MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 chromosome

Total Repeats: 1539

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010079	GTTGAA	2	12	3218	3229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508268
2	NC_010079	ATAAAT	2	12	3319	3330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010079	TTTAAA	2	12	3496	3507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010079	TGGCGG	2	12	5396	5407	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	161508271
5	NC_010079	GTTATC	2	12	7324	7335	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	161508272
6	NC_010079	CAGATA	2	12	8233	8244	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	161508272
7	NC_010079	CAAGCT	2	12	8292	8303	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	161508272
8	NC_010079	GTAATG	2	12	9280	9291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508272
9	NC_010079	ACAATT	2	12	11279	11290	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	161508274
10	NC_010079	TAGCAT	2	12	11374	11385	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	161508274
11	NC_010079	TAAATC	2	12	17189	17200	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_010079	GCTTTA	2	12	17467	17478	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	161508279
13	NC_010079	TTTGAA	2	12	18288	18299	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	161508279
14	NC_010079	TAAAGG	2	12	20335	20346	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	161508281
15	NC_010079	TTGAAG	2	12	20532	20543	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508281
16	NC_010079	TGATTG	2	12	21736	21747	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	161508282
17	NC_010079	TGAAAT	2	12	22067	22078	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	161508282
18	NC_010079	AAGGAA	2	12	22505	22516	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508283
19	NC_010079	TGAATT	2	12	25434	25445	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	161508284
20	NC_010079	ATTTCA	2	12	27918	27929	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	161508286
21	NC_010079	CTAAAG	2	12	29052	29063	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	161508287
22	NC_010079	ATCAGC	2	12	31235	31246	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	161508289
23	NC_010079	AAAAGA	2	12	33876	33887	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	161508290
24	NC_010079	ACATCT	2	12	35530	35541	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508291
25	NC_010079	GTTTAA	2	12	36095	36106	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	161508292
26	NC_010079	AAAAAT	2	12	37786	37797	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010079	AATGAA	2	12	39022	39033	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	161508295
28	NC_010079	ACAACT	2	12	41087	41098	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	161508296
29	NC_010079	GCTAAA	2	12	42326	42337	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	161508298
30	NC_010079	GTATGA	2	12	49612	49623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508306
31	NC_010079	AATTAA	2	12	52418	52429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010079	GAAGGT	2	12	54443	54454	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	161508309
33	NC_010079	TATTAA	2	12	57506	57517	50 %	50 %	0 %	0 %	161508312
34	NC_010079	TTATAG	2	12	59681	59692	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	161508314
35	NC_010079	AAAATT	2	12	60252	60263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508315
36	NC_010079	ATAACT	2	12	61427	61438	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	161508318
37	NC_010079	TAAAAT	2	12	62618	62629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508320
38	NC_010079	TATAAA	2	12	63579	63590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010079	AGACCT	2	12	64215	64226	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	161508323
40	NC_010079	TTTATC	2	12	69133	69144	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	161508330
41	NC_010079	AACTTG	2	12	69427	69438	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	161508330
42	NC_010079	AAAGGA	2	12	69551	69562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508330
43	NC_010079	ATCTTT	2	12	73692	73703	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	161508334
44	NC_010079	TTAAAC	2	12	76659	76670	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_010079	TAAAAA	2	12	85426	85437	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010079	TTAATT	2	12	86448	86459	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508345
47	NC_010079	ATAAAC	2	12	87406	87417	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	161508345
48	NC_010079	ATTAAA	2	12	88049	88060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508345
49	NC_010079	ACAAAT	2	12	89434	89445	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_010079	AATTAA	2	12	89525	89536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010079	ATTTAT	2	12	91767	91778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508348
52	NC_010079	TTAATG	2	12	92289	92300	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	161508349
53	NC_010079	AAGTCA	2	12	93497	93508	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	161508351
54	NC_010079	AAAAAG	2	12	93611	93622	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	161508351
55	NC_010079	GAAAAA	2	12	93924	93935	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	161508351
56	NC_010079	AATTAT	2	12	96163	96174	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010079	ACCCTT	2	12	98002	98013	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	161508354
58	NC_010079	ATTTCT	2	12	102526	102537	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	161508360
59	NC_010079	ATATTT	2	12	102634	102645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508360
60	NC_010079	AAGGAA	2	12	103618	103629	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508361
61	NC_010079	TTTAGC	2	12	104667	104678	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	161508362
62	NC_010079	AAATAA	2	12	104718	104729	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	161508362
63	NC_010079	GTTAGA	2	12	106841	106852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508363
64	NC_010079	AAAAGA	2	12	106895	106906	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	161508363
65	NC_010079	GCTAAA	2	12	109682	109693	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	161508365
66	NC_010079	AACAAA	2	12	110103	110114	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_010079	TAAAGA	2	12	112994	113005	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	161508369
68	NC_010079	AACCAC	2	12	116863	116874	50 %	0 %	0 %	50 %	161508371
69	NC_010079	AATATA	2	12	118565	118576	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010079	AATGAA	2	12	118577	118588	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010079	AACCGA	2	12	120183	120194	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	161508373
72	NC_010079	CATTAC	2	12	121885	121896	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508374
73	NC_010079	ATAGAT	2	12	125084	125095	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	161508376
74	NC_010079	TATCAT	2	12	125851	125862	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	161508377
75	NC_010079	TTTATT	2	12	126259	126270	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	161508378
76	NC_010079	TATTTG	2	12	126345	126356	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	161508378
77	NC_010079	TAAATA	2	12	127778	127789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508378
78	NC_010079	TTTTTC	2	12	129574	129585	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	161508379
79	NC_010079	TAACAA	2	12	131026	131037	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_010079	TAAGCC	2	12	131435	131446	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	161508381
81	NC_010079	ATCGCA	2	12	132650	132661	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	161508382
82	NC_010079	TTTGAA	2	12	133681	133692	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	161508383
83	NC_010079	GCAATG	2	12	142638	142649	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	161508389
84	NC_010079	TGAAGA	2	12	143473	143484	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	161508390
85	NC_010079	TTTCAT	2	12	144154	144165	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	161508391
86	NC_010079	TGTATA	2	12	148831	148842	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	161508397
87	NC_010079	TCGAAA	2	12	150332	150343	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	161508399
88	NC_010079	CTATTG	2	12	152918	152929	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	161508401
89	NC_010079	ATTAAG	2	12	153855	153866	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010079	CATATG	2	12	154121	154132	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	161508402
91	NC_010079	AATGTA	2	12	155022	155033	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010079	CTGTAA	2	12	156845	156856	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_010079	GGTATG	2	12	157166	157177	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	161508405
94	NC_010079	CAGATT	2	12	159764	159775	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	161508407
95	NC_010079	AGATAT	2	12	167163	167174	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	161508414
96	NC_010079	GTTTTT	2	12	168072	168083	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010079	TAAAGC	2	12	168773	168784	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010079	TTTTGA	2	12	168959	168970	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010079	GATATG	2	12	177022	177033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010079	ATTTGA	2	12	180929	180940	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010079	GATTTT	2	12	185440	185451	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	161508426
102	NC_010079	ACAAAG	2	12	189960	189971	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	161508430
103	NC_010079	TGTAAT	2	12	190984	190995	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	161508431
104	NC_010079	AAAGAT	2	12	191973	191984	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	161508433
105	NC_010079	CAATAT	2	12	194444	194455	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	161508434
106	NC_010079	TTGGTA	2	12	198299	198310	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	161508439
107	NC_010079	GCGATT	2	12	198319	198330	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	161508439
108	NC_010079	AAATTT	2	12	198417	198428	50 %	50 %	0 %	0 %	161508439
109	NC_010079	ACCTGC	2	12	201320	201331	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	161508441
110	NC_010079	AAGATA	2	12	201466	201477	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	161508441
111	NC_010079	CGTTAA	2	12	204400	204411	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	161508443
112	NC_010079	CTATTA	2	12	206251	206262	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	161508443
113	NC_010079	TATGAT	2	12	207785	207796	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	161508443
114	NC_010079	TTGAAA	2	12	208237	208248	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	161508443
115	NC_010079	AACATT	2	12	210677	210688	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	161508443
116	NC_010079	AGCAAC	2	12	214166	214177	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	161508447
117	NC_010079	TGTTTG	2	12	214214	214225	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508447
118	NC_010079	CACCTT	2	12	216218	216229	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	161508449
119	NC_010079	ACCTTT	2	12	216723	216734	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	161508449
120	NC_010079	TTTATA	2	12	216819	216830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508449
121	NC_010079	ATTAAT	2	12	216842	216853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010079	GTAAAT	2	12	220459	220470	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	161508452
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234	NC_010079	GTTGGT	2	12	505378	505389	0 %	50 %	50 %	0 %	161508720
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238	NC_010079	CAAGAA	2	12	511078	511089	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	161508724
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345	NC_010079	AAAGCA	2	12	622774	622785	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	161508803
346	NC_010079	TTTTGA	2	12	630747	630758	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	161508812
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