MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 plasmid pHAU01

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009973	CACG	2	8	10447	10454	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_009973	ACCT	2	8	12537	12544	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_009973	CAGT	2	8	16826	16833	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_009973	AATA	2	8	16883	16890	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009973	TATT	2	8	16960	16967	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009973	TCCT	2	8	20464	20471	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_009973	GCTG	2	8	20533	20540	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_009973	CCAT	2	8	20682	20689	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_009973	CGAG	2	8	23464	23471	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_009973	TCAA	2	8	23668	23675	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_009973	ATGC	2	8	26259	26266	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_009973	CCAT	2	8	26849	26856	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_009973	AGGG	2	8	27390	27397	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009973	GCTG	2	8	27968	27975	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_009973	TATG	2	8	30238	30245	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009973	CAAG	2	8	30262	30269	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_009973	CACG	2	8	30414	30421	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_009973	ATTC	2	8	33974	33981	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_009973	CATC	2	8	34256	34263	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_009973	GGGT	2	8	34425	34432	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009973	GGCA	2	8	34463	34470	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_009973	TAGG	2	8	35506	35513	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009973	TAGC	2	8	35883	35890	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_009973	TCAT	2	8	38320	38327	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_009973	CATC	2	8	40134	40141	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_009973	ATGC	2	8	40228	40235	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_009973	CGTC	2	8	40330	40337	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_009973	TCCA	2	8	40514	40521	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_009973	GCAT	2	8	44067	44074	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_009973	GCAT	2	8	44228	44235	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_009973	TCGA	2	8	44257	44264	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_009973	CCCT	2	8	44635	44642	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
33	NC_009973	CTAC	2	8	49097	49104	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_009973	GTTT	2	8	49270	49277	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009973	GCAA	2	8	49340	49347	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_009973	GTCA	2	8	51534	51541	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_009973	TGGC	2	8	51714	51721	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_009973	ATCC	2	8	51759	51766	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_009973	CTGC	2	8	51975	51982	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_009973	CACC	2	8	54092	54099	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
41	NC_009973	CCAT	2	8	55916	55923	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_009973	ATCG	2	8	56185	56192	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_009973	TTGA	2	8	58591	58598	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009973	CCCG	2	8	58697	58704	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
45	NC_009973	CCGA	2	8	58731	58738	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_009973	TCGT	2	8	59805	59812	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_009973	CCCT	2	8	60027	60034	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
48	NC_009973	ATTG	2	8	65841	65848	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009973	TTGA	2	8	66443	66450	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009973	CCCG	2	8	66549	66556	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
51	NC_009973	TCAA	2	8	68096	68103	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_009973	CCCG	2	8	68243	68250	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
53	NC_009973	AGGT	2	8	71567	71574	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009973	CAAA	2	8	74605	74612	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_009973	AGCC	2	8	83882	83889	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_009973	TGAT	2	8	83892	83899	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009973	TTGA	2	8	84290	84297	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009973	TACT	2	8	88548	88555	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_009973	GTTT	2	8	89531	89538	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009973	AAAC	2	8	102285	102292	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_009973	AAAC	2	8	102719	102726	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_009973	ACGC	2	8	103167	103174	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_009973	GCGG	2	8	104119	104126	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
64	NC_009973	TTGA	2	8	104269	104276	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009973	AGCG	2	8	104778	104785	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_009973	AGCT	2	8	105342	105349	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_009973	AGGC	2	8	106729	106736	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_009973	AGGC	2	8	106873	106880	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_009973	ATTT	2	8	107545	107552	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009973	ATGA	2	8	108490	108497	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009973	GGAT	2	8	110178	110185	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009973	TCAA	2	8	110402	110409	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_009973	CTGG	2	8	110615	110622	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_009973	ATGG	2	8	111876	111883	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009973	AACG	2	8	115925	115932	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_009973	TGAT	2	8	115968	115975	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009973	CGTT	2	8	118992	118999	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_009973	TGCG	2	8	119133	119140	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_009973	CAAA	2	8	126152	126159	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_009973	ATGG	2	8	128732	128739	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009973	GCCA	2	8	130796	130803	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_009973	GGAG	2	8	130936	130943	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009973	CCAA	2	8	131543	131550	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_009973	GCAT	2	8	133947	133954	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_009973	ACTT	2	8	134299	134306	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_009973	TACT	2	8	135261	135268	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_009973	CGAA	2	8	135619	135626	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_009973	GCAC	2	8	135884	135891	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_009973	GCTG	2	8	137374	137381	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_009973	CTCC	2	8	146767	146774	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_009973	AGCG	2	8	152703	152710	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_009973	AGGA	2	8	153491	153498	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009973	GAGT	3	12	162488	162499	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009973	GATT	2	8	162513	162520	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009973	AATC	2	8	162529	162536	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_009973	GAGC	2	8	165595	165602	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_009973	GATT	2	8	165616	165623	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009973	AATC	2	8	165632	165639	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_009973	CGTG	2	8	168590	168597	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_009973	CGTG	2	8	171505	171512	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_009973	GTGA	2	8	171760	171767	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009973	TCAT	2	8	178862	178869	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_009973	ACAA	2	8	180558	180565	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_009973	CCCT	2	8	182488	182495	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
105	NC_009973	TGAA	2	8	186872	186879	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009973	AGGC	2	8	186976	186983	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_009973	CAGA	2	8	187145	187152	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_009973	ATTC	2	8	188371	188378	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_009973	ACTC	2	8	188598	188605	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_009973	ATGG	2	8	189045	189052	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009973	CATT	2	8	189322	189329	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_009973	TGAT	2	8	192604	192611	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009973	ATCA	2	8	192622	192629	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_009973	GCCC	2	8	195296	195303	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
115	NC_009973	ACTT	2	8	196646	196653	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_009973	ATTT	2	8	196742	196749	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009973	CATC	2	8	197428	197435	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_009973	GGGT	2	8	203065	203072	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009973	CGAG	2	8	203191	203198	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_009973	CCAC	2	8	203240	203247	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
121	NC_009973	ATTT	2	8	210685	210692	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009973	AATA	2	8	210856	210863	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009973	GGAT	2	8	211162	211169	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009973	ATTT	2	8	217467	217474	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009973	GCTT	2	8	224063	224070	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_009973	ACGC	2	8	229643	229650	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_009973	CACG	2	8	229654	229661	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_009973	AGCG	2	8	229667	229674	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_009973	GATT	2	8	233410	233417	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009973	AATT	2	8	233426	233433	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009973	TTTC	2	8	233536	233543	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_009973	CTCG	2	8	233610	233617	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_009973	CAAT	2	8	234345	234352	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_009973	TCAT	2	8	235146	235153	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_009973	CACG	2	8	235173	235180	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_009973	CCTT	2	8	238522	238529	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_009973	AGGA	2	8	238561	238568	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009973	CAAT	2	8	238689	238696	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_009973	TCAT	2	8	239233	239240	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_009973	GTTG	2	8	255109	255116	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009973	ATTA	2	8	255153	255160	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009973	GCAC	2	8	257302	257309	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_009973	CGCC	2	8	257345	257352	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
144	NC_009973	TGGG	2	8	257427	257434	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009973	CGAG	2	8	257503	257510	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
146	NC_009973	GACA	2	8	258735	258742	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_009973	GTTG	2	8	259545	259552	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009973	GGAT	2	8	262077	262084	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_009973	TCCT	2	8	262173	262180	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_009973	TTTG	2	8	270385	270392	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_009973	GATC	2	8	270417	270424	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_009973	GATC	2	8	270444	270451	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
153	NC_009973	CTAG	2	8	276480	276487	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
154	NC_009973	TCCC	2	8	276821	276828	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
155	NC_009973	CTAG	3	12	276953	276964	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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160	NC_009973	AACC	2	8	280416	280423	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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162	NC_009973	GCCC	2	8	282050	282057	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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176	NC_009973	GATG	2	8	296700	296707	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_009973	ATCA	2	8	305953	305960	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
182	NC_009973	ATCT	2	8	307613	307620	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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184	NC_009973	TGGA	2	8	318833	318840	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
185	NC_009973	CGAT	2	8	318853	318860	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
186	NC_009973	AGGT	2	8	320709	320716	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_009973	CGCT	2	8	324384	324391	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
189	NC_009973	CCAT	2	8	324424	324431	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
190	NC_009973	TGAA	2	8	325374	325381	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
191	NC_009973	GCCT	2	8	329818	329825	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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195	NC_009973	ATTC	2	8	335197	335204	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.