MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Acaryochloris marina MBIC11017 plasmid pREB3

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009928	CAATC	2	10	1104	1113	40 %	20 %	0 %	40 %	158340458
2	NC_009928	ACACT	2	10	2630	2639	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_009928	CTTAA	2	10	4000	4009	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_009928	AGCTA	2	10	5870	5879	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009928	ACCTC	2	10	7493	7502	20 %	20 %	0 %	60 %	158340468
6	NC_009928	CTCAT	2	10	8241	8250	20 %	40 %	0 %	40 %	158340468
7	NC_009928	AAGAC	2	10	11116	11125	60 %	0 %	20 %	20 %	158340469
8	NC_009928	ATGAG	2	10	11207	11216	40 %	20 %	40 %	0 %	158340469
9	NC_009928	CTGAA	2	10	15910	15919	40 %	20 %	20 %	20 %	158340472
10	NC_009928	TGTGG	2	10	16625	16634	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009928	CGATT	2	10	17659	17668	20 %	40 %	20 %	20 %	158340473
12	NC_009928	GAGCA	2	10	19678	19687	40 %	0 %	40 %	20 %	158340474
13	NC_009928	GTCGG	2	10	19892	19901	0 %	20 %	60 %	20 %	158340474
14	NC_009928	TGATG	2	10	20427	20436	20 %	40 %	40 %	0 %	158340474
15	NC_009928	AGCTT	2	10	21663	21672	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_009928	ACCGA	2	10	21780	21789	40 %	0 %	20 %	40 %	158340475
17	NC_009928	AAAAC	2	10	24785	24794	80 %	0 %	0 %	20 %	158340478
18	NC_009928	GACAA	2	10	30326	30335	60 %	0 %	20 %	20 %	158340484
19	NC_009928	GCTTG	2	10	30547	30556	0 %	40 %	40 %	20 %	158340485
20	NC_009928	CGGGG	2	10	31163	31172	0 %	0 %	80 %	20 %	158340485
21	NC_009928	GGGTC	2	10	31262	31271	0 %	20 %	60 %	20 %	158340485
22	NC_009928	GGCTG	2	10	31305	31314	0 %	20 %	60 %	20 %	158340485
23	NC_009928	AAGCT	2	10	33875	33884	40 %	20 %	20 %	20 %	158340488
24	NC_009928	AGACG	2	10	34531	34540	40 %	0 %	40 %	20 %	158340488
25	NC_009928	GCCAA	2	10	40082	40091	40 %	0 %	20 %	40 %	158340491
26	NC_009928	ATGAA	2	10	43258	43267	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009928	GTGGG	2	10	45725	45734	0 %	20 %	80 %	0 %	158340495
28	NC_009928	GATAT	2	10	50548	50557	40 %	40 %	20 %	0 %	158340498
29	NC_009928	ATCAA	2	10	50759	50768	60 %	20 %	0 %	20 %	158340498
30	NC_009928	AATGA	2	10	51328	51337	60 %	20 %	20 %	0 %	158340500
31	NC_009928	TACCT	2	10	55583	55592	20 %	40 %	0 %	40 %	158340506
32	NC_009928	CGAGC	2	10	56798	56807	20 %	0 %	40 %	40 %	158340507
33	NC_009928	AACAA	2	10	57026	57035	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_009928	CAGTA	2	10	57231	57240	40 %	20 %	20 %	20 %	158340508
35	NC_009928	GCTAA	2	10	58137	58146	40 %	20 %	20 %	20 %	158340509
36	NC_009928	GCAAT	2	10	58941	58950	40 %	20 %	20 %	20 %	158340510
37	NC_009928	CAAGC	2	10	59812	59821	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_009928	GACCA	2	10	60516	60525	40 %	0 %	20 %	40 %	158340512
39	NC_009928	AACAT	2	10	63170	63179	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009928	TCAGA	2	10	63276	63285	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_009928	TTCAG	2	10	63453	63462	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_009928	GCATT	2	10	63985	63994	20 %	40 %	20 %	20 %	158340515
43	NC_009928	GCAGA	2	10	65654	65663	40 %	0 %	40 %	20 %	158340517
44	NC_009928	GCAAT	2	10	65980	65989	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009928	TTCAT	2	10	66375	66384	20 %	60 %	0 %	20 %	158340519
46	NC_009928	TTCAT	2	10	71645	71654	20 %	60 %	0 %	20 %	158340524
47	NC_009928	CAACC	2	10	72227	72236	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_009928	GGAAC	2	10	73296	73305	40 %	0 %	40 %	20 %	158340530
49	NC_009928	GTTCT	2	10	73665	73674	0 %	60 %	20 %	20 %	158340530
50	NC_009928	CAAAC	2	10	75496	75505	60 %	0 %	0 %	40 %	158340532
51	NC_009928	TGAGT	2	10	75769	75778	20 %	40 %	40 %	0 %	158340532
52	NC_009928	GCTCA	2	10	76360	76369	20 %	20 %	20 %	40 %	158340533
53	NC_009928	TCCAA	2	10	78922	78931	40 %	20 %	0 %	40 %	158340535
54	NC_009928	TCCAG	2	10	80265	80274	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_009928	TGAGG	2	10	80913	80922	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009928	AGACG	2	10	81567	81576	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_009928	TTTTA	2	10	82612	82621	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009928	GCTTG	2	10	84631	84640	0 %	40 %	40 %	20 %	158340543
59	NC_009928	TAATT	2	10	85434	85443	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009928	TTCAG	2	10	85902	85911	20 %	40 %	20 %	20 %	158340545
61	NC_009928	TCAGG	2	10	92261	92270	20 %	20 %	40 %	20 %	158340554
62	NC_009928	TACTT	2	10	92702	92711	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009928	TTTAT	2	10	95403	95412	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009928	ACTCA	2	10	96765	96774	40 %	20 %	0 %	40 %	158340559
65	NC_009928	TTCTT	2	10	97067	97076	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009928	TCAAT	2	10	98513	98522	40 %	40 %	0 %	20 %	158340561
67	NC_009928	GTTCT	2	10	99717	99726	0 %	60 %	20 %	20 %	158340564
68	NC_009928	TGAAG	2	10	100786	100795	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009928	TGAAA	2	10	101878	101887	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009928	TAAAG	2	10	104501	104510	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009928	CAATA	2	10	105509	105518	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009928	CTAAG	2	10	106352	106361	40 %	20 %	20 %	20 %	158340572
73	NC_009928	ATCAG	2	10	106849	106858	40 %	20 %	20 %	20 %	158340573
74	NC_009928	CAGCG	2	10	108571	108580	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_009928	AAATA	2	10	110081	110090	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009928	CGGGT	2	10	112079	112088	0 %	20 %	60 %	20 %	158340582
77	NC_009928	AAACC	2	10	113560	113569	60 %	0 %	0 %	40 %	158340586
78	NC_009928	CCTGA	2	10	114683	114692	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_009928	AAAGC	2	10	115093	115102	60 %	0 %	20 %	20 %	158340587
80	NC_009928	GTTAC	2	10	121519	121528	20 %	40 %	20 %	20 %	158340599
81	NC_009928	TGCAA	2	10	122037	122046	40 %	20 %	20 %	20 %	158340600
82	NC_009928	ATAAG	2	10	124414	124423	60 %	20 %	20 %	0 %	158340603
83	NC_009928	TTGTC	2	10	125246	125255	0 %	60 %	20 %	20 %	158340606
84	NC_009928	CTTGT	2	10	125437	125446	0 %	60 %	20 %	20 %	158340607
85	NC_009928	GACAA	2	10	125964	125973	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_009928	TCCCT	2	10	130940	130949	0 %	40 %	0 %	60 %	158340615
87	NC_009928	GTTTT	2	10	131365	131374	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009928	TGCTT	2	10	131498	131507	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009928	GTTCA	2	10	135837	135846	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_009928	CCTGA	2	10	136861	136870	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_009928	AAAGC	2	10	137271	137280	60 %	0 %	20 %	20 %	158340622
92	NC_009928	GCCTA	2	10	137889	137898	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_009928	CTGTG	2	10	141983	141992	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_009928	TAAAC	2	10	146737	146746	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_009928	GAGAA	2	10	149346	149355	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009928	CCCAA	2	10	152827	152836	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_009928	TTGCT	2	10	152936	152945	0 %	60 %	20 %	20 %	158340281
98	NC_009928	AAGCC	2	10	153697	153706	40 %	0 %	20 %	40 %	158340283
99	NC_009928	TTGAG	2	10	154823	154832	20 %	40 %	40 %	0 %	158340284
100	NC_009928	CATAC	2	10	155270	155279	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_009928	TCAAT	2	10	157421	157430	40 %	40 %	0 %	20 %	158340286
102	NC_009928	ATCCC	2	10	159987	159996	20 %	20 %	0 %	60 %	158340290
103	NC_009928	GTTTA	2	10	160529	160538	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009928	GAATT	2	10	164085	164094	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009928	TTTCA	2	10	164275	164284	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_009928	TTCTT	2	10	164312	164321	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_009928	AAGCA	2	10	164969	164978	60 %	0 %	20 %	20 %	158340297
108	NC_009928	CCTAA	2	10	165128	165137	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_009928	GCAAG	2	10	165842	165851	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_009928	TTGCT	2	10	167964	167973	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_009928	GTTCC	2	10	169325	169334	0 %	40 %	20 %	40 %	158340303
112	NC_009928	GAGTT	2	10	173056	173065	20 %	40 %	40 %	0 %	158340311
113	NC_009928	GGTGA	2	10	174671	174680	20 %	20 %	60 %	0 %	158340314
114	NC_009928	GCGGA	2	10	175227	175236	20 %	0 %	60 %	20 %	158340316
115	NC_009928	TTCCT	2	10	175396	175405	0 %	60 %	0 %	40 %	158340316
116	NC_009928	GGTCC	2	10	175605	175614	0 %	20 %	40 %	40 %	158340317
117	NC_009928	CGGAG	2	10	176039	176048	20 %	0 %	60 %	20 %	158340317
118	NC_009928	CAAAG	2	10	176620	176629	60 %	0 %	20 %	20 %	158340318
119	NC_009928	GGAAT	2	10	180731	180740	40 %	20 %	40 %	0 %	158340324
120	NC_009928	TACTG	2	10	182339	182348	20 %	40 %	20 %	20 %	158340328
121	NC_009928	ATACC	2	10	183046	183055	40 %	20 %	0 %	40 %	158340330
122	NC_009928	TTCTT	2	10	183466	183475	0 %	80 %	0 %	20 %	158340330
123	NC_009928	TGTTT	2	10	183893	183902	0 %	80 %	20 %	0 %	158340330
124	NC_009928	CTATT	2	10	185593	185602	20 %	60 %	0 %	20 %	158340334
125	NC_009928	AAAAC	2	10	191340	191349	80 %	0 %	0 %	20 %	158340341
126	NC_009928	TGATT	2	10	191817	191826	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009928	TCATC	2	10	192261	192270	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_009928	TATTT	2	10	194988	194997	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009928	TAATT	2	10	195605	195614	40 %	60 %	0 %	0 %	158340347
130	NC_009928	TTTTC	2	10	195717	195726	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_009928	CTCAA	2	10	196350	196359	40 %	20 %	0 %	40 %	158340348
132	NC_009928	CTTTC	2	10	196998	197007	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_009928	CCAAT	2	10	202147	202156	40 %	20 %	0 %	40 %	158340357
134	NC_009928	CAACA	2	10	205074	205083	60 %	0 %	0 %	40 %	158340362
135	NC_009928	CTTCT	2	10	205663	205672	0 %	60 %	0 %	40 %	158340363
136	NC_009928	GCTAA	2	10	206124	206133	40 %	20 %	20 %	20 %	158340363
137	NC_009928	CAACC	2	10	206801	206810	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
138	NC_009928	GGGTT	2	10	207355	207364	0 %	40 %	60 %	0 %	158340366
139	NC_009928	GTGAG	2	10	211295	211304	20 %	20 %	60 %	0 %	158340370
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141	NC_009928	CAAGA	2	10	216193	216202	60 %	0 %	20 %	20 %	158340377
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149	NC_009928	TTTAT	2	10	224858	224867	20 %	80 %	0 %	0 %	158340396
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154	NC_009928	ACCAA	2	10	233234	233243	60 %	0 %	0 %	40 %	158340405
155	NC_009928	CACAC	2	10	237052	237061	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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173	NC_009928	TGGGG	2	10	272765	272774	0 %	20 %	80 %	0 %	158340455

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.