MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis Angola plasmid new_pCD

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010157	GTCA	2	8	565	572	25 %	25 %	25 %	25 %	162417772
2	NC_010157	TAAG	2	8	980	987	50 %	25 %	25 %	0 %	162417748
3	NC_010157	ATTT	2	8	1380	1387	25 %	75 %	0 %	0 %	162417742
4	NC_010157	AGCC	2	8	1530	1537	25 %	0 %	25 %	50 %	162417742
5	NC_010157	GCAG	2	8	1962	1969	25 %	0 %	50 %	25 %	162417742
6	NC_010157	AGCC	2	8	2756	2763	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_010157	GGAT	2	8	3269	3276	25 %	25 %	50 %	0 %	162417786
8	NC_010157	AGAT	2	8	3331	3338	50 %	25 %	25 %	0 %	162417786
9	NC_010157	TAAA	2	8	3912	3919	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010157	AGAA	2	8	4041	4048	75 %	0 %	25 %	0 %	162417816
11	NC_010157	ACCA	2	8	4501	4508	50 %	0 %	0 %	50 %	162417816
12	NC_010157	TTCC	2	8	4754	4761	0 %	50 %	0 %	50 %	162417816
13	NC_010157	AAGC	2	8	4809	4816	50 %	0 %	25 %	25 %	162417816
14	NC_010157	AATT	2	8	4881	4888	50 %	50 %	0 %	0 %	162417816
15	NC_010157	GTCA	2	8	5082	5089	25 %	25 %	25 %	25 %	162417767
16	NC_010157	TCCA	2	8	5143	5150	25 %	25 %	0 %	50 %	162417767
17	NC_010157	GACT	2	8	5155	5162	25 %	25 %	25 %	25 %	162417767
18	NC_010157	GACT	2	8	5397	5404	25 %	25 %	25 %	25 %	162417767
19	NC_010157	ATCA	2	8	5664	5671	50 %	25 %	0 %	25 %	162417767
20	NC_010157	CCAT	2	8	5696	5703	25 %	25 %	0 %	50 %	162417767
21	NC_010157	TGGA	2	8	5836	5843	25 %	25 %	50 %	0 %	162417767
22	NC_010157	CTTT	2	8	6328	6335	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_010157	TCAG	2	8	6440	6447	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_010157	CCCT	2	8	7132	7139	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
25	NC_010157	GCCA	2	8	7469	7476	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_010157	CTGC	2	8	7718	7725	0 %	25 %	25 %	50 %	162417783
27	NC_010157	CCGG	2	8	8145	8152	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
28	NC_010157	TGTT	2	8	8213	8220	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010157	CGAC	2	8	9043	9050	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_010157	AACA	2	8	9732	9739	75 %	0 %	0 %	25 %	162417795
31	NC_010157	TATT	2	8	9798	9805	25 %	75 %	0 %	0 %	162417795
32	NC_010157	GGCG	2	8	10862	10869	0 %	0 %	75 %	25 %	162417779
33	NC_010157	CCAA	2	8	11524	11531	50 %	0 %	0 %	50 %	162417763
34	NC_010157	TTTG	2	8	11538	11545	0 %	75 %	25 %	0 %	162417763
35	NC_010157	TAAA	2	8	12625	12632	75 %	25 %	0 %	0 %	162417752
36	NC_010157	ATAA	2	8	13002	13009	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010157	TTAT	2	8	13170	13177	25 %	75 %	0 %	0 %	162417805
38	NC_010157	AATG	2	8	13951	13958	50 %	25 %	25 %	0 %	162417735
39	NC_010157	ATTT	2	8	14018	14025	25 %	75 %	0 %	0 %	162417735
40	NC_010157	CAAA	2	8	15252	15259	75 %	0 %	0 %	25 %	162417819
41	NC_010157	ACAT	2	8	15261	15268	50 %	25 %	0 %	25 %	162417819
42	NC_010157	TTAT	2	8	15316	15323	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010157	ATAA	2	8	15371	15378	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010157	CATT	2	8	16140	16147	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_010157	TTAA	2	8	16906	16913	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010157	TCAA	2	8	16989	16996	50 %	25 %	0 %	25 %	162417734
47	NC_010157	CTGT	2	8	17829	17836	0 %	50 %	25 %	25 %	162417734
48	NC_010157	GCTT	2	8	18072	18079	0 %	50 %	25 %	25 %	162417812
49	NC_010157	AGCC	2	8	18570	18577	25 %	0 %	25 %	50 %	162417812
50	NC_010157	CTTG	2	8	18610	18617	0 %	50 %	25 %	25 %	162417812
51	NC_010157	AAGC	2	8	18775	18782	50 %	0 %	25 %	25 %	162417812
52	NC_010157	TGGC	2	8	18894	18901	0 %	25 %	50 %	25 %	162417812
53	NC_010157	AGGA	2	8	19507	19514	50 %	0 %	50 %	0 %	162417760
54	NC_010157	TGAA	2	8	19627	19634	50 %	25 %	25 %	0 %	162417744
55	NC_010157	GTTG	2	8	20276	20283	0 %	50 %	50 %	0 %	162417744
56	NC_010157	GAGC	2	8	21005	21012	25 %	0 %	50 %	25 %	162417803
57	NC_010157	TAAT	2	8	21838	21845	50 %	50 %	0 %	0 %	162417764
58	NC_010157	CACG	2	8	22096	22103	25 %	0 %	25 %	50 %	162417764
59	NC_010157	ATCA	2	8	22310	22317	50 %	25 %	0 %	25 %	162417764
60	NC_010157	CTTT	2	8	22890	22897	0 %	75 %	0 %	25 %	162417764
61	NC_010157	AACC	2	8	23713	23720	50 %	0 %	0 %	50 %	162417766
62	NC_010157	GACT	2	8	23859	23866	25 %	25 %	25 %	25 %	162417797
63	NC_010157	GCTT	2	8	23971	23978	0 %	50 %	25 %	25 %	162417797
64	NC_010157	ACTC	2	8	24496	24503	25 %	25 %	0 %	50 %	162417811
65	NC_010157	ATCG	2	8	24533	24540	25 %	25 %	25 %	25 %	162417793
66	NC_010157	TCAC	2	8	24811	24818	25 %	25 %	0 %	50 %	162417778
67	NC_010157	GGTA	2	8	25022	25029	25 %	25 %	50 %	0 %	162417778
68	NC_010157	TCAC	2	8	25315	25322	25 %	25 %	0 %	50 %	162417778
69	NC_010157	GTAG	2	8	25871	25878	25 %	25 %	50 %	0 %	162417750
70	NC_010157	TTAC	2	8	25969	25976	25 %	50 %	0 %	25 %	162417750
71	NC_010157	GGGT	2	8	26118	26125	0 %	25 %	75 %	0 %	162417750
72	NC_010157	TGCT	2	8	26358	26365	0 %	50 %	25 %	25 %	162417750
73	NC_010157	GCTT	2	8	27214	27221	0 %	50 %	25 %	25 %	162417817
74	NC_010157	GCAG	2	8	27222	27229	25 %	0 %	50 %	25 %	162417817
75	NC_010157	TGCG	2	8	27808	27815	0 %	25 %	50 %	25 %	162417754
76	NC_010157	GGAA	2	8	27846	27853	50 %	0 %	50 %	0 %	162417754
77	NC_010157	AAAT	2	8	29599	29606	75 %	25 %	0 %	0 %	162417770
78	NC_010157	GTGA	2	8	30331	30338	25 %	25 %	50 %	0 %	162417761
79	NC_010157	AACC	2	8	30979	30986	50 %	0 %	0 %	50 %	162417741
80	NC_010157	ATTG	2	8	31050	31057	25 %	50 %	25 %	0 %	162417741
81	NC_010157	ACCC	2	8	31616	31623	25 %	0 %	0 %	75 %	162417792
82	NC_010157	TGTT	2	8	32990	32997	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010157	GAAA	2	8	33035	33042	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010157	AGGG	2	8	33218	33225	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010157	ACCT	2	8	33428	33435	25 %	25 %	0 %	50 %	162417775
86	NC_010157	CGCA	2	8	33675	33682	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_010157	TTGC	2	8	34180	34187	0 %	50 %	25 %	25 %	162417806
88	NC_010157	AGCG	2	8	34390	34397	25 %	0 %	50 %	25 %	162417806
89	NC_010157	AGTC	2	8	34477	34484	25 %	25 %	25 %	25 %	162417806
90	NC_010157	TTAT	2	8	34917	34924	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010157	TGGC	2	8	35801	35808	0 %	25 %	50 %	25 %	162417759
92	NC_010157	AGCG	2	8	35966	35973	25 %	0 %	50 %	25 %	162417759
93	NC_010157	TGAT	2	8	36391	36398	25 %	50 %	25 %	0 %	162417759
94	NC_010157	TGAT	2	8	36508	36515	25 %	50 %	25 %	0 %	162417759
95	NC_010157	TCGC	2	8	36733	36740	0 %	25 %	25 %	50 %	162417759
96	NC_010157	TTCT	2	8	37314	37321	0 %	75 %	0 %	25 %	162417743
97	NC_010157	TTCT	2	8	37590	37597	0 %	75 %	0 %	25 %	162417809
98	NC_010157	ACTA	2	8	38535	38542	50 %	25 %	0 %	25 %	162417784
99	NC_010157	AAAT	2	8	38659	38666	75 %	25 %	0 %	0 %	162417784
100	NC_010157	CAAA	2	8	38753	38760	75 %	0 %	0 %	25 %	162417739
101	NC_010157	AAAT	2	8	39115	39122	75 %	25 %	0 %	0 %	162417808
102	NC_010157	TTAT	2	8	39666	39673	25 %	75 %	0 %	0 %	162417765
103	NC_010157	GCTG	2	8	39978	39985	0 %	25 %	50 %	25 %	162417738
104	NC_010157	GAAG	2	8	40212	40219	50 %	0 %	50 %	0 %	162417757
105	NC_010157	AGTG	2	8	40752	40759	25 %	25 %	50 %	0 %	162417757
106	NC_010157	CACT	2	8	41240	41247	25 %	25 %	0 %	50 %	162417771
107	NC_010157	GGCT	2	8	41299	41306	0 %	25 %	50 %	25 %	162417771
108	NC_010157	CAGG	2	8	41888	41895	25 %	0 %	50 %	25 %	162417755
109	NC_010157	AGGT	2	8	42006	42013	25 %	25 %	50 %	0 %	162417755
110	NC_010157	ATAA	2	8	42276	42283	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010157	TGTC	2	8	43297	43304	0 %	50 %	25 %	25 %	162417745
112	NC_010157	TGGA	2	8	44218	44225	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010157	TACA	2	8	44263	44270	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_010157	GACG	2	8	44399	44406	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_010157	TTAT	2	8	44422	44429	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010157	TTTA	2	8	44731	44738	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010157	AATA	2	8	44747	44754	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010157	TCAT	2	8	44906	44913	25 %	50 %	0 %	25 %	162417751
119	NC_010157	CATA	2	8	45018	45025	50 %	25 %	0 %	25 %	162417751
120	NC_010157	GTAA	2	8	45513	45520	50 %	25 %	25 %	0 %	162417751
121	NC_010157	TTAA	2	8	46178	46185	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010157	GCTG	2	8	46491	46498	0 %	25 %	50 %	25 %	162417756
123	NC_010157	CGGA	2	8	46657	46664	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_010157	GCAC	2	8	46745	46752	25 %	0 %	25 %	50 %	162417773
125	NC_010157	GGTC	2	8	46880	46887	0 %	25 %	50 %	25 %	162417773
126	NC_010157	CAGA	2	8	46965	46972	50 %	0 %	25 %	25 %	162417773
127	NC_010157	GGGA	2	8	47286	47293	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010157	CTTT	2	8	47615	47622	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_010157	CAGG	2	8	47758	47765	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_010157	AGAA	2	8	47800	47807	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010157	ATCC	2	8	48590	48597	25 %	25 %	0 %	50 %	162417798
132	NC_010157	ATTT	2	8	48690	48697	25 %	75 %	0 %	0 %	162417798
133	NC_010157	ATTT	2	8	48715	48722	25 %	75 %	0 %	0 %	162417798
134	NC_010157	CATC	2	8	50665	50672	25 %	25 %	0 %	50 %	162417777
135	NC_010157	CCCT	2	8	52282	52289	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
136	NC_010157	GGGC	2	8	53526	53533	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
137	NC_010157	TTAT	3	12	53572	53583	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010157	CATC	2	8	54184	54191	25 %	25 %	0 %	50 %	229270461
139	NC_010157	GGTA	2	8	54361	54368	25 %	25 %	50 %	0 %	229270461
140	NC_010157	GCCA	2	8	54997	55004	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_010157	CACT	2	8	55033	55040	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_010157	TCTG	2	8	55130	55137	0 %	50 %	25 %	25 %	162417820
143	NC_010157	TGAA	2	8	55190	55197	50 %	25 %	25 %	0 %	162417820
144	NC_010157	CAGT	2	8	55483	55490	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_010157	ATCC	2	8	55710	55717	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_010157	GCCA	2	8	56355	56362	25 %	0 %	25 %	50 %	162417746
147	NC_010157	CTGC	2	8	56604	56611	0 %	25 %	25 %	50 %	162417769
148	NC_010157	TGAC	2	8	57335	57342	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_010157	GCAG	2	8	57800	57807	25 %	0 %	50 %	25 %	162417804
150	NC_010157	TTAC	2	8	58490	58497	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_010157	CTTA	2	8	59050	59057	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_010157	CCTC	2	8	59911	59918	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
153	NC_010157	ACGT	2	8	60453	60460	25 %	25 %	25 %	25 %	162417818
154	NC_010157	AGCC	2	8	60898	60905	25 %	0 %	25 %	50 %	162417740
155	NC_010157	TGTC	2	8	61179	61186	0 %	50 %	25 %	25 %	162417740
156	NC_010157	AATG	2	8	62208	62215	50 %	25 %	25 %	0 %	162417740
157	NC_010157	CCTG	2	8	62785	62792	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
158	NC_010157	AGGG	2	8	63071	63078	25 %	0 %	75 %	0 %	162417814
159	NC_010157	GAAA	2	8	63800	63807	75 %	0 %	25 %	0 %	162417776
160	NC_010157	ATAA	2	8	63979	63986	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_010157	ATTT	2	8	64143	64150	25 %	75 %	0 %	0 %	162417781
162	NC_010157	ACAA	2	8	64445	64452	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
163	NC_010157	GGCT	2	8	65020	65027	0 %	25 %	50 %	25 %	162417780
164	NC_010157	GCAC	2	8	65121	65128	25 %	0 %	25 %	50 %	162417780
165	NC_010157	GGTC	2	8	65256	65263	0 %	25 %	50 %	25 %	162417780
166	NC_010157	CAGA	2	8	65341	65348	50 %	0 %	25 %	25 %	162417780
167	NC_010157	GGGA	2	8	65662	65669	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
168	NC_010157	TCTT	2	8	65831	65838	0 %	75 %	0 %	25 %	162417813
169	NC_010157	AAGA	2	8	65853	65860	75 %	0 %	25 %	0 %	162417813
170	NC_010157	CGAT	2	8	66744	66751	25 %	25 %	25 %	25 %	162417788
171	NC_010157	GCCA	2	8	67077	67084	25 %	0 %	25 %	50 %	162417736
172	NC_010157	GCGG	2	8	67500	67507	0 %	0 %	75 %	25 %	162417736
173	NC_010157	CGCC	2	8	67895	67902	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
174	NC_010157	CTGG	2	8	68024	68031	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
175	NC_010157	GTTC	2	8	68063	68070	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.