MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia massiliae MTU5 chromosome

Total Repeats: 628

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009900	AAAGTA	2	12	1293	1304	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157964074
2	NC_009900	AGGATA	2	12	3697	3708	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157964077
3	NC_009900	CTAATA	2	12	4618	4629	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157964077
4	NC_009900	CAAAAC	2	12	5072	5083	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157964077
5	NC_009900	CAAAAT	2	12	5925	5936	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	157964077
6	NC_009900	ACCGTA	2	12	7379	7390	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157964079
7	NC_009900	GCCTAT	2	12	7869	7880	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009900	AAAGAC	2	12	11011	11022	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_009900	AAGAAA	2	12	12263	12274	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009900	AGAAAA	2	12	13610	13621	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009900	ATTAAA	2	12	14660	14671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157964081
12	NC_009900	CTAATT	2	12	16315	16326	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157964083
13	NC_009900	CTATAT	2	12	16930	16941	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157964083
14	NC_009900	ACCGGA	2	12	18796	18807	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	157964084
15	NC_009900	ATAAAA	2	12	19632	19643	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	157964084
16	NC_009900	AACAAG	2	12	19971	19982	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	157964084
17	NC_009900	CAGATG	2	12	21498	21509	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157964084
18	NC_009900	GCATTA	2	12	22721	22732	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157964084
19	NC_009900	TCCGAT	2	12	22838	22849	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157964084
20	NC_009900	ATTTAA	2	12	23236	23247	50 %	50 %	0 %	0 %	157964084
21	NC_009900	AGAAAA	2	12	24613	24624	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009900	CAAATA	2	12	25679	25690	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_009900	TAAAGT	2	12	25850	25861	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009900	TTTAGG	2	12	27335	27346	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009900	GTTCTT	2	12	30836	30847	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	157964090
26	NC_009900	CATATA	2	12	32534	32545	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157964092
27	NC_009900	ACTGCT	2	12	34745	34756	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157964093
28	NC_009900	AATACA	2	12	36120	36131	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009900	TTTTTG	2	12	36657	36668	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009900	AAGAAA	2	12	37550	37561	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009900	TAAGTT	2	12	38987	38998	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009900	ATCTTT	2	12	40005	40016	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_009900	AGAGTT	2	12	40799	40810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009900	AGGTAC	2	12	43900	43911	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_009900	ATTAAT	2	12	44012	44023	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009900	ATTAAT	2	12	44839	44850	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009900	TTAAGG	2	12	45152	45163	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009900	CAGCAA	2	12	45494	45505	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_009900	AATGAA	2	12	45518	45529	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009900	TTTTTA	2	12	47233	47244	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157964098
41	NC_009900	AGTATT	2	12	51894	51905	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009900	ATTTAT	2	12	56894	56905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157964102
43	NC_009900	ATAAGG	2	12	57093	57104	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157964102
44	NC_009900	TAATAG	2	12	57862	57873	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157964103
45	NC_009900	ATCAGA	2	12	60910	60921	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157964106
46	NC_009900	AAAACA	2	12	64685	64696	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	157964108
47	NC_009900	ATAAAA	2	12	69416	69427	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009900	ATTTAT	2	12	69449	69460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009900	TAATAT	2	12	70267	70278	50 %	50 %	0 %	0 %	157964112
50	NC_009900	CAGCAA	2	12	70929	70940	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	157964113
51	NC_009900	ATAGTG	2	12	71260	71271	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157964113
52	NC_009900	AAAAAG	2	12	72088	72099	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	157964113
53	NC_009900	TAGTTG	2	12	75642	75653	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009900	GAAAGA	2	12	75715	75726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009900	ATCCTG	2	12	77416	77427	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157964119
56	NC_009900	GTAATA	2	12	78474	78485	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157964119
57	NC_009900	TTTTAA	2	12	85938	85949	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157964126
58	NC_009900	AGTAAA	2	12	87064	87075	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157964128
59	NC_009900	ATTTAA	2	12	88319	88330	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009900	AAGGAC	2	12	89205	89216	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009900	CGTGAT	2	12	90202	90213	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157964130
62	NC_009900	TTGATT	2	12	92698	92709	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157964131
63	NC_009900	GAAGCA	2	12	93790	93801	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	157964132
64	NC_009900	TTAAAA	2	12	94067	94078	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009900	TAAAAA	2	12	97325	97336	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009900	TTTTTA	2	12	99677	99688	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157964135
67	NC_009900	ACGGAT	2	12	100747	100758	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157964137
68	NC_009900	TTTCTA	2	12	101933	101944	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	157964138
69	NC_009900	CCTATA	2	12	104530	104541	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157964141
70	NC_009900	ACCTAT	2	12	104763	104774	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157964141
71	NC_009900	ACCGCT	2	12	106111	106122	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157964142
72	NC_009900	GTGGCG	2	12	111775	111786	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	157964146
73	NC_009900	TAGCGG	2	12	120822	120833	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157964150
74	NC_009900	CTTTTT	2	12	121181	121192	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	157964150
75	NC_009900	CTCAAT	2	12	124139	124150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157964153
76	NC_009900	TTTATT	2	12	126343	126354	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157964157
77	NC_009900	TAAAAT	2	12	130295	130306	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157964161
78	NC_009900	TATTTT	2	12	132309	132320	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009900	AATCAA	2	12	133467	133478	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009900	CTTTGT	2	12	137423	137434	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	157964170
81	NC_009900	TTGCTA	2	12	139513	139524	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157964171
82	NC_009900	AAGATA	2	12	139678	139689	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157964171
83	NC_009900	CTTTAG	2	12	139840	139851	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157964171
84	NC_009900	TTTAGT	2	12	140499	140510	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157964171
85	NC_009900	TAATGC	2	12	144648	144659	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157964173
86	NC_009900	AAAGAT	2	12	145471	145482	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157964173
87	NC_009900	TAAAGA	2	12	145695	145706	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157964173
88	NC_009900	TTTATC	2	12	158482	158493	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	157964177
89	NC_009900	GATTTT	2	12	158776	158787	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157964178
90	NC_009900	TTTTGT	2	12	161296	161307	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	157964180
91	NC_009900	GTAAAA	2	12	162619	162630	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157964181
92	NC_009900	CAATAT	2	12	165556	165567	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157964186
93	NC_009900	ATTGAG	2	12	165907	165918	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157964187
94	NC_009900	CTTCAT	2	12	166133	166144	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	157964187
95	NC_009900	AAAGAA	2	12	168547	168558	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	157964189
96	NC_009900	TCAAGC	2	12	168564	168575	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157964189
97	NC_009900	GCTGAT	2	12	168971	168982	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157964190
98	NC_009900	GTTGAG	2	12	169131	169142	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157964190
99	NC_009900	ATCTAA	2	12	169768	169779	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157964190
100	NC_009900	AGGGCT	2	12	170754	170765	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157964191
101	NC_009900	AGTAAA	2	12	170928	170939	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157964191
102	NC_009900	TAGAGC	2	12	173630	173641	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157964195
103	NC_009900	AATTTA	2	12	175911	175922	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009900	GAACAA	2	12	177108	177119	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	157964199
105	NC_009900	TTTTTA	2	12	179584	179595	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157964200
106	NC_009900	CTGTAG	2	12	182619	182630	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157964205
107	NC_009900	TTAAAA	2	12	184772	184783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157964206
108	NC_009900	GCTATT	2	12	186619	186630	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157964206
109	NC_009900	ATAATT	2	12	192729	192740	50 %	50 %	0 %	0 %	157964208
110	NC_009900	TCCATG	2	12	193595	193606	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157964208
111	NC_009900	GATGTT	2	12	194616	194627	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	157964209
112	NC_009900	AAGCCC	2	12	206095	206106	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	157964218
113	NC_009900	AAATGA	2	12	213826	213837	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157964226
114	NC_009900	CTTTAG	2	12	215828	215839	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157964227
115	NC_009900	ATATTT	2	12	216817	216828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157964227
116	NC_009900	GTTTCA	2	12	220123	220134	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157964231
117	NC_009900	TGCATT	2	12	221193	221204	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_009900	AAAAGC	2	12	221321	221332	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	157964232
119	NC_009900	TTTCTT	2	12	222779	222790	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	157964234
120	NC_009900	AAAATT	2	12	223948	223959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157964236
121	NC_009900	AGTTAA	2	12	225889	225900	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157964237
122	NC_009900	TAATAT	2	12	227990	228001	50 %	50 %	0 %	0 %	157964238
123	NC_009900	AAGTGA	2	12	229569	229580	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157964240
124	NC_009900	TAAATT	2	12	229589	229600	50 %	50 %	0 %	0 %	157964240
125	NC_009900	CACTAC	2	12	231085	231096	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_009900	AGCTTC	2	12	233024	233035	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_009900	CTAGCA	2	12	233417	233428	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_009900	TCTGTC	2	12	235474	235485	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_009900	TATTAA	2	12	236763	236774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009900	AAAGCA	2	12	237817	237828	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	157964242
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161	NC_009900	TAGTCT	2	12	313886	313897	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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229	NC_009900	TGTTGG	2	12	450209	450220	0 %	50 %	50 %	0 %	157964398
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234	NC_009900	ATTTGA	2	12	458313	458324	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	157964406
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237	NC_009900	GTAGCG	2	12	463608	463619	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157964409
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241	NC_009900	CCTCAT	2	12	470813	470824	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	157964416
242	NC_009900	TGATAA	2	12	471118	471129	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157964416
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244	NC_009900	ATATCA	2	12	484373	484384	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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