MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Dinoroseobacter shibae DFL 12 plasmid pDSHI02

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009956	CCGAC	2	10	750	759	20 %	0 %	20 %	60 %	159046332
2	NC_009956	CGTCG	2	10	1923	1932	0 %	20 %	40 %	40 %	159046333
3	NC_009956	CGGGG	2	10	2399	2408	0 %	0 %	80 %	20 %	159046333
4	NC_009956	TCGGC	2	10	3196	3205	0 %	20 %	40 %	40 %	159046334
5	NC_009956	CGGGG	2	10	4999	5008	0 %	0 %	80 %	20 %	159046336
6	NC_009956	CGCGC	2	10	5598	5607	0 %	0 %	40 %	60 %	159046336
7	NC_009956	GGCCG	2	10	5855	5864	0 %	0 %	60 %	40 %	159046337
8	NC_009956	GGAGC	2	10	6404	6413	20 %	0 %	60 %	20 %	159046337
9	NC_009956	CTGGG	2	10	7213	7222	0 %	20 %	60 %	20 %	159046339
10	NC_009956	CCCGG	2	10	8867	8876	0 %	0 %	40 %	60 %	159046341
11	NC_009956	GGATC	2	10	9215	9224	20 %	20 %	40 %	20 %	159046341
12	NC_009956	GATCG	2	10	9375	9384	20 %	20 %	40 %	20 %	159046341
13	NC_009956	CCGCG	2	10	11553	11562	0 %	0 %	40 %	60 %	159046342
14	NC_009956	CAGGG	2	10	11579	11588	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_009956	GCGGT	2	10	12226	12235	0 %	20 %	60 %	20 %	159046344
16	NC_009956	GCTTT	2	10	12845	12854	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009956	CCGGG	2	10	12995	13004	0 %	0 %	60 %	40 %	159046345
18	NC_009956	CGATC	2	10	14501	14510	20 %	20 %	20 %	40 %	159046345
19	NC_009956	CGCGG	2	10	15230	15239	0 %	0 %	60 %	40 %	159046345
20	NC_009956	CCGGA	2	10	15805	15814	20 %	0 %	40 %	40 %	159046345
21	NC_009956	TGCGC	2	10	17381	17390	0 %	20 %	40 %	40 %	159046347
22	NC_009956	GCTCT	2	10	18204	18213	0 %	40 %	20 %	40 %	159046349
23	NC_009956	CGGCG	2	10	18230	18239	0 %	0 %	60 %	40 %	159046349
24	NC_009956	ATGCC	2	10	18464	18473	20 %	20 %	20 %	40 %	159046350
25	NC_009956	CGCCC	2	10	19024	19033	0 %	0 %	20 %	80 %	159046351
26	NC_009956	GCGGA	2	10	21202	21211	20 %	0 %	60 %	20 %	159046352
27	NC_009956	CTTCG	2	10	21725	21734	0 %	40 %	20 %	40 %	159046353
28	NC_009956	TGCGG	2	10	22339	22348	0 %	20 %	60 %	20 %	159046354
29	NC_009956	CGGGG	2	10	22369	22378	0 %	0 %	80 %	20 %	159046354
30	NC_009956	GCCCG	2	10	23048	23057	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
31	NC_009956	CGCGC	2	10	23148	23157	0 %	0 %	40 %	60 %	159046355
32	NC_009956	TGGCC	2	10	26023	26032	0 %	20 %	40 %	40 %	159046357
33	NC_009956	CGGCG	2	10	29603	29612	0 %	0 %	60 %	40 %	159046362
34	NC_009956	CGGTC	2	10	31848	31857	0 %	20 %	40 %	40 %	159046365
35	NC_009956	CGCGG	2	10	32185	32194	0 %	0 %	60 %	40 %	159046365
36	NC_009956	ATCGC	2	10	32761	32770	20 %	20 %	20 %	40 %	159046366
37	NC_009956	GACGC	2	10	34005	34014	20 %	0 %	40 %	40 %	159046366
38	NC_009956	CGGAC	2	10	34068	34077	20 %	0 %	40 %	40 %	159046366
39	NC_009956	GGACC	2	10	36611	36620	20 %	0 %	40 %	40 %	159046368
40	NC_009956	GCGAC	2	10	37066	37075	20 %	0 %	40 %	40 %	159046368
41	NC_009956	GACCA	2	10	37976	37985	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_009956	CCGCC	2	10	41936	41945	0 %	0 %	20 %	80 %	159046373
43	NC_009956	CAGCG	2	10	42025	42034	20 %	0 %	40 %	40 %	159046373
44	NC_009956	GCCCG	2	10	42815	42824	0 %	0 %	40 %	60 %	159046373
45	NC_009956	CAAGG	2	10	46627	46636	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_009956	CCCTG	2	10	47801	47810	0 %	20 %	20 %	60 %	159046378
47	NC_009956	GCCGC	2	10	49055	49064	0 %	0 %	40 %	60 %	159046380
48	NC_009956	GGGCA	2	10	49161	49170	20 %	0 %	60 %	20 %	159046380
49	NC_009956	GCGCC	2	10	49419	49428	0 %	0 %	40 %	60 %	159046380
50	NC_009956	GGGCC	2	10	49511	49520	0 %	0 %	60 %	40 %	159046380
51	NC_009956	CCGCC	2	10	51361	51370	0 %	0 %	20 %	80 %	159046381
52	NC_009956	ACGCA	2	10	52311	52320	40 %	0 %	20 %	40 %	159046383
53	NC_009956	GACCT	2	10	52994	53003	20 %	20 %	20 %	40 %	159046384
54	NC_009956	CGCGG	2	10	55169	55178	0 %	0 %	60 %	40 %	159046385
55	NC_009956	CATCC	2	10	57352	57361	20 %	20 %	0 %	60 %	159046390
56	NC_009956	CGCTG	2	10	58813	58822	0 %	20 %	40 %	40 %	159046391
57	NC_009956	GCCCT	2	10	64563	64572	0 %	20 %	20 %	60 %	159046395
58	NC_009956	CGGGC	2	10	65659	65668	0 %	0 %	60 %	40 %	159046395
59	NC_009956	GCAGG	2	10	65750	65759	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_009956	CGCGC	2	10	67401	67410	0 %	0 %	40 %	60 %	159046396
61	NC_009956	ACCGC	2	10	68105	68114	20 %	0 %	20 %	60 %	159046396
62	NC_009956	GCCGG	2	10	71957	71966	0 %	0 %	60 %	40 %	159046400
63	NC_009956	GTCCT	2	10	74686	74695	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_009956	GCCGG	2	10	79898	79907	0 %	0 %	60 %	40 %	159046405
65	NC_009956	GGACA	2	10	80769	80778	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009956	CGCAG	2	10	80791	80800	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_009956	AGGGC	2	10	81025	81034	20 %	0 %	60 %	20 %	159046406
68	NC_009956	CGGGG	2	10	81965	81974	0 %	0 %	80 %	20 %	159046407
69	NC_009956	AGGGC	2	10	82161	82170	20 %	0 %	60 %	20 %	159046407
70	NC_009956	GGCCC	2	10	83351	83360	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
71	NC_009956	GCCGC	2	10	83474	83483	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
72	NC_009956	CCGCC	2	10	83726	83735	0 %	0 %	20 %	80 %	159046408
73	NC_009956	GGGCG	2	10	84165	84174	0 %	0 %	80 %	20 %	159046408
74	NC_009956	GAATG	2	10	85100	85109	40 %	20 %	40 %	0 %	159046409
75	NC_009956	TGATC	2	10	87482	87491	20 %	40 %	20 %	20 %	159046409
76	NC_009956	CGGCG	2	10	88097	88106	0 %	0 %	60 %	40 %	159046409
77	NC_009956	ACGGC	2	10	89999	90008	20 %	0 %	40 %	40 %	159046410
78	NC_009956	GGGTC	2	10	93143	93152	0 %	20 %	60 %	20 %	159046410
79	NC_009956	GGCGG	2	10	93760	93769	0 %	0 %	80 %	20 %	159046410
80	NC_009956	CTGGC	2	10	94329	94338	0 %	20 %	40 %	40 %	159046411
81	NC_009956	CGGTG	2	10	94459	94468	0 %	20 %	60 %	20 %	159046411
82	NC_009956	GTTGC	2	10	95467	95476	0 %	40 %	40 %	20 %	159046412
83	NC_009956	CCGAT	2	10	97497	97506	20 %	20 %	20 %	40 %	159046414
84	NC_009956	CTGAT	2	10	97554	97563	20 %	40 %	20 %	20 %	159046414
85	NC_009956	CGCTG	2	10	97798	97807	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_009956	GCCGA	2	10	98895	98904	20 %	0 %	40 %	40 %	159046415
87	NC_009956	GCGCA	2	10	100178	100187	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_009956	CGGTC	2	10	101124	101133	0 %	20 %	40 %	40 %	159046416
89	NC_009956	TGAAT	2	10	101928	101937	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009956	CAGAC	2	10	101986	101995	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_009956	GCGGG	2	10	102177	102186	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
92	NC_009956	GCAAA	2	10	102328	102337	60 %	0 %	20 %	20 %	159046417
93	NC_009956	TGGCA	2	10	103094	103103	20 %	20 %	40 %	20 %	159046417
94	NC_009956	AAGCA	2	10	103286	103295	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_009956	CCGGT	2	10	106593	106602	0 %	20 %	40 %	40 %	159046421
96	NC_009956	GCCGT	2	10	106984	106993	0 %	20 %	40 %	40 %	159046422
97	NC_009956	GCGCA	2	10	107085	107094	20 %	0 %	40 %	40 %	159046422
98	NC_009956	CAAGC	2	10	109691	109700	40 %	0 %	20 %	40 %	159046423
99	NC_009956	CTCGG	2	10	109702	109711	0 %	20 %	40 %	40 %	159046423
100	NC_009956	CGGTC	2	10	111469	111478	0 %	20 %	40 %	40 %	159046426
101	NC_009956	GCAGG	2	10	113150	113159	20 %	0 %	60 %	20 %	159046427
102	NC_009956	CGGCG	2	10	113198	113207	0 %	0 %	60 %	40 %	159046427
103	NC_009956	GGGCG	2	10	113423	113432	0 %	0 %	80 %	20 %	159046427
104	NC_009956	CGAGG	2	10	114479	114488	20 %	0 %	60 %	20 %	159046429
105	NC_009956	CCGCG	2	10	116658	116667	0 %	0 %	40 %	60 %	159046430
106	NC_009956	CTCGC	2	10	117399	117408	0 %	20 %	20 %	60 %	159046431
107	NC_009956	AGGTC	2	10	117577	117586	20 %	20 %	40 %	20 %	159046431
108	NC_009956	GGCCG	2	10	117726	117735	0 %	0 %	60 %	40 %	159046431
109	NC_009956	GGTCG	2	10	119149	119158	0 %	20 %	60 %	20 %	159046433
110	NC_009956	AACCG	2	10	119775	119784	40 %	0 %	20 %	40 %	159046433
111	NC_009956	GGCGC	2	10	121141	121150	0 %	0 %	60 %	40 %	159046434
112	NC_009956	TGCGA	2	10	123645	123654	20 %	20 %	40 %	20 %	159046437
113	NC_009956	CGTCC	2	10	124096	124105	0 %	20 %	20 %	60 %	159046437
114	NC_009956	GCAGG	2	10	125112	125121	20 %	0 %	60 %	20 %	159046438
115	NC_009956	GCACG	2	10	126899	126908	20 %	0 %	40 %	40 %	159046439
116	NC_009956	CCGCT	2	10	127200	127209	0 %	20 %	20 %	60 %	159046439
117	NC_009956	GCATC	2	10	128492	128501	20 %	20 %	20 %	40 %	159046440
118	NC_009956	CTCGG	2	10	129147	129156	0 %	20 %	40 %	40 %	159046440
119	NC_009956	GCTCG	2	10	129857	129866	0 %	20 %	40 %	40 %	159046441
120	NC_009956	CAGGG	2	10	131441	131450	20 %	0 %	60 %	20 %	159046442
121	NC_009956	ACCGC	2	10	132409	132418	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
122	NC_009956	GCCGT	2	10	132501	132510	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_009956	TGTGA	2	10	133973	133982	20 %	40 %	40 %	0 %	159046443
124	NC_009956	CAGAC	2	10	134113	134122	40 %	0 %	20 %	40 %	159046444
125	NC_009956	CGAGT	2	10	134582	134591	20 %	20 %	40 %	20 %	159046444
126	NC_009956	CCGGT	2	10	136587	136596	0 %	20 %	40 %	40 %	159046445
127	NC_009956	GGGCA	2	10	137354	137363	20 %	0 %	60 %	20 %	159046446
128	NC_009956	CACTT	2	10	138236	138245	20 %	40 %	0 %	40 %	159046447
129	NC_009956	CCGGC	2	10	139258	139267	0 %	0 %	40 %	60 %	159046449
130	NC_009956	CAGCC	2	10	140194	140203	20 %	0 %	20 %	60 %	159046449
131	NC_009956	CGATC	2	10	143033	143042	20 %	20 %	20 %	40 %	159046452
132	NC_009956	AGTTC	2	10	145006	145015	20 %	40 %	20 %	20 %	159046456
133	NC_009956	TGATC	2	10	146198	146207	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_009956	GTCCG	2	10	146357	146366	0 %	20 %	40 %	40 %	159046458
135	NC_009956	CCCGT	2	10	150436	150445	0 %	20 %	20 %	60 %	159046465
136	NC_009956	TTGCG	2	10	150537	150546	0 %	40 %	40 %	20 %	159046465
137	NC_009956	GCCCG	2	10	151531	151540	0 %	0 %	40 %	60 %	159046466

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.