MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Dinoroseobacter shibae DFL 12 plasmid pDSHI02

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009956	CCTCGG	2	12	1323	1334	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046332
2	NC_009956	GCGATT	2	12	3300	3311	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159046334
3	NC_009956	CCGAGG	2	12	4125	4136	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046335
4	NC_009956	CAGCGG	2	12	4226	4237	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046335
5	NC_009956	GGCGCT	2	12	5034	5045	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046336
6	NC_009956	CGCTGG	2	12	5234	5245	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046336
7	NC_009956	ATGGGC	2	12	5347	5358	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046336
8	NC_009956	GGACCG	2	12	8075	8086	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046340
9	NC_009956	TCGCTG	2	12	9952	9963	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159046341
10	NC_009956	TGCCGG	2	12	10187	10198	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046341
11	NC_009956	CCTGCG	2	12	10846	10857	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046342
12	NC_009956	TTGCTG	2	12	13320	13331	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	159046345
13	NC_009956	CTGATC	2	12	13560	13571	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046345
14	NC_009956	CTGATC	2	12	14805	14816	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046345
15	NC_009956	GGGCGG	2	12	15095	15106	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	159046345
16	NC_009956	TGATGC	2	12	15661	15672	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159046345
17	NC_009956	GAGGAT	2	12	16147	16158	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	159046346
18	NC_009956	GTTCCA	2	12	16514	16525	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046347
19	NC_009956	GGTGGC	2	12	17129	17140	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	159046347
20	NC_009956	CGCCCG	2	12	17263	17274	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159046347
21	NC_009956	ATCGCC	2	12	18493	18504	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046350
22	NC_009956	TGGGCG	2	12	18605	18616	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	159046350
23	NC_009956	CAGCTC	2	12	19552	19563	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046351
24	NC_009956	CTGGTT	2	12	23763	23774	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	159046355
25	NC_009956	CTCTAT	2	12	26506	26517	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	159046358
26	NC_009956	AAGATC	2	12	26911	26922	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	159046358
27	NC_009956	CGGACC	2	12	27552	27563	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046360
28	NC_009956	ATCGAC	2	12	29388	29399	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159046362
29	NC_009956	TGCAAG	2	12	29712	29723	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159046362
30	NC_009956	AAGGCG	2	12	32015	32026	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	159046365
31	NC_009956	CAGGGT	2	12	32098	32109	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046365
32	NC_009956	TATGCC	2	12	34098	34109	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046366
33	NC_009956	ACGGCT	2	12	34312	34323	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159046366
34	NC_009956	CGATGC	2	12	34543	34554	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159046367
35	NC_009956	ATCGAC	2	12	34790	34801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159046367
36	NC_009956	CTGCGC	2	12	35210	35221	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046367
37	NC_009956	GGGCGC	2	12	35833	35844	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159046367
38	NC_009956	CCCCGG	2	12	36072	36083	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159046367
39	NC_009956	CATCGC	2	12	38894	38905	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046370
40	NC_009956	GCCGTG	2	12	40025	40036	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046371
41	NC_009956	CATGTC	2	12	40082	40093	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046371
42	NC_009956	GTGACG	2	12	40936	40947	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046372
43	NC_009956	TGTCGG	2	12	41171	41182	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159046372
44	NC_009956	GCTGGT	2	12	41280	41291	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159046372
45	NC_009956	CGACGG	2	12	41412	41423	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046372
46	NC_009956	GGGCAT	2	12	41787	41798	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046373
47	NC_009956	CAGCGC	2	12	41913	41924	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046373
48	NC_009956	CGCCCG	2	12	42860	42871	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159046373
49	NC_009956	GCCTCC	2	12	43826	43837	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	159046374
50	NC_009956	CGCTTG	2	12	45210	45221	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159046375
51	NC_009956	GCCGAA	2	12	48954	48965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159046380
52	NC_009956	CCCCGG	2	12	49784	49795	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159046380
53	NC_009956	TGACCG	2	12	52719	52730	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159046384
54	NC_009956	TCACGC	2	12	59826	59837	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046392
55	NC_009956	GGTGCT	2	12	61236	61247	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159046393
56	NC_009956	CCCCGG	2	12	62318	62329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159046394
57	NC_009956	CTCCGC	2	12	62426	62437	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	159046394
58	NC_009956	CCCTGC	2	12	62500	62511	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	159046394
59	NC_009956	GACCCT	2	12	63347	63358	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046394
60	NC_009956	CCGGGG	2	12	64714	64725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159046395
61	NC_009956	GAGATC	2	12	65595	65606	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159046395
62	NC_009956	GGCGCG	2	12	68608	68619	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159046397
63	NC_009956	CCCTGA	2	12	68779	68790	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046397
64	NC_009956	ACCATC	2	12	68826	68837	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	159046397
65	NC_009956	AGACCA	2	12	69212	69223	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	159046398
66	NC_009956	GCCCTG	2	12	69901	69912	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046399
67	NC_009956	GCTGGC	2	12	70464	70475	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046399
68	NC_009956	CTGATC	2	12	72260	72271	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046400
69	NC_009956	CGGTGA	2	12	73420	73431	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046401
70	NC_009956	ATGGGC	2	12	74287	74298	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046402
71	NC_009956	CCTCGG	2	12	74495	74506	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046402
72	NC_009956	CGGGGG	2	12	78878	78889	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	159046404
73	NC_009956	GGCGCG	2	12	79271	79282	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159046404
74	NC_009956	GGCGTT	2	12	79799	79810	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159046404
75	NC_009956	CCTGGG	2	12	80153	80164	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046405
76	NC_009956	CCTGGG	2	12	82803	82814	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046407
77	NC_009956	CCAGCA	2	12	83879	83890	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159046408
78	NC_009956	GCGCCT	2	12	84299	84310	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046408
79	NC_009956	GGTTCT	2	12	88677	88688	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	159046410
80	NC_009956	GCTTCG	2	12	89528	89539	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159046410
81	NC_009956	CGGCAC	2	12	91782	91793	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046410
82	NC_009956	ACCTTC	2	12	91828	91839	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	159046410
83	NC_009956	CGGACG	2	12	92180	92191	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046410
84	NC_009956	GCGGGC	2	12	92521	92532	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159046410
85	NC_009956	GATCGA	2	12	93864	93875	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159046410
86	NC_009956	GGCCTC	2	12	94223	94234	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046411
87	NC_009956	CAGGAA	2	12	94589	94600	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	159046411
88	NC_009956	GATCAG	2	12	95070	95081	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159046412
89	NC_009956	CGATGA	2	12	96567	96578	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159046413
90	NC_009956	TTGATT	2	12	102690	102701	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	159046417
91	NC_009956	TGAGTT	2	12	102976	102987	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	159046417
92	NC_009956	AGCTTC	2	12	105076	105087	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046419
93	NC_009956	TGCCGA	2	12	107474	107485	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159046422
94	NC_009956	CAAGCG	2	12	109213	109224	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159046423
95	NC_009956	TGCCTT	2	12	110307	110318	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	159046424
96	NC_009956	TGGCGC	2	12	110666	110677	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046425
97	NC_009956	GCCCTG	2	12	110900	110911	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046425
98	NC_009956	TCGGCC	2	12	122740	122751	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046436
99	NC_009956	ACAGCA	2	12	127058	127069	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	159046439
100	NC_009956	TCGCCC	2	12	127222	127233	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	159046439
101	NC_009956	CGATCT	2	12	127919	127930	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046439
102	NC_009956	CCCGCG	2	12	128199	128210	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159046439
103	NC_009956	GTGGCG	2	12	128212	128223	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	159046439
104	NC_009956	GGCGAT	2	12	131002	131013	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046442
105	NC_009956	TGTCGG	2	12	133068	133079	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159046443
106	NC_009956	GACGGC	2	12	135101	135112	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046444
107	NC_009956	ATCAAC	2	12	136101	136112	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	159046445
108	NC_009956	GACCGC	2	12	137588	137599	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046446
109	NC_009956	ATCAGC	2	12	138185	138196	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159046447
110	NC_009956	CGGACG	2	12	140230	140241	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046449
111	NC_009956	CAGTTC	2	12	141776	141787	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046451
112	NC_009956	CGCTGA	2	12	145116	145127	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159046456
113	NC_009956	CGGGCG	2	12	148678	148689	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159046463
114	NC_009956	AGGTTG	2	12	149266	149277	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	159046463
115	NC_009956	CTCGGC	2	12	152715	152726	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046468

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.