MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia akari str. Hartford chromosome

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009881	AAAGAT	2	12	25365	25376	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009881	TTGTAT	2	12	28122	28133	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009881	AAATTA	2	12	42555	42566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009881	TATAAA	2	12	51810	51821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009881	ATAAAA	2	12	62009	62020	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009881	ATTTAT	2	12	62042	62053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009881	TTCATT	2	12	68711	68722	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_009881	TAGATA	2	12	68809	68820	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009881	ATATAA	2	12	90535	90546	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009881	TTTTAA	2	12	96198	96209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009881	TTAATA	2	12	115473	115484	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009881	ATTATA	2	12	129891	129902	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009881	CAATAT	2	12	166820	166831	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_009881	ATAATT	2	12	185723	185734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009881	TATTTA	2	12	213765	213776	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009881	AAATTA	2	12	225297	225308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009881	TTTCAA	2	12	232005	232016	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_009881	TATTAA	2	12	237482	237493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009881	TAATTA	2	12	261186	261197	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009881	TGCATA	2	12	261209	261220	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_009881	AAGCAA	2	12	267800	267811	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_009881	TTATAT	2	12	275703	275714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009881	CCTGAA	2	12	289544	289555	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_009881	TCGAAC	2	12	291213	291224	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_009881	GCCTTT	2	12	291910	291921	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_009881	AAATAT	2	12	294968	294979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009881	TATTGT	2	12	382121	382132	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009881	TAAAAT	2	12	383889	383900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009881	AAATTA	2	12	383912	383923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009881	TATAAA	2	12	392200	392211	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009881	TGCTAA	2	12	398354	398365	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009881	ACTATA	2	12	407875	407886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_009881	AAATAA	2	12	411089	411100	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009881	CATGAT	2	12	422189	422200	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_009881	TAACTT	2	12	422498	422509	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_009881	GATTCA	2	12	422527	422538	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_009881	ATAGGT	2	12	426248	426259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009881	CAATAA	2	12	434112	434123	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_009881	TTAATA	2	12	434539	434550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009881	AGATTT	2	12	438231	438242	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009881	TAATTC	2	12	440926	440937	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_009881	TTCTAA	2	12	445915	445926	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_009881	GATCTA	2	12	457856	457867	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_009881	TGTAGG	2	12	466209	466220	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009881	ATTCTA	2	12	474403	474414	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009881	TTGATA	2	12	474668	474679	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009881	TAGCGG	2	12	474732	474743	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_009881	CTTTAC	2	12	478644	478655	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009881	AATATC	2	12	485621	485632	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_009881	TTGGCG	2	12	494011	494022	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_009881	TTCTCT	2	12	508749	508760	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009881	ATTTGA	2	12	509903	509914	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009881	GTTATT	2	12	510335	510346	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009881	TACTAA	2	12	511327	511338	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_009881	CAAAAT	2	12	516803	516814	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_009881	GCAATA	2	12	528754	528765	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_009881	ATCTTA	2	12	531759	531770	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_009881	GATTTA	2	12	535158	535169	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009881	TTCCCA	2	12	548978	548989	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_009881	TAAAAT	2	12	562358	562369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009881	TTGTAT	2	12	596290	596301	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009881	ATTGTG	2	12	599542	599553	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009881	AATTAA	2	12	619218	619229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009881	ATTGTT	2	12	625320	625331	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009881	GTTTCA	2	12	636327	636338	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_009881	CCGTAT	2	12	661913	661924	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009881	TAAAAC	2	12	667836	667847	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009881	TAAAAG	2	12	667908	667919	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009881	TAAATT	2	12	668939	668950	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009881	TATTAA	2	12	681843	681854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009881	AAAAGC	2	12	691795	691806	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009881	AAGTAG	2	12	710766	710777	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009881	TCTATT	2	12	711825	711836	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_009881	AGTTGC	2	12	739466	739477	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_009881	TAAATT	2	12	742719	742730	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009881	CTAGAA	2	12	754702	754713	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_009881	TTAAAC	2	12	758634	758645	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_009881	GAAATA	2	12	758976	758987	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009881	CTTGCA	2	12	766965	766976	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_009881	GTTATT	2	12	797784	797795	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009881	TATTTT	2	12	821613	821624	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009881	ACAAAA	2	12	825073	825084	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009881	TTAATA	2	12	828132	828143	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009881	CTTCAT	2	12	829131	829142	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_009881	TTGATA	2	12	835342	835353	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009881	CCTGAT	2	12	836050	836061	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_009881	ATCCGC	2	12	853379	853390	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_009881	AATATT	2	12	869166	869177	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009881	ATTAAT	2	12	888412	888423	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009881	TCAGGT	2	12	893257	893268	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_009881	CTTTTT	2	12	898101	898112	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_009881	TTTATC	2	12	920937	920948	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_009881	ACAAAA	2	12	926169	926180	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_009881	AATTAT	2	12	927211	927222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009881	TGTCTT	2	12	937949	937960	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_009881	AGTCGG	2	12	942085	942096	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_009881	ATTTTT	2	12	946910	946921	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009881	AATGCA	2	12	947123	947134	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_009881	CTTGTC	2	12	954197	954208	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_009881	AATTCT	2	12	962807	962818	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_009881	TCAATA	2	12	992567	992578	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009881	TAATTA	2	12	999117	999128	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009881	AGTTTA	2	12	1001262	1001273	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009881	TTAAAA	2	12	1017224	1017235	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009881	ACAAAA	2	12	1027815	1027826	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_009881	TAATAT	2	12	1034773	1034784	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009881	GCTAAA	2	12	1036489	1036500	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_009881	ATTGAA	2	12	1037978	1037989	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009881	TTTTCT	2	12	1048744	1048755	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_009881	TTAAAT	2	12	1048830	1048841	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009881	AAAGAA	2	12	1050201	1050212	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009881	AAGCAC	2	12	1050403	1050414	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_009881	GATTTT	2	12	1117429	1117440	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009881	TTTTAA	2	12	1125470	1125481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009881	ATGATC	2	12	1143698	1143709	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_009881	ATTGTG	2	12	1163566	1163577	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009881	ACAATA	2	12	1206253	1206264	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_009881	ATAAAA	2	12	1215414	1215425	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009881	AAAAGA	2	12	1222990	1223001	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009881	TAGTAA	2	12	1224602	1224613	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.