MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia canadensis str. McKiel

Total Repeats: 435

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009879	AAAGTA	2	12	1212	1223	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157803191
2	NC_009879	TTTCTC	2	12	1505	1516	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157803192
3	NC_009879	ATCCAG	2	12	5195	5206	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157803194
4	NC_009879	TACCTG	2	12	7702	7713	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157803197
5	NC_009879	ATTAAA	2	12	10590	10601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157803199
6	NC_009879	AATATT	2	12	11672	11683	50 %	50 %	0 %	0 %	157803200
7	NC_009879	CTAATT	2	12	12247	12258	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157803201
8	NC_009879	CAAAAT	2	12	14992	15003	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	157803204
9	NC_009879	AATAAA	2	12	15730	15741	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	157803204
10	NC_009879	CAGAAA	2	12	16085	16096	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	157803204
11	NC_009879	CAGATG	2	12	16427	16438	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157803204
12	NC_009879	GAATTA	2	12	17254	17265	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157803204
13	NC_009879	GCATTA	2	12	17962	17973	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157803204
14	NC_009879	GAAGAT	2	12	18019	18030	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157803204
15	NC_009879	ATTTAA	2	12	18477	18488	50 %	50 %	0 %	0 %	157803204
16	NC_009879	AATTAT	2	12	18700	18711	50 %	50 %	0 %	0 %	157803204
17	NC_009879	TAAAGT	2	12	18861	18872	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157803204
18	NC_009879	CTGCAG	2	12	22983	22994	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157803208
19	NC_009879	ATCCAC	2	12	24278	24289	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	157803210
20	NC_009879	CTTTTT	2	12	24464	24475	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	157803211
21	NC_009879	CATATA	2	12	26689	26700	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157803213
22	NC_009879	TTTTTA	2	12	33699	33710	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157803220
23	NC_009879	ATTTCA	2	12	34851	34862	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157803221
24	NC_009879	GTGAGC	2	12	38327	38338	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157803222
25	NC_009879	TTTCAA	2	12	39394	39405	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157803223
26	NC_009879	ATTTAT	2	12	40507	40518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157803224
27	NC_009879	ATAAGG	2	12	40706	40717	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157803224
28	NC_009879	ATCAGA	2	12	44377	44388	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157803228
29	NC_009879	ATTAAT	2	12	50043	50054	50 %	50 %	0 %	0 %	157803232
30	NC_009879	TCTATT	2	12	50368	50379	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	157803232
31	NC_009879	TAATAT	2	12	52931	52942	50 %	50 %	0 %	0 %	157803234
32	NC_009879	AAAAAG	2	12	54757	54768	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	157803235
33	NC_009879	ATCCTG	2	12	58369	58380	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157803239
34	NC_009879	GTAATA	2	12	59427	59438	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157803239
35	NC_009879	AAAATT	2	12	59601	59612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157803240
36	NC_009879	AGCTGC	2	12	61378	61389	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157803242
37	NC_009879	AGTAAA	2	12	68047	68058	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157803247
38	NC_009879	CGTGAT	2	12	70447	70458	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157803250
39	NC_009879	TTGATT	2	12	72945	72956	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157803251
40	NC_009879	TCTTGC	2	12	73315	73326	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	157803251
41	NC_009879	TCCTGA	2	12	73705	73716	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157803252
42	NC_009879	TTTTTA	2	12	78982	78993	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157803255
43	NC_009879	ACGGAT	2	12	80104	80115	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157803257
44	NC_009879	CCTATA	2	12	84004	84015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157803262
45	NC_009879	TCTTTT	2	12	91479	91490	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	157803267
46	NC_009879	TGGATT	2	12	92018	92029	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	157803267
47	NC_009879	TTACCA	2	12	92403	92414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157803267
48	NC_009879	ATAAAA	2	12	96953	96964	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	157803269
49	NC_009879	AAATTA	2	12	97832	97843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157803270
50	NC_009879	CTTTTT	2	12	99690	99701	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	157803271
51	NC_009879	CCTAAA	2	12	104161	104172	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	157803275
52	NC_009879	TAAAAT	2	12	107910	107921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157803279
53	NC_009879	TTGCTA	2	12	115277	115288	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157803287
54	NC_009879	AAGATA	2	12	115442	115453	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157803287
55	NC_009879	TTTAGT	2	12	116269	116280	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157803287
56	NC_009879	TAATGC	2	12	120340	120351	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157803289
57	NC_009879	TAAAGA	2	12	121180	121191	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157803289
58	NC_009879	ATAAAG	2	12	121404	121415	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157803289
59	NC_009879	AGGCAC	2	12	123823	123834	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	157803290
60	NC_009879	TTTATC	2	12	134418	134429	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	157803298
61	NC_009879	GATTTT	2	12	134711	134722	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157803299
62	NC_009879	CTTTTG	2	12	137199	137210	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	157803301
63	NC_009879	TTAAAG	2	12	137867	137878	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157803301
64	NC_009879	ATTAAA	2	12	141464	141475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157803306
65	NC_009879	TCAAGC	2	12	144076	144087	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157803308
66	NC_009879	GCTGAT	2	12	144561	144572	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157803309
67	NC_009879	GTTGAG	2	12	144721	144732	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157803309
68	NC_009879	AAGTAA	2	12	146509	146520	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157803310
69	NC_009879	CAGTAG	2	12	158301	158312	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157803325
70	NC_009879	CAGAAG	2	12	159139	159150	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	157803326
71	NC_009879	AGAAAA	2	12	160545	160556	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	157803327
72	NC_009879	TGCTAT	2	12	162785	162796	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157803327
73	NC_009879	ATAATT	2	12	168660	168671	50 %	50 %	0 %	0 %	157803329
74	NC_009879	ACGTAT	2	12	168738	168749	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157803329
75	NC_009879	AAAAAT	2	12	172932	172943	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	157803333
76	NC_009879	GTGATG	2	12	174110	174121	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157803333
77	NC_009879	AAGAAT	2	12	174743	174754	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157803333
78	NC_009879	TCAATA	2	12	177732	177743	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157803337
79	NC_009879	ATCAGG	2	12	178560	178571	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157803339
80	NC_009879	TATTTT	2	12	182878	182889	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157803344
81	NC_009879	AAATAC	2	12	183038	183049	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	157803345
82	NC_009879	CCCTAG	2	12	183530	183541	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157803345
83	NC_009879	CTTTAG	2	12	187052	187063	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157803347
84	NC_009879	TTTTAG	2	12	188669	188680	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157803348
85	NC_009879	TTATAT	2	12	191249	191260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157803351
86	NC_009879	TAGTTT	2	12	192193	192204	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157803352
87	NC_009879	CTCTAG	2	12	194125	194136	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157803354
88	NC_009879	GAAGTA	2	12	206054	206065	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157803365
89	NC_009879	AAAGAA	2	12	207260	207271	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	157803367
90	NC_009879	ATAAAG	2	12	208280	208291	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157803368
91	NC_009879	AGTGGA	2	12	211782	211793	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	157803370
92	NC_009879	TTTAAC	2	12	216088	216099	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157803373
93	NC_009879	AATTTA	2	12	223111	223122	50 %	50 %	0 %	0 %	157803379
94	NC_009879	TCGTTC	2	12	227385	227396	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	157803382
95	NC_009879	TAATTT	2	12	228740	228751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157803383
96	NC_009879	ACTTTT	2	12	238261	238272	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	157803393
97	NC_009879	TTATCG	2	12	238925	238936	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157803394
98	NC_009879	CAAAAT	2	12	250314	250325	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	157803403
99	NC_009879	TCCAAA	2	12	252641	252652	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	157803405
100	NC_009879	TAAACC	2	12	252686	252697	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	157803405
101	NC_009879	TATTAA	2	12	257287	257298	50 %	50 %	0 %	0 %	157803412
102	NC_009879	TTTCTT	2	12	257376	257387	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	157803412
103	NC_009879	TTAAAG	2	12	264706	264717	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157803418
104	NC_009879	TAACTG	2	12	265576	265587	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157803418
105	NC_009879	TAAAAA	2	12	273793	273804	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	157803424
106	NC_009879	CAAGAA	2	12	278486	278497	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	157803427
107	NC_009879	ATGTTA	2	12	278643	278654	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	157803427
108	NC_009879	TAGGGA	2	12	281072	281083	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	157803429
109	NC_009879	TAGAAG	2	12	281411	281422	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157803429
110	NC_009879	TTTGCA	2	12	283026	283037	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157803430
111	NC_009879	TACTAA	2	12	285711	285722	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157803433
112	NC_009879	TATTGA	2	12	286431	286442	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	157803433
113	NC_009879	GGCAAT	2	12	288465	288476	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157803434
114	NC_009879	ATATGA	2	12	291880	291891	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157803437
115	NC_009879	CATATA	2	12	293334	293345	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157803439
116	NC_009879	AATGAA	2	12	296129	296140	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157803443
117	NC_009879	TGTACC	2	12	296749	296760	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157803443
118	NC_009879	ATTGCT	2	12	298992	299003	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157803444
119	NC_009879	TTTTAC	2	12	300215	300226	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	157803445
120	NC_009879	TCTGCC	2	12	300831	300842	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	157803445
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.