MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 chromosome

Total Repeats: 194

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009972	TCAAAA	2	12	36962	36973	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_009972	TGATCA	2	12	113232	113243	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_009972	CAATCA	2	12	127860	127871	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_009972	CCTAGC	2	12	131805	131816	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_009972	TCATTC	2	12	170424	170435	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009972	CCCTCA	2	12	312951	312962	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_009972	TATGCC	2	12	322261	322272	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009972	CAGGAA	2	12	325980	325991	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_009972	TGTATC	2	12	359224	359235	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009972	ATACAG	2	12	392696	392707	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_009972	GACGAT	2	12	416361	416372	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_009972	ATGAGC	2	12	417352	417363	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_009972	ACGGTT	2	12	418006	418017	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_009972	CCCTGC	2	12	421669	421680	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_009972	ACTGTA	2	12	439251	439262	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_009972	GGCTTC	2	12	554131	554142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_009972	GTTGAT	2	12	591035	591046	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009972	AAACTG	2	12	591132	591143	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_009972	GTGATT	2	12	591482	591493	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009972	CAATGC	2	12	593412	593423	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_009972	CGCGAT	2	12	593581	593592	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_009972	CCATGG	2	12	609421	609432	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009972	AGGGCA	2	12	628167	628178	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_009972	AAACAG	2	12	633604	633615	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_009972	CTGTTT	2	12	633641	633652	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_009972	CGATTG	2	12	645145	645156	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_009972	TGGCCA	2	12	778031	778042	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_009972	GTAATG	2	12	841480	841491	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009972	CTTATC	2	12	855898	855909	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009972	ATGATC	2	12	858007	858018	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_009972	CTTTTG	2	12	903405	903416	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009972	GGTTTG	2	12	925129	925140	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009972	GTCATT	2	12	931796	931807	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_009972	ATAGCC	2	12	990213	990224	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009972	GAGCAA	2	12	1021015	1021026	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_009972	ATCCCA	2	12	1080085	1080096	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_009972	GTTTCC	2	12	1086457	1086468	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_009972	CGCGAG	2	12	1120057	1120068	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_009972	GGGAAC	2	12	1152072	1152083	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_009972	CGGTTT	2	12	1161303	1161314	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_009972	AAACAG	2	12	1218023	1218034	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_009972	GTTTTT	2	12	1226015	1226026	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009972	TGATTT	2	12	1232771	1232782	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009972	ATGATC	2	12	1304535	1304546	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009972	GCTGTA	2	12	1450271	1450282	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009972	TGAGGG	2	12	1496143	1496154	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009972	GGTTAT	2	12	1503862	1503873	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009972	TCCATG	2	12	1536309	1536320	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009972	AATCAA	2	12	1537570	1537581	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_009972	GTATGG	2	12	1548741	1548752	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009972	ATTTTA	2	12	1549123	1549134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009972	CCGTTT	2	12	1553568	1553579	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009972	TGAATG	2	12	1561424	1561435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009972	CGATTG	2	12	1589255	1589266	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_009972	CTAAAC	2	12	1605280	1605291	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_009972	CAAAGC	2	12	1627226	1627237	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009972	TGTGGG	2	12	1677312	1677323	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009972	CAGGTT	2	12	1725623	1725634	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_009972	TCAATT	2	12	1797053	1797064	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_009972	CACGAT	2	12	1797257	1797268	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_009972	TGCATT	2	12	1905264	1905275	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_009972	TGCTAA	2	12	1942413	1942424	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_009972	TTGATA	2	12	1943557	1943568	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009972	TTTAAA	2	12	1960984	1960995	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009972	CCTACT	2	12	2062008	2062019	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_009972	AACCCC	2	12	2136285	2136296	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_009972	ACGTTT	2	12	2137412	2137423	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009972	TACAGG	2	12	2209176	2209187	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009972	AAATTG	2	12	2213734	2213745	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009972	ATTGGT	2	12	2288017	2288028	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009972	GGGCTT	2	12	2323941	2323952	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009972	GGGTTG	2	12	2441717	2441728	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009972	GTAAAA	2	12	2501864	2501875	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009972	GGATAG	2	12	2504094	2504105	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009972	CGTGGT	2	12	2508998	2509009	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_009972	AAATAA	2	12	2549176	2549187	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009972	CCTGCA	2	12	2555067	2555078	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_009972	GCATGG	2	12	2595060	2595071	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_009972	TGCTTG	2	12	2627025	2627036	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009972	CCCTCA	2	12	2727425	2727436	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_009972	AGTGGT	2	12	2847481	2847492	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009972	CTGATA	2	12	2850667	2850678	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009972	AGTCAA	2	12	2875772	2875783	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_009972	ATATTT	2	12	2897301	2897312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009972	GGGGAT	2	12	2903469	2903480	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009972	TTGTGG	2	12	2912602	2912613	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009972	GCCTGC	2	12	2921755	2921766	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_009972	CCATGG	2	12	2928016	2928027	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009972	TCTCCT	2	12	2932767	2932778	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_009972	GCCATA	2	12	2941045	2941056	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_009972	TTGGCA	2	12	3112334	3112345	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_009972	TGATCA	2	12	3134522	3134533	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_009972	AGATTT	2	12	3183117	3183128	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009972	TGCTAT	2	12	3231391	3231402	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_009972	ATTTCT	2	12	3235663	3235674	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_009972	TTGGCT	2	12	3257481	3257492	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_009972	TGATTG	2	12	3270699	3270710	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009972	TCCGCT	2	12	3284770	3284781	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_009972	TAACCC	2	12	3345307	3345318	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_009972	TATCTA	2	12	3374800	3374811	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_009972	ATTAAC	2	12	3377853	3377864	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009972	TGATTG	2	12	3417655	3417666	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009972	CATATT	2	12	3508252	3508263	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_009972	CATTGA	2	12	3551211	3551222	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009972	AAAAAC	2	12	3627116	3627127	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_009972	AAATAA	2	12	3651330	3651341	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009972	TAGTAC	2	12	3774768	3774779	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_009972	GTAAAG	2	12	3809321	3809332	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009972	AAGCCC	2	12	3834170	3834181	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_009972	TTGGCA	2	12	3835162	3835173	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_009972	ATAATT	2	12	3888802	3888813	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009972	CCTGAG	2	12	3907011	3907022	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_009972	GTTGCA	2	12	3931555	3931566	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_009972	CCCTCA	2	12	3943213	3943224	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_009972	TAGCAA	2	12	3970637	3970648	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_009972	CTGTAG	2	12	3978999	3979010	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_009972	CAAGTT	2	12	3979620	3979631	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_009972	CATTAA	2	12	4000782	4000793	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_009972	GGGGTC	2	12	4051018	4051029	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_009972	TTTGGC	2	12	4065976	4065987	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_009972	TGAGGG	2	12	4080679	4080690	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009972	TGATCA	2	12	4104649	4104660	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_009972	CCCTAT	2	12	4107052	4107063	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_009972	AAAACC	2	12	4139556	4139567	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_009972	TGATCA	2	12	4289994	4290005	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_009972	TGTTCT	2	12	4318096	4318107	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_009972	ATGCTA	2	12	4390516	4390527	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.