MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis chromosome

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010280	GAAGA	2	10	16687	16696	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010280	TTTCT	2	10	26198	26207	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010280	AGAAT	2	10	39496	39505	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010280	AGGGG	2	10	39727	39736	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010280	AAAAG	2	10	60310	60319	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010280	AGGTA	2	10	63709	63718	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010280	TCCTT	2	10	64892	64901	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_010280	CTCCA	2	10	65046	65055	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_010280	TTTCT	2	10	84306	84315	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_010280	AGAAA	2	10	92838	92847	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010280	AAGAG	2	10	104678	104687	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010280	CTTTT	2	10	139014	139023	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010280	AGAAA	2	10	143365	143374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010280	GAAGA	2	10	155539	155548	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010280	CTTTT	2	10	161058	161067	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_010280	TAGAA	2	10	169527	169536	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010280	CTTTT	2	10	185561	185570	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010280	TTTTA	2	10	186306	186315	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010280	AGAGC	2	10	188594	188603	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_010280	AAGAG	2	10	208264	208273	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010280	GCTAG	2	10	208290	208299	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_010280	TCGTT	2	10	216676	216685	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010280	TTCTT	2	10	219633	219642	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010280	GCCTG	2	10	235992	236001	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_010280	CTTCA	2	10	241473	241482	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_010280	CTAGT	2	10	248332	248341	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_010280	TAAAA	2	10	264327	264336	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010280	ATAAA	2	10	264358	264367	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010280	TTGTT	2	10	285479	285488	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010280	TATTT	2	10	287925	287934	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010280	TAGAA	2	10	299349	299358	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010280	TTTTC	2	10	317670	317679	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010280	TTTTA	2	10	321651	321660	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010280	TATTT	2	10	329309	329318	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010280	AAAGA	2	10	355370	355379	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010280	TGCAA	2	10	364603	364612	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_010280	GAAGA	2	10	370216	370225	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010280	CTATT	2	10	371797	371806	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010280	AATTT	2	10	376322	376331	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010280	AAAAG	2	10	391273	391282	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010280	CTTGC	2	10	394216	394225	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_010280	AAAAG	2	10	398966	398975	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010280	ATCAA	2	10	400664	400673	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010280	TTTGT	2	10	407403	407412	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010280	AATAA	2	10	410402	410411	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010280	ACAAA	2	10	420020	420029	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010280	GCTCT	2	10	436300	436309	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_010280	TTGCA	2	10	459352	459361	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_010280	AAGAG	2	10	460604	460613	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010280	AAAAG	2	10	463825	463834	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010280	CAAAA	2	10	484079	484088	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010280	GGAAT	2	10	501755	501764	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010280	AGAAA	2	10	505011	505020	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010280	TTGAG	2	10	505393	505402	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010280	ATAGA	2	10	505415	505424	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010280	CGATA	2	10	510256	510265	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010280	TATGC	2	10	511207	511216	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010280	AAGAA	2	10	511373	511382	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010280	CTAAG	2	10	520949	520958	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_010280	ATTTC	2	10	539477	539486	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010280	CAATA	2	10	542600	542609	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010280	TACAA	2	10	566311	566320	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010280	TTTCA	2	10	582440	582449	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010280	AAAGC	2	10	617266	617275	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_010280	TGTTT	2	10	620145	620154	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010280	GCAAC	2	10	652170	652179	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_010280	CTTGT	2	10	652230	652239	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_010280	CCTTT	2	10	652689	652698	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_010280	AAGGC	2	10	680443	680452	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010280	GCTTC	2	10	682552	682561	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_010280	AGTAG	2	10	682629	682638	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010280	AGGGA	2	10	684989	684998	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010280	TCTCT	2	10	686201	686210	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_010280	AACAA	2	10	686584	686593	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_010280	AAAAC	2	10	686908	686917	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_010280	AAGCG	2	10	722423	722432	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_010280	TATCT	2	10	727951	727960	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_010280	TCTCT	2	10	728714	728723	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_010280	GTATA	2	10	734670	734679	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010280	AGCAA	2	10	734706	734715	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_010280	AAAAT	2	10	736555	736564	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010280	CTCTT	2	10	746624	746633	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_010280	TAAAA	2	10	749166	749175	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010280	AGAAA	2	10	754840	754849	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010280	CTCTT	2	10	754879	754888	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_010280	GAAGA	2	10	754889	754898	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010280	AAATT	2	10	755168	755177	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010280	AATTT	2	10	755189	755198	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010280	TAAAA	2	10	783401	783410	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010280	CAAAA	2	10	803808	803817	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_010280	AATCT	2	10	821151	821160	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_010280	CTTCT	2	10	821364	821373	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_010280	TTTCT	2	10	826751	826760	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_010280	CCTTT	2	10	827760	827769	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_010280	TAAAA	2	10	832775	832784	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010280	AGGAA	2	10	834759	834768	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010280	ATGAA	2	10	834782	834791	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010280	TCCTC	2	10	835881	835890	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_010280	AGCAC	2	10	838225	838234	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_010280	TTCTG	2	10	838492	838501	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_010280	CAACA	2	10	839310	839319	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_010280	TTGGA	2	10	842222	842231	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010280	CAAAA	2	10	842988	842997	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_010280	AAAAG	2	10	876271	876280	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010280	GAAAA	2	10	883453	883462	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010280	ATTTT	2	10	884890	884899	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010280	ATACT	2	10	890963	890972	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_010280	AAAGG	2	10	899919	899928	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010280	TTTCC	2	10	947535	947544	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_010280	TTATT	2	10	967264	967273	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010280	TCGTC	2	10	968367	968376	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_010280	AGAAA	2	10	1000932	1000941	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010280	TTTAT	2	10	1015929	1015938	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010280	TCATG	2	10	1016124	1016133	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_010280	AAAAC	2	10	1020236	1020245	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_010280	GAAAA	2	10	1025586	1025595	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010280	TTATT	2	10	1032648	1032657	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.