MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia akari str. Hartford chromosome

Total Repeats: 311

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009881	AATTA	2	10	8856	8865	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009881	TAGAC	2	10	10203	10212	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_009881	AGAAA	2	10	14457	14466	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009881	ACTTA	2	10	21738	21747	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009881	AAAAG	2	10	25325	25334	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009881	ACTCA	2	10	28761	28770	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_009881	AGGAG	2	10	29136	29145	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009881	TAGCA	2	10	32996	33005	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_009881	CTATT	2	10	36855	36864	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009881	AAGCG	2	10	49696	49705	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009881	TCAAC	2	10	49816	49825	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_009881	CTTTA	2	10	50083	50092	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_009881	TAATT	2	10	50911	50920	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009881	GATAA	2	10	57827	57836	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009881	TTAAA	2	10	58319	58328	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009881	ATTAT	2	10	66347	66356	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009881	ATTTA	2	10	69131	69140	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009881	ATTTT	2	10	79629	79638	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009881	ATATA	2	10	79995	80004	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009881	AACAA	2	10	80325	80334	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_009881	TTTAA	2	10	90616	90625	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009881	CCAAA	2	10	99665	99674	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_009881	TTTAA	2	10	106750	106759	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009881	TGTGG	2	10	116869	116878	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009881	ATTTT	2	10	117953	117962	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009881	TTAAC	2	10	136618	136627	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_009881	TATAA	2	10	136710	136719	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009881	AGTTT	2	10	148241	148250	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009881	TAATT	2	10	155214	155223	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009881	AATTA	2	10	158091	158100	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009881	TTCCA	2	10	159625	159634	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_009881	TAAAA	2	10	160028	160037	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009881	TCGCT	2	10	177311	177320	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_009881	AAATC	2	10	185413	185422	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_009881	TTTAA	2	10	185481	185490	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009881	GAGAG	2	10	185664	185673	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009881	CGCTC	2	10	189999	190008	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_009881	CAAAA	2	10	195934	195943	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009881	ATTTT	2	10	195983	195992	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009881	AGTCA	2	10	197703	197712	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_009881	AATTA	2	10	213620	213629	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009881	TAAAA	2	10	213678	213687	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009881	ATTTT	2	10	214483	214492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009881	TAATA	2	10	214615	214624	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009881	TTTAT	2	10	215929	215938	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009881	GTTAT	2	10	216147	216156	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009881	ATTTA	2	10	218706	218715	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009881	AAATT	2	10	220185	220194	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009881	AAAAC	2	10	227091	227100	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_009881	TAATA	2	10	228817	228826	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009881	TAAAT	2	10	230529	230538	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009881	AAGAA	2	10	235169	235178	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009881	TAATA	2	10	237220	237229	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009881	ATTAT	2	10	237312	237321	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009881	ATTCT	2	10	237931	237940	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_009881	CTATA	2	10	254542	254551	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_009881	ATAAA	2	10	257542	257551	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009881	TTTAT	2	10	258438	258447	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009881	CGCTC	2	10	258820	258829	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
60	NC_009881	CTTGA	2	10	262290	262299	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_009881	AAGTG	2	10	262563	262572	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009881	ATATT	2	10	266841	266850	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009881	TAGTC	2	10	269564	269573	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009881	TTTAA	2	10	278394	278403	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009881	TATCT	2	10	278595	278604	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009881	GTAGG	2	10	279267	279276	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009881	TTATT	2	10	284418	284427	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009881	CGAAG	2	10	290149	290158	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_009881	TGCAA	2	10	291290	291299	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009881	AGATC	2	10	292285	292294	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_009881	TCGCT	2	10	296159	296168	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_009881	TAATT	2	10	298063	298072	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009881	TGCGA	2	10	310498	310507	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_009881	TAAAA	2	10	311224	311233	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009881	TGAAT	2	10	325591	325600	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009881	TTAAT	2	10	325699	325708	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009881	TTATT	2	10	325726	325735	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009881	TATAT	2	10	341531	341540	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009881	TAAAA	2	10	349143	349152	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009881	TTTAT	2	10	355671	355680	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009881	CGCTC	2	10	362459	362468	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_009881	ATAAA	2	10	363201	363210	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009881	GAAGT	2	10	372056	372065	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009881	TAAAA	2	10	372965	372974	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009881	TTAAT	2	10	383819	383828	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009881	TTAAT	2	10	391941	391950	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009881	ATTAA	2	10	393129	393138	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009881	CAATA	2	10	394991	395000	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009881	ATTTT	2	10	398007	398016	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009881	TAAAA	2	10	398833	398842	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009881	TCAAG	3	15	399102	399116	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_009881	CACTA	2	10	400679	400688	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_009881	AAAAG	2	10	401382	401391	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009881	GAAAT	2	10	407753	407762	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009881	ATGAA	2	10	407888	407897	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009881	ATAGT	2	10	408039	408048	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009881	AAAAT	2	10	408888	408897	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009881	TTCAT	2	10	409482	409491	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_009881	TAAAA	2	10	411408	411417	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009881	ATTAG	2	10	411653	411662	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009881	TAATT	2	10	417362	417371	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009881	GAATA	2	10	422570	422579	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009881	GTAAT	2	10	422623	422632	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009881	AATAA	2	10	426577	426586	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009881	TAAGT	2	10	434178	434187	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009881	GAATT	2	10	434253	434262	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009881	AATTC	2	10	434330	434339	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_009881	TGTGC	2	10	446978	446987	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_009881	AATCG	2	10	446988	446997	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_009881	TGATA	2	10	447782	447791	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009881	AAGAA	2	10	448964	448973	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009881	GAAGC	2	10	449086	449095	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_009881	TATAA	2	10	451165	451174	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009881	TATCA	2	10	455618	455627	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_009881	TTTAT	2	10	461790	461799	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009881	TTTAA	2	10	465556	465565	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009881	GATAG	2	10	465749	465758	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009881	TATAA	2	10	466191	466200	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009881	GTTAA	2	10	476557	476566	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009881	TTAAT	2	10	477940	477949	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009881	TTAGT	2	10	477997	478006	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009881	TAAAT	2	10	478493	478502	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009881	ATAAA	2	10	478884	478893	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009881	TGTAT	2	10	482919	482928	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009881	TGAGA	2	10	486047	486056	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009881	GCGAC	2	10	493125	493134	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_009881	TAATT	2	10	493847	493856	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009881	CTTTA	2	10	493943	493952	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_009881	GTAAT	2	10	497050	497059	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009881	GTTTG	2	10	497469	497478	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009881	TAATT	2	10	503536	503545	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009881	AATTA	2	10	509948	509957	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009881	TTTCA	2	10	510731	510740	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_009881	AAAAT	2	10	513136	513145	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009881	ATAGG	2	10	513416	513425	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009881	TTTTC	2	10	513538	513547	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_009881	AACAT	2	10	515494	515503	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_009881	GTTTT	2	10	516644	516653	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009881	TTAAA	2	10	517970	517979	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009881	CAAAT	2	10	518804	518813	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_009881	AAGTA	2	10	523960	523969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009881	TCGCT	2	10	527284	527293	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_009881	TCGCT	2	10	528815	528824	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_009881	ATTTA	2	10	532399	532408	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009881	TAATT	2	10	533732	533741	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009881	CGCTC	2	10	537649	537658	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
147	NC_009881	GTTTT	2	10	540372	540381	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009881	ATGTC	2	10	541642	541651	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_009881	TGTGA	2	10	559731	559740	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_009881	TACAT	2	10	656001	656010	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_009881	ATGAT	2	10	656478	656487	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_009881	AAAAT	2	10	675398	675407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_009881	ATTAT	2	10	682106	682115	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_009881	TACCG	2	10	723005	723014	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
186	NC_009881	GTTCA	2	10	730383	730392	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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234	NC_009881	TAAAA	2	10	915475	915484	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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244	NC_009881	TAATT	2	10	941039	941048	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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254	NC_009881	TCAAC	2	10	970021	970030	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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256	NC_009881	TCGCT	2	10	980870	980879	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
257	NC_009881	ATAAA	2	10	990063	990072	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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263	NC_009881	TAAAC	2	10	1038526	1038535	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
264	NC_009881	AGCGA	2	10	1043829	1043838	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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271	NC_009881	TATTT	2	10	1061102	1061111	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
272	NC_009881	ACAAA	2	10	1068294	1068303	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
273	NC_009881	AAAAT	2	10	1069407	1069416	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_009881	TGATT	2	10	1072282	1072291	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
275	NC_009881	ATGCA	2	10	1072543	1072552	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
276	NC_009881	GACAT	2	10	1096380	1096389	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
277	NC_009881	AAATT	2	10	1101191	1101200	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
278	NC_009881	TACAA	2	10	1102088	1102097	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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281	NC_009881	CTATA	2	10	1124416	1124425	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
282	NC_009881	AATTT	2	10	1124825	1124834	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_009881	ACCAA	2	10	1125223	1125232	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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285	NC_009881	CTTTA	2	10	1128804	1128813	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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287	NC_009881	AGCGA	2	10	1131659	1131668	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
288	NC_009881	TGCTT	2	10	1140339	1140348	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
289	NC_009881	AAAGT	2	10	1141432	1141441	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
290	NC_009881	TACAT	2	10	1148167	1148176	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_009881	AGCCA	2	10	1151638	1151647	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
292	NC_009881	CATAT	2	10	1152428	1152437	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_009881	AATTT	2	10	1155134	1155143	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_009881	TTTAA	2	10	1155804	1155813	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_009881	TCACT	2	10	1160098	1160107	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
296	NC_009881	TTTTA	2	10	1160156	1160165	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_009881	AATTT	2	10	1161782	1161791	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_009881	TTATT	2	10	1163478	1163487	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_009881	TAAAA	2	10	1178123	1178132	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_009881	ACTTA	2	10	1184146	1184155	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
301	NC_009881	TTATT	2	10	1186156	1186165	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_009881	TCGCT	2	10	1188297	1188306	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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310	NC_009881	AATTT	2	10	1222799	1222808	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_009881	ACAGA	2	10	1228165	1228174	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.