MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Dinoroseobacter shibae DFL 12 plasmid pDSHI05

Total Repeats: 61

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009959	GGGGCA	2	12	125	136	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	159046677
2	NC_009959	CTGCGG	2	12	3319	3330	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046679
3	NC_009959	ACATCG	2	12	5202	5213	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159046680
4	NC_009959	TCAAGC	2	12	5244	5255	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159046680
5	NC_009959	GCGGAG	2	12	5930	5941	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	251833004
6	NC_009959	GGGCAG	2	12	10493	10504	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	159046685
7	NC_009959	ACCAGC	2	12	11276	11287	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159046686
8	NC_009959	GAGGAT	2	12	12259	12270	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	159046686
9	NC_009959	GCGCCC	2	12	14847	14858	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159046689
10	NC_009959	CGGTCG	2	12	15493	15504	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046690
11	NC_009959	GGCACC	2	12	15592	15603	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046690
12	NC_009959	GCACCA	2	12	16739	16750	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159046690
13	NC_009959	CAGGGC	2	12	16880	16891	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046691
14	NC_009959	AGCGCC	2	12	17184	17195	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046691
15	NC_009959	GCCAGC	2	12	17373	17384	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046691
16	NC_009959	CCCGGA	2	12	18520	18531	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046693
17	NC_009959	GCCTGC	2	12	20252	20263	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046694
18	NC_009959	GCCAGC	2	12	23515	23526	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046697
19	NC_009959	AACAGG	2	12	24302	24313	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	251833005
20	NC_009959	CGCCAC	2	12	24793	24804	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	251833005
21	NC_009959	CACCGC	2	12	24901	24912	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	251833005
22	NC_009959	CTTCAC	2	12	25414	25425	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	159046699
23	NC_009959	AGCCCG	2	12	28428	28439	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046702
24	NC_009959	CTGGGC	2	12	29925	29936	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046705
25	NC_009959	CATCCT	2	12	29990	30001	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	159046705
26	NC_009959	TCCCCT	2	12	30439	30450	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	159046705
27	NC_009959	CGAGGG	2	12	30690	30701	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	159046706
28	NC_009959	CCCGCA	2	12	33142	33153	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	159046710
29	NC_009959	CTGGTC	2	12	33471	33482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159046710
30	NC_009959	TTCGGC	2	12	33486	33497	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159046710
31	NC_009959	GCCGTC	2	12	34573	34584	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046711
32	NC_009959	CGCAGG	2	12	34882	34893	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046712
33	NC_009959	CTCGAT	2	12	36082	36093	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046713
34	NC_009959	AGCCCC	2	12	36499	36510	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	159046713
35	NC_009959	ACCCCA	2	12	36542	36553	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159046713
36	NC_009959	GCCCCG	2	12	37035	37046	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159046713
37	NC_009959	GCCGAA	2	12	40366	40377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159046717
38	NC_009959	TGCCCG	2	12	40728	40739	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046717
39	NC_009959	TGCAGG	2	12	41009	41020	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046717
40	NC_009959	CCAGGT	2	12	44251	44262	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159046720
41	NC_009959	GTGGCC	2	12	45612	45623	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046721
42	NC_009959	CCCCGC	2	12	45936	45947	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
43	NC_009959	CCATCG	2	12	48383	48394	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046725
44	NC_009959	GGTCGA	2	12	48474	48485	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046725
45	NC_009959	CCGCGT	2	12	48804	48815	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046725
46	NC_009959	CAGGGC	2	12	49594	49605	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046725
47	NC_009959	GGCGTG	2	12	49639	49650	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	159046725
48	NC_009959	CCCCCT	2	12	51621	51632	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	159046727
49	NC_009959	CATCGC	2	12	52264	52275	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046728
50	NC_009959	ATAGCC	2	12	55597	55608	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159046731
51	NC_009959	CCGCGT	2	12	55779	55790	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046731
52	NC_009959	CCAGCA	2	12	57404	57415	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159046732
53	NC_009959	GCGCTG	2	12	62357	62368	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046737
54	NC_009959	GATGGC	2	12	64906	64917	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046739
55	NC_009959	CGCTGG	2	12	67596	67607	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046742
56	NC_009959	GTGGCG	2	12	67869	67880	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	159046743
57	NC_009959	GTGTCG	2	12	68217	68228	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159046743
58	NC_009959	GGCGGG	2	12	68993	69004	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	159046743
59	NC_009959	GGCGCG	2	12	70326	70337	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159046745
60	NC_009959	CGGGCG	2	12	71691	71702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_009959	CCGGTG	2	12	72272	72283	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	251833006

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.