MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosopumilus maritimus SCM1 chromosome

Total Repeats: 188

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010085	AAACT	2	10	57	66	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010085	CTATT	2	10	74	83	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010085	TTGTG	2	10	2838	2847	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010085	CAAAA	2	10	12238	12247	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010085	ATAAA	2	10	13742	13751	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010085	CTTTT	2	10	15238	15247	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_010085	CAATA	2	10	15408	15417	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010085	TGTTA	2	10	24346	24355	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010085	GTTCT	2	10	26733	26742	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_010085	TATAC	2	10	26994	27003	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_010085	TTTTA	2	10	49256	49265	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010085	ACTAA	2	10	59661	59670	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010085	TAAAA	2	10	71432	71441	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010085	TTGAC	2	10	78871	78880	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010085	ATTTC	2	10	95433	95442	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_010085	TAAAA	2	10	97601	97610	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010085	ATCTA	2	10	97635	97644	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010085	TTAAA	2	10	119855	119864	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010085	TTTAA	2	10	123465	123474	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010085	ATTTA	2	10	127204	127213	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010085	TCAAT	2	10	140316	140325	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_010085	AATGT	2	10	141265	141274	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010085	AGTAT	2	10	175028	175037	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010085	TAAAA	2	10	178103	178112	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010085	TGATT	2	10	178574	178583	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010085	TTAAC	2	10	181226	181235	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_010085	ACCAA	2	10	200148	200157	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_010085	ATTTT	2	10	206464	206473	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010085	TAAAA	2	10	210097	210106	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010085	GCATG	2	10	224939	224948	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_010085	AAAAG	2	10	232697	232706	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010085	CAAAT	2	10	244192	244201	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010085	CGTTA	2	10	262464	262473	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_010085	CTGTT	2	10	262672	262681	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_010085	AGATC	2	10	268887	268896	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_010085	TTTTA	2	10	270285	270294	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010085	CTTTA	2	10	288805	288814	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010085	GGAAA	2	10	328234	328243	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010085	AAAAG	2	10	342769	342778	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010085	AAATC	2	10	347983	347992	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_010085	TTCAT	2	10	370800	370809	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_010085	TAAAA	2	10	395743	395752	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010085	TATTT	2	10	414403	414412	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010085	ATCTA	2	10	418019	418028	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_010085	TGCAA	2	10	419789	419798	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_010085	TCTTT	2	10	432563	432572	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010085	AATTT	2	10	434535	434544	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010085	TATAA	2	10	444944	444953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010085	TGTTT	2	10	463294	463303	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010085	ACTTT	2	10	464648	464657	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_010085	TTTAA	2	10	469919	469928	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010085	CTGTA	2	10	482348	482357	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_010085	TGAAT	2	10	482692	482701	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010085	TGAAT	2	10	510727	510736	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010085	ATTAT	2	10	510754	510763	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010085	GGTAC	2	10	522445	522454	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010085	TTGAT	2	10	552757	552766	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010085	AATCA	2	10	570589	570598	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010085	CTCAT	2	10	579002	579011	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_010085	GTGAT	2	10	583253	583262	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010085	AAAAT	2	10	600005	600014	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010085	CTGTA	2	10	606543	606552	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010085	AATTC	2	10	621532	621541	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010085	TTGTT	2	10	623977	623986	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010085	GAATA	2	10	683431	683440	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010085	CAATT	2	10	689953	689962	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_010085	AAATT	2	10	690088	690097	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010085	CACAA	2	10	694966	694975	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_010085	CAATA	2	10	701868	701877	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010085	TTTTC	2	10	705760	705769	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_010085	AAAAT	2	10	707045	707054	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010085	TTTAA	2	10	717144	717153	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010085	AGAAA	2	10	718736	718745	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010085	TTCAT	2	10	729131	729140	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_010085	CTGAT	2	10	732457	732466	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_010085	TAGAT	2	10	737968	737977	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010085	ATCTT	2	10	738994	739003	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_010085	TGAAT	2	10	776400	776409	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010085	CAAGA	2	10	778718	778727	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_010085	TATTT	2	10	781249	781258	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010085	CTGCA	2	10	781984	781993	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_010085	ATTTT	2	10	782925	782934	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010085	AAGTA	2	10	783243	783252	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010085	ATTGG	2	10	787755	787764	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010085	TGAAA	2	10	789374	789383	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010085	TACAA	2	10	789403	789412	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_010085	ATGAA	2	10	792772	792781	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010085	ATTTT	2	10	820998	821007	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010085	ATACA	2	10	827508	827517	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_010085	TTAGT	2	10	847767	847776	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010085	TAAAT	2	10	855969	855978	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010085	CAAAA	2	10	856245	856254	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_010085	AGTAT	2	10	872473	872482	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010085	ATAAA	2	10	875872	875881	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010085	TGTTA	2	10	885547	885556	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010085	TAACT	2	10	886518	886527	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_010085	GATTT	2	10	888063	888072	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010085	ATAAA	2	10	888919	888928	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010085	GTAAC	2	10	890333	890342	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_010085	CTAGC	2	10	895313	895322	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_010085	CCATG	2	10	895529	895538	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_010085	TGCAT	2	10	896183	896192	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010085	GAAAA	2	10	899800	899809	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010085	CAAGC	2	10	906518	906527	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_010085	TCAGA	2	10	909148	909157	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_010085	ACAAA	2	10	913971	913980	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_010085	ACAAA	2	10	921374	921383	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_010085	TTTTG	2	10	938251	938260	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010085	TACAG	2	10	1004212	1004221	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_010085	AAATC	2	10	1004340	1004349	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_010085	AGATT	2	10	1004398	1004407	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010085	GTAAA	2	10	1013587	1013596	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010085	TTTCT	2	10	1019685	1019694	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_010085	TGCAG	2	10	1025723	1025732	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_010085	GTTTG	2	10	1029529	1029538	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010085	TTTGA	2	10	1031514	1031523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010085	ACATT	2	10	1031568	1031577	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_010085	GTAAA	2	10	1036806	1036815	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010085	GTATT	2	10	1038280	1038289	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010085	TTAAT	2	10	1041890	1041899	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010085	AAAAT	2	10	1042571	1042580	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010085	AAAAC	2	10	1045612	1045621	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_010085	TAAAA	2	10	1048439	1048448	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010085	CAAAA	2	10	1051947	1051956	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_010085	TTTGC	2	10	1065075	1065084	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_010085	GCTTT	2	10	1068552	1068561	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_010085	TAATC	2	10	1071379	1071388	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_010085	AAATG	2	10	1084655	1084664	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010085	TTGAT	2	10	1102238	1102247	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010085	TGTTA	2	10	1154573	1154582	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010085	AAATA	2	10	1169572	1169581	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010085	AATTT	2	10	1174216	1174225	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010085	GAGAA	2	10	1185017	1185026	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010085	TCCAA	2	10	1191164	1191173	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_010085	TGCAC	3	15	1195159	1195173	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_010085	AGATA	2	10	1216857	1216866	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010085	AAAAT	2	10	1217031	1217040	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010085	TCAAT	2	10	1219693	1219702	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_010085	CATTA	2	10	1221212	1221221	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_010085	CTTGT	2	10	1225797	1225806	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_010085	TTTTG	2	10	1226135	1226144	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010085	AAATT	2	10	1234357	1234366	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010085	GGTCT	2	10	1237561	1237570	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_010085	GATGA	2	10	1244332	1244341	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010085	TAGAA	2	10	1248337	1248346	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010085	ACCCA	2	10	1250883	1250892	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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187	NC_010085	GTTCA	2	10	1643531	1643540	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
188	NC_010085	AGTTG	2	10	1643544	1643553	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.