MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Dinoroseobacter shibae DFL 12 plasmid pDSHI04

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009958	TCAT	2	8	38	45	25 %	50 %	0 %	25 %	159046606
2	NC_009958	AACC	2	8	133	140	50 %	0 %	0 %	50 %	159046606
3	NC_009958	ATGG	2	8	325	332	25 %	25 %	50 %	0 %	159046606
4	NC_009958	TTAC	2	8	430	437	25 %	50 %	0 %	25 %	159046606
5	NC_009958	TCTG	2	8	470	477	0 %	50 %	25 %	25 %	159046606
6	NC_009958	TTTC	2	8	830	837	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_009958	CACG	2	8	1136	1143	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_009958	CCAT	2	8	1809	1816	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_009958	GCCA	2	8	1885	1892	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_009958	CGCA	2	8	1941	1948	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_009958	CAGT	2	8	2303	2310	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_009958	CGAT	2	8	3451	3458	25 %	25 %	25 %	25 %	159046607
13	NC_009958	GGAG	2	8	3980	3987	25 %	0 %	75 %	0 %	159046607
14	NC_009958	CCCT	2	8	4151	4158	0 %	25 %	0 %	75 %	159046607
15	NC_009958	GACG	2	8	4328	4335	25 %	0 %	50 %	25 %	159046607
16	NC_009958	TGGA	2	8	4498	4505	25 %	25 %	50 %	0 %	159046607
17	NC_009958	GGCT	2	8	4896	4903	0 %	25 %	50 %	25 %	159046607
18	NC_009958	GGTG	2	8	5291	5298	0 %	25 %	75 %	0 %	159046607
19	NC_009958	TTTA	2	8	5763	5770	25 %	75 %	0 %	0 %	159046607
20	NC_009958	TTTC	2	8	6544	6551	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_009958	CCTG	2	8	6624	6631	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_009958	CCGG	2	8	7184	7191	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_009958	TGCT	2	8	7655	7662	0 %	50 %	25 %	25 %	159046608
24	NC_009958	TTGT	2	8	7751	7758	0 %	75 %	25 %	0 %	159046608
25	NC_009958	CGGT	2	8	7845	7852	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_009958	AATC	2	8	8088	8095	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_009958	CTTC	2	8	8705	8712	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_009958	CGCT	2	8	8906	8913	0 %	25 %	25 %	50 %	159046609
29	NC_009958	GACC	2	8	9089	9096	25 %	0 %	25 %	50 %	159046609
30	NC_009958	GCCC	2	8	9630	9637	0 %	0 %	25 %	75 %	159046610
31	NC_009958	CGGT	2	8	10567	10574	0 %	25 %	50 %	25 %	159046610
32	NC_009958	TCCT	2	8	10786	10793	0 %	50 %	0 %	50 %	159046610
33	NC_009958	GGGC	2	8	10983	10990	0 %	0 %	75 %	25 %	159046611
34	NC_009958	ACCT	2	8	11288	11295	25 %	25 %	0 %	50 %	159046611
35	NC_009958	GCAG	2	8	11527	11534	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_009958	CTGG	2	8	12976	12983	0 %	25 %	50 %	25 %	159046613
37	NC_009958	CGCC	2	8	13291	13298	0 %	0 %	25 %	75 %	159046613
38	NC_009958	GAAA	2	8	13341	13348	75 %	0 %	25 %	0 %	159046613
39	NC_009958	CAAC	2	8	13549	13556	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_009958	CTGG	2	8	13831	13838	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_009958	TGCG	2	8	15479	15486	0 %	25 %	50 %	25 %	159046614
42	NC_009958	CAGG	2	8	15807	15814	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_009958	CCTT	2	8	16445	16452	0 %	50 %	0 %	50 %	159046615
44	NC_009958	ACCG	2	8	16613	16620	25 %	0 %	25 %	50 %	159046615
45	NC_009958	GTCG	2	8	16798	16805	0 %	25 %	50 %	25 %	159046615
46	NC_009958	CGCT	2	8	17402	17409	0 %	25 %	25 %	50 %	159046616
47	NC_009958	CAGA	2	8	17488	17495	50 %	0 %	25 %	25 %	159046616
48	NC_009958	AGCA	2	8	17737	17744	50 %	0 %	25 %	25 %	159046616
49	NC_009958	GGCC	2	8	17797	17804	0 %	0 %	50 %	50 %	159046616
50	NC_009958	GGCT	2	8	18022	18029	0 %	25 %	50 %	25 %	159046616
51	NC_009958	CAGA	2	8	18348	18355	50 %	0 %	25 %	25 %	159046616
52	NC_009958	CGGG	2	8	18582	18589	0 %	0 %	75 %	25 %	159046617
53	NC_009958	TTGA	2	8	19380	19387	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009958	CGAC	2	8	19440	19447	25 %	0 %	25 %	50 %	159046618
55	NC_009958	CGCC	2	8	19707	19714	0 %	0 %	25 %	75 %	159046618
56	NC_009958	AAAG	2	8	20539	20546	75 %	0 %	25 %	0 %	159046620
57	NC_009958	CAGC	2	8	21324	21331	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_009958	TGAG	2	8	21478	21485	25 %	25 %	50 %	0 %	159046623
59	NC_009958	GCCC	2	8	22174	22181	0 %	0 %	25 %	75 %	159046623
60	NC_009958	TGGT	2	8	22734	22741	0 %	50 %	50 %	0 %	159046625
61	NC_009958	GTAC	2	8	22753	22760	25 %	25 %	25 %	25 %	159046625
62	NC_009958	CGAC	2	8	23701	23708	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_009958	CAGG	2	8	24158	24165	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_009958	CGCC	2	8	24406	24413	0 %	0 %	25 %	75 %	159046626
65	NC_009958	GATT	2	8	24447	24454	25 %	50 %	25 %	0 %	159046626
66	NC_009958	GGCC	2	8	24469	24476	0 %	0 %	50 %	50 %	159046626
67	NC_009958	CTTT	2	8	24487	24494	0 %	75 %	0 %	25 %	159046626
68	NC_009958	CCGG	2	8	24883	24890	0 %	0 %	50 %	50 %	159046626
69	NC_009958	ACAA	2	8	25206	25213	75 %	0 %	0 %	25 %	159046626
70	NC_009958	TACA	2	8	26231	26238	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_009958	AAGC	2	8	26446	26453	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_009958	CTGG	2	8	27314	27321	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_009958	GCCT	2	8	27622	27629	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_009958	GGCA	2	8	28194	28201	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_009958	CACG	2	8	28403	28410	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_009958	AGGT	2	8	28444	28451	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009958	TCGC	2	8	28753	28760	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_009958	CGAC	2	8	28882	28889	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_009958	CGAG	2	8	29437	29444	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_009958	CCAG	2	8	29536	29543	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_009958	AGCG	2	8	29963	29970	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_009958	CAAT	2	8	30508	30515	50 %	25 %	0 %	25 %	159046631
83	NC_009958	GCCA	2	8	30842	30849	25 %	0 %	25 %	50 %	159046631
84	NC_009958	AGCT	2	8	31847	31854	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_009958	GTTG	2	8	31899	31906	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009958	GATC	2	8	32741	32748	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_009958	CTGG	2	8	33531	33538	0 %	25 %	50 %	25 %	159046633
88	NC_009958	GATC	2	8	33576	33583	25 %	25 %	25 %	25 %	159046633
89	NC_009958	ACCA	2	8	34086	34093	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_009958	CTGA	2	8	34195	34202	25 %	25 %	25 %	25 %	159046634
91	NC_009958	GCAG	2	8	34318	34325	25 %	0 %	50 %	25 %	159046634
92	NC_009958	CCGG	2	8	34904	34911	0 %	0 %	50 %	50 %	159046634
93	NC_009958	GCAA	2	8	35095	35102	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_009958	GCTG	2	8	36038	36045	0 %	25 %	50 %	25 %	159046635
95	NC_009958	TGGA	2	8	36256	36263	25 %	25 %	50 %	0 %	159046635
96	NC_009958	GACG	2	8	36519	36526	25 %	0 %	50 %	25 %	159046636
97	NC_009958	CCGA	2	8	37893	37900	25 %	0 %	25 %	50 %	159046637
98	NC_009958	TGCC	2	8	39021	39028	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_009958	CGAT	2	8	40128	40135	25 %	25 %	25 %	25 %	159046639
100	NC_009958	GACA	2	8	40266	40273	50 %	0 %	25 %	25 %	159046639
101	NC_009958	CCAC	2	8	40572	40579	25 %	0 %	0 %	75 %	159046639
102	NC_009958	GGAG	2	8	40951	40958	25 %	0 %	75 %	0 %	159046639
103	NC_009958	CTGC	2	8	41051	41058	0 %	25 %	25 %	50 %	159046639
104	NC_009958	TCGG	2	8	41069	41076	0 %	25 %	50 %	25 %	159046639
105	NC_009958	GATC	2	8	42582	42589	25 %	25 %	25 %	25 %	159046640
106	NC_009958	GCTG	2	8	42723	42730	0 %	25 %	50 %	25 %	159046640
107	NC_009958	GACT	2	8	43572	43579	25 %	25 %	25 %	25 %	159046640
108	NC_009958	GACC	2	8	44076	44083	25 %	0 %	25 %	50 %	159046640
109	NC_009958	GACC	2	8	45410	45417	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_009958	GGAC	2	8	45557	45564	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_009958	TGGC	2	8	46106	46113	0 %	25 %	50 %	25 %	159046642
112	NC_009958	CTGT	2	8	46277	46284	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_009958	GCGG	2	8	46645	46652	0 %	0 %	75 %	25 %	159046643
114	NC_009958	TGGG	2	8	47317	47324	0 %	25 %	75 %	0 %	159046644
115	NC_009958	ACCG	2	8	47824	47831	25 %	0 %	25 %	50 %	159046644
116	NC_009958	GCCA	2	8	48109	48116	25 %	0 %	25 %	50 %	159046645
117	NC_009958	GATC	2	8	48414	48421	25 %	25 %	25 %	25 %	159046645
118	NC_009958	CGGG	2	8	48777	48784	0 %	0 %	75 %	25 %	159046645
119	NC_009958	GGGC	2	8	49156	49163	0 %	0 %	75 %	25 %	159046646
120	NC_009958	GGGC	2	8	49376	49383	0 %	0 %	75 %	25 %	159046646
121	NC_009958	CCTG	2	8	49411	49418	0 %	25 %	25 %	50 %	159046646
122	NC_009958	CGCC	2	8	49576	49583	0 %	0 %	25 %	75 %	159046646
123	NC_009958	GGTC	2	8	50207	50214	0 %	25 %	50 %	25 %	159046647
124	NC_009958	GCGT	2	8	50618	50625	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_009958	GGCG	2	8	51577	51584	0 %	0 %	75 %	25 %	159046648
126	NC_009958	GCTG	2	8	51876	51883	0 %	25 %	50 %	25 %	159046649
127	NC_009958	CGCC	2	8	51956	51963	0 %	0 %	25 %	75 %	159046649
128	NC_009958	TCGG	2	8	52171	52178	0 %	25 %	50 %	25 %	159046649
129	NC_009958	GGAA	2	8	52363	52370	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009958	GGCG	2	8	52709	52716	0 %	0 %	75 %	25 %	159046650
131	NC_009958	GGCG	2	8	53597	53604	0 %	0 %	75 %	25 %	159046650
132	NC_009958	GCCT	2	8	53613	53620	0 %	25 %	25 %	50 %	159046650
133	NC_009958	GCCC	2	8	54260	54267	0 %	0 %	25 %	75 %	159046650
134	NC_009958	CCGA	2	8	54566	54573	25 %	0 %	25 %	50 %	159046650
135	NC_009958	GCGG	2	8	54883	54890	0 %	0 %	75 %	25 %	159046650
136	NC_009958	CCAT	2	8	54992	54999	25 %	25 %	0 %	50 %	159046651
137	NC_009958	CAGT	2	8	56084	56091	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_009958	ATCC	2	8	56767	56774	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_009958	CTCG	2	8	56975	56982	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_009958	CGGC	2	8	57133	57140	0 %	0 %	50 %	50 %	159046652
141	NC_009958	CAAC	2	8	58787	58794	50 %	0 %	0 %	50 %	159046652
142	NC_009958	ATCA	2	8	59804	59811	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_009958	CCGC	2	8	59902	59909	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
144	NC_009958	CAAC	2	8	60350	60357	50 %	0 %	0 %	50 %	159046653
145	NC_009958	CGCT	2	8	61518	61525	0 %	25 %	25 %	50 %	159046654
146	NC_009958	ATCC	2	8	61543	61550	25 %	25 %	0 %	50 %	159046654
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.