MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Rickettsia massiliae MTU5 plasmid pRMA

Total Repeats: 61

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009897	AATC	2	8	178	185	50 %	25 %	0 %	25 %	157954007
2	NC_009897	ACAG	2	8	790	797	50 %	0 %	25 %	25 %	157954007
3	NC_009897	AGAA	2	8	953	960	75 %	0 %	25 %	0 %	157954007
4	NC_009897	AGTT	2	8	1034	1041	25 %	50 %	25 %	0 %	157954007
5	NC_009897	AAGA	2	8	1438	1445	75 %	0 %	25 %	0 %	157954007
6	NC_009897	GCGA	2	8	1714	1721	25 %	0 %	50 %	25 %	157954007
7	NC_009897	AGCG	2	8	1987	1994	25 %	0 %	50 %	25 %	157954007
8	NC_009897	GAAA	2	8	2089	2096	75 %	0 %	25 %	0 %	157954007
9	NC_009897	AAGT	2	8	2460	2467	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009897	AGCA	2	8	2613	2620	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_009897	TATG	2	8	3041	3048	25 %	50 %	25 %	0 %	157954009
12	NC_009897	TTAT	2	8	3067	3074	25 %	75 %	0 %	0 %	157954009
13	NC_009897	AGTA	2	8	3399	3406	50 %	25 %	25 %	0 %	157954009
14	NC_009897	AAAT	2	8	4019	4026	75 %	25 %	0 %	0 %	157954009
15	NC_009897	AACT	2	8	4514	4521	50 %	25 %	0 %	25 %	157954009
16	NC_009897	GATA	3	12	4718	4729	50 %	25 %	25 %	0 %	157954010
17	NC_009897	GATA	3	12	4859	4870	50 %	25 %	25 %	0 %	157954010
18	NC_009897	GATA	3	12	5000	5011	50 %	25 %	25 %	0 %	157954010
19	NC_009897	TATT	2	8	5081	5088	25 %	75 %	0 %	0 %	157954010
20	NC_009897	TGTA	2	8	5307	5314	25 %	50 %	25 %	0 %	157954010
21	NC_009897	TGAT	2	8	5316	5323	25 %	50 %	25 %	0 %	157954010
22	NC_009897	CATT	2	8	5413	5420	25 %	50 %	0 %	25 %	157954010
23	NC_009897	AAAC	2	8	5671	5678	75 %	0 %	0 %	25 %	157954010
24	NC_009897	TAAA	2	8	5720	5727	75 %	25 %	0 %	0 %	157954010
25	NC_009897	TTAT	2	8	6458	6465	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009897	TATT	2	8	6917	6924	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009897	TATT	2	8	7354	7361	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009897	TTAA	2	8	7406	7413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009897	AGTT	2	8	7487	7494	25 %	50 %	25 %	0 %	157954011
30	NC_009897	TAGA	2	8	7648	7655	50 %	25 %	25 %	0 %	157954011
31	NC_009897	ATGG	2	8	7830	7837	25 %	25 %	50 %	0 %	157954011
32	NC_009897	TTTA	2	8	8410	8417	25 %	75 %	0 %	0 %	157954012
33	NC_009897	TAGC	2	8	8436	8443	25 %	25 %	25 %	25 %	157954012
34	NC_009897	TCTT	2	8	8803	8810	0 %	75 %	0 %	25 %	157954012
35	NC_009897	GCTC	2	8	9135	9142	0 %	25 %	25 %	50 %	157954012
36	NC_009897	TACC	2	8	9609	9616	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_009897	TTGG	2	8	10268	10275	0 %	50 %	50 %	0 %	157954014
38	NC_009897	TGCT	2	8	10392	10399	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_009897	TTTA	2	8	10449	10456	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009897	TGAT	2	8	10460	10467	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009897	AGGG	2	8	10477	10484	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009897	TTCA	2	8	10553	10560	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_009897	ATTT	2	8	10635	10642	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009897	TATT	2	8	11543	11550	25 %	75 %	0 %	0 %	157954015
45	NC_009897	ATAC	2	8	11551	11558	50 %	25 %	0 %	25 %	157954015
46	NC_009897	TCAT	2	8	12309	12316	25 %	50 %	0 %	25 %	157954016
47	NC_009897	TTAT	2	8	12344	12351	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009897	ATTG	2	8	12359	12366	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009897	ATTA	2	8	12557	12564	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009897	TATT	2	8	13074	13081	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009897	TTAT	2	8	13293	13300	25 %	75 %	0 %	0 %	157954017
52	NC_009897	GTAG	2	8	13650	13657	25 %	25 %	50 %	0 %	157954017
53	NC_009897	ACAT	2	8	13785	13792	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_009897	CCTC	2	8	14002	14009	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
55	NC_009897	ATTA	2	8	14410	14417	50 %	50 %	0 %	0 %	157954018
56	NC_009897	CTTC	2	8	14441	14448	0 %	50 %	0 %	50 %	157954018
57	NC_009897	CTTT	2	8	14678	14685	0 %	75 %	0 %	25 %	157954018
58	NC_009897	AAGA	2	8	14822	14829	75 %	0 %	25 %	0 %	157954018
59	NC_009897	ACAT	2	8	14881	14888	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_009897	ACAT	2	8	14919	14926	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_009897	TAAA	2	8	15208	15215	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.