 %	166154850
2	NC_010280	TATGG	2	10	1436	1445	20 %	40 %	40 %	0 %	166154850
3	NC_010280	TTTCG	2	10	1720	1729	0 %	60 %	20 %	20 %	166154850
4	NC_010280	GAGAA	2	10	3215	3224	60 %	0 %	40 %	0 %	166154852
5	NC_010280	TGCTT	2	10	3396	3405	0 %	60 %	20 %	20 %	166154852
6	NC_010280	ACTGT	2	10	5098	5107	20 %	40 %	20 %	20 %	166154852
7	NC_010280	ATTCT	2	10	5382	5391	20 %	60 %	0 %	20 %	166154853
8	NC_010280	TTGAA	2	10	6264	6273	40 %	40 %	20 %	0 %	166154853
9	NC_010280	ATGGA	2	10	9092	9101	40 %	20 %	40 %	0 %	166154855
10	NC_010280	TAAGA	2	10	10093	10102	60 %	20 %	20 %	0 %	166154855
11	NC_010280	TTCAT	2	10	10276	10285	20 %	60 %	0 %	20 %	166154855
12	NC_010280	CTTCT	2	10	14934	14943	0 %	60 %	0 %	40 %	166154857
13	NC_010280	CTGAA	2	10	15308	15317	40 %	20 %	20 %	20 %	166154857
14	NC_010280	GAAGA	2	10	16687	16696	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010280	GAAGG	2	10	17241	17250	40 %	0 %	60 %	0 %	166154859
16	NC_010280	CGGAA	2	10	20261	20270	40 %	0 %	40 %	20 %	166154860
17	NC_010280	GATAC	2	10	20842	20851	40 %	20 %	20 %	20 %	166154861
18	NC_010280	TTTCT	2	10	26198	26207	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010280	TTTTG	2	10	26709	26718	0 %	80 %	20 %	0 %	166154867
20	NC_010280	TGCTC	2	10	28646	28655	0 %	40 %	20 %	40 %	166154868
21	NC_010280	ATGTC	2	10	29548	29557	20 %	40 %	20 %	20 %	166154868
22	NC_010280	AATAA	2	10	31087	31096	80 %	20 %	0 %	0 %	166154871
23	NC_010280	GTTTT	2	10	34288	34297	0 %	80 %	20 %	0 %	166154875
24	NC_010280	TTTCT	2	10	34961	34970	0 %	80 %	0 %	20 %	166154877
25	NC_010280	GAATC	2	10	35470	35479	40 %	20 %	20 %	20 %	166154877
26	NC_010280	TTTGG	2	10	37135	37144	0 %	60 %	40 %	0 %	166154878
27	NC_010280	AGAAT	2	10	39496	39505	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010280	AGGGG	2	10	39727	39736	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010280	AGAGA	2	10	42131	42140	60 %	0 %	40 %	0 %	166154881
30	NC_010280	GCTCT	2	10	42198	42207	0 %	40 %	20 %	40 %	166154881
31	NC_010280	GGATC	2	10	46001	46010	20 %	20 %	40 %	20 %	166154886
32	NC_010280	TAAAT	2	10	46042	46051	60 %	40 %	0 %	0 %	166154886
33	NC_010280	CAGAG	2	10	46205	46214	40 %	0 %	40 %	20 %	166154887
34	NC_010280	GCGAT	2	10	46357	46366	20 %	20 %	40 %	20 %	166154887
35	NC_010280	AGATG	2	10	46592	46601	40 %	20 %	40 %	0 %	166154887
36	NC_010280	TTTTC	2	10	47610	47619	0 %	80 %	0 %	20 %	166154889
37	NC_010280	GAGCA	2	10	49301	49310	40 %	0 %	40 %	20 %	166154890
38	NC_010280	CAATT	2	10	51692	51701	40 %	40 %	0 %	20 %	166154891
39	NC_010280	GGCGT	2	10	54328	54337	0 %	20 %	60 %	20 %	166154892
40	NC_010280	GGATA	2	10	54621	54630	40 %	20 %	40 %	0 %	166154893
41	NC_010280	CCATT	2	10	56288	56297	20 %	40 %	0 %	40 %	166154895
42	NC_010280	CAATT	2	10	57893	57902	40 %	40 %	0 %	20 %	166154897
43	NC_010280	AAAAG	2	10	60310	60319	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010280	GAAAA	2	10	60436	60445	80 %	0 %	20 %	0 %	166154899
45	NC_010280	GAGGT	2	10	61404	61413	20 %	20 %	60 %	0 %	166154899
46	NC_010280	ATTTT	2	10	61746	61755	20 %	80 %	0 %	0 %	166154899
47	NC_010280	AGGTA	2	10	63709	63718	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010280	TTTGG	2	10	63925	63934	0 %	60 %	40 %	0 %	166154900
49	NC_010280	GTTAT	2	10	64399	64408	20 %	60 %	20 %	0 %	166154900
50	NC_010280	TCCTT	2	10	64892	64901	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_010280	CTCCA	2	10	65046	65055	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_010280	CGTTT	2	10	65255	65264	0 %	60 %	20 %	20 %	166154901
53	NC_010280	TTCTA	2	10	66079	66088	20 %	60 %	0 %	20 %	166154901
54	NC_010280	TTAGT	2	10	66428	66437	20 %	60 %	20 %	0 %	166154901
55	NC_010280	TAGGT	2	10	67169	67178	20 %	40 %	40 %	0 %	166154902
56	NC_010280	AGGGA	2	10	67799	67808	40 %	0 %	60 %	0 %	166154903
57	NC_010280	CTTAA	2	10	70671	70680	40 %	40 %	0 %	20 %	166154905
58	NC_010280	ACAAA	2	10	71770	71779	80 %	0 %	0 %	20 %	166154907
59	NC_010280	TCCGG	2	10	81547	81556	0 %	20 %	40 %	40 %	166154915
60	NC_010280	TGGCT	2	10	83897	83906	0 %	40 %	40 %	20 %	166154917
61	NC_010280	TTTCT	2	10	84306	84315	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010280	AAGAA	2	10	85068	85077	80 %	0 %	20 %	0 %	166154918
63	NC_010280	ATAGG	2	10	90203	90212	40 %	20 %	40 %	0 %	166154921
64	NC_010280	AAAGC	2	10	90361	90370	60 %	0 %	20 %	20 %	166154921
65	NC_010280	ACAAT	2	10	91221	91230	60 %	20 %	0 %	20 %	166154922
66	NC_010280	AGAAA	2	10	92838	92847	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010280	ACACA	2	10	94199	94208	60 %	0 %	0 %	40 %	166154924
68	NC_010280	TGTTT	2	10	95142	95151	0 %	80 %	20 %	0 %	166154925
69	NC_010280	CTTTG	2	10	95561	95570	0 %	60 %	20 %	20 %	166154925
70	NC_010280	GCATC	2	10	96210	96219	20 %	20 %	20 %	40 %	166154925
71	NC_010280	AAAGT	2	10	101705	101714	60 %	20 %	20 %	0 %	166154928
72	NC_010280	CGATG	2	10	101781	101790	20 %	20 %	40 %	20 %	166154928
73	NC_010280	CGAAG	2	10	102621	102630	40 %	0 %	40 %	20 %	166154928
74	NC_010280	GGAAG	2	10	104402	104411	40 %	0 %	60 %	0 %	166154929
75	NC_010280	AAGAG	2	10	104678	104687	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010280	ACTCC	2	10	104978	104987	20 %	20 %	0 %	60 %	166154930
77	NC_010280	TGTCT	2	10	110015	110024	0 %	60 %	20 %	20 %	166154935
78	NC_010280	GGAAA	2	10	112767	112776	60 %	0 %	40 %	0 %	166154938
79	NC_010280	TGGCA	2	10	114637	114646	20 %	20 %	40 %	20 %	166154940
80	NC_010280	TTAGA	2	10	115363	115372	40 %	40 %	20 %	0 %	166154940
81	NC_010280	CGTGG	2	10	118343	118352	0 %	20 %	60 %	20 %	166154944
82	NC_010280	AACGT	2	10	118470	118479	40 %	20 %	20 %	20 %	166154944
83	NC_010280	AAGAG	2	10	120123	120132	60 %	0 %	40 %	0 %	166154945
84	NC_010280	ATGGC	2	10	124194	124203	20 %	20 %	40 %	20 %	166154948
85	NC_010280	ATGCA	2	10	125900	125909	40 %	20 %	20 %	20 %	166154950
86	NC_010280	GCTGA	2	10	127301	127310	20 %	20 %	40 %	20 %	166154951
87	NC_010280	CTCAC	2	10	128890	128899	20 %	20 %	0 %	60 %	166154953
88	NC_010280	AGAAA	2	10	130019	130028	80 %	0 %	20 %	0 %	166154955
89	NC_010280	GATAA	2	10	132647	132656	60 %	20 %	20 %	0 %	166154956
90	NC_010280	AGAAA	2	10	132948	132957	80 %	0 %	20 %	0 %	166154956
91	NC_010280	CTTTT	2	10	139014	139023	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_010280	GGTCG	2	10	139994	140003	0 %	20 %	60 %	20 %	166154957
93	NC_010280	TGGGA	2	10	142404	142413	20 %	20 %	60 %	0 %	166154959
94	NC_010280	GCTTT	2	10	142906	142915	0 %	60 %	20 %	20 %	166154960
95	NC_010280	AGAAA	2	10	143365	143374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010280	TCCCA	2	10	146612	146621	20 %	20 %	0 %	60 %	166154962
97	NC_010280	AAAAC	2	10	147054	147063	80 %	0 %	0 %	20 %	166154962
98	NC_010280	CAGCC	2	10	150942	150951	20 %	0 %	20 %	60 %	166154965
99	NC_010280	AGACA	2	10	153002	153011	60 %	0 %	20 %	20 %	166154966
100	NC_010280	GAAAT	2	10	153045	153054	60 %	20 %	20 %	0 %	166154966
101	NC_010280	GTATC	2	10	154068	154077	20 %	40 %	20 %	20 %	166154966
102	NC_010280	GAAGA	2	10	155539	155548	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010280	CTTTT	2	10	161058	161067	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_010280	CGATT	2	10	162607	162616	20 %	40 %	20 %	20 %	166154967
105	NC_010280	CTTTT	2	10	165067	165076	0 %	80 %	0 %	20 %	166154970
106	NC_010280	GAAGA	2	10	165554	165563	60 %	0 %	40 %	0 %	166154971
107	NC_010280	TAGAA	2	10	169527	169536	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010280	CTATT	2	10	169915	169924	20 %	60 %	0 %	20 %	166154974
109	NC_010280	TGGAT	2	10	170198	170207	20 %	40 %	40 %	0 %	166154974
110	NC_010280	ATCCT	2	10	171163	171172	20 %	40 %	0 %	40 %	166154975
111	NC_010280	CAAGC	2	10	171248	171257	40 %	0 %	20 %	40 %	166154975
112	NC_010280	ATTGT	2	10	171818	171827	20 %	60 %	20 %	0 %	166154975
113	NC_010280	CATTG	2	10	172548	172557	20 %	40 %	20 %	20 %	166154976
114	NC_010280	GTCGT	2	10	176981	176990	0 %	40 %	40 %	20 %	166154979
115	NC_010280	ATGGA	2	10	178786	178795	40 %	20 %	40 %	0 %	166154982
116	NC_010280	TGCAG	2	10	179439	179448	20 %	20 %	40 %	20 %	166154983
117	NC_010280	AAGGG	2	10	181647	181656	40 %	0 %	60 %	0 %	166154985
118	NC_010280	AAGAA	2	10	182109	182118	80 %	0 %	20 %	0 %	166154985
119	NC_010280	AGCAG	2	10	182505	182514	40 %	0 %	40 %	20 %	166154985
120	NC_010280	AATCA	2	10	182680	182689	60 %	20 %	0 %	20 %	166154985
121	NC_010280	GTTTT	2	10	184482	184491	0 %	80 %	20 %	0 %	166154987
122	NC_010280	CTTTT	2	10	185561	185570	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_010280	TTTTA	2	10	186306	186315	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010280	AGAGC	2	10	188594	188603	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_010280	TCTGT	2	10	191662	191671	0 %	60 %	20 %	20 %	166154994
126	NC_010280	AAAGA	2	10	194770	194779	80 %	0 %	20 %	0 %	166154996
127	NC_010280	CCCTA	2	10	195707	195716	20 %	20 %	0 %	60 %	166154997
128	NC_010280	TCTTT	2	10	196457	196466	0 %	80 %	0 %	20 %	166154998
129	NC_010280	ATCCA	2	10	200375	200384	40 %	20 %	0 %	40 %	166155000
130	NC_010280	TGTAT	2	10	203442	203451	20 %	60 %	20 %	0 %	166155007
131	NC_010280	GTTTT	2	10	203813	203822	0 %	80 %	20 %	0 %	166155008
132	NC_010280	TTAAA	2	10	204338	204347	60 %	40 %	0 %	0 %	166155008
133	NC_010280	TTTCA	2	10	204957	204966	20 %	60 %	0 %	20 %	166155008
134	NC_010280	CTGTC	2	10	206995	207004	0 %	40 %	20 %	40 %	166155009
135	NC_010280	AAGAG	2	10	208264	208273	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010280	GCTAG	2	10	208290	208299	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_010280	CGATA	2	10	208738	208747	40 %	20 %	20 %	20 %	166155010
138	NC_010280	AGAGG	2	10	209360	209369	40 %	0 %	60 %	0 %	166155010
139	NC_010280	CTTTC	2	10	209375	209384	0 %	60 %	0 %	40 %	166155010
140	NC_010280	TGGGG	2	10	210364	210373	0 %	20 %	80 %	0 %	166155011
141	NC_010280	TCTAT	2	10	211854	211863	20 %	60 %	0 %	20 %	166155013
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143	NC_010280	TGTCG	2	10	215921	215930	0 %	40 %	40 %	20 %	166155015
144	NC_010280	TCGTT	2	10	216676	216685	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_010280	CAATC	2	10	218175	218184	40 %	20 %	0 %	40 %	166155017
146	NC_010280	ATGAT	2	10	219396	219405	40 %	40 %	20 %	0 %	166155020
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151	NC_010280	GATCC	2	10	225833	225842	20 %	20 %	20 %	40 %	166155024
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159	NC_010280	TGTCT	2	10	234033	234042	0 %	60 %	20 %	20 %	166155030
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161	NC_010280	TACAA	2	10	237986	237995	60 %	20 %	0 %	20 %	166155034
162	NC_010280	GGGAT	2	10	237999	238008	20 %	20 %	60 %	0 %	166155034
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258	NC_010280	GAGCT	2	10	353737	353746	20 %	20 %	40 %	20 %	166155122
259	NC_010280	AAAGA	2	10	355370	355379	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
260	NC_010280	CTATT	2	10	358411	358420	20 %	60 %	0 %	20 %	166155128
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268	NC_010280	CTTTC	2	10	368544	368553	0 %	60 %	0 %	40 %	166155138
269	NC_010280	AGTTT	2	10	369083	369092	20 %	60 %	20 %	0 %	166155138
270	NC_010280	GAAGA	2	10	370216	370225	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
271	NC_010280	CTATT	2	10	371797	371806	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
272	NC_010280	CTTTT	2	10	372248	372257	0 %	80 %	0 %	20 %	166155141
273	NC_010280	CCGTA	2	10	376082	376091	20 %	20 %	20 %	40 %	166155144
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296	NC_010280	ATCAA	2	10	400664	400673	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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379	NC_010280	TGAGT	2	10	504646	504655	20 %	40 %	40 %	0 %	166155251
380	NC_010280	AGGGG	2	10	504843	504852	20 %	0 %	80 %	0 %	166155251
381	NC_010280	AGAAA	2	10	505011	505020	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
382	NC_010280	TTGAG	2	10	505393	505402	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
383	NC_010280	ATAGA	2	10	505415	505424	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
384	NC_010280	AGAGA	2	10	507498	507507	60 %	0 %	40 %	0 %	166155252
385	NC_010280	ACGAT	2	10	509444	509453	40 %	20 %	20 %	20 %	166155253
386	NC_010280	CGATA	2	10	510256	510265	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
387	NC_010280	TATGC	2	10	511207	511216	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
388	NC_010280	AAGAA	2	10	511373	511382	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
389	NC_010280	AAAAG	2	10	511502	511511	80 %	0 %	20 %	0 %	166155255
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391	NC_010280	GATCT	2	10	511721	511730	20 %	40 %	20 %	20 %	166155255
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397	NC_010280	CTTTA	2	10	522637	522646	20 %	60 %	0 %	20 %	166155267
398	NC_010280	AAACC	2	10	523462	523471	60 %	0 %	0 %	40 %	166155268
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