MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rickettsia rickettsii str. Iowa chromosome

Total Repeats: 1165

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010263	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	165932553
2	NC_010263	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	165932553
3	NC_010263	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	165932554
4	NC_010263	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	165932554
5	NC_010263	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	165932554
6	NC_010263	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	165932554
7	NC_010263	ACTTT	2	10	6610	6619	20 %	60 %	0 %	20 %	165932556
8	NC_010263	AATAC	2	10	7151	7160	60 %	20 %	0 %	20 %	165932556
9	NC_010263	ATCCA	2	10	7647	7656	40 %	20 %	0 %	40 %	165932557
10	NC_010263	AATTA	2	10	9218	9227	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010263	AGAAT	2	10	10835	10844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010263	GAATT	2	10	11191	11200	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010263	TAACG	2	10	12435	12444	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_010263	GCTCT	2	10	12613	12622	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_010263	GGCTC	2	10	13149	13158	0 %	20 %	40 %	40 %	165932567
16	NC_010263	AGCAG	2	10	13574	13583	40 %	0 %	40 %	20 %	165932567
17	NC_010263	TTAAT	2	10	13717	13726	40 %	60 %	0 %	0 %	165932567
18	NC_010263	TAACT	2	10	15001	15010	40 %	40 %	0 %	20 %	165932570
19	NC_010263	ATTTA	2	10	16655	16664	40 %	60 %	0 %	0 %	165932572
20	NC_010263	TTTTA	2	10	17423	17432	20 %	80 %	0 %	0 %	165932572
21	NC_010263	TTTAA	2	10	20162	20171	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010263	TCAAG	2	10	21190	21199	40 %	20 %	20 %	20 %	165932577
23	NC_010263	ATAAA	2	10	21244	21253	80 %	20 %	0 %	0 %	165932577
24	NC_010263	AGAAA	2	10	21506	21515	80 %	0 %	20 %	0 %	165932577
25	NC_010263	AAAGC	2	10	21762	21771	60 %	0 %	20 %	20 %	165932577
26	NC_010263	GAATA	2	10	21968	21977	60 %	20 %	20 %	0 %	165932577
27	NC_010263	TAATA	2	10	22709	22718	60 %	40 %	0 %	0 %	165932577
28	NC_010263	CAAAG	2	10	22801	22810	60 %	0 %	20 %	20 %	165932577
29	NC_010263	TTAGT	2	10	22984	22993	20 %	60 %	20 %	0 %	165932577
30	NC_010263	AGCAG	2	10	23127	23136	40 %	0 %	40 %	20 %	165932577
31	NC_010263	TACCT	2	10	24419	24428	20 %	40 %	0 %	40 %	165932577
32	NC_010263	TACCT	2	10	24506	24515	20 %	40 %	0 %	40 %	165932577
33	NC_010263	TATAA	2	10	25985	25994	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010263	ATATT	2	10	27535	27544	40 %	60 %	0 %	0 %	165932579
35	NC_010263	ATATT	2	10	27573	27582	40 %	60 %	0 %	0 %	165932579
36	NC_010263	AAATA	2	10	28021	28030	80 %	20 %	0 %	0 %	165932580
37	NC_010263	TTTGT	2	10	29444	29453	0 %	80 %	20 %	0 %	165932583
38	NC_010263	TCATT	2	10	31221	31230	20 %	60 %	0 %	20 %	165932587
39	NC_010263	TAGTA	2	10	32023	32032	40 %	40 %	20 %	0 %	165932587
40	NC_010263	AAGTG	2	10	34683	34692	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010263	ATTTT	2	10	34695	34704	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010263	TTAAT	2	10	36398	36407	40 %	60 %	0 %	0 %	165932592
43	NC_010263	TGAGT	2	10	36425	36434	20 %	40 %	40 %	0 %	165932593
44	NC_010263	TTAGT	2	10	38958	38967	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010263	CTTTT	2	10	41015	41024	0 %	80 %	0 %	20 %	165932601
46	NC_010263	TTATT	2	10	41424	41433	20 %	80 %	0 %	0 %	165932600
47	NC_010263	TTTTA	2	10	41528	41537	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010263	AGTTG	2	10	42276	42285	20 %	40 %	40 %	0 %	165932603
49	NC_010263	TAAGT	2	10	44810	44819	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010263	AGAGG	2	10	45493	45502	40 %	0 %	60 %	0 %	165932608
51	NC_010263	ACGTA	2	10	45715	45724	40 %	20 %	20 %	20 %	165932609
52	NC_010263	TAACT	2	10	45988	45997	40 %	40 %	0 %	20 %	165932610
53	NC_010263	AGAAA	2	10	46600	46609	80 %	0 %	20 %	0 %	165932611
54	NC_010263	GTTTC	2	10	47040	47049	0 %	60 %	20 %	20 %	165932611
55	NC_010263	ATTTT	2	10	47589	47598	20 %	80 %	0 %	0 %	165932611
56	NC_010263	ATGTG	2	10	48523	48532	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010263	AAGAG	2	10	49021	49030	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010263	AGTAC	2	10	49478	49487	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010263	TTTAA	2	10	49696	49705	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010263	TTTCT	2	10	50777	50786	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010263	CATTA	2	10	51827	51836	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010263	TTTAT	2	10	52156	52165	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010263	TTGAT	2	10	53736	53745	20 %	60 %	20 %	0 %	165932618
64	NC_010263	TAAAG	2	10	54763	54772	60 %	20 %	20 %	0 %	165932618
65	NC_010263	ATTAT	2	10	54836	54845	40 %	60 %	0 %	0 %	165932618
66	NC_010263	TTTGC	2	10	57318	57327	0 %	60 %	20 %	20 %	165932621
67	NC_010263	ATTAT	2	10	58451	58460	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010263	TCGGT	2	10	60298	60307	0 %	40 %	40 %	20 %	165932625
69	NC_010263	GCTTT	2	10	61724	61733	0 %	60 %	20 %	20 %	165932627
70	NC_010263	TAAAA	2	10	65829	65838	80 %	20 %	0 %	0 %	165932630
71	NC_010263	ACTTT	2	10	68861	68870	20 %	60 %	0 %	20 %	165932636
72	NC_010263	GCTTA	2	10	69050	69059	20 %	40 %	20 %	20 %	165932636
73	NC_010263	CATTT	2	10	69753	69762	20 %	60 %	0 %	20 %	165932636
74	NC_010263	TTAAA	2	10	69778	69787	60 %	40 %	0 %	0 %	165932636
75	NC_010263	TAAAT	2	10	69856	69865	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010263	ACATA	2	10	72584	72593	60 %	20 %	0 %	20 %	165932639
77	NC_010263	TTTCT	2	10	75355	75364	0 %	80 %	0 %	20 %	165932642
78	NC_010263	ATTTA	2	10	75769	75778	40 %	60 %	0 %	0 %	165932643
79	NC_010263	AAAAG	2	10	76545	76554	80 %	0 %	20 %	0 %	165932643
80	NC_010263	GGGTT	2	10	76755	76764	0 %	40 %	60 %	0 %	165932643
81	NC_010263	TTTAT	2	10	77131	77140	20 %	80 %	0 %	0 %	165932643
82	NC_010263	GCTTA	2	10	78463	78472	20 %	40 %	20 %	20 %	165932644
83	NC_010263	ACAAT	2	10	78827	78836	60 %	20 %	0 %	20 %	165932645
84	NC_010263	GTTAT	2	10	79452	79461	20 %	60 %	20 %	0 %	165932646
85	NC_010263	GTAGA	2	10	79758	79767	40 %	20 %	40 %	0 %	165932646
86	NC_010263	CAATG	2	10	82110	82119	40 %	20 %	20 %	20 %	165932648
87	NC_010263	ATAAA	2	10	82573	82582	80 %	20 %	0 %	0 %	165932649
88	NC_010263	ATTAT	2	10	83008	83017	40 %	60 %	0 %	0 %	165932649
89	NC_010263	ATTAA	2	10	83279	83288	60 %	40 %	0 %	0 %	165932649
90	NC_010263	ATACA	2	10	83479	83488	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_010263	GAAAA	2	10	83807	83816	80 %	0 %	20 %	0 %	165932650
92	NC_010263	AATTA	2	10	84249	84258	60 %	40 %	0 %	0 %	165932650
93	NC_010263	TTAAA	2	10	87093	87102	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010263	CGCAT	3	15	91355	91369	20 %	20 %	20 %	40 %	165932660
95	NC_010263	TGAAA	2	10	94575	94584	60 %	20 %	20 %	0 %	165932663
96	NC_010263	TTGAT	2	10	96253	96262	20 %	60 %	20 %	0 %	165932665
97	NC_010263	TAATA	2	10	96889	96898	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010263	TTGTA	2	10	97027	97036	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010263	ATTTA	2	10	97966	97975	40 %	60 %	0 %	0 %	165932667
100	NC_010263	CATTT	2	10	98182	98191	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_010263	AATTA	2	10	98332	98341	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010263	TCAAA	2	10	99620	99629	60 %	20 %	0 %	20 %	165932669
103	NC_010263	TTAAT	2	10	100402	100411	40 %	60 %	0 %	0 %	165932670
104	NC_010263	AAACT	2	10	102973	102982	60 %	20 %	0 %	20 %	165932672
105	NC_010263	TTAGT	2	10	103324	103333	20 %	60 %	20 %	0 %	165932673
106	NC_010263	CCAAA	2	10	105763	105772	60 %	0 %	0 %	40 %	165932676
107	NC_010263	TTTAT	2	10	106154	106163	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010263	CGGAT	2	10	106311	106320	20 %	20 %	40 %	20 %	165932677
109	NC_010263	TAATA	2	10	107068	107077	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010263	TTGAT	2	10	107770	107779	20 %	60 %	20 %	0 %	165932679
111	NC_010263	ATTAT	2	10	107951	107960	40 %	60 %	0 %	0 %	165932679
112	NC_010263	TTTGA	2	10	111897	111906	20 %	60 %	20 %	0 %	165932679
113	NC_010263	TGCTT	2	10	111992	112001	0 %	60 %	20 %	20 %	165932679
114	NC_010263	GCAAA	2	10	113871	113880	60 %	0 %	20 %	20 %	165932680
115	NC_010263	TGGAT	2	10	115820	115829	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010263	TTAGT	2	10	118571	118580	20 %	60 %	20 %	0 %	165932687
117	NC_010263	AAGTA	2	10	120394	120403	60 %	20 %	20 %	0 %	165932688
118	NC_010263	ATTCG	2	10	122174	122183	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_010263	AGATT	2	10	122192	122201	40 %	40 %	20 %	0 %	165932691
120	NC_010263	TAAAA	2	10	122509	122518	80 %	20 %	0 %	0 %	165932692
121	NC_010263	AAAAC	2	10	123205	123214	80 %	0 %	0 %	20 %	165932692
122	NC_010263	TTTAA	2	10	123281	123290	40 %	60 %	0 %	0 %	165932692
123	NC_010263	GTTAC	2	10	124370	124379	20 %	40 %	20 %	20 %	165932694
124	NC_010263	TGAAA	2	10	124731	124740	60 %	20 %	20 %	0 %	165932694
125	NC_010263	AGCTA	2	10	125156	125165	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_010263	GCAAG	2	10	125389	125398	40 %	0 %	40 %	20 %	165932695
127	NC_010263	TTAAA	2	10	127331	127340	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010263	CTTGT	2	10	127821	127830	0 %	60 %	20 %	20 %	165932699
129	NC_010263	AGTAT	2	10	128128	128137	40 %	40 %	20 %	0 %	165932699
130	NC_010263	ATGAT	2	10	128884	128893	40 %	40 %	20 %	0 %	165932701
131	NC_010263	CTTGT	2	10	129222	129231	0 %	60 %	20 %	20 %	165932702
132	NC_010263	TATTT	2	10	129640	129649	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010263	TCTTT	2	10	130776	130785	0 %	80 %	0 %	20 %	165932705
134	NC_010263	TTGCT	2	10	131016	131025	0 %	60 %	20 %	20 %	165932706
135	NC_010263	CGCTC	2	10	131609	131618	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_010263	AACCT	2	10	131805	131814	40 %	20 %	0 %	40 %	165932708
137	NC_010263	AAATC	2	10	132689	132698	60 %	20 %	0 %	20 %	165932710
138	NC_010263	TTAAC	2	10	133826	133835	40 %	40 %	0 %	20 %	165932711
139	NC_010263	TATAA	2	10	133918	133927	60 %	40 %	0 %	0 %	165932711
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198	NC_010263	TAAAA	2	10	210354	210363	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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260	NC_010263	AAAAT	2	10	276474	276483	80 %	20 %	0 %	0 %	165932845
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265	NC_010263	TTATT	2	10	282329	282338	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_010263	ACTTA	2	10	284473	284482	40 %	40 %	0 %	20 %	165932854
267	NC_010263	CGGAG	2	10	284866	284875	20 %	0 %	60 %	20 %	165932854
268	NC_010263	CGAAG	2	10	288159	288168	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
269	NC_010263	ATCCC	2	10	289221	289230	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
270	NC_010263	TGCAA	2	10	289306	289315	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
271	NC_010263	TTCAT	2	10	290475	290484	20 %	60 %	0 %	20 %	165932857
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405	NC_010263	TAATT	2	10	453170	453179	40 %	60 %	0 %	0 %	165933034
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