MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Iowa chromosome

Total Repeats: 448

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010263	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	165932551
2	NC_010263	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	165932554
3	NC_010263	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	165932554
4	NC_010263	ACCGTA	2	12	7302	7313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	165932557
5	NC_010263	AGAAAA	2	12	14041	14052	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	165932568
6	NC_010263	ATTAAA	2	12	15218	15229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932570
7	NC_010263	TTTAAA	2	12	16815	16826	50 %	50 %	0 %	0 %	165932572
8	NC_010263	CTAATT	2	12	16864	16875	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	165932572
9	NC_010263	CTATAT	2	12	17479	17490	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	165932572
10	NC_010263	ATTTAG	2	12	22414	22425	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	165932577
11	NC_010263	ATTTAG	2	12	23566	23577	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	165932577
12	NC_010263	GCATTA	2	12	24597	24608	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	165932577
13	NC_010263	TCCGAT	2	12	24714	24725	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	165932577
14	NC_010263	AAATGC	2	12	24790	24801	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	165932577
15	NC_010263	ATTTAA	2	12	25103	25114	50 %	50 %	0 %	0 %	165932577
16	NC_010263	AGAAAA	2	12	26107	26118	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	165932578
17	NC_010263	CATATA	2	12	33487	33498	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	165932589
18	NC_010263	AATACA	2	12	37055	37066	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	165932594
19	NC_010263	ATATTA	2	12	45086	45097	50 %	50 %	0 %	0 %	165932608
20	NC_010263	AAAGCT	2	12	45270	45281	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	165932608
21	NC_010263	ATTAAT	2	12	45833	45844	50 %	50 %	0 %	0 %	165932609
22	NC_010263	TTTTTA	2	12	46817	46828	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	165932611
23	NC_010263	ATTGCT	2	12	55843	55854	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	165932619
24	NC_010263	ATTTAT	2	12	56430	56441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932620
25	NC_010263	ATAAGG	2	12	56629	56640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	165932620
26	NC_010263	TCTTGG	2	12	58079	58090	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	165932621
27	NC_010263	ATCAGA	2	12	60470	60481	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	165932625
28	NC_010263	AAAACA	2	12	64252	64263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	165932628
29	NC_010263	ATAAAA	2	12	68586	68597	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	165932635
30	NC_010263	TAATAT	2	12	69437	69448	50 %	50 %	0 %	0 %	165932636
31	NC_010263	CAGCAA	2	12	70106	70117	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	165932637
32	NC_010263	ATAGTG	2	12	70437	70448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932637
33	NC_010263	AAAAAG	2	12	71265	71276	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	165932637
34	NC_010263	TACCCT	2	12	76114	76125	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	165932643
35	NC_010263	ATCCTG	2	12	76136	76147	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	165932643
36	NC_010263	AAAGCT	2	12	76555	76566	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	165932643
37	NC_010263	GTAATA	2	12	77194	77205	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	165932643
38	NC_010263	AGTAAA	2	12	85943	85954	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	165932652
39	NC_010263	TCAAAA	2	12	87378	87389	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	165932654
40	NC_010263	AAGGAC	2	12	87698	87709	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	165932656
41	NC_010263	CGTGAT	2	12	88649	88660	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	165932659
42	NC_010263	TTGATT	2	12	91109	91120	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	165932660
43	NC_010263	GAAGCA	2	12	92201	92212	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	165932662
44	NC_010263	TTTTTA	2	12	97556	97567	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	165932666
45	NC_010263	CCTATA	2	12	102399	102410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932672
46	NC_010263	ACCTAT	2	12	102632	102643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932672
47	NC_010263	ACCGCT	2	12	103980	103991	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	165932673
48	NC_010263	TCAAGA	2	12	113360	113371	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	165932680
49	NC_010263	TAGCGG	2	12	118841	118852	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	165932687
50	NC_010263	TTTATT	2	12	124305	124316	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	165932694
51	NC_010263	TAAAAT	2	12	128303	128314	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932701
52	NC_010263	CTTTGT	2	12	135497	135508	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	165932713
53	NC_010263	TTGCTA	2	12	137587	137598	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	165932714
54	NC_010263	AAGATA	2	12	137752	137763	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	165932714
55	NC_010263	CTTTAG	2	12	137914	137925	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	165932714
56	NC_010263	TTTAGT	2	12	138573	138584	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	165932714
57	NC_010263	TAATGC	2	12	142272	142283	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	165932716
58	NC_010263	AAAGAT	2	12	143095	143106	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	165932716
59	NC_010263	TAAAGA	2	12	143319	143330	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	165932716
60	NC_010263	TTTATC	2	12	156126	156137	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	165932723
61	NC_010263	GATTTT	2	12	156420	156431	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	165932724
62	NC_010263	TTTTGG	2	12	156875	156886	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	165932724
63	NC_010263	CTTTTG	2	12	158979	158990	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	165932726
64	NC_010263	GTAAAA	2	12	160303	160314	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	165932727
65	NC_010263	CAATAT	2	12	163181	163192	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	165932732
66	NC_010263	ATTGAG	2	12	163533	163544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932733
67	NC_010263	CTTCAT	2	12	163759	163770	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	165932733
68	NC_010263	TCAATT	2	12	165535	165546	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	165932735
69	NC_010263	AAAGAA	2	12	166175	166186	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	165932735
70	NC_010263	TCAAGC	2	12	166192	166203	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	165932735
71	NC_010263	GTTGAG	2	12	166759	166770	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	165932736
72	NC_010263	AAGTAA	2	12	168552	168563	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	165932737
73	NC_010263	TAGAGC	2	12	171364	171375	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	165932741
74	NC_010263	GAACAA	2	12	174885	174896	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	165932745
75	NC_010263	TGCAGT	2	12	175028	175039	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	165932745
76	NC_010263	ATAAAA	2	12	176302	176313	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	165932745
77	NC_010263	TTTTTA	2	12	177361	177372	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	165932746
78	NC_010263	CTGTAG	2	12	180393	180404	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	165932751
79	NC_010263	TTAAAA	2	12	182647	182658	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932752
80	NC_010263	GCTATT	2	12	184494	184505	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	165932752
81	NC_010263	TCCATG	2	12	191477	191488	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	165932754
82	NC_010263	GATGTT	2	12	192502	192513	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	165932755
83	NC_010263	AAAAAT	2	12	194979	194990	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	165932758
84	NC_010263	AAGAAT	2	12	196790	196801	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	165932758
85	NC_010263	AAGCCC	2	12	204032	204043	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	165932765
86	NC_010263	CCCTAA	2	12	209297	209308	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	165932773
87	NC_010263	CTTTAG	2	12	213722	213733	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	165932778
88	NC_010263	ATATTT	2	12	214711	214722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932778
89	NC_010263	GTTTCA	2	12	217997	218008	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	165932782
90	NC_010263	AAAAGC	2	12	219173	219184	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	165932783
91	NC_010263	TTTCTT	2	12	220623	220634	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	165932785
92	NC_010263	TTTTCT	2	12	220643	220654	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	165932785
93	NC_010263	AAATTA	2	12	221802	221813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932787
94	NC_010263	AGTTAA	2	12	223744	223755	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	165932788
95	NC_010263	TCATAA	2	12	225736	225747	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	165932789
96	NC_010263	TAATAT	2	12	225841	225852	50 %	50 %	0 %	0 %	165932789
97	NC_010263	TAAATT	2	12	227437	227448	50 %	50 %	0 %	0 %	165932791
98	NC_010263	AAAGCA	2	12	234987	234998	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	165932803
99	NC_010263	GTACGA	2	12	239029	239040	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	165932808
100	NC_010263	CTTCTA	2	12	240026	240037	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	165932808
101	NC_010263	ATCTCA	2	12	242793	242804	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932810
102	NC_010263	TTCTTT	2	12	244186	244197	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	165932811
103	NC_010263	TACTTC	2	12	246509	246520	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	165932814
104	NC_010263	TTTTAT	2	12	251393	251404	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	165932817
105	NC_010263	CAATAT	2	12	256050	256061	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	165932823
106	NC_010263	GCACCG	2	12	263814	263825	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	165932832
107	NC_010263	TTACTC	2	12	266528	266539	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	165932835
108	NC_010263	CATTAT	2	12	271000	271011	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	165932840
109	NC_010263	TTAAAG	2	12	279955	279966	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	165932848
110	NC_010263	AGGGTA	2	12	280273	280284	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	165932848
111	NC_010263	GCGGTA	2	12	280891	280902	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	165932848
112	NC_010263	TAAAAT	2	12	285926	285937	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932855
113	NC_010263	TAAAAA	2	12	291052	291063	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	165932857
114	NC_010263	GTCGTT	2	12	292245	292256	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	165932858
115	NC_010263	CCTGAA	2	12	294703	294714	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	165932862
116	NC_010263	TTTTGC	2	12	300308	300319	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	165932868
117	NC_010263	TACTAA	2	12	303291	303302	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	165932871
118	NC_010263	TATTGA	2	12	304014	304025	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	165932871
119	NC_010263	GGGATA	2	12	304910	304921	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	165932872
120	NC_010263	GGCAAT	2	12	305918	305929	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	165932872
121	NC_010263	TTGTTC	2	12	308788	308799	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	165932880
122	NC_010263	ATTAGA	2	12	309160	309171	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	165932880
123	NC_010263	GAAGAT	2	12	312031	312042	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	165932884
124	NC_010263	ATGATA	2	12	313925	313936	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	165932886
125	NC_010263	GAAGTA	2	12	315138	315149	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	165932887
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130	NC_010263	TTAATA	2	12	318427	318438	50 %	50 %	0 %	0 %	165932889
131	NC_010263	CGGTAT	2	12	319424	319435	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	165932889
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142	NC_010263	TTAATT	2	12	345962	345973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932922
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235	NC_010263	ACCGCT	2	12	631999	632010	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	165933237
236	NC_010263	TCTAAA	2	12	639258	639269	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	165933243
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338	NC_010263	CTCAAA	2	12	945539	945550	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	165933592
339	NC_010263	AAATTT	2	12	947443	947454	50 %	50 %	0 %	0 %	165933594
340	NC_010263	TTTTGA	2	12	964540	964551	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	165933610
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343	NC_010263	TTAAAG	2	12	970642	970653	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	165933616
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347	NC_010263	ATGATT	2	12	980991	981002	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	165933626
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349	NC_010263	AATATC	2	12	992313	992324	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	165933634
350	NC_010263	CAAGCT	2	12	1008007	1008018	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	165933651
351	NC_010263	TCTCAA	2	12	1008959	1008970	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165933652
352	NC_010263	TTACCG	2	12	1015902	1015913	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	165933656
353	NC_010263	TAGCTA	2	12	1017253	1017264	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	165933656
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446	NC_010263	GGCGGT	2	12	1263387	1263398	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	165933930
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