MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 plasmid pUSA300HOUMR

Total Repeats: 224

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010063	TGA	2	6	398	403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510925
2	NC_010063	ACG	2	6	524	529	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510925
3	NC_010063	AGA	2	6	605	610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510925
4	NC_010063	AAT	2	6	771	776	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510925
5	NC_010063	TGA	2	6	860	865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510925
6	NC_010063	AAC	2	6	895	900	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510925
7	NC_010063	ATT	2	6	907	912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510925
8	NC_010063	CTT	2	6	1039	1044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510925
9	NC_010063	GAA	2	6	1149	1154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510925
10	NC_010063	AAT	2	6	1210	1215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510925
11	NC_010063	CCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161510927
12	NC_010063	AGT	2	6	2479	2484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510927
13	NC_010063	TAC	2	6	2509	2514	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510927
14	NC_010063	TAA	2	6	2608	2613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510927
15	NC_010063	CTT	2	6	2643	2648	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
16	NC_010063	TTA	2	6	2742	2747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510927
17	NC_010063	TCT	2	6	2814	2819	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
18	NC_010063	CTT	2	6	2839	2844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
19	NC_010063	TTC	2	6	2993	2998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
20	NC_010063	ATT	2	6	3051	3056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510927
21	NC_010063	AAT	2	6	3060	3065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510927
22	NC_010063	TGA	2	6	3287	3292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510928
23	NC_010063	GTA	2	6	3901	3906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510929
24	NC_010063	CGA	2	6	3985	3990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510929
25	NC_010063	TAT	2	6	4495	4500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
26	NC_010063	GTT	2	6	4511	4516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510930
27	NC_010063	GCT	3	9	4517	4525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161510930
28	NC_010063	CAG	2	6	4542	4547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510930
29	NC_010063	TTA	2	6	4553	4558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
30	NC_010063	TTA	2	6	4565	4570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
31	NC_010063	TAT	2	6	4639	4644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
32	NC_010063	ATG	2	6	4758	4763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510930
33	NC_010063	ATA	2	6	4866	4871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510930
34	NC_010063	TCT	2	6	4953	4958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510930
35	NC_010063	TTG	2	6	5007	5012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510930
36	NC_010063	TAT	2	6	5038	5043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
37	NC_010063	TTA	3	9	5064	5072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
38	NC_010063	AGA	2	6	5206	5211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
39	NC_010063	TGA	2	6	5254	5259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510931
40	NC_010063	GAA	2	6	5260	5265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
41	NC_010063	AGA	2	6	5293	5298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
42	NC_010063	CAT	2	6	5357	5362	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510931
43	NC_010063	ATT	2	6	5421	5426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510931
44	NC_010063	TTA	2	6	5427	5432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510931
45	NC_010063	ATT	2	6	6992	6997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510932
46	NC_010063	TTA	2	6	7042	7047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510932
47	NC_010063	CAG	2	6	7067	7072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510932
48	NC_010063	CAA	2	6	7154	7159	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510932
49	NC_010063	TAA	2	6	7196	7201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510932
50	NC_010063	AGA	2	6	7225	7230	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510932
51	NC_010063	TAA	2	6	7238	7243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510932
52	NC_010063	TAA	2	6	7302	7307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510932
53	NC_010063	GAA	2	6	7333	7338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510932
54	NC_010063	CAT	2	6	8049	8054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510933
55	NC_010063	TAT	2	6	8145	8150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510933
56	NC_010063	AGC	2	6	8233	8238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510933
57	NC_010063	GTT	2	6	8337	8342	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510933
58	NC_010063	TAT	2	6	8391	8396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510933
59	NC_010063	ATC	2	6	8485	8490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510933
60	NC_010063	TTA	2	6	8519	8524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510933
61	NC_010063	TAA	2	6	8880	8885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
62	NC_010063	GTA	2	6	8891	8896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510934
63	NC_010063	TAA	2	6	9046	9051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
64	NC_010063	AAT	2	6	9056	9061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
65	NC_010063	ACC	2	6	9113	9118	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161510934
66	NC_010063	ATA	2	6	9174	9179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
67	NC_010063	TTA	2	6	9207	9212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
68	NC_010063	TTA	2	6	9239	9244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
69	NC_010063	TCT	2	6	9522	9527	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510934
70	NC_010063	TAT	3	9	9529	9537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
71	NC_010063	TAA	2	6	9616	9621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
72	NC_010063	TAT	2	6	9658	9663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
73	NC_010063	CAA	2	6	9691	9696	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510934
74	NC_010063	AAG	2	6	9762	9767	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510934
75	NC_010063	GAA	2	6	9970	9975	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510934
76	NC_010063	ATG	2	6	10346	10351	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510934
77	NC_010063	TCT	2	6	10394	10399	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510934
78	NC_010063	ATT	2	6	10402	10407	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
79	NC_010063	TAA	2	6	10474	10479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
80	NC_010063	GGT	2	6	10482	10487	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161510934
81	NC_010063	TAT	2	6	10520	10525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
82	NC_010063	TAA	2	6	10575	10580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
83	NC_010063	AAG	2	6	10726	10731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510935
84	NC_010063	TCA	2	6	10821	10826	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510935
85	NC_010063	AGA	2	6	10835	10840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510935
86	NC_010063	TAA	2	6	10874	10879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510935
87	NC_010063	GAA	2	6	10929	10934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510935
88	NC_010063	GAA	2	6	10953	10958	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510935
89	NC_010063	AGG	2	6	11310	11315	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161510936
90	NC_010063	TTG	2	6	11430	11435	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510936
91	NC_010063	GGA	2	6	11467	11472	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161510936
92	NC_010063	AGA	2	6	11527	11532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510936
93	NC_010063	ATT	3	9	11569	11577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510936
94	NC_010063	GCA	2	6	11588	11593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510936
95	NC_010063	ATC	2	6	11629	11634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510936
96	NC_010063	GCA	2	6	11648	11653	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510936
97	NC_010063	TCA	2	6	12069	12074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510937
98	NC_010063	TAA	2	6	12091	12096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510937
99	NC_010063	CAA	2	6	12104	12109	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510937
100	NC_010063	ATA	2	6	12207	12212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510937
101	NC_010063	CTA	2	6	12562	12567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510938
102	NC_010063	GTG	2	6	12618	12623	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161510938
103	NC_010063	TCA	2	6	12631	12636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510938
104	NC_010063	GAA	2	6	12691	12696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510938
105	NC_010063	TTA	2	6	12712	12717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510938
106	NC_010063	TGA	2	6	12730	12735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510938
107	NC_010063	CAT	2	6	13162	13167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510938
108	NC_010063	ATA	2	6	14220	14225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510939
109	NC_010063	TTC	2	6	14286	14291	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510939
110	NC_010063	TCC	2	6	14299	14304	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161510939
111	NC_010063	TCT	2	6	14506	14511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510939
112	NC_010063	CAT	2	6	14741	14746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510939
113	NC_010063	CAT	2	6	14799	14804	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510939
114	NC_010063	CAT	2	6	14822	14827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510939
115	NC_010063	GGT	2	6	14829	14834	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161510939
116	NC_010063	CCA	2	6	14885	14890	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161510939
117	NC_010063	TCT	2	6	15312	15317	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510940
118	NC_010063	GTA	2	6	15380	15385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510940
119	NC_010063	CCT	2	6	15433	15438	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161510940
120	NC_010063	ATG	2	6	16399	16404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510941
121	NC_010063	TCA	2	6	16831	16836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510941
122	NC_010063	TAA	2	6	16849	16854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510941
123	NC_010063	TTC	2	6	16870	16875	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510941
124	NC_010063	ATG	2	6	16929	16934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510941
125	NC_010063	TAG	2	6	16999	17004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510941
126	NC_010063	AAT	2	6	17338	17343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510942
127	NC_010063	ATA	2	6	17387	17392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510942
128	NC_010063	AAT	2	6	17452	17457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510942
129	NC_010063	ATT	2	6	17500	17505	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510942
130	NC_010063	ATT	2	6	17557	17562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510942
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.