MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Escherichia coli APEC O1 plasmid pAPEC-O1-R

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009838	TAATGC	2	12	5719	5730	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157412021
2	NC_009838	ACCGTG	2	12	6979	6990	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157412022
3	NC_009838	GGCAAA	2	12	7236	7247	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	157412023
4	NC_009838	TCCGAA	2	12	8074	8085	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157412024
5	NC_009838	GTTTAT	2	12	9074	9085	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157412025
6	NC_009838	AAGAAA	2	12	11335	11346	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	157412025
7	NC_009838	CTGCCG	2	12	12513	12524	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_009838	TAGCAG	2	12	16632	16643	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157412026
9	NC_009838	AGAGAA	2	12	19034	19045	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157412029
10	NC_009838	ATAACC	2	12	19532	19543	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	157412030
11	NC_009838	GTTGAT	2	12	21512	21523	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009838	TTCTGT	2	12	23018	23029	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	157412033
13	NC_009838	TTGTCC	2	12	24834	24845	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009838	AGGTTT	2	12	26441	26452	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	157412038
15	NC_009838	GCTTTC	2	12	33214	33225	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	157412041
16	NC_009838	TATGGC	2	12	33235	33246	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157412041
17	NC_009838	TAATCT	2	12	34531	34542	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157412042
18	NC_009838	CATCAG	2	12	37751	37762	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157412043
19	NC_009838	GCTGAA	2	12	38879	38890	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157412044
20	NC_009838	AGATGA	2	12	42125	42136	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157412047
21	NC_009838	CAAACA	2	12	43729	43740	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157412048
22	NC_009838	CTTTAC	2	12	44044	44055	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	157412048
23	NC_009838	CCGAGA	3	18	46535	46552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	157412050
24	NC_009838	GTTGGT	2	12	47614	47625	0 %	50 %	50 %	0 %	157412050
25	NC_009838	TGATTT	2	12	55262	55273	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009838	TTTAAT	2	12	55952	55963	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157412060
27	NC_009838	ATTAAG	2	12	56087	56098	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157412060
28	NC_009838	GTGTCT	2	12	58876	58887	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	157412065
29	NC_009838	GCTGGC	2	12	64309	64320	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157412068
30	NC_009838	GTTCAG	2	12	66640	66651	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157412070
31	NC_009838	TCTGAA	2	12	71569	71580	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157412075
32	NC_009838	GTGACG	2	12	77200	77211	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157412081
33	NC_009838	CAAAAA	2	12	78770	78781	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	157412083
34	NC_009838	TTCGAT	2	12	78948	78959	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157412083
35	NC_009838	GGTGAT	2	12	80512	80523	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157412085
36	NC_009838	GGTGAT	2	12	88607	88618	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157412093
37	NC_009838	AAGGTC	2	12	98888	98899	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009838	CGCCCG	2	12	99092	99103	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	157412103
39	NC_009838	CCGACA	2	12	99520	99531	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	157412103
40	NC_009838	CAATGA	2	12	115118	115129	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157412114
41	NC_009838	GGCTGA	2	12	119334	119345	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157412119
42	NC_009838	ACTGGC	2	12	119445	119456	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157412119
43	NC_009838	TCATTT	2	12	120645	120656	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	157412120
44	NC_009838	GCAATC	2	12	122457	122468	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157412122
45	NC_009838	AAATTA	2	12	123900	123911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157412124
46	NC_009838	TATGGA	2	12	125980	125991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157412126
47	NC_009838	GTATGT	2	12	127349	127360	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	157412127
48	NC_009838	CCTGAA	2	12	130219	130230	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157412127
49	NC_009838	CATCAC	2	12	131123	131134	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	157412129
50	NC_009838	CCACGG	2	12	133499	133510	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_009838	CTACAC	2	12	136034	136045	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	157412132
52	NC_009838	TTGCCG	2	12	136237	136248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	157412132
53	NC_009838	GCCTGA	2	12	140133	140144	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157412137
54	NC_009838	ATACCG	2	12	145778	145789	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157412141
55	NC_009838	CCAAAA	2	12	146772	146783	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157412142
56	NC_009838	AAAAAT	2	12	150610	150621	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009838	TGATTA	2	12	151914	151925	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	157412147
58	NC_009838	TGACTA	2	12	157448	157459	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157412153
59	NC_009838	GAAAAA	2	12	168179	168190	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	157412162
60	NC_009838	TATCAA	2	12	173594	173605	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157412167
61	NC_009838	AAAATA	2	12	176097	176108	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	157412168
62	NC_009838	TTGCTG	2	12	177705	177716	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	157412168
63	NC_009838	CGAACC	2	12	183006	183017	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	157412175
64	NC_009838	AAAATG	2	12	184393	184404	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157412177
65	NC_009838	TGGAGC	2	12	186725	186736	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157412181
66	NC_009838	CATGAA	2	12	190431	190442	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157412186
67	NC_009838	ACAGAT	2	12	193472	193483	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157412191
68	NC_009838	ATTTTG	2	12	199634	199645	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157412200
69	NC_009838	AATTTA	2	12	199695	199706	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009838	AAATCA	2	12	202375	202386	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_009838	TGAAGA	2	12	209246	209257	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157412237
72	NC_009838	CATTGT	2	12	209757	209768	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_009838	ACCAGT	2	12	211120	211131	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009838	CATAAG	2	12	212899	212910	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157412207
75	NC_009838	AGTTAT	2	12	213517	213528	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	157412207
76	NC_009838	GTGCTG	2	12	217624	217635	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	157412211
77	NC_009838	GGACGG	2	12	225160	225171	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_009838	ATCGCT	2	12	225998	226009	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157412221
79	NC_009838	TGGTCT	2	12	226343	226354	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	157412222
80	NC_009838	TCCACC	2	12	231073	231084	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	157412227
81	NC_009838	GTCTTC	2	12	231583	231594	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	157412227
82	NC_009838	TGCGGG	2	12	232073	232084	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	157412227
83	NC_009838	TTAGAC	2	12	233811	233822	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157412230
84	NC_009838	TCCCCT	2	12	233973	233984	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	157412230
85	NC_009838	CCCATT	2	12	236413	236424	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	157412231
86	NC_009838	TCCATC	2	12	238677	238688	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	157412233
87	NC_009838	TGGTAT	2	12	238712	238723	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009838	TTTCAA	2	12	240854	240865	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157412235

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.