MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli APEC O1 plasmid pAPEC-O1-R

Total Repeats: 203

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009838	TTTGT	2	10	1410	1419	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009838	GACAA	2	10	1545	1554	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_009838	CCCCT	2	10	1834	1843	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
4	NC_009838	TTTTG	2	10	2499	2508	0 %	80 %	20 %	0 %	157412017
5	NC_009838	CGACT	2	10	3344	3353	20 %	20 %	20 %	40 %	157412018
6	NC_009838	CTGCT	2	10	4838	4847	0 %	40 %	20 %	40 %	157412020
7	NC_009838	GACTT	2	10	9198	9207	20 %	40 %	20 %	20 %	157412025
8	NC_009838	ATGTC	2	10	10125	10134	20 %	40 %	20 %	20 %	157412025
9	NC_009838	AGTTT	2	10	10263	10272	20 %	60 %	20 %	0 %	157412025
10	NC_009838	CTGGG	2	10	12581	12590	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009838	CTGGG	2	10	13337	13346	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_009838	CTGGG	2	10	15043	15052	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_009838	CATTA	2	10	15158	15167	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_009838	CTGGG	2	10	15292	15301	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_009838	GACTG	2	10	15864	15873	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_009838	CAAAA	2	10	16481	16490	80 %	0 %	0 %	20 %	157412026
17	NC_009838	TGATT	2	10	17008	17017	20 %	60 %	20 %	0 %	157412026
18	NC_009838	TCTTT	2	10	19554	19563	0 %	80 %	0 %	20 %	157412030
19	NC_009838	ATTTT	2	10	19971	19980	20 %	80 %	0 %	0 %	157412030
20	NC_009838	TCTTT	2	10	20187	20196	0 %	80 %	0 %	20 %	157412030
21	NC_009838	AATCG	2	10	20305	20314	40 %	20 %	20 %	20 %	157412031
22	NC_009838	AAAGT	2	10	22439	22448	60 %	20 %	20 %	0 %	157412032
23	NC_009838	AAAAG	2	10	23150	23159	80 %	0 %	20 %	0 %	157412033
24	NC_009838	CGCTT	2	10	26276	26285	0 %	40 %	20 %	40 %	157412037
25	NC_009838	TGTAA	2	10	26625	26634	40 %	40 %	20 %	0 %	157412038
26	NC_009838	TGAAA	2	10	28961	28970	60 %	20 %	20 %	0 %	157412038
27	NC_009838	CGTTG	2	10	29939	29948	0 %	40 %	40 %	20 %	157412038
28	NC_009838	AAAAG	2	10	30344	30353	80 %	0 %	20 %	0 %	157412038
29	NC_009838	GTTTC	2	10	37615	37624	0 %	60 %	20 %	20 %	157412043
30	NC_009838	ACATT	2	10	39758	39767	40 %	40 %	0 %	20 %	157412044
31	NC_009838	AACTG	2	10	41021	41030	40 %	20 %	20 %	20 %	157412045
32	NC_009838	AAACG	2	10	42873	42882	60 %	0 %	20 %	20 %	157412047
33	NC_009838	GTTTC	2	10	48337	48346	0 %	60 %	20 %	20 %	157412052
34	NC_009838	TGATG	2	10	48610	48619	20 %	40 %	40 %	0 %	157412052
35	NC_009838	TTATC	2	10	49409	49418	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_009838	ATATT	2	10	49420	49429	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009838	GATAA	2	10	49443	49452	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009838	ACTTT	2	10	50580	50589	20 %	60 %	0 %	20 %	157412054
39	NC_009838	AATTA	2	10	51123	51132	60 %	40 %	0 %	0 %	157412054
40	NC_009838	ACATT	2	10	51262	51271	40 %	40 %	0 %	20 %	157412055
41	NC_009838	GGGCA	2	10	51282	51291	20 %	0 %	60 %	20 %	157412055
42	NC_009838	AAGGG	2	10	51500	51509	40 %	0 %	60 %	0 %	157412055
43	NC_009838	ATGAA	2	10	52761	52770	60 %	20 %	20 %	0 %	157412056
44	NC_009838	ATTCT	2	10	53397	53406	20 %	60 %	0 %	20 %	157412057
45	NC_009838	TTTGC	2	10	54734	54743	0 %	60 %	20 %	20 %	157412058
46	NC_009838	GAAGT	2	10	55670	55679	40 %	20 %	40 %	0 %	157412059
47	NC_009838	AGAGC	2	10	58980	58989	40 %	0 %	40 %	20 %	157412065
48	NC_009838	CAGCT	2	10	59292	59301	20 %	20 %	20 %	40 %	157412065
49	NC_009838	AAGCC	2	10	61725	61734	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_009838	CATGT	2	10	63916	63925	20 %	40 %	20 %	20 %	157412068
51	NC_009838	TGTTT	2	10	65652	65661	0 %	80 %	20 %	0 %	157412069
52	NC_009838	AAGGG	2	10	66254	66263	40 %	0 %	60 %	0 %	157412069
53	NC_009838	CGGTT	2	10	68457	68466	0 %	40 %	40 %	20 %	157412072
54	NC_009838	TTCAG	2	10	70092	70101	20 %	40 %	20 %	20 %	157412074
55	NC_009838	CAGGA	2	10	70523	70532	40 %	0 %	40 %	20 %	157412075
56	NC_009838	GTGGC	2	10	75136	75145	0 %	20 %	60 %	20 %	157412079
57	NC_009838	TTAAA	2	10	76763	76772	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009838	ATGTT	2	10	79871	79880	20 %	60 %	20 %	0 %	157412084
59	NC_009838	CCGTC	2	10	80552	80561	0 %	20 %	20 %	60 %	157412085
60	NC_009838	CATTT	2	10	81083	81092	20 %	60 %	0 %	20 %	157412086
61	NC_009838	GCGCT	2	10	81872	81881	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_009838	CAATT	2	10	83574	83583	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009838	TTATA	2	10	83588	83597	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009838	TGCTC	2	10	88253	88262	0 %	40 %	20 %	40 %	157412236
65	NC_009838	AGGCC	2	10	88442	88451	20 %	0 %	40 %	40 %	157412236
66	NC_009838	TCGCG	2	10	89897	89906	0 %	20 %	40 %	40 %	157412095
67	NC_009838	AGCGA	2	10	90555	90564	40 %	0 %	40 %	20 %	157412095
68	NC_009838	GCCGC	2	10	91201	91210	0 %	0 %	40 %	60 %	157412096
69	NC_009838	GCTTC	2	10	91233	91242	0 %	40 %	20 %	40 %	157412096
70	NC_009838	GCCGT	2	10	91762	91771	0 %	20 %	40 %	40 %	157412097
71	NC_009838	GCGAA	2	10	92275	92284	40 %	0 %	40 %	20 %	157412097
72	NC_009838	AGCGC	2	10	93185	93194	20 %	0 %	40 %	40 %	157412097
73	NC_009838	GTTCG	2	10	96372	96381	0 %	40 %	40 %	20 %	157412100
74	NC_009838	CGCGG	2	10	97444	97453	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_009838	CCCGC	2	10	100784	100793	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
76	NC_009838	GCACC	2	10	101542	101551	20 %	0 %	20 %	60 %	157412104
77	NC_009838	AGGGT	2	10	101943	101952	20 %	20 %	60 %	0 %	157412104
78	NC_009838	AGCCA	2	10	102440	102449	40 %	0 %	20 %	40 %	157412105
79	NC_009838	TCCGA	2	10	102453	102462	20 %	20 %	20 %	40 %	157412105
80	NC_009838	ATTTT	2	10	104264	104273	20 %	80 %	0 %	0 %	157412106
81	NC_009838	CAGCG	2	10	104856	104865	20 %	0 %	40 %	40 %	229776986
82	NC_009838	GGGAT	2	10	104999	105008	20 %	20 %	60 %	0 %	229776986
83	NC_009838	GTGAT	2	10	106482	106491	20 %	40 %	40 %	0 %	157412109
84	NC_009838	GGCCT	2	10	107396	107405	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_009838	GAGCA	2	10	107585	107594	40 %	0 %	40 %	20 %	157412110
86	NC_009838	ACGTC	2	10	108733	108742	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_009838	TAAAA	2	10	110103	110112	80 %	20 %	0 %	0 %	157412112
88	NC_009838	ATATT	2	10	110160	110169	40 %	60 %	0 %	0 %	157412112
89	NC_009838	ATTGG	2	10	113127	113136	20 %	40 %	40 %	0 %	157412113
90	NC_009838	ACTCC	2	10	113259	113268	20 %	20 %	0 %	60 %	157412113
91	NC_009838	AACAG	2	10	113481	113490	60 %	0 %	20 %	20 %	157412113
92	NC_009838	GAAAA	2	10	113493	113502	80 %	0 %	20 %	0 %	157412113
93	NC_009838	TTTGC	2	10	116789	116798	0 %	60 %	20 %	20 %	157412116
94	NC_009838	TGATC	2	10	116831	116840	20 %	40 %	20 %	20 %	157412117
95	NC_009838	TGGAG	2	10	117708	117717	20 %	20 %	60 %	0 %	157412118
96	NC_009838	GCTGC	2	10	119092	119101	0 %	20 %	40 %	40 %	157412119
97	NC_009838	GATAA	2	10	121599	121608	60 %	20 %	20 %	0 %	157412122
98	NC_009838	CTGAG	2	10	122723	122732	20 %	20 %	40 %	20 %	157412122
99	NC_009838	TGCGC	2	10	125039	125048	0 %	20 %	40 %	40 %	157412124
100	NC_009838	ACCCA	2	10	126051	126060	40 %	0 %	0 %	60 %	157412126
101	NC_009838	TGCCT	2	10	127187	127196	0 %	40 %	20 %	40 %	157412127
102	NC_009838	TCATC	2	10	129313	129322	20 %	40 %	0 %	40 %	157412127
103	NC_009838	CGAAT	2	10	130739	130748	40 %	20 %	20 %	20 %	157412128
104	NC_009838	CAACA	2	10	130898	130907	60 %	0 %	0 %	40 %	157412129
105	NC_009838	CTGTC	2	10	131260	131269	0 %	40 %	20 %	40 %	157412129
106	NC_009838	TGTGG	2	10	131484	131493	0 %	40 %	60 %	0 %	157412129
107	NC_009838	TGCGT	2	10	133288	133297	0 %	40 %	40 %	20 %	157412129
108	NC_009838	ATACG	2	10	134104	134113	40 %	20 %	20 %	20 %	157412130
109	NC_009838	TTCAT	2	10	135215	135224	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_009838	TAATT	2	10	135243	135252	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009838	TGACC	2	10	135446	135455	20 %	20 %	20 %	40 %	157412132
112	NC_009838	TGAAA	2	10	135992	136001	60 %	20 %	20 %	0 %	157412132
113	NC_009838	TAACT	2	10	139115	139124	40 %	40 %	0 %	20 %	157412135
114	NC_009838	AGGGA	2	10	139245	139254	40 %	0 %	60 %	0 %	157412135
115	NC_009838	CGATG	2	10	140332	140341	20 %	20 %	40 %	20 %	157412137
116	NC_009838	GGTCT	2	10	140639	140648	0 %	40 %	40 %	20 %	157412137
117	NC_009838	CATGA	2	10	141927	141936	40 %	20 %	20 %	20 %	157412138
118	NC_009838	TCAAA	2	10	142495	142504	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_009838	TAAAC	2	10	144303	144312	60 %	20 %	0 %	20 %	157412140
120	NC_009838	CAGAC	2	10	145651	145660	40 %	0 %	20 %	40 %	157412141
121	NC_009838	ACCAC	2	10	145826	145835	40 %	0 %	0 %	60 %	157412141
122	NC_009838	GGTGT	2	10	146023	146032	0 %	40 %	60 %	0 %	157412141
123	NC_009838	AATTC	2	10	146451	146460	40 %	40 %	0 %	20 %	157412142
124	NC_009838	GATAT	2	10	148357	148366	40 %	40 %	20 %	0 %	157412143
125	NC_009838	AAGCA	2	10	152531	152540	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_009838	GGTGT	2	10	152618	152627	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009838	TGTTA	2	10	152819	152828	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009838	TGCTC	2	10	153767	153776	0 %	40 %	20 %	40 %	157412149
129	NC_009838	AGGCC	2	10	153956	153965	20 %	0 %	40 %	40 %	157412149
130	NC_009838	ACTTT	2	10	155088	155097	20 %	60 %	0 %	20 %	157412151
131	NC_009838	TGTGG	2	10	155273	155282	0 %	40 %	60 %	0 %	157412151
132	NC_009838	ACATA	2	10	157963	157972	60 %	20 %	0 %	20 %	157412154
133	NC_009838	CAGGC	2	10	158220	158229	20 %	0 %	40 %	40 %	157412155
134	NC_009838	TTTTG	2	10	159062	159071	0 %	80 %	20 %	0 %	157412156
135	NC_009838	TCCAT	2	10	163185	163194	20 %	40 %	0 %	40 %	157412160
136	NC_009838	CCTGA	2	10	163261	163270	20 %	20 %	20 %	40 %	157412160
137	NC_009838	GTCAC	2	10	164694	164703	20 %	20 %	20 %	40 %	157412160
138	NC_009838	AAGCA	2	10	165101	165110	60 %	0 %	20 %	20 %	157412160
139	NC_009838	TGACA	2	10	166726	166735	40 %	20 %	20 %	20 %	157412161
140	NC_009838	GAAAG	2	10	167198	167207	60 %	0 %	40 %	0 %	157412161
141	NC_009838	TTGCA	2	10	167214	167223	20 %	40 %	20 %	20 %	157412161
142	NC_009838	GCTGA	2	10	167959	167968	20 %	20 %	40 %	20 %	157412162
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152	NC_009838	CAGTT	2	10	179412	179421	20 %	40 %	20 %	20 %	157412170
153	NC_009838	GCTAT	2	10	182926	182935	20 %	40 %	20 %	20 %	157412175
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155	NC_009838	ATTTT	2	10	185776	185785	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_009838	TTCAT	2	10	186528	186537	20 %	60 %	0 %	20 %	157412181
157	NC_009838	CAGGA	2	10	187893	187902	40 %	0 %	40 %	20 %	157412182
158	NC_009838	TTCCC	2	10	188541	188550	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
159	NC_009838	GATGG	2	10	192031	192040	20 %	20 %	60 %	0 %	157412189
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163	NC_009838	CACAC	2	10	199395	199404	40 %	0 %	0 %	60 %	157412200
164	NC_009838	CCCTT	2	10	200502	200511	0 %	40 %	0 %	60 %	157412201
165	NC_009838	TAAAA	2	10	202412	202421	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_009838	GTCAT	2	10	202533	202542	20 %	40 %	20 %	20 %	157412202
167	NC_009838	TTTGC	2	10	205033	205042	0 %	60 %	20 %	20 %	157412204
168	NC_009838	TGATC	2	10	205075	205084	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_009838	CAGGC	2	10	206055	206064	20 %	0 %	40 %	40 %	157412205
170	NC_009838	AGATG	2	10	206834	206843	40 %	20 %	40 %	0 %	157412205
171	NC_009838	TGATC	2	10	208130	208139	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
172	NC_009838	ATCAG	2	10	208874	208883	40 %	20 %	20 %	20 %	157412237
173	NC_009838	GATTG	2	10	209841	209850	20 %	40 %	40 %	0 %	157412206
174	NC_009838	AGCTG	2	10	210413	210422	20 %	20 %	40 %	20 %	157412206
175	NC_009838	AGCTG	2	10	210655	210664	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
176	NC_009838	GCGTT	2	10	211678	211687	0 %	40 %	40 %	20 %	157412207
177	NC_009838	GTTTG	2	10	212778	212787	0 %	60 %	40 %	0 %	157412207
178	NC_009838	AACGA	2	10	213725	213734	60 %	0 %	20 %	20 %	157412207
179	NC_009838	AAGCG	2	10	216244	216253	40 %	0 %	40 %	20 %	157412210
180	NC_009838	ATGTT	2	10	216441	216450	20 %	60 %	20 %	0 %	157412210
181	NC_009838	AAACA	2	10	219353	219362	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
182	NC_009838	AGAAA	2	10	219376	219385	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
183	NC_009838	AGCGA	2	10	219928	219937	40 %	0 %	40 %	20 %	157412215
184	NC_009838	CTTCA	2	10	219939	219948	20 %	40 %	0 %	40 %	157412215
185	NC_009838	TGGAG	2	10	220056	220065	20 %	20 %	60 %	0 %	157412215
186	NC_009838	TAATT	2	10	222775	222784	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_009838	GAATG	2	10	223042	223051	40 %	20 %	40 %	0 %	157412217
188	NC_009838	TCAAC	3	15	224726	224740	40 %	20 %	0 %	40 %	157412219
189	NC_009838	CTGTG	2	10	227590	227599	0 %	40 %	40 %	20 %	157412223
190	NC_009838	CCATT	2	10	227825	227834	20 %	40 %	0 %	40 %	157412223
191	NC_009838	CTTTA	2	10	228643	228652	20 %	60 %	0 %	20 %	157412224
192	NC_009838	GATCA	2	10	229555	229564	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
193	NC_009838	GCAAA	2	10	229597	229606	60 %	0 %	20 %	20 %	157412226
194	NC_009838	CATCT	2	10	230574	230583	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
195	NC_009838	GAGCA	2	10	230862	230871	40 %	0 %	40 %	20 %	157412227
196	NC_009838	GAGAT	2	10	233720	233729	40 %	20 %	40 %	0 %	157412230
197	NC_009838	TCGTA	2	10	233845	233854	20 %	40 %	20 %	20 %	157412230
198	NC_009838	AAGCA	2	10	234770	234779	60 %	0 %	20 %	20 %	157412230
199	NC_009838	ATGAG	2	10	237280	237289	40 %	20 %	40 %	0 %	157412232
200	NC_009838	AAAGA	2	10	239624	239633	80 %	0 %	20 %	0 %	157412234
201	NC_009838	TTTTC	2	10	240197	240206	0 %	80 %	0 %	20 %	157412235
202	NC_009838	CTTTT	2	10	240716	240725	0 %	80 %	0 %	20 %	157412235
203	NC_009838	TAAAA	2	10	241010	241019	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.