MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia massiliae MTU5 chromosome

Total Repeats: 176

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009900	GCCTAT	2	12	7869	7880	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009900	AAAGAC	2	12	11011	11022	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_009900	AAGAAA	2	12	12263	12274	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009900	AGAAAA	2	12	13610	13621	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009900	AGAAAA	2	12	24613	24624	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009900	CAAATA	2	12	25679	25690	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_009900	TAAAGT	2	12	25850	25861	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009900	TTTAGG	2	12	27335	27346	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009900	AATACA	2	12	36120	36131	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009900	TTTTTG	2	12	36657	36668	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009900	AAGAAA	2	12	37550	37561	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009900	TAAGTT	2	12	38987	38998	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009900	ATCTTT	2	12	40005	40016	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_009900	AGAGTT	2	12	40799	40810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009900	AGGTAC	2	12	43900	43911	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_009900	ATTAAT	2	12	44012	44023	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009900	ATTAAT	2	12	44839	44850	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009900	TTAAGG	2	12	45152	45163	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009900	CAGCAA	2	12	45494	45505	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_009900	AATGAA	2	12	45518	45529	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009900	AGTATT	2	12	51894	51905	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009900	ATAAAA	2	12	69416	69427	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009900	ATTTAT	2	12	69449	69460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009900	TAGTTG	2	12	75642	75653	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009900	GAAAGA	2	12	75715	75726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009900	ATTTAA	2	12	88319	88330	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009900	AAGGAC	2	12	89205	89216	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_009900	TTAAAA	2	12	94067	94078	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009900	TAAAAA	2	12	97325	97336	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009900	TATTTT	2	12	132309	132320	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009900	AATCAA	2	12	133467	133478	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009900	AATTTA	2	12	175911	175922	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009900	TGCATT	2	12	221193	221204	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_009900	CACTAC	2	12	231085	231096	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_009900	AGCTTC	2	12	233024	233035	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009900	CTAGCA	2	12	233417	233428	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009900	TCTGTC	2	12	235474	235485	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_009900	TATTAA	2	12	236763	236774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009900	GCTTCT	2	12	253807	253818	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009900	TAATTA	2	12	260615	260626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009900	AAATAA	2	12	268373	268384	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009900	AAAATG	2	12	268439	268450	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009900	GCACCG	2	12	269741	269752	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_009900	ATGACG	2	12	277184	277195	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009900	TCTTTT	2	12	286453	286464	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009900	TAAAAT	2	12	289330	289341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009900	CCTGAA	2	12	290948	290959	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_009900	GCCTTT	2	12	293227	293238	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009900	GTCGTT	2	12	295674	295685	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_009900	TATTAA	2	12	311746	311757	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009900	TAGTCT	2	12	313886	313897	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_009900	TCTTTC	2	12	313946	313957	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009900	GGGGAT	2	12	329197	329208	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009900	GTATAT	2	12	380281	380292	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009900	TCAAGT	2	12	380539	380550	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_009900	AAAGTT	2	12	381248	381259	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009900	AAGATA	2	12	384288	384299	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009900	ATATAA	2	12	388780	388791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009900	ATGATT	2	12	399981	399992	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009900	TAAAAT	2	12	400065	400076	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009900	AAATTA	2	12	400088	400099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009900	CGCTAT	2	12	408956	408967	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_009900	AGAGTC	2	12	409954	409965	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_009900	AAATAA	2	12	417798	417809	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009900	AGTATT	2	12	431818	431829	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009900	CAAATC	2	12	432768	432779	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009900	GATTCA	2	12	432848	432859	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009900	ACTTGA	2	12	447213	447224	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009900	AATTTA	2	12	448521	448532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009900	AATTTA	2	12	451920	451931	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009900	TTCTAA	2	12	461462	461473	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009900	TGTAGG	2	12	480905	480916	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009900	ATATCA	2	12	484373	484384	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_009900	CCCCGT	2	12	487707	487718	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_009900	TTTAAG	2	12	493301	493312	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009900	AATATC	2	12	500303	500314	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_009900	TTGGCG	2	12	509109	509120	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_009900	AAATTT	2	12	509157	509168	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009900	AGGAAG	2	12	519367	519378	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009900	ATTTGA	2	12	522600	522611	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009900	TTGTTA	2	12	523029	523040	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009900	TTAATT	2	12	539625	539636	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009900	AATTTA	2	12	561473	561484	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009900	AATCCC	2	12	564509	564520	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_009900	ATAGCA	2	12	564648	564659	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_009900	TAGTTT	2	12	564873	564884	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009900	TTAATA	2	12	578442	578453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009900	CTATAT	2	12	579472	579483	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_009900	TATCAA	2	12	579904	579915	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_009900	ATCTTC	2	12	582676	582687	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_009900	AATATA	2	12	599250	599261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009900	ACTATA	2	12	606231	606242	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_009900	GATTTT	2	12	613252	613263	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009900	GCTTGT	2	12	613476	613487	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_009900	TATTAA	2	12	644127	644138	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009900	ATTTAA	2	12	673413	673424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009900	CTTCAA	2	12	705702	705713	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_009900	ATTTAA	2	12	705808	705819	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009900	AGCAAA	2	12	718382	718393	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_009900	ATCTTG	2	12	735849	735860	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_009900	AGATTT	2	12	744930	744941	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009900	ATTTAT	2	12	757438	757449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009900	AGGATA	2	12	769123	769134	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009900	TGAAAA	2	12	776839	776850	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009900	GCTTAC	2	12	780252	780263	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009900	GCCTAA	2	12	780578	780589	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_009900	TAAACA	2	12	781141	781152	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_009900	TGATGG	2	12	781183	781194	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009900	ATTATA	2	12	790850	790861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009900	GCAAGA	2	12	791812	791823	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_009900	TTGTAT	2	12	814918	814929	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009900	TGGATT	2	12	820523	820534	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009900	ATACCG	2	12	820887	820898	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_009900	CTACTC	2	12	837728	837739	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_009900	ACTATT	2	12	854688	854699	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_009900	AAAGGA	2	12	855138	855149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009900	GCTTCT	2	12	861949	861960	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009900	CATTTA	2	12	863934	863945	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_009900	ATTTTT	2	12	866883	866894	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009900	CCCAAC	2	12	878643	878654	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_009900	TATTTT	2	12	889241	889252	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009900	ATCTTC	2	12	893789	893800	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_009900	TATTTT	2	12	921959	921970	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009900	TTAAAA	2	12	932005	932016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009900	CTAAAC	2	12	932300	932311	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_009900	AGTTTA	2	12	948742	948753	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009900	AATAAA	2	12	951436	951447	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009900	AACATC	2	12	956800	956811	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_009900	TTAATA	2	12	967064	967075	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009900	AATATT	2	12	973332	973343	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009900	TTCAAA	2	12	1000195	1000206	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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135	NC_009900	CCGATA	2	12	1033491	1033502	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.