MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 331 plasmid QpH1

Total Repeats: 74

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010115	TTCA	2	8	589	596	25 %	50 %	0 %	25 %	161789069
2	NC_010115	TCTT	2	8	823	830	0 %	75 %	0 %	25 %	161789069
3	NC_010115	ATAA	2	8	1375	1382	75 %	25 %	0 %	0 %	161789069
4	NC_010115	TTAA	2	8	3369	3376	50 %	50 %	0 %	0 %	161789100
5	NC_010115	TATT	2	8	3570	3577	25 %	75 %	0 %	0 %	161789067
6	NC_010115	GAAC	2	8	5543	5550	50 %	0 %	25 %	25 %	161789084
7	NC_010115	AAGA	2	8	6686	6693	75 %	0 %	25 %	0 %	161789093
8	NC_010115	TTAC	2	8	7273	7280	25 %	50 %	0 %	25 %	161789104
9	NC_010115	AACT	2	8	7598	7605	50 %	25 %	0 %	25 %	161789104
10	NC_010115	CGAC	2	8	7824	7831	25 %	0 %	25 %	50 %	161789104
11	NC_010115	TCGT	2	8	7945	7952	0 %	50 %	25 %	25 %	161789104
12	NC_010115	ATGG	2	8	7986	7993	25 %	25 %	50 %	0 %	161789104
13	NC_010115	TGAA	2	8	8065	8072	50 %	25 %	25 %	0 %	161789104
14	NC_010115	CTTT	2	8	8152	8159	0 %	75 %	0 %	25 %	161789104
15	NC_010115	AATT	2	8	8269	8276	50 %	50 %	0 %	0 %	161789104
16	NC_010115	GCTG	2	8	8402	8409	0 %	25 %	50 %	25 %	161789104
17	NC_010115	AGAT	2	8	8452	8459	50 %	25 %	25 %	0 %	161789104
18	NC_010115	GCAA	2	8	9286	9293	50 %	0 %	25 %	25 %	161789088
19	NC_010115	TCAA	2	8	9557	9564	50 %	25 %	0 %	25 %	161789088
20	NC_010115	TTTG	2	8	9710	9717	0 %	75 %	25 %	0 %	161789065
21	NC_010115	CAGC	2	8	10154	10161	25 %	0 %	25 %	50 %	161789065
22	NC_010115	CAAA	2	8	11697	11704	75 %	0 %	0 %	25 %	161789089
23	NC_010115	ACGT	2	8	11912	11919	25 %	25 %	25 %	25 %	161789089
24	NC_010115	AGGC	2	8	11975	11982	25 %	0 %	50 %	25 %	161789089
25	NC_010115	ATTG	2	8	12069	12076	25 %	50 %	25 %	0 %	161789089
26	NC_010115	ATTT	2	8	12703	12710	25 %	75 %	0 %	0 %	161789099
27	NC_010115	TTAA	2	8	12720	12727	50 %	50 %	0 %	0 %	161789099
28	NC_010115	GATG	2	8	12932	12939	25 %	25 %	50 %	0 %	161789097
29	NC_010115	TCCA	2	8	13089	13096	25 %	25 %	0 %	50 %	161789097
30	NC_010115	GGTT	2	8	15701	15708	0 %	50 %	50 %	0 %	161789068
31	NC_010115	GTGA	2	8	15775	15782	25 %	25 %	50 %	0 %	161789068
32	NC_010115	CTTT	2	8	15812	15819	0 %	75 %	0 %	25 %	161789068
33	NC_010115	TTTG	2	8	15930	15937	0 %	75 %	25 %	0 %	161789068
34	NC_010115	GTTT	2	8	15973	15980	0 %	75 %	25 %	0 %	161789068
35	NC_010115	TTTC	2	8	16995	17002	0 %	75 %	0 %	25 %	161789068
36	NC_010115	GCAA	2	8	17006	17013	50 %	0 %	25 %	25 %	161789068
37	NC_010115	AGCG	2	8	17248	17255	25 %	0 %	50 %	25 %	161789068
38	NC_010115	TTCT	2	8	18796	18803	0 %	75 %	0 %	25 %	161789066
39	NC_010115	ACCC	2	8	20031	20038	25 %	0 %	0 %	75 %	161789081
40	NC_010115	CTTC	2	8	20089	20096	0 %	50 %	0 %	50 %	161789081
41	NC_010115	ATTG	2	8	20718	20725	25 %	50 %	25 %	0 %	161789072
42	NC_010115	TTTC	2	8	20766	20773	0 %	75 %	0 %	25 %	161789072
43	NC_010115	GTTT	2	8	21379	21386	0 %	75 %	25 %	0 %	161789072
44	NC_010115	GGAA	2	8	22069	22076	50 %	0 %	50 %	0 %	161789071
45	NC_010115	ATTG	2	8	22564	22571	25 %	50 %	25 %	0 %	161789071
46	NC_010115	ATGA	2	8	22648	22655	50 %	25 %	25 %	0 %	161789071
47	NC_010115	TTCT	2	8	22817	22824	0 %	75 %	0 %	25 %	161789071
48	NC_010115	TAAT	2	8	22961	22968	50 %	50 %	0 %	0 %	161789071
49	NC_010115	TAAA	2	8	23145	23152	75 %	25 %	0 %	0 %	161789092
50	NC_010115	CAGC	2	8	23321	23328	25 %	0 %	25 %	50 %	161789092
51	NC_010115	GAAT	2	8	24088	24095	50 %	25 %	25 %	0 %	161789091
52	NC_010115	AAAG	2	8	24178	24185	75 %	0 %	25 %	0 %	161789091
53	NC_010115	TTTA	2	8	24200	24207	25 %	75 %	0 %	0 %	161789091
54	NC_010115	TAAT	2	8	24814	24821	50 %	50 %	0 %	0 %	161789091
55	NC_010115	GAAA	2	8	25082	25089	75 %	0 %	25 %	0 %	161789091
56	NC_010115	GCTT	2	8	25281	25288	0 %	50 %	25 %	25 %	161789091
57	NC_010115	TTCT	2	8	25494	25501	0 %	75 %	0 %	25 %	161789076
58	NC_010115	CGAA	2	8	25665	25672	50 %	0 %	25 %	25 %	161789076
59	NC_010115	GGGT	2	8	26518	26525	0 %	25 %	75 %	0 %	161789074
60	NC_010115	GAAC	2	8	26764	26771	50 %	0 %	25 %	25 %	161789074
61	NC_010115	TTCA	2	8	28078	28085	25 %	50 %	0 %	25 %	161789064
62	NC_010115	AGCA	2	8	28408	28415	50 %	0 %	25 %	25 %	161789064
63	NC_010115	GTTT	2	8	28959	28966	0 %	75 %	25 %	0 %	161789079
64	NC_010115	AATT	2	8	29325	29332	50 %	50 %	0 %	0 %	161789079
65	NC_010115	TGAT	2	8	29451	29458	25 %	50 %	25 %	0 %	161789079
66	NC_010115	CCGG	2	8	29696	29703	0 %	0 %	50 %	50 %	161789079
67	NC_010115	CTTG	2	8	30659	30666	0 %	50 %	25 %	25 %	161789106
68	NC_010115	TTGA	2	8	30985	30992	25 %	50 %	25 %	0 %	161789106
69	NC_010115	TTCT	2	8	31022	31029	0 %	75 %	0 %	25 %	161789106
70	NC_010115	TTTA	2	8	32049	32056	25 %	75 %	0 %	0 %	161789103
71	NC_010115	AAAT	2	8	32248	32255	75 %	25 %	0 %	0 %	161789103
72	NC_010115	GAAA	2	8	32359	32366	75 %	0 %	25 %	0 %	161789103
73	NC_010115	ACCA	2	8	32516	32523	50 %	0 %	0 %	50 %	161789087
74	NC_010115	ATGA	2	8	32676	32683	50 %	25 %	25 %	0 %	161789087

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.