MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii RSA 331 chromosome

Total Repeats: 1736

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010117	TTTCT	2	10	53	62	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010117	TGGAT	2	10	291	300	20 %	40 %	40 %	0 %	161830473
3	NC_010117	AAATT	2	10	1642	1651	60 %	40 %	0 %	0 %	161831398
4	NC_010117	AGCGA	2	10	8078	8087	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010117	TCGCT	2	10	8128	8137	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_010117	TACTT	2	10	8147	8156	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_010117	AAATA	2	10	8911	8920	80 %	20 %	0 %	0 %	161831413
8	NC_010117	AAACT	2	10	12354	12363	60 %	20 %	0 %	20 %	161831338
9	NC_010117	TTTCG	2	10	12556	12565	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_010117	AATGG	2	10	15474	15483	40 %	20 %	40 %	0 %	161831122
11	NC_010117	TTTTA	2	10	15845	15854	20 %	80 %	0 %	0 %	161831130
12	NC_010117	TTTTA	2	10	17286	17295	20 %	80 %	0 %	0 %	161831015
13	NC_010117	GAAAT	2	10	17414	17423	60 %	20 %	20 %	0 %	161831015
14	NC_010117	TTGCG	2	10	18407	18416	0 %	40 %	40 %	20 %	161830023
15	NC_010117	TGATT	2	10	18862	18871	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010117	ACGAA	2	10	19017	19026	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_010117	GACAA	2	10	20173	20182	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010117	TTACT	2	10	20492	20501	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010117	TACAT	2	10	22923	22932	40 %	40 %	0 %	20 %	161831327
20	NC_010117	AAAAT	2	10	24825	24834	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010117	TTATT	2	10	24897	24906	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010117	TTGGT	2	10	25313	25322	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010117	GCAGC	2	10	25671	25680	20 %	0 %	40 %	40 %	161831441
24	NC_010117	GCCCG	2	10	26385	26394	0 %	0 %	40 %	60 %	161829860
25	NC_010117	ATACG	2	10	27304	27313	40 %	20 %	20 %	20 %	161829860
26	NC_010117	AATGC	2	10	29284	29293	40 %	20 %	20 %	20 %	161830734
27	NC_010117	CGAAA	2	10	29848	29857	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_010117	TTGGA	2	10	29961	29970	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010117	TTGTT	2	10	30672	30681	0 %	80 %	20 %	0 %	161830612
30	NC_010117	GTTTT	2	10	31000	31009	0 %	80 %	20 %	0 %	161830612
31	NC_010117	ATTCG	2	10	33739	33748	20 %	40 %	20 %	20 %	161831447
32	NC_010117	TGCGT	2	10	35017	35026	0 %	40 %	40 %	20 %	161829730
33	NC_010117	TGGGT	2	10	35883	35892	0 %	40 %	60 %	0 %	161831565
34	NC_010117	AGAGG	2	10	38245	38254	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010117	TTTAG	2	10	38765	38774	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010117	TAATT	2	10	38902	38911	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010117	TAAAT	2	10	40259	40268	60 %	40 %	0 %	0 %	161830478
38	NC_010117	TGGCA	2	10	42150	42159	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010117	TTAAA	2	10	42461	42470	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010117	GCTTG	2	10	42479	42488	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_010117	CCATT	2	10	43838	43847	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_010117	TGCGC	2	10	45764	45773	0 %	20 %	40 %	40 %	161830711
43	NC_010117	TTTTC	2	10	47680	47689	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010117	CGTAA	2	10	48154	48163	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_010117	CAGCC	2	10	51543	51552	20 %	0 %	20 %	60 %	161830390
46	NC_010117	AGCGA	2	10	54363	54372	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010117	AAGGT	2	10	54692	54701	40 %	20 %	40 %	0 %	161830931
48	NC_010117	ATTTT	2	10	56573	56582	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010117	ATTTA	2	10	58275	58284	40 %	60 %	0 %	0 %	161831059
50	NC_010117	ACAAA	2	10	58300	58309	80 %	0 %	0 %	20 %	161831059
51	NC_010117	TTTTA	2	10	58729	58738	20 %	80 %	0 %	0 %	161831197
52	NC_010117	CGATT	2	10	59752	59761	20 %	40 %	20 %	20 %	161831197
53	NC_010117	TTCGT	2	10	60608	60617	0 %	60 %	20 %	20 %	161830271
54	NC_010117	ACGAT	2	10	63007	63016	40 %	20 %	20 %	20 %	161831469
55	NC_010117	TTTAG	2	10	64245	64254	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010117	GCTTG	2	10	64605	64614	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010117	TTATT	2	10	64839	64848	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010117	AATTT	2	10	65912	65921	40 %	60 %	0 %	0 %	161831173
59	NC_010117	TAAGA	2	10	66102	66111	60 %	20 %	20 %	0 %	161831173
60	NC_010117	TAATA	2	10	66583	66592	60 %	40 %	0 %	0 %	161830759
61	NC_010117	TTCCC	2	10	70756	70765	0 %	40 %	0 %	60 %	161830028
62	NC_010117	GCAAT	2	10	71067	71076	40 %	20 %	20 %	20 %	161830028
63	NC_010117	GTTTT	2	10	73861	73870	0 %	80 %	20 %	0 %	161831337
64	NC_010117	GAAAA	2	10	74047	74056	80 %	0 %	20 %	0 %	161831337
65	NC_010117	CGCGA	2	10	75435	75444	20 %	0 %	40 %	40 %	161830232
66	NC_010117	AAATG	2	10	76058	76067	60 %	20 %	20 %	0 %	161830232
67	NC_010117	TTCAA	2	10	76799	76808	40 %	40 %	0 %	20 %	161829953
68	NC_010117	TCGCT	2	10	77747	77756	0 %	40 %	20 %	40 %	161830649
69	NC_010117	GTAGG	2	10	83147	83156	20 %	20 %	60 %	0 %	161831372
70	NC_010117	AGCGA	2	10	83297	83306	40 %	0 %	40 %	20 %	161830760
71	NC_010117	TGCTT	2	10	83403	83412	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_010117	GTTTG	2	10	85322	85331	0 %	60 %	40 %	0 %	161831617
73	NC_010117	ATCAA	2	10	85967	85976	60 %	20 %	0 %	20 %	161831101
74	NC_010117	GAATG	2	10	86607	86616	40 %	20 %	40 %	0 %	161829963
75	NC_010117	TCCAT	2	10	87759	87768	20 %	40 %	0 %	40 %	161830465
76	NC_010117	AATAA	2	10	88608	88617	80 %	20 %	0 %	0 %	161831390
77	NC_010117	CGGCG	2	10	88657	88666	0 %	0 %	60 %	40 %	161831390
78	NC_010117	TAATT	2	10	89151	89160	40 %	60 %	0 %	0 %	161830852
79	NC_010117	GTAAA	2	10	90032	90041	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010117	TCAGA	2	10	90050	90059	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_010117	CGCGG	2	10	90430	90439	0 %	0 %	60 %	40 %	161830827
82	NC_010117	CAATG	2	10	91012	91021	40 %	20 %	20 %	20 %	161830385
83	NC_010117	TTGTA	2	10	93644	93653	20 %	60 %	20 %	0 %	161829772
84	NC_010117	ATTGT	2	10	94723	94732	20 %	60 %	20 %	0 %	161829772
85	NC_010117	GCAAA	2	10	95151	95160	60 %	0 %	20 %	20 %	161829772
86	NC_010117	GATTG	2	10	96951	96960	20 %	40 %	40 %	0 %	161831058
87	NC_010117	CCATC	2	10	97540	97549	20 %	20 %	0 %	60 %	161829992
88	NC_010117	AAATT	2	10	99113	99122	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010117	ATTTA	2	10	100525	100534	40 %	60 %	0 %	0 %	161830966
90	NC_010117	TATCA	2	10	100830	100839	40 %	40 %	0 %	20 %	161829905
91	NC_010117	CGATA	2	10	103381	103390	40 %	20 %	20 %	20 %	161830748
92	NC_010117	CAATT	2	10	105909	105918	40 %	40 %	0 %	20 %	161830579
93	NC_010117	CGATT	2	10	106644	106653	20 %	40 %	20 %	20 %	161830579
94	NC_010117	ATAAA	2	10	106686	106695	80 %	20 %	0 %	0 %	161830579
95	NC_010117	CGAAA	2	10	109080	109089	60 %	0 %	20 %	20 %	161831284
96	NC_010117	CGCTT	2	10	109119	109128	0 %	40 %	20 %	40 %	161831284
97	NC_010117	TATAA	2	10	109885	109894	60 %	40 %	0 %	0 %	161831089
98	NC_010117	TGCAC	2	10	110336	110345	20 %	20 %	20 %	40 %	161829968
99	NC_010117	AATAA	2	10	110767	110776	80 %	20 %	0 %	0 %	161829866
100	NC_010117	TTTGG	2	10	112537	112546	0 %	60 %	40 %	0 %	161830424
101	NC_010117	CAGCG	2	10	114888	114897	20 %	0 %	40 %	40 %	161830558
102	NC_010117	TTTCT	2	10	115179	115188	0 %	80 %	0 %	20 %	161830394
103	NC_010117	ACATA	2	10	115952	115961	60 %	20 %	0 %	20 %	161830394
104	NC_010117	TGCGC	2	10	118508	118517	0 %	20 %	40 %	40 %	161830490
105	NC_010117	AATTG	2	10	118915	118924	40 %	40 %	20 %	0 %	161830833
106	NC_010117	AACGC	2	10	121030	121039	40 %	0 %	20 %	40 %	161831365
107	NC_010117	GTTGA	2	10	123862	123871	20 %	40 %	40 %	0 %	161830941
108	NC_010117	ATCCA	2	10	125560	125569	40 %	20 %	0 %	40 %	161831200
109	NC_010117	AATAT	2	10	128157	128166	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010117	CCTTA	2	10	128845	128854	20 %	40 %	0 %	40 %	161830938
111	NC_010117	TTTAA	2	10	132238	132247	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010117	GCATG	2	10	133820	133829	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_010117	GAAAA	2	10	134066	134075	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010117	GAAGC	2	10	134284	134293	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_010117	TTTCG	2	10	134324	134333	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_010117	CAGAA	2	10	136431	136440	60 %	0 %	20 %	20 %	161830634
117	NC_010117	AAAGG	2	10	136477	136486	60 %	0 %	40 %	0 %	161830634
118	NC_010117	TCGCT	2	10	139329	139338	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_010117	ATGAT	2	10	141399	141408	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010117	ATTTA	2	10	142370	142379	40 %	60 %	0 %	0 %	161831472
121	NC_010117	TTAAA	2	10	142934	142943	60 %	40 %	0 %	0 %	161830080
122	NC_010117	TTAAA	2	10	143919	143928	60 %	40 %	0 %	0 %	161830080
123	NC_010117	ATTAA	2	10	143929	143938	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010117	AACAA	2	10	145056	145065	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_010117	GAAAA	2	10	145210	145219	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010117	GTTTT	2	10	146343	146352	0 %	80 %	20 %	0 %	161829880
127	NC_010117	TGAAA	2	10	146784	146793	60 %	20 %	20 %	0 %	161829880
128	NC_010117	GCGCC	2	10	151081	151090	0 %	0 %	40 %	60 %	161829742
129	NC_010117	TCGTT	2	10	151417	151426	0 %	60 %	20 %	20 %	161831251
130	NC_010117	TGGAG	2	10	152178	152187	20 %	20 %	60 %	0 %	161831251
131	NC_010117	CTTGT	2	10	153920	153929	0 %	60 %	20 %	20 %	161830616
132	NC_010117	ATTTA	2	10	155419	155428	40 %	60 %	0 %	0 %	161831311
133	NC_010117	TTAAT	2	10	156850	156859	40 %	60 %	0 %	0 %	161831560
134	NC_010117	TTATT	2	10	159553	159562	20 %	80 %	0 %	0 %	161830087
135	NC_010117	TTATT	2	10	160759	160768	20 %	80 %	0 %	0 %	161830087
136	NC_010117	TGATT	2	10	160907	160916	20 %	60 %	20 %	0 %	161830087
137	NC_010117	TTCCT	2	10	161467	161476	0 %	60 %	0 %	40 %	161830700
138	NC_010117	GATTG	2	10	163519	163528	20 %	40 %	40 %	0 %	161830284
139	NC_010117	ACAAT	2	10	165543	165552	60 %	20 %	0 %	20 %	161830501
140	NC_010117	CATGC	2	10	165825	165834	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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142	NC_010117	TCCCT	2	10	166074	166083	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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264	NC_010117	AAGTA	2	10	318817	318826	60 %	20 %	20 %	0 %	161829862
265	NC_010117	AATGC	2	10	318900	318909	40 %	20 %	20 %	20 %	161829862
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270	NC_010117	CGAAA	2	10	324897	324906	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
271	NC_010117	TCGCT	2	10	325118	325127	0 %	40 %	20 %	40 %	161831476
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274	NC_010117	CGCTG	2	10	326208	326217	0 %	20 %	40 %	40 %	161831037
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