MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis chromosome

Total Repeats: 378

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010280	GCAG	2	8	16435	16442	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_010280	GAAA	2	8	16838	16845	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010280	TAAT	3	12	20970	20981	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010280	CTCC	2	8	24842	24849	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
5	NC_010280	CGAG	2	8	26406	26413	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_010280	ATGA	2	8	29769	29776	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010280	AGAA	2	8	29781	29788	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010280	ATTT	2	8	39628	39635	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010280	ATAC	2	8	39808	39815	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_010280	TCGT	2	8	39953	39960	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_010280	AGGG	2	8	40118	40125	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010280	TTTA	2	8	43079	43086	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010280	TTGC	2	8	48691	48698	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_010280	AGGA	2	8	54964	54971	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010280	AGAA	2	8	55004	55011	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010280	ATTT	2	8	55239	55246	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010280	CCGA	2	8	58550	58557	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_010280	AAAG	2	8	60380	60387	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010280	TTTG	2	8	64813	64820	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010280	TCTT	2	8	64937	64944	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_010280	CTGT	2	8	69789	69796	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_010280	TAAT	2	8	76055	76062	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010280	TCGT	2	8	76076	76083	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_010280	TAAA	2	8	81648	81655	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010280	TAAA	2	8	81747	81754	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010280	GTAA	2	8	84207	84214	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010280	CTTT	2	8	105734	105741	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_010280	AAGT	2	8	111513	111520	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010280	AAGA	2	8	111737	111744	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010280	AGGG	2	8	114430	114437	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010280	GAAG	2	8	117770	117777	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010280	ATTT	2	8	126652	126659	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010280	CTTT	2	8	133789	133796	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_010280	CGAA	2	8	133797	133804	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_010280	GAAG	2	8	133809	133816	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010280	AGTT	2	8	134577	134584	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010280	AGCA	2	8	135588	135595	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_010280	GATG	2	8	136119	136126	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010280	GACC	2	8	136164	136171	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_010280	CCTC	2	8	138589	138596	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
41	NC_010280	ATGT	2	8	139247	139254	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010280	GAAA	2	8	139381	139388	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010280	AAAG	2	8	142551	142558	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010280	GTTT	2	8	143165	143172	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010280	CTTT	2	8	155833	155840	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_010280	CGAA	2	8	155841	155848	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_010280	GAAG	2	8	155853	155860	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010280	AGTT	2	8	156621	156628	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010280	AGCA	2	8	157632	157639	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010280	GATG	2	8	158163	158170	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010280	GACC	2	8	158208	158215	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_010280	CCTC	2	8	160633	160640	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
53	NC_010280	ATTT	2	8	161179	161186	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010280	AAGA	2	8	164255	164262	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010280	GTTT	2	8	164271	164278	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010280	ATGG	2	8	164320	164327	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010280	TAGT	2	8	166153	166160	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010280	GAAA	2	8	168042	168049	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010280	CTTT	2	8	186324	186331	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_010280	TCAC	2	8	188524	188531	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_010280	AAGA	2	8	195881	195888	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010280	AAGC	2	8	195924	195931	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_010280	TTTG	2	8	199250	199257	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010280	AAAG	2	8	201136	201143	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010280	TAGA	2	8	205425	205432	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010280	CTTT	2	8	211128	211135	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_010280	TATT	2	8	214404	214411	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010280	TAAA	2	8	216689	216696	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010280	TTTA	2	8	216757	216764	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010280	GCTT	2	8	217097	217104	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_010280	TGTT	2	8	219614	219621	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010280	AGAA	2	8	220615	220622	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010280	AAGC	2	8	220659	220666	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_010280	TAGC	2	8	222260	222267	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_010280	TCTT	2	8	235059	235066	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_010280	TTTG	2	8	236799	236806	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010280	AGTT	2	8	236923	236930	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010280	TCGA	2	8	243607	243614	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_010280	TTGA	2	8	244569	244576	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010280	AGAA	2	8	248389	248396	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010280	TCTT	2	8	248435	248442	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_010280	CAAA	2	8	253627	253634	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_010280	TCTT	2	8	253700	253707	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_010280	GGAA	2	8	261610	261617	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010280	TTTA	2	8	264312	264319	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010280	ATTT	2	8	264350	264357	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010280	GAAA	2	8	269671	269678	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010280	CTAA	2	8	272607	272614	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_010280	TAAG	2	8	272622	272629	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010280	CCTT	2	8	276845	276852	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_010280	CTTT	2	8	278557	278564	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_010280	GGAA	2	8	278659	278666	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010280	GAAG	2	8	284304	284311	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010280	GATG	2	8	284889	284896	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010280	TTTC	2	8	285251	285258	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_010280	CAGT	2	8	285435	285442	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_010280	CGCC	2	8	285744	285751	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
98	NC_010280	TGAA	2	8	298078	298085	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010280	GAAA	2	8	299473	299480	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010280	AAAC	2	8	303860	303867	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_010280	TTAA	2	8	305234	305241	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010280	AAAG	2	8	305248	305255	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010280	TAAT	2	8	311531	311538	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010280	CAAA	2	8	317825	317832	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_010280	TATT	2	8	321603	321610	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010280	GGTT	2	8	321667	321674	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010280	AAGG	2	8	323584	323591	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010280	GGAG	2	8	328581	328588	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010280	TATG	2	8	329230	329237	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010280	ATTT	2	8	329371	329378	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010280	TTTG	2	8	329463	329470	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010280	TATT	2	8	331586	331593	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010280	AGAA	2	8	333480	333487	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010280	AAGG	2	8	335716	335723	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010280	CAAA	2	8	338350	338357	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_010280	TGCG	2	8	340804	340811	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_010280	GCCA	2	8	343298	343305	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_010280	CGCT	2	8	343546	343553	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_010280	TTAA	2	8	343567	343574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010280	GTTA	2	8	343604	343611	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010280	GATC	2	8	343659	343666	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_010280	ATTG	2	8	350216	350223	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010280	TGTT	2	8	366023	366030	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010280	AATA	2	8	366261	366268	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010280	AAGT	2	8	370183	370190	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010280	TATT	2	8	374446	374453	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010280	GTTT	2	8	376306	376313	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010280	TGTT	2	8	376314	376321	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010280	TAAT	2	8	376358	376365	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010280	CAGA	2	8	383029	383036	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_010280	ACAA	2	8	389673	389680	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_010280	AAGG	2	8	389771	389778	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010280	GATA	2	8	394240	394247	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010280	TCTA	2	8	398899	398906	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_010280	GTTT	2	8	401673	401680	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010280	GGTT	2	8	402028	402035	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010280	GTTT	2	8	410335	410342	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010280	TTTA	2	8	410358	410365	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010280	GTTT	2	8	410370	410377	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010280	GTTT	2	8	410421	410428	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010280	AACA	2	8	410434	410441	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_010280	AAAT	2	8	415966	415973	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010280	TATT	2	8	419997	420004	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010280	GATA	2	8	421886	421893	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010280	AAGA	2	8	428979	428986	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010280	CTGG	2	8	442693	442700	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_010280	TTCC	2	8	444890	444897	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_010280	GTTT	2	8	457267	457274	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010280	ATCT	2	8	473986	473993	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_010280	GCTG	2	8	474025	474032	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_010280	TGTT	2	8	479600	479607	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.