MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis Angola plasmid new_pCD

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010157	GTCA	2	8	565	572	25 %	25 %	25 %	25 %	162417772
2	NC_010157	TAAG	2	8	980	987	50 %	25 %	25 %	0 %	162417748
3	NC_010157	ATTT	2	8	1380	1387	25 %	75 %	0 %	0 %	162417742
4	NC_010157	AGCC	2	8	1530	1537	25 %	0 %	25 %	50 %	162417742
5	NC_010157	GCAG	2	8	1962	1969	25 %	0 %	50 %	25 %	162417742
6	NC_010157	GGAT	2	8	3269	3276	25 %	25 %	50 %	0 %	162417786
7	NC_010157	AGAT	2	8	3331	3338	50 %	25 %	25 %	0 %	162417786
8	NC_010157	AGAA	2	8	4041	4048	75 %	0 %	25 %	0 %	162417816
9	NC_010157	ACCA	2	8	4501	4508	50 %	0 %	0 %	50 %	162417816
10	NC_010157	TTCC	2	8	4754	4761	0 %	50 %	0 %	50 %	162417816
11	NC_010157	AAGC	2	8	4809	4816	50 %	0 %	25 %	25 %	162417816
12	NC_010157	AATT	2	8	4881	4888	50 %	50 %	0 %	0 %	162417816
13	NC_010157	GTCA	2	8	5082	5089	25 %	25 %	25 %	25 %	162417767
14	NC_010157	TCCA	2	8	5143	5150	25 %	25 %	0 %	50 %	162417767
15	NC_010157	GACT	2	8	5155	5162	25 %	25 %	25 %	25 %	162417767
16	NC_010157	GACT	2	8	5397	5404	25 %	25 %	25 %	25 %	162417767
17	NC_010157	ATCA	2	8	5664	5671	50 %	25 %	0 %	25 %	162417767
18	NC_010157	CCAT	2	8	5696	5703	25 %	25 %	0 %	50 %	162417767
19	NC_010157	TGGA	2	8	5836	5843	25 %	25 %	50 %	0 %	162417767
20	NC_010157	CTGC	2	8	7718	7725	0 %	25 %	25 %	50 %	162417783
21	NC_010157	AACA	2	8	9732	9739	75 %	0 %	0 %	25 %	162417795
22	NC_010157	TATT	2	8	9798	9805	25 %	75 %	0 %	0 %	162417795
23	NC_010157	GGCG	2	8	10862	10869	0 %	0 %	75 %	25 %	162417779
24	NC_010157	CCAA	2	8	11524	11531	50 %	0 %	0 %	50 %	162417763
25	NC_010157	TTTG	2	8	11538	11545	0 %	75 %	25 %	0 %	162417763
26	NC_010157	TAAA	2	8	12625	12632	75 %	25 %	0 %	0 %	162417752
27	NC_010157	TTAT	2	8	13170	13177	25 %	75 %	0 %	0 %	162417805
28	NC_010157	AATG	2	8	13951	13958	50 %	25 %	25 %	0 %	162417735
29	NC_010157	ATTT	2	8	14018	14025	25 %	75 %	0 %	0 %	162417735
30	NC_010157	CAAA	2	8	15252	15259	75 %	0 %	0 %	25 %	162417819
31	NC_010157	ACAT	2	8	15261	15268	50 %	25 %	0 %	25 %	162417819
32	NC_010157	TCAA	2	8	16989	16996	50 %	25 %	0 %	25 %	162417734
33	NC_010157	CTGT	2	8	17829	17836	0 %	50 %	25 %	25 %	162417734
34	NC_010157	GCTT	2	8	18072	18079	0 %	50 %	25 %	25 %	162417812
35	NC_010157	AGCC	2	8	18570	18577	25 %	0 %	25 %	50 %	162417812
36	NC_010157	CTTG	2	8	18610	18617	0 %	50 %	25 %	25 %	162417812
37	NC_010157	AAGC	2	8	18775	18782	50 %	0 %	25 %	25 %	162417812
38	NC_010157	TGGC	2	8	18894	18901	0 %	25 %	50 %	25 %	162417812
39	NC_010157	AGGA	2	8	19507	19514	50 %	0 %	50 %	0 %	162417760
40	NC_010157	TGAA	2	8	19627	19634	50 %	25 %	25 %	0 %	162417744
41	NC_010157	GTTG	2	8	20276	20283	0 %	50 %	50 %	0 %	162417744
42	NC_010157	GAGC	2	8	21005	21012	25 %	0 %	50 %	25 %	162417803
43	NC_010157	TAAT	2	8	21838	21845	50 %	50 %	0 %	0 %	162417764
44	NC_010157	CACG	2	8	22096	22103	25 %	0 %	25 %	50 %	162417764
45	NC_010157	ATCA	2	8	22310	22317	50 %	25 %	0 %	25 %	162417764
46	NC_010157	CTTT	2	8	22890	22897	0 %	75 %	0 %	25 %	162417764
47	NC_010157	AACC	2	8	23713	23720	50 %	0 %	0 %	50 %	162417766
48	NC_010157	GACT	2	8	23859	23866	25 %	25 %	25 %	25 %	162417797
49	NC_010157	GCTT	2	8	23971	23978	0 %	50 %	25 %	25 %	162417797
50	NC_010157	ACTC	2	8	24496	24503	25 %	25 %	0 %	50 %	162417811
51	NC_010157	ATCG	2	8	24533	24540	25 %	25 %	25 %	25 %	162417793
52	NC_010157	TCAC	2	8	24811	24818	25 %	25 %	0 %	50 %	162417778
53	NC_010157	GGTA	2	8	25022	25029	25 %	25 %	50 %	0 %	162417778
54	NC_010157	TCAC	2	8	25315	25322	25 %	25 %	0 %	50 %	162417778
55	NC_010157	GTAG	2	8	25871	25878	25 %	25 %	50 %	0 %	162417750
56	NC_010157	TTAC	2	8	25969	25976	25 %	50 %	0 %	25 %	162417750
57	NC_010157	GGGT	2	8	26118	26125	0 %	25 %	75 %	0 %	162417750
58	NC_010157	TGCT	2	8	26358	26365	0 %	50 %	25 %	25 %	162417750
59	NC_010157	GCTT	2	8	27214	27221	0 %	50 %	25 %	25 %	162417817
60	NC_010157	GCAG	2	8	27222	27229	25 %	0 %	50 %	25 %	162417817
61	NC_010157	TGCG	2	8	27808	27815	0 %	25 %	50 %	25 %	162417754
62	NC_010157	GGAA	2	8	27846	27853	50 %	0 %	50 %	0 %	162417754
63	NC_010157	AAAT	2	8	29599	29606	75 %	25 %	0 %	0 %	162417770
64	NC_010157	GTGA	2	8	30331	30338	25 %	25 %	50 %	0 %	162417761
65	NC_010157	AACC	2	8	30979	30986	50 %	0 %	0 %	50 %	162417741
66	NC_010157	ATTG	2	8	31050	31057	25 %	50 %	25 %	0 %	162417741
67	NC_010157	ACCC	2	8	31616	31623	25 %	0 %	0 %	75 %	162417792
68	NC_010157	ACCT	2	8	33428	33435	25 %	25 %	0 %	50 %	162417775
69	NC_010157	TTGC	2	8	34180	34187	0 %	50 %	25 %	25 %	162417806
70	NC_010157	AGCG	2	8	34390	34397	25 %	0 %	50 %	25 %	162417806
71	NC_010157	AGTC	2	8	34477	34484	25 %	25 %	25 %	25 %	162417806
72	NC_010157	TGGC	2	8	35801	35808	0 %	25 %	50 %	25 %	162417759
73	NC_010157	AGCG	2	8	35966	35973	25 %	0 %	50 %	25 %	162417759
74	NC_010157	TGAT	2	8	36391	36398	25 %	50 %	25 %	0 %	162417759
75	NC_010157	TGAT	2	8	36508	36515	25 %	50 %	25 %	0 %	162417759
76	NC_010157	TCGC	2	8	36733	36740	0 %	25 %	25 %	50 %	162417759
77	NC_010157	TTCT	2	8	37314	37321	0 %	75 %	0 %	25 %	162417743
78	NC_010157	TTCT	2	8	37590	37597	0 %	75 %	0 %	25 %	162417809
79	NC_010157	ACTA	2	8	38535	38542	50 %	25 %	0 %	25 %	162417784
80	NC_010157	AAAT	2	8	38659	38666	75 %	25 %	0 %	0 %	162417784
81	NC_010157	CAAA	2	8	38753	38760	75 %	0 %	0 %	25 %	162417739
82	NC_010157	AAAT	2	8	39115	39122	75 %	25 %	0 %	0 %	162417808
83	NC_010157	TTAT	2	8	39666	39673	25 %	75 %	0 %	0 %	162417765
84	NC_010157	GCTG	2	8	39978	39985	0 %	25 %	50 %	25 %	162417738
85	NC_010157	GAAG	2	8	40212	40219	50 %	0 %	50 %	0 %	162417757
86	NC_010157	AGTG	2	8	40752	40759	25 %	25 %	50 %	0 %	162417757
87	NC_010157	CACT	2	8	41240	41247	25 %	25 %	0 %	50 %	162417771
88	NC_010157	GGCT	2	8	41299	41306	0 %	25 %	50 %	25 %	162417771
89	NC_010157	CAGG	2	8	41888	41895	25 %	0 %	50 %	25 %	162417755
90	NC_010157	AGGT	2	8	42006	42013	25 %	25 %	50 %	0 %	162417755
91	NC_010157	TGTC	2	8	43297	43304	0 %	50 %	25 %	25 %	162417745
92	NC_010157	TCAT	2	8	44906	44913	25 %	50 %	0 %	25 %	162417751
93	NC_010157	CATA	2	8	45018	45025	50 %	25 %	0 %	25 %	162417751
94	NC_010157	GTAA	2	8	45513	45520	50 %	25 %	25 %	0 %	162417751
95	NC_010157	GCTG	2	8	46491	46498	0 %	25 %	50 %	25 %	162417756
96	NC_010157	GCAC	2	8	46745	46752	25 %	0 %	25 %	50 %	162417773
97	NC_010157	GGTC	2	8	46880	46887	0 %	25 %	50 %	25 %	162417773
98	NC_010157	CAGA	2	8	46965	46972	50 %	0 %	25 %	25 %	162417773
99	NC_010157	ATCC	2	8	48590	48597	25 %	25 %	0 %	50 %	162417798
100	NC_010157	ATTT	2	8	48690	48697	25 %	75 %	0 %	0 %	162417798
101	NC_010157	ATTT	2	8	48715	48722	25 %	75 %	0 %	0 %	162417798
102	NC_010157	CATC	2	8	50665	50672	25 %	25 %	0 %	50 %	162417777
103	NC_010157	CATC	2	8	54184	54191	25 %	25 %	0 %	50 %	229270461
104	NC_010157	GGTA	2	8	54361	54368	25 %	25 %	50 %	0 %	229270461
105	NC_010157	TCTG	2	8	55130	55137	0 %	50 %	25 %	25 %	162417820
106	NC_010157	TGAA	2	8	55190	55197	50 %	25 %	25 %	0 %	162417820
107	NC_010157	GCCA	2	8	56355	56362	25 %	0 %	25 %	50 %	162417746
108	NC_010157	CTGC	2	8	56604	56611	0 %	25 %	25 %	50 %	162417769
109	NC_010157	GCAG	2	8	57800	57807	25 %	0 %	50 %	25 %	162417804
110	NC_010157	ACGT	2	8	60453	60460	25 %	25 %	25 %	25 %	162417818
111	NC_010157	AGCC	2	8	60898	60905	25 %	0 %	25 %	50 %	162417740
112	NC_010157	TGTC	2	8	61179	61186	0 %	50 %	25 %	25 %	162417740
113	NC_010157	AATG	2	8	62208	62215	50 %	25 %	25 %	0 %	162417740
114	NC_010157	AGGG	2	8	63071	63078	25 %	0 %	75 %	0 %	162417814
115	NC_010157	GAAA	2	8	63800	63807	75 %	0 %	25 %	0 %	162417776
116	NC_010157	ATTT	2	8	64143	64150	25 %	75 %	0 %	0 %	162417781
117	NC_010157	GGCT	2	8	65020	65027	0 %	25 %	50 %	25 %	162417780
118	NC_010157	GCAC	2	8	65121	65128	25 %	0 %	25 %	50 %	162417780
119	NC_010157	GGTC	2	8	65256	65263	0 %	25 %	50 %	25 %	162417780
120	NC_010157	CAGA	2	8	65341	65348	50 %	0 %	25 %	25 %	162417780
121	NC_010157	TCTT	2	8	65831	65838	0 %	75 %	0 %	25 %	162417813
122	NC_010157	AAGA	2	8	65853	65860	75 %	0 %	25 %	0 %	162417813
123	NC_010157	CGAT	2	8	66744	66751	25 %	25 %	25 %	25 %	162417788
124	NC_010157	GCCA	2	8	67077	67084	25 %	0 %	25 %	50 %	162417736
125	NC_010157	GCGG	2	8	67500	67507	0 %	0 %	75 %	25 %	162417736

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.