MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Dinoroseobacter shibae DFL 12 plasmid pDSHI01

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009955	GGTCA	2	10	77	86	20 %	20 %	40 %	20 %	159046136
2	NC_009955	TTCGC	2	10	374	383	0 %	40 %	20 %	40 %	159046136
3	NC_009955	ACGAG	2	10	1036	1045	40 %	0 %	40 %	20 %	159046137
4	NC_009955	GCTTC	2	10	3652	3661	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_009955	GCACC	2	10	4972	4981	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_009955	GAACC	2	10	6037	6046	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_009955	GGAAA	2	10	6092	6101	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009955	GTCCT	2	10	8784	8793	0 %	40 %	20 %	40 %	159046145
9	NC_009955	GATGC	2	10	11354	11363	20 %	20 %	40 %	20 %	159046147
10	NC_009955	CGGAT	2	10	12910	12919	20 %	20 %	40 %	20 %	159046148
11	NC_009955	TGGCG	2	10	13405	13414	0 %	20 %	60 %	20 %	159046149
12	NC_009955	CGTTT	2	10	14085	14094	0 %	60 %	20 %	20 %	159046150
13	NC_009955	GGCTC	2	10	15893	15902	0 %	20 %	40 %	40 %	159046151
14	NC_009955	GATCG	2	10	15958	15967	20 %	20 %	40 %	20 %	159046151
15	NC_009955	TCGGA	2	10	16313	16322	20 %	20 %	40 %	20 %	159046151
16	NC_009955	CGGGA	2	10	20456	20465	20 %	0 %	60 %	20 %	159046157
17	NC_009955	TCGGG	2	10	24105	24114	0 %	20 %	60 %	20 %	159046162
18	NC_009955	CCAGG	2	10	24573	24582	20 %	0 %	40 %	40 %	159046163
19	NC_009955	CGTGG	2	10	26853	26862	0 %	20 %	60 %	20 %	159046167
20	NC_009955	CAAGG	2	10	30174	30183	40 %	0 %	40 %	20 %	159046171
21	NC_009955	CGGAT	2	10	32238	32247	20 %	20 %	40 %	20 %	159046173
22	NC_009955	CGCAA	2	10	32297	32306	40 %	0 %	20 %	40 %	159046173
23	NC_009955	GCCGT	2	10	32565	32574	0 %	20 %	40 %	40 %	159046173
24	NC_009955	CGGCG	2	10	35043	35052	0 %	0 %	60 %	40 %	159046174
25	NC_009955	GCCAC	2	10	36181	36190	20 %	0 %	20 %	60 %	159046175
26	NC_009955	TTCGG	2	10	40167	40176	0 %	40 %	40 %	20 %	159046182
27	NC_009955	GTCCT	2	10	42229	42238	0 %	40 %	20 %	40 %	159046183
28	NC_009955	AGGCG	2	10	42663	42672	20 %	0 %	60 %	20 %	159046183
29	NC_009955	TGCCC	2	10	45049	45058	0 %	20 %	20 %	60 %	159046187
30	NC_009955	GCCTT	2	10	45559	45568	0 %	40 %	20 %	40 %	159046188
31	NC_009955	GCGCC	2	10	46855	46864	0 %	0 %	40 %	60 %	159046189
32	NC_009955	TTTTA	2	10	50590	50599	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009955	GATCC	2	10	51091	51100	20 %	20 %	20 %	40 %	159046194
34	NC_009955	CGCCC	2	10	53349	53358	0 %	0 %	20 %	80 %	159046195
35	NC_009955	GCGCG	2	10	54267	54276	0 %	0 %	60 %	40 %	159046196
36	NC_009955	CGGCG	2	10	58371	58380	0 %	0 %	60 %	40 %	159046198
37	NC_009955	CCCCG	2	10	59541	59550	0 %	0 %	20 %	80 %	159046198
38	NC_009955	TTGCC	2	10	60584	60593	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_009955	CAAGG	2	10	63781	63790	40 %	0 %	40 %	20 %	159046203
40	NC_009955	TGAAC	2	10	67100	67109	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_009955	AGCAC	2	10	67914	67923	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_009955	GTCCG	2	10	73293	73302	0 %	20 %	40 %	40 %	159046214
43	NC_009955	GGCCG	2	10	73839	73848	0 %	0 %	60 %	40 %	159046214
44	NC_009955	CCCAG	2	10	74832	74841	20 %	0 %	20 %	60 %	159046215
45	NC_009955	GGTAG	2	10	77353	77362	20 %	20 %	60 %	0 %	159046216
46	NC_009955	GCGAT	2	10	77702	77711	20 %	20 %	40 %	20 %	159046217
47	NC_009955	ACCCG	2	10	78112	78121	20 %	0 %	20 %	60 %	159046218
48	NC_009955	TCGCC	2	10	78859	78868	0 %	20 %	20 %	60 %	159046218
49	NC_009955	GTTGC	2	10	81749	81758	0 %	40 %	40 %	20 %	159046220
50	NC_009955	CCGAT	2	10	83779	83788	20 %	20 %	20 %	40 %	159046222
51	NC_009955	CTGAT	2	10	83836	83845	20 %	40 %	20 %	20 %	159046222
52	NC_009955	CGCTG	2	10	84080	84089	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_009955	GCCGA	2	10	85177	85186	20 %	0 %	40 %	40 %	159046223
54	NC_009955	GCGCA	2	10	86460	86469	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_009955	CGGTC	2	10	87406	87415	0 %	20 %	40 %	40 %	159046224
56	NC_009955	TGAAT	2	10	88210	88219	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009955	CAGAC	2	10	88268	88277	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_009955	CGACA	2	10	88737	88746	40 %	0 %	20 %	40 %	159046225
59	NC_009955	CCATG	2	10	89179	89188	20 %	20 %	20 %	40 %	159046226
60	NC_009955	TACCC	2	10	90203	90212	20 %	20 %	0 %	60 %	159046227
61	NC_009955	TCTCG	2	10	91253	91262	0 %	40 %	20 %	40 %	159046228
62	NC_009955	TGGTT	2	10	92100	92109	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009955	GCCGA	2	10	93762	93771	20 %	0 %	40 %	40 %	159046232
64	NC_009955	CCCCT	2	10	94471	94480	0 %	20 %	0 %	80 %	159046233
65	NC_009955	CGGGG	2	10	98245	98254	0 %	0 %	80 %	20 %	159046237
66	NC_009955	TGCCC	2	10	99051	99060	0 %	20 %	20 %	60 %	159046237
67	NC_009955	GATCT	2	10	99814	99823	20 %	40 %	20 %	20 %	159046237
68	NC_009955	GGGCC	2	10	101520	101529	0 %	0 %	60 %	40 %	159046239
69	NC_009955	ACGCC	2	10	102581	102590	20 %	0 %	20 %	60 %	159046240
70	NC_009955	GCATG	2	10	104595	104604	20 %	20 %	40 %	20 %	159046241
71	NC_009955	TGGTC	2	10	104997	105006	0 %	40 %	40 %	20 %	159046241
72	NC_009955	GGGCG	2	10	105420	105429	0 %	0 %	80 %	20 %	159046241
73	NC_009955	AGAAC	2	10	106625	106634	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_009955	CTGAC	2	10	107146	107155	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_009955	GAAGC	2	10	108066	108075	40 %	0 %	40 %	20 %	159046242
76	NC_009955	ATGCC	2	10	112858	112867	20 %	20 %	20 %	40 %	159046245
77	NC_009955	TCGAC	2	10	113028	113037	20 %	20 %	20 %	40 %	159046245
78	NC_009955	GCTTC	2	10	115272	115281	0 %	40 %	20 %	40 %	159046249
79	NC_009955	CGTGA	2	10	116573	116582	20 %	20 %	40 %	20 %	159046251
80	NC_009955	TTCGG	2	10	116651	116660	0 %	40 %	40 %	20 %	159046251
81	NC_009955	GCGTG	2	10	118687	118696	0 %	20 %	60 %	20 %	159046253
82	NC_009955	GGCGC	2	10	119498	119507	0 %	0 %	60 %	40 %	159046254
83	NC_009955	CGGAT	2	10	119772	119781	20 %	20 %	40 %	20 %	159046255
84	NC_009955	CGGCG	2	10	120038	120047	0 %	0 %	60 %	40 %	159046255
85	NC_009955	ATGAC	2	10	122121	122130	40 %	20 %	20 %	20 %	159046257
86	NC_009955	CGGCG	2	10	122245	122254	0 %	0 %	60 %	40 %	159046257
87	NC_009955	CCGTC	2	10	125454	125463	0 %	20 %	20 %	60 %	159046259
88	NC_009955	ACCGC	2	10	125858	125867	20 %	0 %	20 %	60 %	159046259
89	NC_009955	CCGCA	2	10	127139	127148	20 %	0 %	20 %	60 %	159046259
90	NC_009955	AACCG	2	10	128788	128797	40 %	0 %	20 %	40 %	159046261
91	NC_009955	GCCGC	2	10	129431	129440	0 %	0 %	40 %	60 %	159046262
92	NC_009955	TGGCG	2	10	133100	133109	0 %	20 %	60 %	20 %	159046265
93	NC_009955	CGTGA	2	10	134598	134607	20 %	20 %	40 %	20 %	159046267
94	NC_009955	GAACA	2	10	135715	135724	60 %	0 %	20 %	20 %	159046268
95	NC_009955	CTCGG	2	10	137374	137383	0 %	20 %	40 %	40 %	159046270
96	NC_009955	CATCG	2	10	140081	140090	20 %	20 %	20 %	40 %	159046273
97	NC_009955	CGCGG	2	10	140429	140438	0 %	0 %	60 %	40 %	159046273
98	NC_009955	ATGCC	2	10	143036	143045	20 %	20 %	20 %	40 %	159046275
99	NC_009955	TCGAC	2	10	143206	143215	20 %	20 %	20 %	40 %	159046275
100	NC_009955	GCCGC	2	10	144955	144964	0 %	0 %	40 %	60 %	159046277
101	NC_009955	GGCCG	2	10	145657	145666	0 %	0 %	60 %	40 %	159046278
102	NC_009955	GGCTG	2	10	145763	145772	0 %	20 %	60 %	20 %	159046278
103	NC_009955	GCCCT	2	10	147307	147316	0 %	20 %	20 %	60 %	159046280
104	NC_009955	CTTTT	2	10	150529	150538	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_009955	TGGCT	2	10	150808	150817	0 %	40 %	40 %	20 %	159046283
106	NC_009955	GCCAG	2	10	152687	152696	20 %	0 %	40 %	40 %	159046284
107	NC_009955	AACAA	2	10	153715	153724	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_009955	CAAGT	2	10	153977	153986	40 %	20 %	20 %	20 %	159046286
109	NC_009955	CAGGC	2	10	154682	154691	20 %	0 %	40 %	40 %	159046286
110	NC_009955	GTTTG	2	10	156029	156038	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009955	AACGT	2	10	156695	156704	40 %	20 %	20 %	20 %	159046290
112	NC_009955	CGCGC	2	10	158611	158620	0 %	0 %	40 %	60 %	159046291
113	NC_009955	CGGTG	2	10	158649	158658	0 %	20 %	60 %	20 %	159046291
114	NC_009955	GCTGT	2	10	158799	158808	0 %	40 %	40 %	20 %	159046292
115	NC_009955	GACCG	2	10	159158	159167	20 %	0 %	40 %	40 %	159046292
116	NC_009955	CATGG	2	10	159705	159714	20 %	20 %	40 %	20 %	159046294
117	NC_009955	CCAGC	2	10	160392	160401	20 %	0 %	20 %	60 %	159046294
118	NC_009955	GGTCA	2	10	162088	162097	20 %	20 %	40 %	20 %	159046297
119	NC_009955	CGTGC	2	10	164441	164450	0 %	20 %	40 %	40 %	159046300
120	NC_009955	GGGCT	2	10	167071	167080	0 %	20 %	60 %	20 %	159046305
121	NC_009955	ACATG	2	10	167445	167454	40 %	20 %	20 %	20 %	159046305
122	NC_009955	TCGCG	2	10	168794	168803	0 %	20 %	40 %	40 %	159046307
123	NC_009955	GCCGA	2	10	169617	169626	20 %	0 %	40 %	40 %	159046308
124	NC_009955	CGGAT	2	10	171491	171500	20 %	20 %	40 %	20 %	159046311
125	NC_009955	TGACC	2	10	171786	171795	20 %	20 %	20 %	40 %	159046311
126	NC_009955	ATCAG	2	10	171836	171845	40 %	20 %	20 %	20 %	159046311
127	NC_009955	CATCG	2	10	172823	172832	20 %	20 %	20 %	40 %	159046312
128	NC_009955	CGACG	2	10	173685	173694	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
129	NC_009955	CTGGG	2	10	174420	174429	0 %	20 %	60 %	20 %	159046314
130	NC_009955	GCGCC	2	10	175674	175683	0 %	0 %	40 %	60 %	159046314
131	NC_009955	ATCCG	2	10	177203	177212	20 %	20 %	20 %	40 %	159046317
132	NC_009955	AGGGC	2	10	178647	178656	20 %	0 %	60 %	20 %	159046318
133	NC_009955	CCACG	2	10	178695	178704	20 %	0 %	20 %	60 %	159046318
134	NC_009955	CAAAG	2	10	178711	178720	60 %	0 %	20 %	20 %	159046318
135	NC_009955	AACCG	2	10	179040	179049	40 %	0 %	20 %	40 %	159046318
136	NC_009955	CAGCC	2	10	179554	179563	20 %	0 %	20 %	60 %	159046318
137	NC_009955	CGATC	2	10	181543	181552	20 %	20 %	20 %	40 %	159046321
138	NC_009955	GCAGT	2	10	182912	182921	20 %	20 %	40 %	20 %	159046323
139	NC_009955	CATGG	2	10	183097	183106	20 %	20 %	40 %	20 %	159046323
140	NC_009955	ACCGA	2	10	183358	183367	40 %	0 %	20 %	40 %	159046323
141	NC_009955	TGACC	2	10	184399	184408	20 %	20 %	20 %	40 %	159046324
142	NC_009955	CGGGA	2	10	188215	188224	20 %	0 %	60 %	20 %	159046328

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.