MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii RSA 331 plasmid QpH1

Total Repeats: 40

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010115	TCTTA	2	10	1057	1066	20 %	60 %	0 %	20 %	161789069
2	NC_010115	CTGGG	2	10	3236	3245	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010115	TTATT	2	10	4938	4947	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010115	TTAAC	2	10	5687	5696	40 %	40 %	0 %	20 %	161789084
5	NC_010115	GAAAA	2	10	7685	7694	80 %	0 %	20 %	0 %	161789104
6	NC_010115	TCGGC	2	10	9738	9747	0 %	20 %	40 %	40 %	161789065
7	NC_010115	TTTAA	2	10	12104	12113	40 %	60 %	0 %	0 %	161789089
8	NC_010115	TCGAA	2	10	12606	12615	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010115	TTTAT	2	10	13782	13791	20 %	80 %	0 %	0 %	161789102
10	NC_010115	CTTTT	2	10	14726	14735	0 %	80 %	0 %	20 %	161789082
11	NC_010115	TGATT	2	10	16954	16963	20 %	60 %	20 %	0 %	161789068
12	NC_010115	GCAAT	2	10	17975	17984	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010115	ATGAT	2	10	18020	18029	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010115	TTAAT	2	10	18146	18155	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010115	ATCCC	2	10	18350	18359	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
16	NC_010115	ATCAA	2	10	18527	18536	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_010115	ATAAA	2	10	18628	18637	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010115	GTTTC	2	10	20454	20463	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010115	TTACG	2	10	22327	22336	20 %	40 %	20 %	20 %	161789071
20	NC_010115	AAACA	2	10	23832	23841	80 %	0 %	0 %	20 %	161789092
21	NC_010115	GAATG	2	10	24342	24351	40 %	20 %	40 %	0 %	161789091
22	NC_010115	AGATT	2	10	24757	24766	40 %	40 %	20 %	0 %	161789091
23	NC_010115	ATAAA	2	10	25132	25141	80 %	20 %	0 %	0 %	161789091
24	NC_010115	TTGAA	2	10	25201	25210	40 %	40 %	20 %	0 %	161789091
25	NC_010115	CGGGA	2	10	25399	25408	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010115	GAGCT	2	10	25593	25602	20 %	20 %	40 %	20 %	161789076
27	NC_010115	GCCAC	2	10	30228	30237	20 %	0 %	20 %	60 %	161789106
28	NC_010115	ATTTT	2	10	31161	31170	20 %	80 %	0 %	0 %	161789106
29	NC_010115	AGTTA	2	10	31291	31300	40 %	40 %	20 %	0 %	161789086
30	NC_010115	TGATA	2	10	31586	31595	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010115	TGAAA	2	10	31601	31610	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010115	GAAAG	2	10	31686	31695	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010115	AAGCA	2	10	31830	31839	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_010115	CAATG	2	10	31947	31956	40 %	20 %	20 %	20 %	161789103
35	NC_010115	TTTTC	2	10	32810	32819	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_010115	TTATA	2	10	33023	33032	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010115	CTTAT	2	10	34136	34145	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010115	ATTAT	2	10	34210	34219	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010115	CGATC	2	10	34906	34915	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_010115	CGATC	2	10	36762	36771	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.