MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia massiliae MTU5 plasmid pRMA

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009897	ACC	2	6	169	174	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	157954007
2	NC_009897	TAT	2	6	209	214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
3	NC_009897	TAC	2	6	259	264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954007
4	NC_009897	ATT	2	6	415	420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
5	NC_009897	ATT	2	6	460	465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
6	NC_009897	CAA	2	6	470	475	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
7	NC_009897	ATA	2	6	539	544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
8	NC_009897	ATA	2	6	587	592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
9	NC_009897	TAA	2	6	765	770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
10	NC_009897	ACA	2	6	809	814	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
11	NC_009897	TAA	2	6	912	917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
12	NC_009897	CTT	2	6	935	940	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954007
13	NC_009897	AGA	2	6	1005	1010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954007
14	NC_009897	TAA	2	6	1011	1016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
15	NC_009897	TTA	2	6	1019	1024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
16	NC_009897	ATG	2	6	1052	1057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954007
17	NC_009897	TCT	2	6	1098	1103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954007
18	NC_009897	TAA	2	6	1115	1120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
19	NC_009897	CAA	2	6	1156	1161	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
20	NC_009897	TAA	2	6	1176	1181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
21	NC_009897	CCT	2	6	1231	1236	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	157954007
22	NC_009897	TAT	2	6	1287	1292	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
23	NC_009897	TTC	2	6	1395	1400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954007
24	NC_009897	GTT	2	6	1424	1429	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954007
25	NC_009897	TTG	2	6	1499	1504	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954007
26	NC_009897	CTT	2	6	1686	1691	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954007
27	NC_009897	ACA	2	6	1750	1755	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
28	NC_009897	AGA	3	9	1865	1873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954007
29	NC_009897	CAA	2	6	1941	1946	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
30	NC_009897	AGC	2	6	2015	2020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	157954007
31	NC_009897	TTA	2	6	2046	2051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
32	NC_009897	AGG	2	6	2057	2062	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	157954007
33	NC_009897	AGA	2	6	2064	2069	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954007
34	NC_009897	GGA	2	6	2073	2078	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	157954007
35	NC_009897	GAA	2	6	2107	2112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954007
36	NC_009897	CAT	2	6	2227	2232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954007
37	NC_009897	GAA	2	6	2287	2292	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954007
38	NC_009897	GTA	3	9	2293	2301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954007
39	NC_009897	CAA	2	6	2342	2347	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
40	NC_009897	TAA	2	6	2370	2375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
41	NC_009897	TCA	2	6	2817	2822	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954008
42	NC_009897	ATA	2	6	2826	2831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954008
43	NC_009897	GAA	2	6	2844	2849	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954008
44	NC_009897	CAT	2	6	2860	2865	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954008
45	NC_009897	ATC	2	6	3171	3176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
46	NC_009897	TTC	2	6	3219	3224	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954009
47	NC_009897	CAT	2	6	3323	3328	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
48	NC_009897	AAT	2	6	3329	3334	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954009
49	NC_009897	ATT	2	6	3510	3515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
50	NC_009897	TGT	2	6	3593	3598	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954009
51	NC_009897	AGC	2	6	3639	3644	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	157954009
52	NC_009897	CAT	2	6	3659	3664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
53	NC_009897	GTA	2	6	3670	3675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954009
54	NC_009897	ATT	2	6	3684	3689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
55	NC_009897	ACT	2	6	3690	3695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
56	NC_009897	GCC	2	6	3733	3738	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	157954009
57	NC_009897	ATT	2	6	3801	3806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
58	NC_009897	TAT	3	9	3926	3934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
59	NC_009897	TCA	2	6	3977	3982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
60	NC_009897	TTC	2	6	3984	3989	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954009
61	NC_009897	ATC	2	6	4011	4016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
62	NC_009897	TAA	2	6	4034	4039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954009
63	NC_009897	TCT	2	6	4065	4070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954009
64	NC_009897	ACT	2	6	4092	4097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
65	NC_009897	TGT	2	6	4106	4111	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954009
66	NC_009897	TAT	2	6	4115	4120	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
67	NC_009897	AAT	2	6	4150	4155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954009
68	NC_009897	TTA	2	6	4195	4200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
69	NC_009897	AGG	2	6	4212	4217	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	157954009
70	NC_009897	ATT	2	6	4218	4223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
71	NC_009897	ATT	2	6	4233	4238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
72	NC_009897	GTA	2	6	4315	4320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954009
73	NC_009897	ATA	2	6	4347	4352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954009
74	NC_009897	ATG	2	6	4365	4370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954009
75	NC_009897	TTA	2	6	4390	4395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
76	NC_009897	GAT	2	6	4450	4455	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954009
77	NC_009897	TAT	2	6	4508	4513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
78	NC_009897	CTT	2	6	4524	4529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954009
79	NC_009897	ATA	2	6	4698	4703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
80	NC_009897	ATA	2	6	4839	4844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
81	NC_009897	ATA	2	6	4980	4985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
82	NC_009897	TAT	2	6	5052	5057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
83	NC_009897	TAG	2	6	5108	5113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954010
84	NC_009897	TAC	2	6	5117	5122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954010
85	NC_009897	ATT	2	6	5181	5186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
86	NC_009897	TAT	2	6	5298	5303	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
87	NC_009897	ATT	2	6	5325	5330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
88	NC_009897	TAA	2	6	5345	5350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
89	NC_009897	ATA	2	6	5379	5384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
90	NC_009897	ATA	2	6	5449	5454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
91	NC_009897	TAA	2	6	5588	5593	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
92	NC_009897	ATT	2	6	5797	5802	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
93	NC_009897	TAA	2	6	5808	5813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
94	NC_009897	TTA	2	6	5825	5830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
95	NC_009897	AAT	2	6	5920	5925	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
96	NC_009897	TTC	2	6	5955	5960	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954010
97	NC_009897	TAA	2	6	6029	6034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
98	NC_009897	TTA	3	9	6091	6099	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
99	NC_009897	ATG	2	6	6153	6158	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954010
100	NC_009897	ATG	2	6	6199	6204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954010
101	NC_009897	GGC	2	6	7575	7580	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	157954011
102	NC_009897	AAG	2	6	7583	7588	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954011
103	NC_009897	AAG	2	6	7875	7880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954011
104	NC_009897	ATT	2	6	8272	8277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954012
105	NC_009897	TCA	2	6	8360	8365	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954012
106	NC_009897	TAC	2	6	8532	8537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954012
107	NC_009897	CAT	2	6	8611	8616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954012
108	NC_009897	TCA	3	9	8642	8650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954012
109	NC_009897	CAA	2	6	8667	8672	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954012
110	NC_009897	AAT	2	6	8720	8725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954012
111	NC_009897	TAC	2	6	8770	8775	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954012
112	NC_009897	TGT	2	6	8814	8819	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954012
113	NC_009897	ATA	2	6	8850	8855	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954012
114	NC_009897	GCA	2	6	8856	8861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	157954012
115	NC_009897	ACT	2	6	8896	8901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954012
116	NC_009897	GGT	2	6	8956	8961	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	157954012
117	NC_009897	ACA	2	6	9002	9007	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954012
118	NC_009897	AAT	2	6	9102	9107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954012
119	NC_009897	AGC	2	6	9124	9129	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	157954012
120	NC_009897	TCA	2	6	9161	9166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954012
121	NC_009897	TGT	2	6	9212	9217	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954012
122	NC_009897	TAT	2	6	9372	9377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954013
123	NC_009897	TCA	2	6	9443	9448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954013
124	NC_009897	GCT	2	6	9456	9461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	157954013
125	NC_009897	CAC	2	6	9464	9469	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	157954013
126	NC_009897	ATA	2	6	9480	9485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954013
127	NC_009897	TGT	2	6	9495	9500	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954013
128	NC_009897	AAC	2	6	10095	10100	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954014
129	NC_009897	CAC	2	6	10115	10120	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	157954014
130	NC_009897	GAT	2	6	10150	10155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954014
131	NC_009897	ATC	2	6	10969	10974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954015
132	NC_009897	TGT	2	6	10979	10984	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954015
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.