MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 plasmid pUSA300HOUMR

Total Repeats: 102

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010063	TTTA	2	8	87	94	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010063	TAAA	2	8	156	163	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010063	TAAA	2	8	172	179	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010063	AAAG	2	8	267	274	75 %	0 %	25 %	0 %	161510925
5	NC_010063	CTAA	2	8	324	331	50 %	25 %	0 %	25 %	161510925
6	NC_010063	TAAA	2	8	535	542	75 %	25 %	0 %	0 %	161510925
7	NC_010063	GAAG	2	8	635	642	50 %	0 %	50 %	0 %	161510925
8	NC_010063	ATGA	2	8	780	787	50 %	25 %	25 %	0 %	161510925
9	NC_010063	TGTA	2	8	1591	1598	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010063	TTTG	2	8	1888	1895	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010063	ATAA	2	8	2212	2219	75 %	25 %	0 %	0 %	161510926
12	NC_010063	TTTC	2	8	2911	2918	0 %	75 %	0 %	25 %	161510927
13	NC_010063	TAAG	2	8	3116	3123	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010063	ATTT	2	8	3141	3148	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010063	ATGA	2	8	3189	3196	50 %	25 %	25 %	0 %	161510928
16	NC_010063	AAAG	2	8	3373	3380	75 %	0 %	25 %	0 %	161510928
17	NC_010063	TTTC	2	8	3802	3809	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_010063	TATT	2	8	3818	3825	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010063	TTTC	2	8	3826	3833	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_010063	AATT	2	8	3922	3929	50 %	50 %	0 %	0 %	161510929
21	NC_010063	TTAT	2	8	4145	4152	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010063	TTAG	2	8	4652	4659	25 %	50 %	25 %	0 %	161510930
23	NC_010063	TGAA	2	8	4797	4804	50 %	25 %	25 %	0 %	161510930
24	NC_010063	TTAC	2	8	4919	4926	25 %	50 %	0 %	25 %	161510930
25	NC_010063	TTTA	2	8	5059	5066	25 %	75 %	0 %	0 %	161510930
26	NC_010063	TAAT	2	8	5729	5736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010063	CATT	2	8	6015	6022	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_010063	AATT	2	8	6083	6090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010063	ATTC	2	8	6440	6447	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_010063	TAAC	2	8	6800	6807	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_010063	ATAA	2	8	7369	7376	75 %	25 %	0 %	0 %	161510932
32	NC_010063	AAAT	2	8	7790	7797	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010063	TATT	2	8	7893	7900	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010063	TTAA	2	8	8123	8130	50 %	50 %	0 %	0 %	161510933
35	NC_010063	TTTA	2	8	8212	8219	25 %	75 %	0 %	0 %	161510933
36	NC_010063	TGCT	2	8	8994	9001	0 %	50 %	25 %	25 %	161510934
37	NC_010063	AAGT	2	8	9079	9086	50 %	25 %	25 %	0 %	161510934
38	NC_010063	AAAG	2	8	9567	9574	75 %	0 %	25 %	0 %	161510934
39	NC_010063	CATT	2	8	9710	9717	25 %	50 %	0 %	25 %	161510934
40	NC_010063	ATTA	2	8	9748	9755	50 %	50 %	0 %	0 %	161510934
41	NC_010063	AATT	2	8	9789	9796	50 %	50 %	0 %	0 %	161510934
42	NC_010063	AAAG	2	8	10001	10008	75 %	0 %	25 %	0 %	161510934
43	NC_010063	ATTT	2	8	10043	10050	25 %	75 %	0 %	0 %	161510934
44	NC_010063	TGGA	2	8	10289	10296	25 %	25 %	50 %	0 %	161510934
45	NC_010063	ATTT	2	8	10809	10816	25 %	75 %	0 %	0 %	161510935
46	NC_010063	TAAG	2	8	11143	11150	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010063	TAGA	2	8	11445	11452	50 %	25 %	25 %	0 %	161510936
48	NC_010063	GTTA	2	8	11482	11489	25 %	50 %	25 %	0 %	161510936
49	NC_010063	AACG	2	8	11498	11505	50 %	0 %	25 %	25 %	161510936
50	NC_010063	TAAA	2	8	11691	11698	75 %	25 %	0 %	0 %	161510936
51	NC_010063	ACTT	2	8	11709	11716	25 %	50 %	0 %	25 %	161510936
52	NC_010063	ACAT	2	8	12796	12803	50 %	25 %	0 %	25 %	161510938
53	NC_010063	AAGA	2	8	13030	13037	75 %	0 %	25 %	0 %	161510938
54	NC_010063	AGCT	2	8	13973	13980	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_010063	ACTT	2	8	14379	14386	25 %	50 %	0 %	25 %	161510939
56	NC_010063	AGTA	2	8	14551	14558	50 %	25 %	25 %	0 %	161510939
57	NC_010063	CTCA	2	8	14715	14722	25 %	25 %	0 %	50 %	161510939
58	NC_010063	TTCC	2	8	14783	14790	0 %	50 %	0 %	50 %	161510939
59	NC_010063	TTCC	2	8	14915	14922	0 %	50 %	0 %	50 %	161510939
60	NC_010063	TTCC	2	8	14998	15005	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_010063	ATCC	2	8	15823	15830	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_010063	TCTT	2	8	16529	16536	0 %	75 %	0 %	25 %	161510941
63	NC_010063	ATGT	2	8	16763	16770	25 %	50 %	25 %	0 %	161510941
64	NC_010063	AAAT	2	8	17260	17267	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010063	GAAT	2	8	17610	17617	50 %	25 %	25 %	0 %	161510942
66	NC_010063	TTAC	2	8	17731	17738	25 %	50 %	0 %	25 %	161510942
67	NC_010063	TAAT	2	8	17765	17772	50 %	50 %	0 %	0 %	161510942
68	NC_010063	CAAA	2	8	17807	17814	75 %	0 %	0 %	25 %	161510942
69	NC_010063	AGTT	2	8	18222	18229	25 %	50 %	25 %	0 %	161510943
70	NC_010063	CATA	2	8	18306	18313	50 %	25 %	0 %	25 %	161510943
71	NC_010063	TTAA	2	8	18794	18801	50 %	50 %	0 %	0 %	161510943
72	NC_010063	TTAT	2	8	18932	18939	25 %	75 %	0 %	0 %	161510943
73	NC_010063	ACTT	2	8	19133	19140	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_010063	TTTG	2	8	19437	19444	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010063	AATT	2	8	19487	19494	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010063	ATGT	2	8	19521	19528	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010063	AAAC	2	8	19828	19835	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_010063	GATT	2	8	19943	19950	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010063	TCTT	2	8	20538	20545	0 %	75 %	0 %	25 %	161510944
80	NC_010063	ATGT	2	8	20772	20779	25 %	50 %	25 %	0 %	161510944
81	NC_010063	AATC	2	8	21163	21170	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_010063	AATT	2	8	21334	21341	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010063	ATCA	2	8	21573	21580	50 %	25 %	0 %	25 %	161510945
84	NC_010063	ATTG	2	8	22593	22600	25 %	50 %	25 %	0 %	161510945
85	NC_010063	AATA	2	8	22899	22906	75 %	25 %	0 %	0 %	161510945
86	NC_010063	TGAA	2	8	23181	23188	50 %	25 %	25 %	0 %	161510946
87	NC_010063	AAAC	2	8	23294	23301	75 %	0 %	0 %	25 %	161510946
88	NC_010063	TATG	2	8	23429	23436	25 %	50 %	25 %	0 %	161510946
89	NC_010063	ATAA	2	8	24186	24193	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010063	TACC	2	8	24241	24248	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_010063	TATT	2	8	24360	24367	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010063	TATT	2	8	24470	24477	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010063	ATGA	2	8	24489	24496	50 %	25 %	25 %	0 %	161510947
94	NC_010063	TTAT	2	8	24980	24987	25 %	75 %	0 %	0 %	161510947
95	NC_010063	ATTG	2	8	25105	25112	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010063	TAAC	2	8	25402	25409	50 %	25 %	0 %	25 %	161510948
97	NC_010063	AATA	2	8	25796	25803	75 %	25 %	0 %	0 %	161510949
98	NC_010063	CATT	2	8	25878	25885	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_010063	AACG	2	8	25955	25962	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_010063	CAAA	2	8	26111	26118	75 %	0 %	0 %	25 %	161510950
101	NC_010063	TCTT	2	8	26484	26491	0 %	75 %	0 %	25 %	161510950
102	NC_010063	CATC	2	8	26941	26948	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.