MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium phytofermentans ISDg chromosome

Total Repeats: 1521

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010001	TATTTG	2	12	2519	2530	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	160878164
2	NC_010001	GATATT	2	12	2761	2772	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878164
3	NC_010001	TATGAT	2	12	5523	5534	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878167
4	NC_010001	CCGATG	2	12	6490	6501	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	160878167
5	NC_010001	AGGAAA	2	12	7542	7553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	160878168
6	NC_010001	CAGGAG	2	12	14228	14239	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	160878173
7	NC_010001	GAACTT	2	12	26583	26594	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	160878177
8	NC_010001	AGAATA	2	12	31484	31495	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878180
9	NC_010001	GAGGCA	2	12	34575	34586	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	160878182
10	NC_010001	CAAGAA	2	12	36448	36459	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	160878184
11	NC_010001	AAAAGA	2	12	36606	36617	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	160878184
12	NC_010001	TTACCA	2	12	41386	41397	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	160878187
13	NC_010001	TGAGTA	2	12	45213	45224	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	160878191
14	NC_010001	AGCAAA	2	12	47052	47063	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	160878192
15	NC_010001	ACAATG	2	12	47902	47913	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	160878193
16	NC_010001	ATAAAA	2	12	51879	51890	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	160878197
17	NC_010001	TTTAAT	2	12	53168	53179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	160878197
18	NC_010001	AAATAA	2	12	53534	53545	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	160878197
19	NC_010001	TATGAA	2	12	53589	53600	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	160878197
20	NC_010001	ATTTTT	2	12	55307	55318	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	160878199
21	NC_010001	GGTTAT	2	12	57416	57427	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	160878201
22	NC_010001	GGAATT	2	12	65072	65083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	160878207
23	NC_010001	AAAGAT	2	12	67624	67635	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878210
24	NC_010001	AAAAAT	2	12	69127	69138	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	160878212
25	NC_010001	CTGCAG	2	12	72771	72782	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	160878215
26	NC_010001	TTTATC	2	12	75187	75198	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	160878216
27	NC_010001	CTTAAA	2	12	84943	84954	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	160878219
28	NC_010001	AGGAAA	2	12	85378	85389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	160878219
29	NC_010001	GCAATC	2	12	88559	88570	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	160878223
30	NC_010001	ACCATA	2	12	88576	88587	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	160878223
31	NC_010001	CATACA	2	12	89146	89157	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	160878224
32	NC_010001	TCTTTA	2	12	90476	90487	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	160878225
33	NC_010001	TAATTG	2	12	90661	90672	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878225
34	NC_010001	AAAAGT	2	12	93278	93289	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878227
35	NC_010001	CTTTAA	2	12	93921	93932	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	160878228
36	NC_010001	GAACAG	2	12	95156	95167	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	160878228
37	NC_010001	ACTGGT	2	12	95193	95204	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	160878228
38	NC_010001	TAGAAG	2	12	107383	107394	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878239
39	NC_010001	AAAGGA	2	12	107975	107986	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	160878239
40	NC_010001	CCACGA	2	12	118458	118469	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	160878249
41	NC_010001	TGCTTT	2	12	119077	119088	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	160878250
42	NC_010001	GCAACC	2	12	122060	122071	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	160878252
43	NC_010001	TGGATT	2	12	123784	123795	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	160878253
44	NC_010001	AGTTTA	2	12	135710	135721	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878262
45	NC_010001	TTTCCT	2	12	138606	138617	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	160878264
46	NC_010001	TTTTCA	2	12	141923	141934	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	160878266
47	NC_010001	TAATAT	2	12	142653	142664	50 %	50 %	0 %	0 %	160878267
48	NC_010001	AATTAT	2	12	142752	142763	50 %	50 %	0 %	0 %	160878267
49	NC_010001	CCGATA	2	12	145234	145245	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	160878268
50	NC_010001	ACACCA	2	12	147573	147584	50 %	0 %	0 %	50 %	160878270
51	NC_010001	AATTGA	2	12	149875	149886	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	160878272
52	NC_010001	GATATG	2	12	152522	152533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	160878272
53	NC_010001	TTGCAT	2	12	153940	153951	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	160878273
54	NC_010001	GAAAAA	2	12	159782	159793	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	160878279
55	NC_010001	GAGGAA	2	12	164491	164502	50 %	0 %	50 %	0 %	160878283
56	NC_010001	AGGGCT	2	12	168469	168480	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	160878285
57	NC_010001	ATATTC	2	12	169571	169582	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	160878286
58	NC_010001	GATAAC	2	12	173869	173880	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	160878290
59	NC_010001	ACAATT	2	12	177707	177718	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	160878293
60	NC_010001	GAAAGG	2	12	180821	180832	50 %	0 %	50 %	0 %	160878298
61	NC_010001	TATGAT	2	12	183418	183429	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878299
62	NC_010001	AGCGGA	2	12	184507	184518	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	160878301
63	NC_010001	AGAGAA	2	12	186770	186781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	160878302
64	NC_010001	GAAATT	2	12	189400	189411	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	160878303
65	NC_010001	TATAGA	2	12	190246	190257	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	160878305
66	NC_010001	ATGAAA	2	12	191877	191888	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878307
67	NC_010001	TTTAAA	2	12	199485	199496	50 %	50 %	0 %	0 %	160878313
68	NC_010001	GGAATA	2	12	201881	201892	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878315
69	NC_010001	ACCTGA	2	12	202271	202282	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	160878316
70	NC_010001	TTAATG	2	12	208811	208822	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878322
71	NC_010001	AGTGAA	2	12	211775	211786	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878325
72	NC_010001	TCTTTT	2	12	213579	213590	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	160878327
73	NC_010001	TGTGGA	2	12	213702	213713	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	160878327
74	NC_010001	TACAAC	2	12	224150	224161	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	160878336
75	NC_010001	ATTTCT	3	18	232229	232246	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	160878345
76	NC_010001	CAATTG	2	12	235382	235393	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	160878348
77	NC_010001	GAAACT	2	12	235413	235424	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	160878348
78	NC_010001	TGGTTG	2	12	240147	240158	0 %	50 %	50 %	0 %	160878351
79	NC_010001	CAAAAG	2	12	244414	244425	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	160878354
80	NC_010001	TACCAT	2	12	244984	244995	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	160878355
81	NC_010001	CTGCAG	2	12	248317	248328	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	160878358
82	NC_010001	AATGGA	2	12	255514	255525	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878363
83	NC_010001	GCAGAA	2	12	262423	262434	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	160878371
84	NC_010001	GCACCG	2	12	266678	266689	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	160878376
85	NC_010001	TGAGTT	2	12	266743	266754	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	160878376
86	NC_010001	TATTAA	2	12	269479	269490	50 %	50 %	0 %	0 %	160878378
87	NC_010001	GCTAGA	2	12	270424	270435	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	160878378
88	NC_010001	AGATAA	2	12	271899	271910	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878379
89	NC_010001	TACGAA	2	12	278510	278521	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	160878382
90	NC_010001	AAAGCA	2	12	280930	280941	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	160878384
91	NC_010001	TGCATT	2	12	286589	286600	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	160878389
92	NC_010001	AAGGGG	2	12	287381	287392	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	160878390
93	NC_010001	AAAATT	2	12	297206	297217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	160878397
94	NC_010001	AATTGT	2	12	298468	298479	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878398
95	NC_010001	GATAAA	2	12	299923	299934	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878399
96	NC_010001	GAAGTA	2	12	300232	300243	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878399
97	NC_010001	TAAAGG	2	12	300874	300885	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878400
98	NC_010001	ATTAAG	2	12	301433	301444	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	160878400
99	NC_010001	CTGGTA	2	12	305350	305361	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	160878404
100	NC_010001	AAAAGG	2	12	306055	306066	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	160878404
101	NC_010001	CTTTTA	2	12	309776	309787	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	160878408
102	NC_010001	TTATAT	2	12	310507	310518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	160878409
103	NC_010001	GCAATC	2	12	312182	312193	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	160878410
104	NC_010001	GTAAAG	2	12	316514	316525	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878414
105	NC_010001	AAAGAA	2	12	316834	316845	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	160878414
106	NC_010001	TCCATG	2	12	317944	317955	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	160878414
107	NC_010001	GATATT	2	12	318842	318853	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878415
108	NC_010001	ATAAGG	2	12	319005	319016	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878415
109	NC_010001	TGGTAT	2	12	323052	323063	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	160878418
110	NC_010001	ATATCT	2	12	326288	326299	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	160878420
111	NC_010001	ATGGAA	2	12	328722	328733	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878421
112	NC_010001	CAGGAC	2	12	330931	330942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	160878422
113	NC_010001	TTGAGT	2	12	331285	331296	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	160878422
114	NC_010001	GGATTG	2	12	332785	332796	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	160878423
115	NC_010001	ATTAAC	2	12	337816	337827	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	160878427
116	NC_010001	AAGAAA	2	12	338106	338117	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	160878427
117	NC_010001	ATGCAT	2	12	346640	346651	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	160878436
118	NC_010001	TCAGCT	2	12	348271	348282	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	160878437
119	NC_010001	TTCTTT	2	12	353961	353972	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	160878442
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233	NC_010001	GATTTA	2	12	706884	706895	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878706
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459	NC_010001	TGTAAT	2	12	1438544	1438555	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160879289
460	NC_010001	ATTATG	2	12	1439545	1439556	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160879290
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