MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 plasmid pHAU02

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009974	CG	3	6	140	145	0 %	0 %	50 %	50 %	159901743
2	NC_009974	AT	3	6	2332	2337	50 %	50 %	0 %	0 %	159901744
3	NC_009974	TG	3	6	3038	3043	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009974	CG	3	6	4579	4584	0 %	0 %	50 %	50 %	159901747
5	NC_009974	CA	3	6	6689	6694	50 %	0 %	0 %	50 %	159901750
6	NC_009974	CG	3	6	7112	7117	0 %	0 %	50 %	50 %	159901750
7	NC_009974	CA	3	6	7249	7254	50 %	0 %	0 %	50 %	159901750
8	NC_009974	CG	3	6	8294	8299	0 %	0 %	50 %	50 %	159901750
9	NC_009974	GT	3	6	9839	9844	0 %	50 %	50 %	0 %	159901752
10	NC_009974	GT	3	6	10244	10249	0 %	50 %	50 %	0 %	159901752
11	NC_009974	CG	3	6	10577	10582	0 %	0 %	50 %	50 %	159901752
12	NC_009974	CG	3	6	11722	11727	0 %	0 %	50 %	50 %	159901753
13	NC_009974	CA	3	6	14481	14486	50 %	0 %	0 %	50 %	159901755
14	NC_009974	CG	3	6	14931	14936	0 %	0 %	50 %	50 %	159901755
15	NC_009974	CG	3	6	15799	15804	0 %	0 %	50 %	50 %	159901756
16	NC_009974	CG	3	6	19410	19415	0 %	0 %	50 %	50 %	159901759
17	NC_009974	CG	3	6	20769	20774	0 %	0 %	50 %	50 %	159901760
18	NC_009974	GA	3	6	21548	21553	50 %	0 %	50 %	0 %	159901760
19	NC_009974	GT	3	6	21645	21650	0 %	50 %	50 %	0 %	159901760
20	NC_009974	CT	3	6	21976	21981	0 %	50 %	0 %	50 %	159901761
21	NC_009974	AC	3	6	23025	23030	50 %	0 %	0 %	50 %	159901762
22	NC_009974	AC	3	6	23054	23059	50 %	0 %	0 %	50 %	159901762
23	NC_009974	CT	3	6	24526	24531	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_009974	CG	3	6	24805	24810	0 %	0 %	50 %	50 %	159901763
25	NC_009974	AC	3	6	26418	26423	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_009974	CT	4	8	26804	26811	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_009974	AT	4	8	27000	27007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009974	GT	3	6	27882	27887	0 %	50 %	50 %	0 %	159901765
29	NC_009974	GT	3	6	28057	28062	0 %	50 %	50 %	0 %	159901765
30	NC_009974	GA	3	6	28912	28917	50 %	0 %	50 %	0 %	159901766
31	NC_009974	AT	3	6	29532	29537	50 %	50 %	0 %	0 %	159901767
32	NC_009974	AC	3	6	30032	30037	50 %	0 %	0 %	50 %	159901767
33	NC_009974	AT	3	6	33801	33806	50 %	50 %	0 %	0 %	159901770
34	NC_009974	CA	4	8	35367	35374	50 %	0 %	0 %	50 %	159901771
35	NC_009974	AC	3	6	35803	35808	50 %	0 %	0 %	50 %	159901771
36	NC_009974	CG	3	6	36707	36712	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_009974	CG	3	6	38825	38830	0 %	0 %	50 %	50 %	159901774
38	NC_009974	CG	3	6	39483	39488	0 %	0 %	50 %	50 %	159901774
39	NC_009974	AG	3	6	39549	39554	50 %	0 %	50 %	0 %	159901774
40	NC_009974	CA	3	6	41234	41239	50 %	0 %	0 %	50 %	159901775
41	NC_009974	CG	3	6	43036	43041	0 %	0 %	50 %	50 %	159901777
42	NC_009974	TG	3	6	44792	44797	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009974	TC	3	6	46556	46561	0 %	50 %	0 %	50 %	159901778
44	NC_009974	CT	3	6	49564	49569	0 %	50 %	0 %	50 %	159901778
45	NC_009974	CA	3	6	51961	51966	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_009974	CA	3	6	52121	52126	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_009974	GT	3	6	52784	52789	0 %	50 %	50 %	0 %	159901780
48	NC_009974	TG	3	6	52916	52921	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009974	GT	3	6	53109	53114	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009974	CG	3	6	55902	55907	0 %	0 %	50 %	50 %	159901781
51	NC_009974	AT	3	6	58018	58023	50 %	50 %	0 %	0 %	159901783
52	NC_009974	CG	3	6	58142	58147	0 %	0 %	50 %	50 %	159901783
53	NC_009974	AT	3	6	58188	58193	50 %	50 %	0 %	0 %	159901783
54	NC_009974	CA	4	8	58676	58683	50 %	0 %	0 %	50 %	159901783
55	NC_009974	GA	4	8	60022	60029	50 %	0 %	50 %	0 %	159901784
56	NC_009974	CT	3	6	60343	60348	0 %	50 %	0 %	50 %	159901784
57	NC_009974	TG	3	6	61537	61542	0 %	50 %	50 %	0 %	159901785
58	NC_009974	TG	3	6	62029	62034	0 %	50 %	50 %	0 %	159901785
59	NC_009974	TG	3	6	63174	63179	0 %	50 %	50 %	0 %	159901786
60	NC_009974	TA	3	6	63224	63229	50 %	50 %	0 %	0 %	159901786
61	NC_009974	TC	3	6	63298	63303	0 %	50 %	0 %	50 %	159901786
62	NC_009974	CT	3	6	63880	63885	0 %	50 %	0 %	50 %	159901787
63	NC_009974	GT	3	6	64862	64867	0 %	50 %	50 %	0 %	159901787
64	NC_009974	GT	3	6	65618	65623	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009974	TC	3	6	67725	67730	0 %	50 %	0 %	50 %	159901788
66	NC_009974	TA	3	6	68208	68213	50 %	50 %	0 %	0 %	159901788
67	NC_009974	GT	3	6	68617	68622	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009974	AG	3	6	69016	69021	50 %	0 %	50 %	0 %	159901789
69	NC_009974	AC	3	6	69030	69035	50 %	0 %	0 %	50 %	159901789
70	NC_009974	CA	3	6	70131	70136	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_009974	CG	3	6	70258	70263	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_009974	GT	4	8	70765	70772	0 %	50 %	50 %	0 %	159901790
73	NC_009974	CG	3	6	71258	71263	0 %	0 %	50 %	50 %	159901791
74	NC_009974	CA	3	6	71423	71428	50 %	0 %	0 %	50 %	159901791
75	NC_009974	TC	4	8	72197	72204	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_009974	CG	3	6	72835	72840	0 %	0 %	50 %	50 %	159901793
77	NC_009974	TA	3	6	73202	73207	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009974	TG	3	6	73433	73438	0 %	50 %	50 %	0 %	159901794
79	NC_009974	CG	3	6	73763	73768	0 %	0 %	50 %	50 %	159901795
80	NC_009974	CG	3	6	73997	74002	0 %	0 %	50 %	50 %	159901795
81	NC_009974	CG	3	6	74677	74682	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
82	NC_009974	CG	3	6	74689	74694	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_009974	GA	3	6	74733	74738	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009974	TG	3	6	75629	75634	0 %	50 %	50 %	0 %	159901796
85	NC_009974	CG	3	6	76090	76095	0 %	0 %	50 %	50 %	159901796
86	NC_009974	GT	3	6	76155	76160	0 %	50 %	50 %	0 %	159901796
87	NC_009974	AC	3	6	76802	76807	50 %	0 %	0 %	50 %	159901797
88	NC_009974	CG	3	6	77721	77726	0 %	0 %	50 %	50 %	159901798
89	NC_009974	TA	3	6	78392	78397	50 %	50 %	0 %	0 %	159901799
90	NC_009974	CT	3	6	79033	79038	0 %	50 %	0 %	50 %	159901799
91	NC_009974	AC	3	6	80373	80378	50 %	0 %	0 %	50 %	159901799
92	NC_009974	AC	3	6	81253	81258	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_009974	TC	3	6	81356	81361	0 %	50 %	0 %	50 %	159901800
94	NC_009974	TC	3	6	81475	81480	0 %	50 %	0 %	50 %	159901800
95	NC_009974	GA	3	6	81801	81806	50 %	0 %	50 %	0 %	159901800
96	NC_009974	CT	5	10	83818	83827	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_009974	AT	3	6	84402	84407	50 %	50 %	0 %	0 %	159901801
98	NC_009974	TG	3	6	84444	84449	0 %	50 %	50 %	0 %	159901801
99	NC_009974	CT	3	6	84622	84627	0 %	50 %	0 %	50 %	159901802
100	NC_009974	TA	3	6	84994	84999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009974	TA	3	6	85184	85189	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009974	AT	3	6	85766	85771	50 %	50 %	0 %	0 %	159901803
103	NC_009974	TG	3	6	90926	90931	0 %	50 %	50 %	0 %	159901806
104	NC_009974	GT	3	6	91444	91449	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009974	AG	3	6	92161	92166	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009974	CG	3	6	94162	94167	0 %	0 %	50 %	50 %	159901808
107	NC_009974	AT	3	6	96087	96092	50 %	50 %	0 %	0 %	159901810
108	NC_009974	AT	3	6	96255	96260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009974	CG	3	6	97593	97598	0 %	0 %	50 %	50 %	159901811
110	NC_009974	TG	3	6	97958	97963	0 %	50 %	50 %	0 %	159901811
111	NC_009974	TC	3	6	98427	98432	0 %	50 %	0 %	50 %	159901812

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.