MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 plasmid pHAU02

Total Repeats: 72

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009974	CGCAA	2	10	204	213	40 %	0 %	20 %	40 %	159901743
2	NC_009974	TGATC	2	10	526	535	20 %	40 %	20 %	20 %	159901743
3	NC_009974	CCCAC	2	10	770	779	20 %	0 %	0 %	80 %	159901743
4	NC_009974	GGCGG	2	10	878	887	0 %	0 %	80 %	20 %	159901743
5	NC_009974	CGCTG	2	10	1860	1869	0 %	20 %	40 %	40 %	159901744
6	NC_009974	CATCA	2	10	2154	2163	40 %	20 %	0 %	40 %	159901744
7	NC_009974	GGGCA	2	10	3215	3224	20 %	0 %	60 %	20 %	159901745
8	NC_009974	TTGCG	2	10	4114	4123	0 %	40 %	40 %	20 %	159901746
9	NC_009974	CGGCG	2	10	4841	4850	0 %	0 %	60 %	40 %	159901747
10	NC_009974	GGCCA	2	10	8130	8139	20 %	0 %	40 %	40 %	159901750
11	NC_009974	CGAAC	2	10	11624	11633	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_009974	CCAAC	2	10	12109	12118	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
13	NC_009974	CCAAC	2	10	12127	12136	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
14	NC_009974	CCGCT	2	10	12698	12707	0 %	20 %	20 %	60 %	159901754
15	NC_009974	TGCCG	2	10	14316	14325	0 %	20 %	40 %	40 %	159901755
16	NC_009974	GGGTG	2	10	14811	14820	0 %	20 %	80 %	0 %	159901755
17	NC_009974	CGGCG	2	10	15809	15818	0 %	0 %	60 %	40 %	159901756
18	NC_009974	GTCGG	2	10	16126	16135	0 %	20 %	60 %	20 %	159901756
19	NC_009974	GACCA	2	10	21473	21482	40 %	0 %	20 %	40 %	159901760
20	NC_009974	CGGGG	2	10	21652	21661	0 %	0 %	80 %	20 %	159901760
21	NC_009974	CGGCG	2	10	22423	22432	0 %	0 %	60 %	40 %	159901762
22	NC_009974	GCCAA	2	10	22648	22657	40 %	0 %	20 %	40 %	159901762
23	NC_009974	CGGCG	2	10	23506	23515	0 %	0 %	60 %	40 %	159901762
24	NC_009974	TGGCG	2	10	23651	23660	0 %	20 %	60 %	20 %	159901762
25	NC_009974	TCCTA	2	10	24145	24154	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_009974	GGTGG	2	10	24761	24770	0 %	20 %	80 %	0 %	159901763
27	NC_009974	CACCG	2	10	25751	25760	20 %	0 %	20 %	60 %	159901763
28	NC_009974	ATTGG	2	10	28356	28365	20 %	40 %	40 %	0 %	159901766
29	NC_009974	AATGG	2	10	31099	31108	40 %	20 %	40 %	0 %	159901768
30	NC_009974	GGCAA	2	10	31377	31386	40 %	0 %	40 %	20 %	159901768
31	NC_009974	GACCC	2	10	34252	34261	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_009974	CAGCT	2	10	36097	36106	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_009974	CTCTG	2	10	37576	37585	0 %	40 %	20 %	40 %	159901773
34	NC_009974	CGGGG	2	10	40139	40148	0 %	0 %	80 %	20 %	159901774
35	NC_009974	TGCAC	2	10	42081	42090	20 %	20 %	20 %	40 %	159901776
36	NC_009974	CGTCG	2	10	43145	43154	0 %	20 %	40 %	40 %	159901777
37	NC_009974	ATCAG	2	10	43320	43329	40 %	20 %	20 %	20 %	159901777
38	NC_009974	ACGCC	2	10	44685	44694	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_009974	TTGCT	2	10	44920	44929	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009974	CTCAC	2	10	45571	45580	20 %	20 %	0 %	60 %	159901778
41	NC_009974	GCGCT	2	10	47935	47944	0 %	20 %	40 %	40 %	159901778
42	NC_009974	CCCAT	2	10	48908	48917	20 %	20 %	0 %	60 %	159901778
43	NC_009974	CCATA	2	10	49008	49017	40 %	20 %	0 %	40 %	159901778
44	NC_009974	CCCAT	2	10	49763	49772	20 %	20 %	0 %	60 %	159901778
45	NC_009974	CCATA	2	10	49863	49872	40 %	20 %	0 %	40 %	159901778
46	NC_009974	CCCAT	2	10	50222	50231	20 %	20 %	0 %	60 %	159901778
47	NC_009974	CCATA	2	10	50319	50328	40 %	20 %	0 %	40 %	159901778
48	NC_009974	CCCAT	2	10	50438	50447	20 %	20 %	0 %	60 %	159901778
49	NC_009974	GTCAT	2	10	50878	50887	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_009974	AGCAT	2	10	57668	57677	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_009974	CTTGA	2	10	58950	58959	20 %	40 %	20 %	20 %	159901783
52	NC_009974	GACGT	2	10	59156	59165	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009974	TTAAT	2	10	61424	61433	40 %	60 %	0 %	0 %	159901785
54	NC_009974	AGATA	2	10	62727	62736	60 %	20 %	20 %	0 %	159901786
55	NC_009974	AGGGT	2	10	67886	67895	20 %	20 %	60 %	0 %	159901788
56	NC_009974	CCAAC	2	10	68441	68450	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
57	NC_009974	CAACG	2	10	70023	70032	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_009974	TGTCT	2	10	73188	73197	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_009974	GGTGT	2	10	74404	74413	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009974	TATAT	2	10	74486	74495	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009974	TCGCC	2	10	75725	75734	0 %	20 %	20 %	60 %	159901796
62	NC_009974	CAACC	2	10	82136	82145	40 %	0 %	0 %	60 %	159901800
63	NC_009974	AGAAA	2	10	82620	82629	80 %	0 %	20 %	0 %	159901800
64	NC_009974	TTGAT	2	10	83773	83782	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009974	CCGAT	2	10	84836	84845	20 %	20 %	20 %	40 %	159901802
66	NC_009974	CACAA	2	10	86925	86934	60 %	0 %	0 %	40 %	159901804
67	NC_009974	TCCGC	2	10	87555	87564	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_009974	CGCGC	3	15	88535	88549	0 %	0 %	40 %	60 %	159901805
69	NC_009974	CGGCT	2	10	92847	92856	0 %	20 %	40 %	40 %	159901807
70	NC_009974	GGCGC	2	10	96778	96787	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_009974	AGCGC	2	10	96865	96874	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_009974	GCATA	2	10	98050	98059	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.