MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 331 plasmid QpH1

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010115	AGA	3	9	58	66	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010115	CGA	2	6	1717	1722	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010115	CTT	2	6	1762	1767	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010115	ATT	2	6	1847	1852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010115	TCC	2	6	2134	2139	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_010115	TAA	3	9	2812	2820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010115	GAA	2	6	2841	2846	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010115	TTC	2	6	2864	2869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010115	TAC	2	6	3157	3162	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010115	ACG	2	6	3200	3205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_010115	CTA	2	6	4359	4364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_010115	TTC	2	6	4379	4384	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_010115	AGA	2	6	4445	4450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010115	CTT	2	6	4451	4456	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010115	CAA	2	6	4841	4846	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_010115	TGA	3	9	4867	4875	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010115	GAA	2	6	4961	4966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010115	TTA	2	6	4968	4973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010115	AGA	2	6	5173	5178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010115	GAT	2	6	5180	5185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010115	AAG	2	6	5701	5706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010115	AAT	2	6	6777	6782	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010115	GAG	2	6	6789	6794	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010115	GAG	2	6	9633	9638	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010115	AAT	2	6	10725	10730	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010115	TTG	2	6	10842	10847	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010115	CCT	2	6	10925	10930	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_010115	GTA	2	6	10948	10953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010115	TAA	2	6	10983	10988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010115	ATA	2	6	11010	11015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010115	ATT	2	6	11060	11065	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010115	TTG	2	6	11086	11091	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010115	ATT	2	6	11099	11104	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010115	TGC	2	6	11142	11147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_010115	ATA	2	6	12317	12322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010115	TAA	2	6	12361	12366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010115	CCT	2	6	12394	12399	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_010115	TTA	2	6	12413	12418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010115	ATA	2	6	12505	12510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010115	AGA	2	6	12535	12540	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010115	TCT	2	6	13250	13255	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_010115	GAA	2	6	13300	13305	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010115	CTT	2	6	13357	13362	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010115	TCT	2	6	13366	13371	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010115	ACC	2	6	13476	13481	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_010115	TGC	2	6	13517	13522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010115	TTC	2	6	13523	13528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_010115	CAT	2	6	13552	13557	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010115	ATT	2	6	13666	13671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010115	TAT	2	6	13680	13685	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010115	TAA	2	6	13711	13716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010115	ATT	2	6	13906	13911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010115	CAG	2	6	14201	14206	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010115	TGA	2	6	14377	14382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010115	GCC	2	6	15466	15471	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_010115	TCT	2	6	17990	17995	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_010115	GAT	2	6	18052	18057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010115	ATT	2	6	18081	18086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010115	GAT	2	6	18139	18144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010115	TAT	2	6	18333	18338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010115	TTA	2	6	18391	18396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010115	AAT	2	6	18417	18422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010115	TCA	2	6	18505	18510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_010115	AGA	2	6	18561	18566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010115	ACT	2	6	18584	18589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_010115	GAA	2	6	18598	18603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010115	TTA	3	9	19215	19223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010115	ATT	2	6	19308	19313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010115	ATC	2	6	19459	19464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_010115	TAA	2	6	19640	19645	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010115	TTG	2	6	19672	19677	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010115	TCT	2	6	19707	19712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010115	TTC	2	6	20300	20305	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_010115	CGC	2	6	20403	20408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_010115	CTA	2	6	20425	20430	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_010115	CAA	2	6	20481	20486	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_010115	CTT	2	6	20492	20497	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_010115	TTC	2	6	20567	20572	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010115	TCC	2	6	21500	21505	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_010115	AAT	2	6	21787	21792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010115	ATA	2	6	26054	26059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010115	GAG	2	6	26080	26085	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010115	TTA	2	6	26242	26247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010115	TAA	2	6	26259	26264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010115	TTG	2	6	26361	26366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010115	GTC	2	6	27027	27032	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010115	CCG	2	6	27085	27090	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_010115	CAT	2	6	27257	27262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010115	TGA	2	6	27315	27320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010115	AGA	2	6	27373	27378	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010115	TTC	2	6	27605	27610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_010115	GCC	2	6	27624	27629	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_010115	ACA	2	6	28698	28703	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_010115	ATA	2	6	28754	28759	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010115	ATG	2	6	28760	28765	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010115	TGT	2	6	29990	29995	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010115	GCT	2	6	30019	30024	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_010115	AAT	2	6	31397	31402	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010115	ATT	3	9	31471	31479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010115	TAA	2	6	31480	31485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010115	TAT	3	9	31632	31640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010115	AAT	2	6	31668	31673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010115	TCC	2	6	31705	31710	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_010115	ATA	2	6	31781	31786	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010115	TGA	2	6	31817	31822	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010115	GAA	2	6	31851	31856	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010115	ATT	2	6	31884	31889	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010115	GAT	2	6	32435	32440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010115	ATT	2	6	32827	32832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010115	ATA	2	6	32905	32910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010115	AGC	2	6	32925	32930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_010115	AGA	2	6	32948	32953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010115	AAT	2	6	32991	32996	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010115	TGA	2	6	33449	33454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010115	ATT	2	6	33553	33558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010115	GTA	2	6	33618	33623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010115	GAT	2	6	33627	33632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010115	ATA	2	6	33667	33672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010115	TTA	2	6	33707	33712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010115	ATT	2	6	33769	33774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010115	ACC	2	6	33891	33896	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_010115	TTA	2	6	33959	33964	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010115	ACA	2	6	34085	34090	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_010115	ACA	2	6	34092	34097	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_010115	TTC	2	6	34130	34135	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_010115	GAA	2	6	34248	34253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010115	CGT	2	6	34259	34264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_010115	AGG	2	6	34284	34289	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010115	ACC	2	6	34310	34315	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_010115	ACG	2	6	34592	34597	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_010115	CTA	2	6	34630	34635	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_010115	CAA	2	6	34724	34729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_010115	ACG	2	6	34734	34739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_010115	CAA	2	6	35227	35232	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_010115	CAT	2	6	35325	35330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_010115	CGG	2	6	35340	35345	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_010115	ATG	2	6	35448	35453	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010115	GAT	2	6	35494	35499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010115	TAT	2	6	35513	35518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010115	GCC	2	6	35561	35566	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_010115	ACG	2	6	35652	35657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_010115	ATG	2	6	35712	35717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010115	CAG	2	6	35738	35743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_010115	GAT	2	6	35792	35797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010115	GCG	2	6	36078	36083	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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147	NC_010115	GAT	2	6	36202	36207	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010115	ACG	2	6	36237	36242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_010115	GAT	2	6	36371	36376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010115	GCA	2	6	36402	36407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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158	NC_010115	ACC	2	6	37200	37205	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
159	NC_010115	ATT	2	6	37268	37273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.