MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 chromosome

Total Repeats: 791

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009972	TTAGC	2	10	3464	3473	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009972	AGCCA	2	10	14722	14731	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_009972	CAGCG	2	10	26050	26059	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_009972	TGTGG	2	10	26143	26152	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009972	CTCGC	2	10	28680	28689	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_009972	CGAGG	2	10	39906	39915	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_009972	CTTGG	2	10	40104	40113	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_009972	AATGC	2	10	43652	43661	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_009972	TCTAT	2	10	48822	48831	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009972	CAACC	2	10	49053	49062	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
11	NC_009972	TGCGC	2	10	66888	66897	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_009972	CCCAA	2	10	69391	69400	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
13	NC_009972	CCAAC	2	10	69449	69458	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
14	NC_009972	CGCAG	2	10	78472	78481	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_009972	TTGAG	2	10	80190	80199	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009972	AGCAG	2	10	80206	80215	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009972	TTTGC	2	10	87880	87889	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_009972	TTTCG	2	10	87949	87958	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_009972	CTCGC	2	10	113255	113264	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_009972	CTCGC	2	10	132225	132234	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_009972	TTCAA	2	10	144875	144884	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_009972	AATTC	2	10	149548	149557	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_009972	TTAAA	2	10	155641	155650	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009972	AGTTA	2	10	164239	164248	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009972	ATGGT	2	10	165969	165978	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009972	GCATA	2	10	171343	171352	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_009972	CTCGC	2	10	176180	176189	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
28	NC_009972	TGAAT	2	10	176247	176256	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009972	CCGCC	2	10	184677	184686	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
30	NC_009972	GGGCT	2	10	186202	186211	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_009972	TATCA	2	10	207071	207080	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_009972	CCGCC	2	10	237088	237097	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
33	NC_009972	GCTAG	2	10	248368	248377	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_009972	GTTTT	2	10	253672	253681	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009972	GAATA	2	10	255744	255753	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009972	TGCTA	2	10	263670	263679	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_009972	CATTG	2	10	268823	268832	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_009972	CGAGG	2	10	287479	287488	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009972	AGCAA	2	10	298211	298220	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009972	CTCAA	2	10	308273	308282	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_009972	TGTAT	2	10	308307	308316	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009972	CGAGG	2	10	310349	310358	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_009972	CTCGC	2	10	313023	313032	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_009972	GGCCT	2	10	317074	317083	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_009972	AGCAT	2	10	319992	320001	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_009972	GGGAT	2	10	321169	321178	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009972	TTGCA	2	10	321283	321292	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_009972	GCAGA	2	10	322327	322336	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009972	ATTGA	2	10	324745	324754	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009972	TACCA	2	10	328484	328493	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_009972	TATAG	2	10	336665	336674	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009972	CTTGC	2	10	368015	368024	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_009972	ATAGC	2	10	376212	376221	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_009972	TAGCA	2	10	377771	377780	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_009972	TAGCA	2	10	395995	396004	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_009972	CGAGG	2	10	402465	402474	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_009972	CTCGC	2	10	404503	404512	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_009972	ATATT	2	10	416432	416441	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009972	TGGAA	2	10	416683	416692	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009972	TTATT	2	10	416720	416729	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009972	TACAA	2	10	418296	418305	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009972	CTATA	2	10	439233	439242	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009972	CGTGG	2	10	439275	439284	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009972	AGGCG	2	10	440690	440699	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_009972	AGGCG	2	10	440795	440804	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009972	CGAGG	2	10	456382	456391	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_009972	TGGGT	2	10	462381	462390	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009972	CATGC	2	10	467458	467467	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_009972	CAACA	2	10	483138	483147	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_009972	GCATG	2	10	483148	483157	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_009972	TCTCG	2	10	500333	500342	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_009972	TGGTT	2	10	518182	518191	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009972	CGAGG	2	10	518986	518995	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_009972	AATAA	2	10	522286	522295	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009972	GGCGG	2	10	522357	522366	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
76	NC_009972	CGAGG	2	10	524242	524251	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
77	NC_009972	CTATC	2	10	534199	534208	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_009972	ATATC	2	10	534374	534383	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_009972	CTCGC	2	10	575509	575518	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
80	NC_009972	AATTG	2	10	577349	577358	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009972	CCTCG	2	10	582695	582704	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_009972	GATTC	2	10	591308	591317	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_009972	TGGTT	2	10	591364	591373	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009972	ACGCA	2	10	595873	595882	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_009972	GTTGA	2	10	608576	608585	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009972	ATCGT	2	10	628289	628298	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_009972	TTGAG	2	10	690056	690065	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009972	CCTAT	2	10	724991	725000	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_009972	GCCTA	2	10	729632	729641	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_009972	CGCAA	2	10	746394	746403	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_009972	TCGCC	2	10	755442	755451	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_009972	TAGCA	2	10	766086	766095	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_009972	ACTCG	2	10	779086	779095	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_009972	AGCAA	2	10	779237	779246	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_009972	TCCTA	2	10	806060	806069	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_009972	TGCAG	2	10	848891	848900	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_009972	CGAGG	2	10	849985	849994	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_009972	CTCGC	2	10	858031	858040	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
99	NC_009972	ACCCT	2	10	881450	881459	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
100	NC_009972	GCGAG	2	10	881606	881615	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
101	NC_009972	TCCTT	2	10	886616	886625	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_009972	ATTGG	2	10	896873	896882	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009972	AGCTA	2	10	912820	912829	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_009972	TAGCA	2	10	921789	921798	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_009972	TGTTT	2	10	932872	932881	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009972	ATCGT	2	10	932933	932942	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_009972	GGATA	2	10	933093	933102	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009972	CTCGC	2	10	945887	945896	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
109	NC_009972	CTCGC	2	10	950108	950117	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_009972	AAACA	2	10	968578	968587	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_009972	CGAGG	2	10	968836	968845	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_009972	CAATC	2	10	994334	994343	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_009972	CATTC	2	10	994370	994379	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_009972	TAGGA	2	10	1004775	1004784	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009972	TGAAT	2	10	1006820	1006829	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009972	ATGAT	2	10	1006877	1006886	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009972	CATTT	2	10	1010732	1010741	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_009972	GCGAG	2	10	1024060	1024069	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_009972	CGAGG	2	10	1060114	1060123	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_009972	TAGTG	2	10	1062629	1062638	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009972	TAGGT	2	10	1093994	1094003	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009972	GCAGG	2	10	1094642	1094651	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_009972	CGTTT	2	10	1099583	1099592	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_009972	AATAA	2	10	1121510	1121519	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009972	GTGGA	2	10	1121610	1121619	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009972	CATAG	2	10	1134822	1134831	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_009972	CGCGA	2	10	1141872	1141881	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_009972	GTATT	2	10	1142163	1142172	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009972	CAAGC	2	10	1149272	1149281	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_009972	TCCCT	2	10	1169543	1169552	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
131	NC_009972	CTTGA	2	10	1172324	1172333	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_009972	CGAGG	2	10	1174855	1174864	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
133	NC_009972	GCGAG	2	10	1181182	1181191	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
134	NC_009972	GCGAG	2	10	1181305	1181314	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
135	NC_009972	CGAGG	2	10	1185715	1185724	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
136	NC_009972	GCAAT	2	10	1186890	1186899	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_009972	CTCGC	2	10	1192940	1192949	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
138	NC_009972	TTGGT	2	10	1214974	1214983	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009972	GCTCC	2	10	1225912	1225921	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_009972	TCGTG	2	10	1227143	1227152	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_009972	CGTCA	2	10	1227464	1227473	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_009972	AGCAA	2	10	1227755	1227764	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_009972	AGAAC	2	10	1227771	1227780	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_009972	CGAGA	2	10	1230719	1230728	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_009972	GCCCA	2	10	1238599	1238608	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
146	NC_009972	ATGAA	2	10	1239297	1239306	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009972	TGTAT	2	10	1242615	1242624	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009972	CGAGG	2	10	1243181	1243190	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
149	NC_009972	TGGCT	2	10	1254864	1254873	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_009972	CATAG	2	10	1271491	1271500	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_009972	GCTAT	2	10	1273030	1273039	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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161	NC_009972	GATTT	2	10	1323859	1323868	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_009972	TCAAA	2	10	1325907	1325916	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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164	NC_009972	TATCA	2	10	1332368	1332377	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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181	NC_009972	CTCAC	2	10	1536198	1536207	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
182	NC_009972	GATGT	2	10	1537618	1537627	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
183	NC_009972	TTGAT	2	10	1539122	1539131	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_009972	GTGAT	2	10	1562407	1562416	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
193	NC_009972	TCGCA	2	10	1563272	1563281	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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195	NC_009972	GTTTT	2	10	1573481	1573490	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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264	NC_009972	GCCAA	2	10	2049372	2049381	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
265	NC_009972	CCATC	2	10	2049442	2049451	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
266	NC_009972	TTTAT	2	10	2050940	2050949	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_009972	GCAAA	2	10	2126526	2126535	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
272	NC_009972	TAAAT	2	10	2128820	2128829	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_009972	GCTTT	2	10	2135717	2135726	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
274	NC_009972	ATTGT	2	10	2135952	2135961	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
275	NC_009972	TGCTA	2	10	2140168	2140177	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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277	NC_009972	GTGTT	2	10	2199267	2199276	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
278	NC_009972	CTTTT	2	10	2209012	2209021	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
279	NC_009972	AGCGT	2	10	2212326	2212335	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
280	NC_009972	CCATT	2	10	2213823	2213832	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
281	NC_009972	GGTTT	2	10	2281919	2281928	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
282	NC_009972	TGAGC	2	10	2282913	2282922	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
283	NC_009972	TTGAT	2	10	2282927	2282936	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
284	NC_009972	ATTGC	2	10	2304963	2304972	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
285	NC_009972	TTTAG	2	10	2305110	2305119	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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293	NC_009972	CGAGG	2	10	2345350	2345359	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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403	NC_009972	TGCTA	2	10	3274480	3274489	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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405	NC_009972	CTCGC	2	10	3285214	3285223	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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419	NC_009972	ATGGA	2	10	3359351	3359360	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
420	NC_009972	ACCAA	2	10	3366337	3366346	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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488	NC_009972	GTTAT	2	10	3852725	3852734	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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