MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Dinoroseobacter shibae DFL 12 plasmid pDSHI01

Total Repeats: 77

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009955	CGGGGT	2	12	1239	1250	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	159046137
2	NC_009955	TTCGGT	2	12	5141	5152	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_009955	ATCGAG	2	12	6309	6320	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159046143
4	NC_009955	CGCCCC	2	12	11297	11308	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	159046146
5	NC_009955	CGCCCA	2	12	11309	11320	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	159046146
6	NC_009955	TGCCTA	2	12	14783	14794	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046151
7	NC_009955	TCGCTT	2	12	14974	14985	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	159046151
8	NC_009955	CGGCCG	2	12	15098	15109	0 %	0 %	50 %	50 %	159046151
9	NC_009955	ATGCCC	2	12	15350	15361	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046151
10	NC_009955	ACCGCC	2	12	20060	20071	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	159046157
11	NC_009955	CCGACG	2	12	20147	20158	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046157
12	NC_009955	CAGCCG	2	12	20934	20945	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046158
13	NC_009955	GATGGC	2	12	22352	22363	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046159
14	NC_009955	AGGGGC	2	12	22913	22924	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	159046160
15	NC_009955	GAAAAG	2	12	24704	24715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	159046164
16	NC_009955	GCATGT	2	12	31055	31066	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159046172
17	NC_009955	CGCGGG	2	12	32348	32359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159046173
18	NC_009955	GAGCTG	2	12	33907	33918	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046174
19	NC_009955	GCCAGA	2	12	34440	34451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159046174
20	NC_009955	GCCTAT	2	12	36424	36435	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046175
21	NC_009955	GACGCT	2	12	40734	40745	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159046183
22	NC_009955	GTCTTC	2	12	41767	41778	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	159046183
23	NC_009955	CCGGCC	2	12	43577	43588	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159046185
24	NC_009955	AACTAC	2	12	45942	45953	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	159046188
25	NC_009955	GCCCGA	2	12	46456	46467	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159046189
26	NC_009955	ACTGCG	2	12	48998	49009	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159046192
27	NC_009955	GCATCG	2	12	57560	57571	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159046198
28	NC_009955	ATCGGT	2	12	60994	61005	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159046200
29	NC_009955	GCATGT	2	12	64662	64673	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159046204
30	NC_009955	GCGCTG	2	12	67656	67667	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046207
31	NC_009955	AAGCCT	2	12	72288	72299	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159046213
32	NC_009955	AGCGCA	2	12	76609	76620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159046216
33	NC_009955	GATCAG	2	12	81352	81363	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159046220
34	NC_009955	CGATGA	2	12	82849	82860	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159046221
35	NC_009955	ACGATC	2	12	83422	83433	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009955	ATATTG	2	12	84228	84239	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009955	CGTGAT	2	12	90626	90637	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159046227
38	NC_009955	CCCGCG	2	12	93588	93599	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159046232
39	NC_009955	GGTCAG	2	12	95098	95109	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046234
40	NC_009955	GGTGAT	2	12	95413	95424	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	159046235
41	NC_009955	GGGTCA	2	12	96005	96016	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159046236
42	NC_009955	CGGTCC	2	12	100193	100204	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046237
43	NC_009955	CATGAC	2	12	101602	101613	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159046239
44	NC_009955	GCGGCA	2	12	102564	102575	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046240
45	NC_009955	CCGGGG	2	12	107554	107565	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159046242
46	NC_009955	CGAGCG	2	12	110874	110885	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_009955	GCCCAT	2	12	113865	113876	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046248
48	NC_009955	CGTCGG	2	12	114410	114421	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046248
49	NC_009955	AGCCAG	2	12	115987	115998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159046250
50	NC_009955	CGATGT	2	12	122785	122796	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159046257
51	NC_009955	GGCAAA	2	12	123331	123342	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	159046257
52	NC_009955	CCGGGT	2	12	123992	124003	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046258
53	NC_009955	CTGCGC	2	12	125353	125364	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159046259
54	NC_009955	CCATCG	2	12	126110	126121	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159046259
55	NC_009955	CAGGGC	2	12	126163	126174	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159046259
56	NC_009955	CGCTGG	2	12	127978	127989	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046260
57	NC_009955	CCCGAA	2	12	130425	130436	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	159046262
58	NC_009955	GCCGAA	2	12	130547	130558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159046263
59	NC_009955	TGGTGC	2	12	133327	133338	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159046265
60	NC_009955	CGTCAT	2	12	135044	135055	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046267
61	NC_009955	CGAAGC	2	12	136001	136012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_009955	TGCATT	2	12	137546	137557	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_009955	AGGATC	2	12	138750	138761	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159046272
64	NC_009955	GATCTC	2	12	139265	139276	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046273
65	NC_009955	GATACT	2	12	146429	146440	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_009955	TCGTAT	2	12	151795	151806	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	159046284
67	NC_009955	AAAGAT	2	12	153059	153070	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009955	AGCGAA	2	12	160427	160438	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	159046294
69	NC_009955	GTTCCT	2	12	165167	165178	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	159046301
70	NC_009955	TGACGC	2	12	169999	170010	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_009955	CCTGTT	2	12	172031	172042	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	159046312
72	NC_009955	TGGGCT	2	12	173213	173224	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159046312
73	NC_009955	GCGCTT	2	12	173766	173777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159046314
74	NC_009955	GTCCAG	2	12	181553	181564	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159046321
75	NC_009955	TCGAGA	2	12	187737	187748	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159046328
76	NC_009955	CATCGT	2	12	187771	187782	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159046328
77	NC_009955	CTGCGG	2	12	189215	189226	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159046328

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.