MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 plasmid pHAU01

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009973	AGGCCG	2	12	2249	2260	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159901511
2	NC_009973	CACGGC	2	12	3627	3638	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159901513
3	NC_009973	CCAAGG	2	12	5102	5113	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159901515
4	NC_009973	CTCAAA	2	12	6357	6368	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	159901515
5	NC_009973	ATCGCG	2	12	7476	7487	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159901515
6	NC_009973	AAGCCG	2	12	8203	8214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159901515
7	NC_009973	TGGCAA	2	12	8307	8318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159901515
8	NC_009973	CTAAGA	2	12	11799	11810	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	159901517
9	NC_009973	GATAGC	2	12	12416	12427	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159901517
10	NC_009973	TAGCAC	2	12	14733	14744	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901519
11	NC_009973	TTGGGC	2	12	15889	15900	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159901521
12	NC_009973	CAACCG	2	12	15907	15918	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159901521
13	NC_009973	TCTGTG	2	12	18256	18267	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	159901523
14	NC_009973	ATAGGC	2	12	18630	18641	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159901523
15	NC_009973	GCACAT	2	12	21500	21511	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901524
16	NC_009973	CAAGGC	2	12	24867	24878	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159901528
17	NC_009973	ATGGAG	2	12	30178	30189	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009973	CCAAGA	2	12	33865	33876	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_009973	GTTGAT	2	12	35441	35452	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009973	TGCGAT	2	12	48127	48138	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_009973	CCAACG	2	12	51054	51065	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159901548
22	NC_009973	TTGGAT	2	12	52042	52053	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009973	TTTAAC	2	12	59015	59026	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	159901556
24	NC_009973	TGGCTT	2	12	73584	73595	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	159901569
25	NC_009973	GCCTGC	2	12	75897	75908	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159901571
26	NC_009973	CTGCAT	2	12	76283	76294	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159901571
27	NC_009973	TGGTCG	2	12	77541	77552	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159901574
28	NC_009973	GAGCCG	2	12	77578	77589	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159901574
29	NC_009973	GCGGTC	2	12	80198	80209	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159901576
30	NC_009973	CGCCAT	2	12	82929	82940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159901578
31	NC_009973	AATAGT	2	12	85525	85536	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	159901580
32	NC_009973	TAGCAT	2	12	85539	85550	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	159901580
33	NC_009973	CTGAGG	2	12	90007	90018	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159901583
34	NC_009973	CAATTG	2	12	97894	97905	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	159901589
35	NC_009973	TATGGC	2	12	100451	100462	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159901591
36	NC_009973	CAAACC	2	12	101083	101094	50 %	0 %	0 %	50 %	159901592
37	NC_009973	CTGACC	2	12	105989	106000	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
38	NC_009973	CCCAAG	2	12	111150	111161	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159901596
39	NC_009973	ATAGCT	2	12	114734	114745	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	159901599
40	NC_009973	CCATCC	2	12	114782	114793	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	159901599
41	NC_009973	CAGGAT	2	12	115457	115468	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159901599
42	NC_009973	TGGGAT	2	12	115720	115731	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	159901599
43	NC_009973	TGTGGA	2	12	116329	116340	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	159901600
44	NC_009973	TCGTAT	2	12	118121	118132	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	159901601
45	NC_009973	GCGGTG	2	12	120142	120153	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	159901602
46	NC_009973	GGTTTG	2	12	120834	120845	0 %	50 %	50 %	0 %	159901603
47	NC_009973	GATAGT	2	12	121031	121042	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159901603
48	NC_009973	TCCAGC	2	12	122778	122789	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159901605
49	NC_009973	GCCTGC	2	12	131102	131113	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159901611
50	NC_009973	TCGCCA	2	12	131922	131933	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_009973	GCAAGC	2	12	136974	136985	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159901613
52	NC_009973	CGGTCA	2	12	141389	141400	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159901616
53	NC_009973	CCAGCA	2	12	144774	144785	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159901617
54	NC_009973	CGACCA	2	12	145637	145648	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159901618
55	NC_009973	ACCCGC	2	12	146653	146664	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	159901618
56	NC_009973	CGTCGC	2	12	148200	148211	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159901619
57	NC_009973	GTCGTG	2	12	149139	149150	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159901620
58	NC_009973	CCGTCG	2	12	152109	152120	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159901623
59	NC_009973	GGCATC	2	12	153083	153094	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159901624
60	NC_009973	GCCACC	2	12	153224	153235	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	159901624
61	NC_009973	GGCTTG	2	12	153761	153772	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159901625
62	NC_009973	CTGATG	2	12	153776	153787	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159901625
63	NC_009973	CACGGT	2	12	154216	154227	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159901625
64	NC_009973	GCGACC	2	12	155900	155911	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159901625
65	NC_009973	GCATCA	2	12	157216	157227	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901626
66	NC_009973	GCGCAC	2	12	157662	157673	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159901627
67	NC_009973	CGATTC	2	12	159812	159823	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159901629
68	NC_009973	AATGGC	2	12	160324	160335	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159901629
69	NC_009973	GGGTGC	2	12	162013	162024	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	159901631
70	NC_009973	CCGCCC	2	12	164174	164185	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	159901632
71	NC_009973	CAATCG	2	12	169678	169689	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901634
72	NC_009973	AGCGGC	2	12	181746	181757	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159901640
73	NC_009973	TCACTT	2	12	187537	187548	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	159901645
74	NC_009973	AGCCAT	2	12	188943	188954	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_009973	CATAAA	2	12	189244	189255	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_009973	AAATAT	2	12	190426	190437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	159901649
77	NC_009973	GAAAAT	2	12	191992	192003	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	159901650
78	NC_009973	ACCTTT	2	12	193382	193393	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_009973	AATAGA	2	12	196831	196842	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	159901654
80	NC_009973	GATACC	2	12	198302	198313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901655
81	NC_009973	CACGAC	2	12	200162	200173	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159901655
82	NC_009973	CAATAA	2	12	201687	201698	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	159901655
83	NC_009973	CCGCAG	2	12	203431	203442	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159901656
84	NC_009973	CACCAT	2	12	203564	203575	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	159901656
85	NC_009973	CGCGTC	2	12	203627	203638	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159901656
86	NC_009973	CTATGA	2	12	204351	204362	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	159901656
87	NC_009973	ACCTAT	2	12	206005	206016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	159901656
88	NC_009973	GCTATG	2	12	208358	208369	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159901656
89	NC_009973	CTATGC	2	12	209529	209540	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159901656
90	NC_009973	TGGAAT	2	12	212778	212789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159901657
91	NC_009973	CTTTTT	2	12	214004	214015	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	159901659
92	NC_009973	CGTTGG	2	12	221263	221274	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159901662
93	NC_009973	CCCACC	2	12	221960	221971	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	159901662
94	NC_009973	GAGCCG	2	12	223043	223054	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159901663
95	NC_009973	TGCAGG	2	12	223265	223276	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_009973	ATCAGC	2	12	227379	227390	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901664
97	NC_009973	CATCGG	2	12	228737	228748	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159901664
98	NC_009973	CATCCC	2	12	228988	228999	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	159901665
99	NC_009973	CGCAAA	2	12	229219	229230	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	159901665
100	NC_009973	CACGGC	2	12	229913	229924	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159901667
101	NC_009973	CAAACA	2	12	237736	237747	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	159901673
102	NC_009973	GATACT	2	12	238066	238077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	159901673
103	NC_009973	CACGAT	2	12	244744	244755	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901676
104	NC_009973	GGTATA	2	12	246694	246705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159901678
105	NC_009973	GGCAGC	2	12	248412	248423	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159901680
106	NC_009973	TGATCG	2	12	249625	249636	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159901680
107	NC_009973	GTCGTG	2	12	251871	251882	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159901680
108	NC_009973	CACGAT	2	12	252282	252293	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901680
109	NC_009973	GACCAC	2	12	252717	252728	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159901681
110	NC_009973	GGAATC	2	12	254304	254315	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159901682
111	NC_009973	GTGACC	2	12	254316	254327	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159901682
112	NC_009973	CAGATC	2	12	254699	254710	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901682
113	NC_009973	GCCGAT	2	12	256393	256404	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159901684
114	NC_009973	TGCCGA	2	12	258287	258298	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_009973	CCTCAC	2	12	260068	260079	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	159901686
116	NC_009973	TCAGCA	2	12	261600	261611	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009973	CGATCA	2	12	267554	267565	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901694
118	NC_009973	GGCATA	2	12	270426	270437	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_009973	GATCGT	2	12	271398	271409	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159901697
120	NC_009973	TCGTAG	2	12	274870	274881	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159901698
121	NC_009973	CGCGAG	2	12	275739	275750	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159901699
122	NC_009973	TTGATG	2	12	277200	277211	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	159901701
123	NC_009973	CGTTGG	2	12	278178	278189	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159901702
124	NC_009973	TGGATG	2	12	279906	279917	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	159901703
125	NC_009973	ATCACA	2	12	284240	284251	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	159901706
126	NC_009973	TGCCTG	2	12	297171	297182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159901716
127	NC_009973	CAAGGC	2	12	297831	297842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159901716
128	NC_009973	CACCTG	2	12	298713	298724	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159901716
129	NC_009973	ATGGAG	2	12	298792	298803	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	159901716
130	NC_009973	CGCGAT	2	12	301705	301716	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159901719
131	NC_009973	GCATAG	2	12	303135	303146	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159901719
132	NC_009973	AATCAA	2	12	303301	303312	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	159901719
133	NC_009973	CACGAT	2	12	305225	305236	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901719
134	NC_009973	CAACCG	2	12	307687	307698	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159901723
135	NC_009973	CTTTCC	2	12	309781	309792	0 %	50 %	0 %	50 %	159901724
136	NC_009973	TCCAAT	2	12	314642	314653	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	159901726
137	NC_009973	GATGCC	2	12	320449	320460	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159901728
138	NC_009973	CGTGAT	2	12	329101	329112	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159901735
139	NC_009973	GGCAGT	2	12	329119	329130	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159901735
140	NC_009973	GATCTC	2	12	332878	332889	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159901736
141	NC_009973	CCATGA	2	12	333122	333133	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159901736
142	NC_009973	GCATTG	2	12	333914	333925	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159901736
143	NC_009973	CAATCC	2	12	334428	334439	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	159901736
144	NC_009973	CATTGG	2	12	336264	336275	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159901738
145	NC_009973	TGCCGT	2	12	337758	337769	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159901740

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.