MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 plasmid pHAU02

Total Repeats: 51

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009974	CGCAA	2	10	204	213	40 %	0 %	20 %	40 %	159901743
2	NC_009974	TGATC	2	10	526	535	20 %	40 %	20 %	20 %	159901743
3	NC_009974	CCCAC	2	10	770	779	20 %	0 %	0 %	80 %	159901743
4	NC_009974	GGCGG	2	10	878	887	0 %	0 %	80 %	20 %	159901743
5	NC_009974	CGCTG	2	10	1860	1869	0 %	20 %	40 %	40 %	159901744
6	NC_009974	CATCA	2	10	2154	2163	40 %	20 %	0 %	40 %	159901744
7	NC_009974	GGGCA	2	10	3215	3224	20 %	0 %	60 %	20 %	159901745
8	NC_009974	TTGCG	2	10	4114	4123	0 %	40 %	40 %	20 %	159901746
9	NC_009974	CGGCG	2	10	4841	4850	0 %	0 %	60 %	40 %	159901747
10	NC_009974	GGCCA	2	10	8130	8139	20 %	0 %	40 %	40 %	159901750
11	NC_009974	CCGCT	2	10	12698	12707	0 %	20 %	20 %	60 %	159901754
12	NC_009974	TGCCG	2	10	14316	14325	0 %	20 %	40 %	40 %	159901755
13	NC_009974	GGGTG	2	10	14811	14820	0 %	20 %	80 %	0 %	159901755
14	NC_009974	CGGCG	2	10	15809	15818	0 %	0 %	60 %	40 %	159901756
15	NC_009974	GTCGG	2	10	16126	16135	0 %	20 %	60 %	20 %	159901756
16	NC_009974	GACCA	2	10	21473	21482	40 %	0 %	20 %	40 %	159901760
17	NC_009974	CGGGG	2	10	21652	21661	0 %	0 %	80 %	20 %	159901760
18	NC_009974	CGGCG	2	10	22423	22432	0 %	0 %	60 %	40 %	159901762
19	NC_009974	GCCAA	2	10	22648	22657	40 %	0 %	20 %	40 %	159901762
20	NC_009974	CGGCG	2	10	23506	23515	0 %	0 %	60 %	40 %	159901762
21	NC_009974	TGGCG	2	10	23651	23660	0 %	20 %	60 %	20 %	159901762
22	NC_009974	GGTGG	2	10	24761	24770	0 %	20 %	80 %	0 %	159901763
23	NC_009974	CACCG	2	10	25751	25760	20 %	0 %	20 %	60 %	159901763
24	NC_009974	ATTGG	2	10	28356	28365	20 %	40 %	40 %	0 %	159901766
25	NC_009974	AATGG	2	10	31099	31108	40 %	20 %	40 %	0 %	159901768
26	NC_009974	GGCAA	2	10	31377	31386	40 %	0 %	40 %	20 %	159901768
27	NC_009974	CTCTG	2	10	37576	37585	0 %	40 %	20 %	40 %	159901773
28	NC_009974	CGGGG	2	10	40139	40148	0 %	0 %	80 %	20 %	159901774
29	NC_009974	TGCAC	2	10	42081	42090	20 %	20 %	20 %	40 %	159901776
30	NC_009974	CGTCG	2	10	43145	43154	0 %	20 %	40 %	40 %	159901777
31	NC_009974	ATCAG	2	10	43320	43329	40 %	20 %	20 %	20 %	159901777
32	NC_009974	CTCAC	2	10	45571	45580	20 %	20 %	0 %	60 %	159901778
33	NC_009974	GCGCT	2	10	47935	47944	0 %	20 %	40 %	40 %	159901778
34	NC_009974	CCCAT	2	10	48908	48917	20 %	20 %	0 %	60 %	159901778
35	NC_009974	CCATA	2	10	49008	49017	40 %	20 %	0 %	40 %	159901778
36	NC_009974	CCCAT	2	10	49763	49772	20 %	20 %	0 %	60 %	159901778
37	NC_009974	CCATA	2	10	49863	49872	40 %	20 %	0 %	40 %	159901778
38	NC_009974	CCCAT	2	10	50222	50231	20 %	20 %	0 %	60 %	159901778
39	NC_009974	CCATA	2	10	50319	50328	40 %	20 %	0 %	40 %	159901778
40	NC_009974	CCCAT	2	10	50438	50447	20 %	20 %	0 %	60 %	159901778
41	NC_009974	CTTGA	2	10	58950	58959	20 %	40 %	20 %	20 %	159901783
42	NC_009974	TTAAT	2	10	61424	61433	40 %	60 %	0 %	0 %	159901785
43	NC_009974	AGATA	2	10	62727	62736	60 %	20 %	20 %	0 %	159901786
44	NC_009974	AGGGT	2	10	67886	67895	20 %	20 %	60 %	0 %	159901788
45	NC_009974	TCGCC	2	10	75725	75734	0 %	20 %	20 %	60 %	159901796
46	NC_009974	CAACC	2	10	82136	82145	40 %	0 %	0 %	60 %	159901800
47	NC_009974	AGAAA	2	10	82620	82629	80 %	0 %	20 %	0 %	159901800
48	NC_009974	CCGAT	2	10	84836	84845	20 %	20 %	20 %	40 %	159901802
49	NC_009974	CACAA	2	10	86925	86934	60 %	0 %	0 %	40 %	159901804
50	NC_009974	CGCGC	3	15	88535	88549	0 %	0 %	40 %	60 %	159901805
51	NC_009974	CGGCT	2	10	92847	92856	0 %	20 %	40 %	40 %	159901807

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.