MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 chromosome

Total Repeats: 274

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010079	ATAAAT	2	12	3319	3330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010079	TTTAAA	2	12	3496	3507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010079	TAAATC	2	12	17189	17200	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_010079	AAAAAT	2	12	37786	37797	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010079	AATTAA	2	12	52418	52429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010079	TATAAA	2	12	63579	63590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010079	TTAAAC	2	12	76659	76670	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_010079	TAAAAA	2	12	85426	85437	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010079	ACAAAT	2	12	89434	89445	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_010079	AATTAA	2	12	89525	89536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010079	AATTAT	2	12	96163	96174	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010079	AACAAA	2	12	110103	110114	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_010079	AATATA	2	12	118565	118576	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010079	AATGAA	2	12	118577	118588	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010079	TAACAA	2	12	131026	131037	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_010079	ATTAAG	2	12	153855	153866	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010079	AATGTA	2	12	155022	155033	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010079	CTGTAA	2	12	156845	156856	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_010079	GTTTTT	2	12	168072	168083	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010079	TAAAGC	2	12	168773	168784	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_010079	TTTTGA	2	12	168959	168970	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010079	GATATG	2	12	177022	177033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010079	ATTTGA	2	12	180929	180940	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010079	ATTAAT	2	12	216842	216853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010079	CTTCAA	2	12	268651	268662	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_010079	GGAATA	2	12	278474	278485	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010079	ATATAG	2	12	299702	299713	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010079	ATTTTC	2	12	305018	305029	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_010079	ATAATT	2	12	305969	305980	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010079	AACGAT	2	12	313286	313297	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_010079	TAACTT	2	12	322206	322217	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_010079	TTGTAA	2	12	386627	386638	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010079	AATGTA	2	12	424545	424556	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010079	AATTTG	2	12	424652	424663	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010079	TAAAGA	2	12	426625	426636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010079	TTGAAA	2	12	448019	448030	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010079	TGTATA	2	12	463415	463426	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010079	TTTTTA	2	12	477420	477431	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010079	AAAATG	2	12	482853	482864	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010079	ACGTTG	2	12	503300	503311	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_010079	AAAATA	2	12	504024	504035	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010079	AATTTA	2	12	507953	507964	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010079	TATGGT	2	12	512162	512173	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010079	AAATTT	2	12	530096	530107	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010079	GCAAGA	2	12	534851	534862	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_010079	TGAAAG	2	12	553454	553465	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010079	GGTAAA	2	12	554258	554269	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010079	CAAATT	2	12	554303	554314	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_010079	TTATAA	2	12	585229	585240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010079	GTTATA	2	12	585900	585911	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010079	CTTAAA	2	12	594332	594343	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_010079	ACGACT	2	12	595038	595049	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_010079	AACGTG	2	12	596011	596022	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_010079	TTCGAA	2	12	596532	596543	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_010079	ACATGT	2	12	604303	604314	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_010079	ATTGCG	2	12	633620	633631	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_010079	AATGAT	2	12	637538	637549	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010079	TAGATG	2	12	637611	637622	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010079	TAAAAT	2	12	652932	652943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010079	TTTTAA	2	12	665038	665049	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010079	TTTAAT	2	12	667029	667040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010079	CAATAA	2	12	694384	694395	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_010079	CATTAT	2	12	694705	694716	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_010079	CATCAA	2	12	705369	705380	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_010079	TAATTT	2	12	709609	709620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010079	TGAATA	2	12	726087	726098	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010079	GGATTC	2	12	737438	737449	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_010079	AAATAT	2	12	740230	740241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010079	GTAAAA	2	12	742975	742986	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010079	TTAAAA	2	12	752163	752174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010079	TTTTTA	2	12	774867	774878	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010079	TGAAAA	2	12	783109	783120	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010079	ACAAAA	2	12	852066	852077	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_010079	TAAAAA	2	12	871325	871336	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010079	TATCAA	2	12	877825	877836	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_010079	TTTTGA	2	12	881597	881608	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010079	TCATTT	2	12	887590	887601	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_010079	GAACGA	2	12	899718	899729	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_010079	TATAGA	2	12	908396	908407	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010079	TATAGA	2	12	908425	908436	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010079	CATATA	2	12	909474	909485	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_010079	AAATTA	2	12	911658	911669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010079	CAAAGA	2	12	937961	937972	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_010079	TTTAAT	2	12	1000787	1000798	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010079	ACAATA	2	12	1018183	1018194	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_010079	AACGGA	2	12	1032705	1032716	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_010079	TTTAAC	2	12	1034656	1034667	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_010079	AAAAGC	2	12	1037304	1037315	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_010079	TGACAA	2	12	1038541	1038552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_010079	AAAATA	2	12	1038741	1038752	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010079	AAAGAA	2	12	1040016	1040027	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010079	AAAATT	2	12	1041142	1041153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010079	TTAAAT	2	12	1041188	1041199	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010079	ATTAAT	2	12	1055502	1055513	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010079	TAGAAT	2	12	1056154	1056165	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010079	CATTTA	2	12	1062625	1062636	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_010079	ATCATA	2	12	1064520	1064531	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010079	ATTGCA	2	12	1072107	1072118	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_010079	TTTTCT	2	12	1084835	1084846	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_010079	GAATTA	2	12	1116503	1116514	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010079	TTTATA	2	12	1120848	1120859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010079	TTTATT	2	12	1131939	1131950	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010079	ATTTGA	2	12	1135378	1135389	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010079	ATTTTT	2	12	1144798	1144809	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010079	ATAATT	2	12	1145595	1145606	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010079	TAATGA	2	12	1158634	1158645	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010079	ATTTAT	2	12	1177591	1177602	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010079	ATTATA	2	12	1181509	1181520	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010079	AAATTT	2	12	1182318	1182329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010079	AAAGAT	2	12	1195404	1195415	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010079	AGGAGC	2	12	1195702	1195713	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_010079	ACTGGT	2	12	1195820	1195831	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_010079	GTCATT	2	12	1196299	1196310	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_010079	AAGTAA	2	12	1204022	1204033	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010079	TCGTTT	2	12	1207149	1207160	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_010079	TTAATT	2	12	1217864	1217875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010079	AATTAA	2	12	1220600	1220611	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010079	GGTAAA	2	12	1253125	1253136	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010079	GAAATT	2	12	1265508	1265519	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010079	AATGAT	2	12	1278283	1278294	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010079	TAAAGA	2	12	1292810	1292821	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010079	TTTCAT	2	12	1308616	1308627	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_010079	TATATT	2	12	1313275	1313286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010079	CATATT	2	12	1338344	1338355	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_010079	ATGTAT	2	12	1338965	1338976	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010079	AAAGAA	2	12	1339197	1339208	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010079	TTAAAG	2	12	1344453	1344464	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010079	TAACAA	2	12	1362681	1362692	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_010079	TCAAAA	2	12	1367955	1367966	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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255	NC_010079	AATTAA	2	12	2644763	2644774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_010079	TTTCAA	2	12	2644946	2644957	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
257	NC_010079	TCAAAA	2	12	2654853	2654864	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
258	NC_010079	ATTTCG	2	12	2657041	2657052	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
259	NC_010079	TTTTGT	2	12	2668505	2668516	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
260	NC_010079	CAATTG	2	12	2685256	2685267	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.