MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 331 chromosome

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010117	AGAACA	2	12	20293	20304	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_010117	CGCACC	2	12	25500	25511	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_010117	AATTTG	2	12	28616	28627	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010117	AATAAA	2	12	43082	43093	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010117	GTAATT	2	12	48274	48285	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010117	AGTTAT	2	12	57187	57198	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010117	AAAACG	2	12	65297	65308	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_010117	TGGGAA	2	12	65526	65537	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010117	GCTCTT	2	12	83385	83396	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010117	AGGAAA	2	12	98586	98597	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010117	AATGAA	2	12	132253	132264	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010117	TGAAAA	2	12	145600	145611	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010117	CAAAAT	2	12	154382	154393	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_010117	AAATGG	2	12	204817	204828	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010117	TGGATA	2	12	220715	220726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010117	TTGGCA	2	12	222940	222951	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_010117	GTGCCT	2	12	225027	225038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010117	TGAAAT	2	12	245013	245024	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010117	TAAATT	2	12	246757	246768	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010117	TAATGC	2	12	248773	248784	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_010117	ATTTAT	2	12	248793	248804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010117	TAAAAA	2	12	249245	249256	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010117	TCCTGA	2	12	249989	250000	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010117	GTTTTT	2	12	251056	251067	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010117	GTTGGC	2	12	267704	267715	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_010117	ACCGGA	2	12	270556	270567	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_010117	TAAGGA	2	12	276053	276064	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010117	TTTTTG	2	12	278498	278509	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010117	GAAAGC	2	12	349835	349846	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_010117	CGGGGC	2	12	355819	355830	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010117	AACTGA	2	12	370734	370745	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_010117	CCAATA	2	12	387658	387669	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_010117	AAAATG	2	12	400701	400712	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010117	AACATC	2	12	401236	401247	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_010117	AAATTG	2	12	401303	401314	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010117	TTTCCT	2	12	403462	403473	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_010117	ATTTTT	2	12	410918	410929	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010117	AAATAA	2	12	441337	441348	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010117	AATATA	2	12	445189	445200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010117	AATTAA	2	12	445290	445301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010117	TTTTGA	2	12	445311	445322	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010117	AAAATA	2	12	445364	445375	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010117	AGTGCA	2	12	449759	449770	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_010117	TGTACA	2	12	450260	450271	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_010117	ATTGAA	2	12	457609	457620	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010117	ATTCCG	2	12	510126	510137	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010117	AAAATT	2	12	518626	518637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010117	GTTATT	2	12	524845	524856	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010117	TAATCC	2	12	530005	530016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_010117	CAAATC	2	12	530749	530760	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_010117	AATTTA	2	12	531332	531343	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010117	TTTTCA	2	12	531644	531655	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_010117	TTGGGG	2	12	534208	534219	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010117	ATGGGC	2	12	569793	569804	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_010117	AAAGAT	2	12	570232	570243	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010117	CTATTT	2	12	600020	600031	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_010117	TAAAAC	2	12	629877	629888	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_010117	CGAAAC	2	12	631277	631288	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010117	TTAAAG	2	12	681274	681285	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010117	AACGAG	2	12	737067	737078	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_010117	TCCTCA	2	12	742073	742084	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_010117	ATGGAA	2	12	745779	745790	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010117	TTAATG	2	12	751579	751590	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010117	TCAAAC	2	12	759538	759549	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_010117	AAAAAT	2	12	773120	773131	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010117	CAACAG	2	12	776783	776794	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_010117	AAAAAT	2	12	791286	791297	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010117	CAGTGA	2	12	791463	791474	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_010117	CTCACC	2	12	792403	792414	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_010117	TGGGGG	2	12	798200	798211	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010117	TGTAAT	2	12	804987	804998	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010117	GAATGA	2	12	810495	810506	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010117	ATAGAA	2	12	810802	810813	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010117	ATCTTT	2	12	819309	819320	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_010117	CTTACT	2	12	821937	821948	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_010117	AATAAA	2	12	826500	826511	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010117	TAATAT	2	12	843499	843510	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010117	CCTTAT	2	12	870008	870019	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010117	TGAAAT	2	12	870868	870879	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010117	ATTGTT	2	12	875854	875865	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010117	GCGACA	2	12	879335	879346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_010117	ACGATT	2	12	882092	882103	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_010117	GATGAG	2	12	882571	882582	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010117	AAATTT	2	12	882586	882597	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010117	TTTAAT	2	12	887881	887892	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010117	TCCTTA	2	12	940910	940921	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010117	TTCTTA	2	12	940922	940933	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_010117	ATTTTC	2	12	1010923	1010934	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_010117	CTCAAT	2	12	1014953	1014964	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010117	TCCCAA	2	12	1026187	1026198	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_010117	AAATAA	2	12	1054419	1054430	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010117	AAGAAT	2	12	1056109	1056120	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010117	TAAAAA	2	12	1059211	1059222	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010117	TAATTT	2	12	1067057	1067068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010117	AGGCAA	2	12	1072013	1072024	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_010117	AAAGCA	2	12	1072352	1072363	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_010117	CAAAAG	2	12	1073824	1073835	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010117	CTACGG	2	12	1074987	1074998	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010117	CACAGC	2	12	1133085	1133096	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_010117	CACCCA	2	12	1170396	1170407	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_010117	CCCGGT	2	12	1180652	1180663	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
102	NC_010117	TAAAAA	2	12	1182167	1182178	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010117	AAAAAC	2	12	1187801	1187812	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_010117	ACGCCA	2	12	1197419	1197430	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_010117	TCCTTT	2	12	1198606	1198617	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_010117	ATTTCT	2	12	1207584	1207595	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_010117	GTTATA	2	12	1233700	1233711	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010117	AATTTG	2	12	1236363	1236374	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010117	TGGGGG	2	12	1236870	1236881	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010117	TAGGGT	2	12	1303195	1303206	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010117	CCAATC	2	12	1325614	1325625	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_010117	TTCAGT	2	12	1353327	1353338	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_010117	TGAATA	2	12	1356764	1356775	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010117	AGAAAA	2	12	1371876	1371887	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010117	ACCCGA	2	12	1417160	1417171	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
116	NC_010117	AACCAT	2	12	1422034	1422045	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_010117	AGAGTC	2	12	1452729	1452740	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_010117	TCATTT	2	12	1453138	1453149	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_010117	AAAATC	2	12	1453554	1453565	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_010117	TCGTTA	2	12	1454146	1454157	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_010117	ATTAAT	2	12	1457190	1457201	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010117	TTGCAA	2	12	1485978	1485989	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_010117	AAAGAA	2	12	1490527	1490538	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010117	ATTTTT	2	12	1491439	1491450	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010117	GTAAGG	2	12	1492594	1492605	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010117	ATTTTT	2	12	1527615	1527626	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010117	ATTTTC	2	12	1531257	1531268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_010117	TTTGCC	2	12	1551240	1551251	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.