MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Iowa chromosome

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010263	AAAGAC	2	12	10780	10791	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_010263	AGAACA	2	12	18062	18073	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_010263	CAAATA	2	12	26885	26896	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_010263	TAAAGT	2	12	27048	27059	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010263	TTTAGG	2	12	28426	28437	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010263	TTTTTG	2	12	37626	37637	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010263	AAGAAA	2	12	38557	38568	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010263	ATCTTT	2	12	40973	40984	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_010263	AGTATT	2	12	51440	51451	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010263	AACACC	2	12	57151	57162	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_010263	TATAGT	2	12	74471	74482	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010263	GAAAGA	2	12	74552	74563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010263	ATATAA	2	12	86681	86692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010263	TTTTAA	2	12	92464	92475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010263	TAAAAA	2	12	95196	95207	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010263	CTCAAT	2	12	122106	122117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_010263	TTTTAA	2	12	169936	169947	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010263	AATTTA	2	12	173689	173700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010263	TATTTA	2	12	210445	210456	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010263	CACTAC	2	12	228942	228953	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_010263	TCTGTC	2	12	233295	233306	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_010263	TATTTT	2	12	255726	255737	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010263	TAATTA	2	12	256651	256662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010263	CTTTAA	2	12	264140	264151	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_010263	AAATAA	2	12	264286	264297	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010263	AAAATG	2	12	264352	264363	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010263	GCACCG	2	12	265614	265625	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_010263	ATGACG	2	12	273073	273084	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_010263	ATTGCA	2	12	277114	277125	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_010263	ATTAAA	2	12	283806	283817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010263	CCTGAA	2	12	287553	287564	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_010263	TATTGT	2	12	296416	296427	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010263	ATCTTT	2	12	308329	308340	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_010263	AATATT	2	12	344780	344791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010263	GCTATA	2	12	368233	368244	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_010263	ATTTAT	2	12	372845	372856	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010263	AAGATA	2	12	374127	374138	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010263	CAGTTT	2	12	375600	375611	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_010263	TTTTAC	2	12	376667	376678	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_010263	ATATAA	2	12	379249	379260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010263	TATTGT	2	12	388782	388793	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010263	TAAAAT	2	12	390449	390460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010263	AAATTA	2	12	390472	390483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010263	GAACAT	2	12	400074	400085	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_010263	TCTTGT	2	12	422024	422035	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_010263	TTCTAA	2	12	448298	448309	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_010263	TGTAGG	2	12	467806	467817	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010263	AATATC	2	12	486821	486832	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_010263	TTGGCG	2	12	495731	495742	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_010263	AAATTT	2	12	495780	495791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010263	ATACCG	2	12	520105	520116	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_010263	TCATTG	2	12	531217	531228	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_010263	TACTAG	2	12	534193	534204	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_010263	AATTTA	2	12	547698	547709	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010263	TAGTTT	2	12	551066	551077	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010263	TATTAA	2	12	554494	554505	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010263	ATTTTA	3	18	555292	555309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010263	ATATTA	2	12	563742	563753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010263	CTATAT	2	12	564953	564964	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_010263	CATATT	2	12	565484	565495	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_010263	TGCTTG	2	12	565611	565622	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_010263	TATCAA	2	12	565914	565925	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_010263	AATATA	2	12	585629	585640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010263	GCTTGT	2	12	599647	599658	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_010263	ACAAAA	2	12	608232	608243	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_010263	TATTAA	2	12	620702	620713	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010263	TGCTAA	2	12	622675	622686	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_010263	TATAGT	2	12	629238	629249	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010263	AATTAT	2	12	661934	661945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010263	TGCTTC	2	12	673377	673388	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_010263	TAAAAC	2	12	674302	674313	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_010263	ATATAA	2	12	675661	675672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010263	TTTATG	2	12	708698	708709	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010263	ATACCG	2	12	714454	714465	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_010263	AAGATA	2	12	732274	732285	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010263	TTATCC	2	12	742180	742191	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_010263	TATATT	2	12	749431	749442	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010263	TTTTAT	2	12	754282	754293	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010263	ATATTT	2	12	755894	755905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010263	CTACTC	2	12	766290	766301	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_010263	TATTTT	2	12	771785	771796	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010263	ATTTTT	2	12	791259	791270	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010263	ATAATT	2	12	793608	793619	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010263	AAATTT	2	12	794202	794213	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010263	ATAAAC	2	12	795005	795016	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_010263	TAAACA	2	12	796057	796068	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_010263	CTTCTA	2	12	803746	803757	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010263	ATCGTC	2	12	804178	804189	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010263	TATTTT	2	12	812416	812427	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010263	GCGGAA	2	12	819231	819242	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_010263	TATTTT	2	12	843322	843333	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010263	CTAAAC	2	12	853703	853714	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010263	ATTTAA	2	12	859373	859384	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010263	GATATA	2	12	868471	868482	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010263	TGACTA	2	12	878293	878304	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_010263	AATATT	2	12	892183	892194	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010263	ATTACT	2	12	917706	917717	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010263	TAGCAC	2	12	923431	923442	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010263	AAATAC	2	12	925591	925602	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_010263	CTATAA	2	12	927983	927994	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_010263	TTTATC	2	12	949349	949360	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_010263	ACAAAA	2	12	954819	954830	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_010263	TAATTT	2	12	966449	966460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010263	TGCTCT	2	12	967848	967859	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_010263	GCCATG	2	12	975141	975152	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_010263	ATATCC	2	12	983470	983481	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_010263	ATTAGG	2	12	988754	988765	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010263	AATTAT	2	12	991424	991435	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010263	CATTGT	2	12	993152	993163	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_010263	AATATG	2	12	998072	998083	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010263	AATTTA	2	12	1012454	1012465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010263	GTTTTT	2	12	1030156	1030167	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010263	TTAATA	2	12	1031728	1031739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010263	CAAGAA	2	12	1031830	1031841	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_010263	AACAAT	2	12	1035345	1035356	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_010263	TTAAAT	2	12	1044236	1044247	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010263	TTATAT	2	12	1044444	1044455	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010263	TACTAG	2	12	1044932	1044943	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_010263	TTAGTT	2	12	1046113	1046124	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010263	TAGTGA	2	12	1046885	1046896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010263	CTTTTA	2	12	1070398	1070409	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_010263	AGCTTA	2	12	1082553	1082564	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_010263	AGTTTA	2	12	1082656	1082667	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010263	ATGCAT	2	12	1084322	1084333	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_010263	TGATAA	2	12	1150893	1150904	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010263	TGTTCC	2	12	1166610	1166621	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_010263	CCTAAT	2	12	1209844	1209855	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_010263	TCATTG	2	12	1211286	1211297	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_010263	ATTGCT	2	12	1218756	1218767	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_010263	TTTATC	2	12	1245122	1245133	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_010263	AAAAGA	2	12	1260691	1260702	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.