MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia canadensis str. McKiel

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009879	TAAATT	2	12	955	966	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009879	TTTTAT	2	12	9862	9873	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009879	ATACTA	2	12	33382	33393	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009879	TAAGAA	2	12	35139	35150	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009879	ATTTAT	2	12	39333	39344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009879	ATGAGA	2	12	95838	95849	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009879	TATAGG	2	12	111512	111523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009879	ATATAA	2	12	111679	111690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009879	AGTATT	2	12	114767	114778	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009879	AAATTA	2	12	132669	132680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009879	TTTTAA	2	12	174832	174843	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009879	TATTTA	2	12	184751	184762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009879	AATTTA	2	12	192631	192642	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009879	ACTTTA	2	12	193650	193661	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_009879	ATTTTT	2	12	200199	200210	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009879	CTAGAA	2	12	209357	209368	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_009879	ACAAAG	2	12	218947	218958	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_009879	AAAAGA	2	12	229801	229812	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009879	AATATT	2	12	231627	231638	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009879	AATTAT	2	12	232328	232339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009879	TATTCT	2	12	245453	245464	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_009879	AAATTA	2	12	269008	269019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009879	CCTGAA	2	12	270625	270636	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_009879	ATTAAA	2	12	289675	289686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009879	TAACAT	2	12	292667	292678	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_009879	TTAAAA	2	12	306079	306090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009879	ATTTTT	2	12	316586	316597	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009879	TTCTAT	2	12	326363	326374	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009879	AATATT	2	12	328140	328151	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009879	GATAAT	2	12	340758	340769	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009879	TTATGT	2	12	341466	341477	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009879	CCTTTC	2	12	349232	349243	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_009879	ATTTTG	2	12	351570	351581	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009879	TAAATA	2	12	354817	354828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009879	TAGATA	2	12	385862	385873	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009879	TACTTA	2	12	387466	387477	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_009879	GTATAG	2	12	388908	388919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009879	AAAAAT	2	12	391833	391844	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009879	GTATCC	2	12	394225	394236	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009879	TTTATA	2	12	417484	417495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009879	TAAAAA	2	12	428130	428141	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009879	TCAGAA	2	12	430478	430489	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_009879	TAATTA	2	12	432035	432046	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009879	TTTATC	2	12	443672	443683	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009879	CTGTCA	2	12	444016	444027	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009879	AAATAA	2	12	445498	445509	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009879	TGGTTT	2	12	445715	445726	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009879	TTTTAG	2	12	449009	449020	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009879	TTAGAG	2	12	454146	454157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009879	AATATA	2	12	465016	465027	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009879	GAAGTG	2	12	471569	471580	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009879	CATTTT	2	12	498559	498570	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_009879	TAAAAG	2	12	507613	507624	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009879	AAAAGT	2	12	508676	508687	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009879	TAGTTT	2	12	512982	512993	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009879	AATTAA	2	12	513059	513070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009879	AAAATT	2	12	521192	521203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009879	GATATT	2	12	527767	527778	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009879	TCTTGC	2	12	534718	534729	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009879	AAGATA	2	12	534967	534978	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009879	AATTAA	2	12	545423	545434	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009879	AACCAT	2	12	551412	551423	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_009879	ATTTAT	2	12	551731	551742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009879	TTCTAC	2	12	557008	557019	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_009879	ATATTA	2	12	562200	562211	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009879	TCAAAA	2	12	562668	562679	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_009879	TCAAGA	2	12	565084	565095	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009879	CTAACA	2	12	567079	567090	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_009879	GATATT	2	12	567926	567937	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009879	ATGACT	2	12	569221	569232	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_009879	GCTTTG	2	12	569514	569525	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009879	ATAATT	2	12	569914	569925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009879	TGTATT	2	12	570041	570052	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009879	TAGACT	2	12	572630	572641	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_009879	ACTTTT	2	12	572831	572842	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_009879	ATTTTA	2	12	575191	575202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009879	AAAATA	2	12	588055	588066	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009879	CTTTTA	2	12	588213	588224	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_009879	TAAACT	2	12	588253	588264	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009879	ATTAGC	2	12	588926	588937	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_009879	TACTAA	2	12	598846	598857	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_009879	GTACTA	2	12	611821	611832	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009879	AACTAG	2	12	616893	616904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_009879	CTTATT	2	12	624983	624994	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_009879	TAATAT	2	12	628280	628291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009879	GAAAAA	2	12	633516	633527	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009879	AAATAA	2	12	658537	658548	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009879	TTAAAA	2	12	659343	659354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009879	TTTTCA	2	12	664000	664011	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_009879	CTTTAA	2	12	665408	665419	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_009879	ACTTGC	2	12	690596	690607	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_009879	ATTAAA	2	12	695215	695226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009879	ATTCTT	2	12	704262	704273	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_009879	AATATA	2	12	727916	727927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009879	GGATTT	2	12	729467	729478	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009879	ATTAAT	2	12	733391	733402	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009879	TTTATT	2	12	738006	738017	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009879	CAAAAT	2	12	750700	750711	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_009879	ATTATA	2	12	753625	753636	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009879	TATAGA	2	12	756188	756199	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009879	CTAAAG	2	12	767186	767197	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009879	ATTAGA	2	12	791116	791127	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009879	AAAATT	2	12	795459	795470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009879	TTACTT	2	12	797440	797451	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009879	ACTTAA	2	12	804882	804893	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_009879	ACTTTA	2	12	813208	813219	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_009879	GCTTAT	2	12	816664	816675	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_009879	TTTTGT	2	12	819199	819210	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009879	TTATTT	2	12	830133	830144	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009879	AACAGT	2	12	831764	831775	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_009879	TTTTAC	2	12	840764	840775	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_009879	TCAAGA	2	12	845226	845237	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_009879	TATATT	2	12	853136	853147	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009879	ATCATA	2	12	853161	853172	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_009879	TCTTTA	2	12	883520	883531	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_009879	AATTTT	2	12	884064	884075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009879	ATGTAC	2	12	890092	890103	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_009879	TAAAAT	2	12	892556	892567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009879	TAGTTG	2	12	893516	893527	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009879	TTAATA	2	12	893778	893789	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009879	ATAATT	2	12	893939	893950	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009879	ATTGCT	2	12	902314	902325	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_009879	TTACTA	2	12	904222	904233	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_009879	GATTTT	2	12	904273	904284	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009879	TTTATA	2	12	922969	922980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009879	AATTAT	2	12	927496	927507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009879	ATTTTT	2	12	927510	927521	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009879	TTGATT	2	12	942417	942428	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009879	AATTTA	2	12	942965	942976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009879	ATTATA	2	12	943235	943246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009879	TAAACT	2	12	962089	962100	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_009879	ATTGCT	2	12	962378	962389	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_009879	ATCTTA	2	12	963914	963925	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_009879	TAAACT	2	12	1003105	1003116	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_009879	TAAATA	2	12	1020620	1020631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009879	AGATGA	2	12	1055834	1055845	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009879	AATTAA	2	12	1059270	1059281	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009879	AATTTA	2	12	1063339	1063350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009879	ACCTAG	2	12	1065671	1065682	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_009879	GATTAA	2	12	1067964	1067975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009879	AAATAT	2	12	1068344	1068355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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146	NC_009879	ATTTTT	2	12	1141544	1141555	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.