MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 plasmid pUSA300HOUMR

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010063	TAA	2	6	14	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010063	ACT	2	6	42	47	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010063	TAA	2	6	67	72	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010063	TAT	2	6	113	118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010063	AAT	2	6	125	130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010063	TTA	2	6	186	191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010063	ATC	2	6	1263	1268	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_010063	TGA	2	6	1281	1286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010063	CGA	2	6	1287	1292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010063	TGG	2	6	1356	1361	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010063	TGA	2	6	1431	1436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010063	GAA	2	6	1453	1458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010063	ATT	3	9	1504	1512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010063	TAA	2	6	2033	2038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010063	GAA	2	6	2260	2265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010063	ATA	2	6	3094	3099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010063	AAT	2	6	3391	3396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010063	TCT	2	6	3489	3494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_010063	TCG	2	6	3843	3848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_010063	ACG	2	6	4066	4071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_010063	TAA	2	6	4182	4187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010063	GAA	2	6	4307	4312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010063	ATT	2	6	4442	4447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010063	TCT	2	6	5491	5496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_010063	GAC	2	6	5535	5540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_010063	TAA	2	6	5580	5585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010063	CAT	2	6	5659	5664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_010063	TCA	2	6	5673	5678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_010063	TAT	2	6	5696	5701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010063	CAA	2	6	5722	5727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010063	ACT	2	6	5774	5779	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_010063	TAG	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010063	TTC	2	6	5920	5925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_010063	TGT	2	6	5931	5936	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010063	TTC	2	6	5969	5974	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_010063	AAT	2	6	6229	6234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010063	TAT	2	6	6259	6264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010063	ATT	3	9	6273	6281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010063	CAC	2	6	6394	6399	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_010063	TGC	2	6	6476	6481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_010063	CAT	2	6	6576	6581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_010063	CTT	2	6	6606	6611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010063	CAA	2	6	6636	6641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010063	TCA	2	6	6779	6784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010063	ACT	2	6	6827	6832	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_010063	CTT	2	6	6855	6860	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010063	TTG	2	6	6888	6893	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010063	CTA	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010063	TAA	2	6	7533	7538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010063	TAT	2	6	7561	7566	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010063	ATT	2	6	7638	7643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010063	TGA	2	6	7703	7708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010063	TAT	2	6	7733	7738	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010063	ATA	2	6	7805	7810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010063	ATA	2	6	7854	7859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010063	ATA	2	6	7866	7871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010063	AAT	2	6	8801	8806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010063	TAT	2	6	8837	8842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010063	AAG	2	6	8853	8858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010063	ATA	2	6	11014	11019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010063	TTA	2	6	11043	11048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010063	CAA	2	6	11180	11185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_010063	CTA	2	6	11866	11871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_010063	AAT	2	6	11872	11877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010063	ATA	2	6	11959	11964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010063	TAA	3	9	11984	11992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010063	ATA	2	6	12032	12037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010063	TAC	2	6	12290	12295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_010063	AAG	2	6	12310	12315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010063	ATT	2	6	12322	12327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010063	TAA	2	6	12417	12422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010063	TCT	2	6	12498	12503	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010063	CAT	2	6	13271	13276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_010063	CTT	2	6	13292	13297	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_010063	CCT	2	6	13434	13439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_010063	TGC	2	6	13493	13498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_010063	CTG	2	6	13675	13680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_010063	CCG	2	6	13699	13704	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_010063	CTT	2	6	13786	13791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_010063	ATT	2	6	13863	13868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010063	TCC	2	6	13928	13933	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_010063	TAT	2	6	14992	14997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010063	AAG	2	6	15034	15039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010063	AAT	2	6	15794	15799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010063	CAG	2	6	15952	15957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_010063	TAA	2	6	16023	16028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010063	GCA	2	6	16057	16062	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010063	ATC	2	6	16063	16068	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010063	TTA	2	6	16161	16166	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010063	ATC	2	6	16234	16239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_010063	TAA	2	6	16315	16320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010063	ATG	2	6	16323	16328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010063	AGA	2	6	17063	17068	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010063	CCT	2	6	17115	17120	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_010063	ACC	2	6	17130	17135	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_010063	AGT	2	6	17141	17146	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010063	CAG	2	6	17170	17175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_010063	ATC	2	6	17189	17194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010063	AAT	2	6	17198	17203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010063	TGA	2	6	17216	17221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010063	TCC	2	6	17299	17304	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_010063	TGT	2	6	18987	18992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010063	ATG	2	6	19445	19450	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010063	TCA	2	6	19620	19625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_010063	TAA	2	6	19717	19722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010063	AAT	2	6	19887	19892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010063	TTC	2	6	19991	19996	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_010063	TCA	2	6	20072	20077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_010063	TTC	2	6	20194	20199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_010063	TGC	2	6	20215	20220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010063	AGT	2	6	20225	20230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010063	ATC	2	6	20239	20244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_010063	ATT	2	6	20254	20259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010063	GTG	2	6	20267	20272	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010063	GCG	2	6	20284	20289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_010063	AGA	2	6	21072	21077	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010063	CAA	2	6	21235	21240	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_010063	AGG	2	6	21274	21279	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010063	AAT	2	6	21407	21412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010063	CAT	2	6	21434	21439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_010063	ATA	2	6	23083	23088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010063	TGA	2	6	24051	24056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010063	CAA	2	6	24134	24139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_010063	AGG	2	6	24180	24185	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010063	TCA	2	6	24228	24233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_010063	GAT	2	6	24276	24281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010063	TTG	2	6	24429	24434	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010063	ATT	2	6	25159	25164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010063	TAA	2	6	25177	25182	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010063	TAA	2	6	25238	25243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010063	GTA	3	9	25926	25934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010063	ATG	2	6	25977	25982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010063	ATT	2	6	26001	26006	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010063	GAT	2	6	26031	26036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010063	ATT	2	6	26097	26102	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010063	TAA	3	9	26909	26917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010063	TAA	2	6	26924	26929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.