MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Yersinia pestis Angola plasmid pMT-pPCP

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010158	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	162417828
2	NC_010158	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	162417828
3	NC_010158	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	162417939
4	NC_010158	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	162417939
5	NC_010158	GACGG	2	10	2503	2512	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010158	GGAAG	2	10	6048	6057	40 %	0 %	60 %	0 %	162417857
7	NC_010158	CAAAA	2	10	6120	6129	80 %	0 %	0 %	20 %	162417857
8	NC_010158	CTCAT	2	10	7016	7025	20 %	40 %	0 %	40 %	162417902
9	NC_010158	GTTCG	2	10	10034	10043	0 %	40 %	40 %	20 %	162417912
10	NC_010158	AAGGT	2	10	10383	10392	40 %	20 %	40 %	0 %	162417912
11	NC_010158	AGCGC	2	10	10783	10792	20 %	0 %	40 %	40 %	162417858
12	NC_010158	TCAAA	2	10	11421	11430	60 %	20 %	0 %	20 %	162417858
13	NC_010158	GACGG	2	10	12111	12120	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_010158	GGAAG	2	10	15656	15665	40 %	0 %	60 %	0 %	162417846
15	NC_010158	CAAAA	2	10	15728	15737	80 %	0 %	0 %	20 %	162417846
16	NC_010158	CTCAT	2	10	16624	16633	20 %	40 %	0 %	40 %	162417870
17	NC_010158	GTTCG	2	10	19642	19651	0 %	40 %	40 %	20 %	162417833
18	NC_010158	AAGGT	2	10	19991	20000	40 %	20 %	40 %	0 %	162417833
19	NC_010158	AGCGC	2	10	20391	20400	20 %	0 %	40 %	40 %	162417864
20	NC_010158	TCAAA	2	10	21029	21038	60 %	20 %	0 %	20 %	162417864
21	NC_010158	GGAAT	2	10	23982	23991	40 %	20 %	40 %	0 %	162417878
22	NC_010158	GACTG	2	10	25110	25119	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010158	CATTG	2	10	25814	25823	20 %	40 %	20 %	20 %	162417925
24	NC_010158	CGTCA	2	10	29548	29557	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_010158	ACGTA	2	10	31617	31626	40 %	20 %	20 %	20 %	162417918
26	NC_010158	ACTTA	2	10	33296	33305	40 %	40 %	0 %	20 %	162417825
27	NC_010158	CAGCG	2	10	35683	35692	20 %	0 %	40 %	40 %	162417913
28	NC_010158	CCATT	2	10	36285	36294	20 %	40 %	0 %	40 %	162417909
29	NC_010158	TTGAG	2	10	37818	37827	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010158	CGAAG	2	10	39604	39613	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_010158	GGGGA	2	10	41711	41720	20 %	0 %	80 %	0 %	162417853
32	NC_010158	AGGGG	2	10	41859	41868	20 %	0 %	80 %	0 %	162417830
33	NC_010158	CACGA	2	10	42266	42275	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010158	AATTT	2	10	42971	42980	40 %	60 %	0 %	0 %	162417907
35	NC_010158	GGGCA	2	10	44110	44119	20 %	0 %	60 %	20 %	162417841
36	NC_010158	CCGTT	2	10	49283	49292	0 %	40 %	20 %	40 %	162417903
37	NC_010158	TTCCG	2	10	49491	49500	0 %	40 %	20 %	40 %	162417903
38	NC_010158	CGAAG	2	10	50375	50384	40 %	0 %	40 %	20 %	162417941
39	NC_010158	GCACT	2	10	51308	51317	20 %	20 %	20 %	40 %	162417876
40	NC_010158	TGCCG	2	10	55711	55720	0 %	20 %	40 %	40 %	162417850
41	NC_010158	TGTCG	2	10	56958	56967	0 %	40 %	40 %	20 %	162417851
42	NC_010158	GTACC	2	10	57525	57534	20 %	20 %	20 %	40 %	162417851
43	NC_010158	GTTCA	2	10	59419	59428	20 %	40 %	20 %	20 %	162417924
44	NC_010158	CTGGT	2	10	59630	59639	0 %	40 %	40 %	20 %	162417924
45	NC_010158	CATCC	2	10	59987	59996	20 %	20 %	0 %	60 %	162417856
46	NC_010158	GCGCA	2	10	64947	64956	20 %	0 %	40 %	40 %	162417827
47	NC_010158	GACAA	2	10	70849	70858	60 %	0 %	20 %	20 %	162417852
48	NC_010158	CTCTG	2	10	71247	71256	0 %	40 %	20 %	40 %	162417852
49	NC_010158	TTTGA	2	10	76933	76942	20 %	60 %	20 %	0 %	162417822
50	NC_010158	ACCTT	2	10	77645	77654	20 %	40 %	0 %	40 %	162417822
51	NC_010158	CGAAC	2	10	77994	78003	40 %	0 %	20 %	40 %	162417822
52	NC_010158	GGGGT	2	10	80669	80678	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010158	GCTGC	2	10	80910	80919	0 %	20 %	40 %	40 %	162417879
54	NC_010158	GCGAT	2	10	81218	81227	20 %	20 %	40 %	20 %	162417834
55	NC_010158	CGCAG	2	10	85020	85029	20 %	0 %	40 %	40 %	162417899
56	NC_010158	GAAGA	2	10	87262	87271	60 %	0 %	40 %	0 %	162417848
57	NC_010158	TGAAC	2	10	88606	88615	40 %	20 %	20 %	20 %	162417839
58	NC_010158	ATCAG	2	10	91212	91221	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010158	AACAA	2	10	97035	97044	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_010158	GGTAA	2	10	100043	100052	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010158	CCGTT	2	10	100604	100613	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_010158	AAAGA	2	10	103715	103724	80 %	0 %	20 %	0 %	162417915
63	NC_010158	CGCTT	2	10	106394	106403	0 %	40 %	20 %	40 %	162417928
64	NC_010158	TGATT	2	10	106808	106817	20 %	60 %	20 %	0 %	162417928
65	NC_010158	CTGCG	2	10	108339	108348	0 %	20 %	40 %	40 %	162417938
66	NC_010158	GGAAT	2	10	109462	109471	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010158	CTCTA	2	10	110738	110747	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_010158	TGTCG	2	10	110943	110952	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_010158	CTGTC	2	10	111753	111762	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_010158	CCTCG	2	10	112898	112907	0 %	20 %	20 %	60 %	162417859
71	NC_010158	ACGGC	2	10	113335	113344	20 %	0 %	40 %	40 %	162417859

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.